New free energy calculation methods for structure-based drug design and prediction of protein stability

ACS Symposium Series

Volumn 719, Issue , 1999, Pages 37-52

  Wang, Lu ^a   Eriksson, Mats A L ^a   Pitera, Jed ^a   Kollman, Peter A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0039604712     PISSN: 00976156     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-1999-0719.ch003     Document Type: Article

References (36)

1. Kollman, P. A. Chem. Rev. 1993, 93, 2395-2417.
2. Åqvist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J.-E. Protein Eng. 1994, 7, 385-391.
3. Radmer, R. J.; Kollman, P. A. J. Comput.-Aided Mol. Design. 1997, accepted for publication.
4. Pitera, J.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, submitted for publication.
5. Kong, X.; Brooks III, C. L. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2414-2423.
6. Gerber, P. R.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Design 1993, 7, 305-323.
7. Cieplak, P.; Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1994, 101, 627-633.
8. Pang, Y. P.; Kollman, P. A. Perspect. Drug Discov. Design 1995, 3, 106-122.
9. Shen, J.; Quiocho, F. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 445-448.
10. Shen, J.; Wendoloski, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 350-357.
11. Weaver, L. H.; Matthews, B. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 189-199.
12. Pauwels, R.; Andries, K.; Debyser, Z.; Kukla, M. J.; Schols, D.; Breslin, H. J.; Woestenborghs, R.; Desmyter, J.; Janssen, M. A. C.; de Clercq, E.; Janssen, P. A. J. Antimicrob. Agents. Chemother. 1994, 38, 2863-2870.
13. Still, C. W.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
14. Metropolis, N. R.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087-1092.
15. Sharp, K.; Honig, B. Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 301.
16. Hermann, R. B. J. Phys. Chem. 1971, 76, 2754.
17. Nozaki, Y.; Tanford, C. H. J. Biol. Chem. 1971, 246, 2211.
18. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709-713.
19. Mendel, D.; Ellman, J. A.; Chang, Z.; Veenstra, D. L.; Kollman, P. A.; Schultz, P. G. Science 1992, 256, 1798-1802.
20. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Mertz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmever, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-1597.
22. Bayly, C. I.; Ciepluk, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
23. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Rahavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R., Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision B.3 1995, Gaussian Inc., Pittsburg, PA.
24. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; III, T. E. C.; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. AMBER, version 4.1 1995, University of California at San Francisco.
25. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
26. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
27. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962.
28. Ferrin, T. E.; Huang, C. C.; Jarvis, L. E.; Langridge, R. J. Mol. Graph. 1988, 6, 13-27
29. Fox, T.; Thomas, B. E.; McCarrick, M.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10779-10783.
30. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. Proteins 1993, 16, 226-245.
31. Ding, J.; Das, K.; Moereels, H.; Koymans, L.; Andries, K.; Janssen, P. A. J.; Hughes, S. H.; Arnold, E. Struct. Biol. 1995, 2, 407-415.
32. Liaw, Y. C.; Gao, Y. G.; Robinson, H.; Wang, A. H. J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1857-1859.
33. Guenot, J.; Kollman, P. A. Prot. Sci. 1992, 1, 1185-1205.
34. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1990, 11, 440-467.
35. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; H., H. B. J. Phys. Chem. 1988, 9, 327-335.
36. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144-1149.