Hybrid QM/MM molecular dynamics simulations for an ionic SN2 reaction in the supercritical water: OH- + CH3Cl → CH3OH + Cl-

Journal of Computational Chemistry

Volumn 24, Issue 2, 2003, Pages 209-221

  Hori, Takumi ^a   Takahashi, Hideaki ^a   Nitta, Tomoshige ^a  

^a OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

Density functional theory; Hybrid quantum mechanical molecular mechanical method; Real space grids; SN2 reaction; Supercritical water

Indexed keywords

ATOMS; DENSITY OF LIQUIDS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY; SOLVENTS; SUPERCRITICAL FLUIDS; WATER;

BORN EQUATION; ION DIPOLE INTERACTION; SOLVATION ENERGY; SUPERCRITICAL FLUID;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0037472679     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10134     Document Type: Article

References (50)

1. Chandrasekhar, J.; Smith, S. F.; Jorgensen, W. L. J Am Chem Soc 1985, 107, 154.
2. Tomasi, J.; Persico, M. Chem Rev 1994, 94, 2027.
3. Pomelli, C. S.; Tomasi, J. J Phys Chem A 1997, 101, 3561.
4. Bennett, G. E.; Rossky, P. J.; Johnston, K. P. J Phys Chem 1995, 99, 16136.
5. Huston, S. E.; Rossky, P. J.; Zichi, D. A. J Am Chem Soc 1989, 111, 5680.
6. Ten-no, S.; Hirata, F.; Kato, S. Chem Phys Lett 1993, 214, 391.
7. Rossky, P. J.; Simon, J. D. Nature 1994, 370, 263.
8. Flanagin, L. W.; Balbuena, P. B.; Johnston, K. P.; Rossky, P. J. J Phys Chem 1995, 99, 5196.
9. Re, M.; Laria, D. J Chem Phys 1996, 105, 4584.
10. Raugei, S.; Cardini, G.; Schettino, V. J Chem Phys 2001, 114, 4089.
11. Ohta, K.; Morokuma, K. J Phys Chem 1985, 89, 5845.
12. Aida, M.; Yamataka, H. J Mol Struct (Theochem) 1999, 461-462, 417.
13. Tuñón, I.; Martins-Costa, M. T. C.; Millot, C.; Ruiz-López, M. F. J Chem Phys 1997, 106, 3633.
14. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
15. Kramers, H. A. Physica 1940, 7, 284.
16. Grote, R. F.; Hynes, J. T. J Chem Phys 1981, 74, 4465.
17. Hernandez, R.; Somer Jr, F. L. J Phys Chem B 1999, 103, 1064.
18. Shepherd, T. D.; Hernandez, R. J Chem Phys 2001, 115, 2430.
19. Benjamin, I.; Pollak, E. J Chem Phys 1996, 105, 9093.
20. McRae, R. P.; Schenter, G. K.; Garrett, B. C. J Chem Soc, Faraday Trans 1997, 93, 997.
21. Car, R.; Parrinello, M. Phys Rev Lett 1985, 55, 2471.
22. Gao, J.; Thompson, M. A. Combined Quantum Mechanical and Molecular Mechanical Methods; American Chemical Society: Washington, DC, 1998.
23. Takahashi, H.; Hori, T.; Hashimoto, H.; Nitta, T. J Comput Chem 2001, 22, 1252.
24. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys Rev 1964, 136, B864.
25. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys Rev 1965, 140, A1133.
26. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
27. Savage, P. E. Chem Rev 1999, 99, 603.
28. Chelikowsky, J. R.; Troullier, N.; Saad, Y. Phys Rev Lett 1994, 72, 1240.
29. Chelikowsky, J. R.; Troullier, N.; Wu, K.; Saad, Y. Phys Rev B 1994, 50, 11355.
30. Jing, X.; Troullier, N.; Dean, D.; Binggeli, N.; Chelikowsky, J. R.; Wu, K.; Saad, Y. Phys Rev B 1994, 50, 12234.
31. Takahashi, H.; Hori, T.; Wakabayashi, T.; Nitta, T. J Phys Chem A 2001, 105, 4351.
32. Takahashi, H.; Hori, T.; Wakabayashi, T.; Nitta, T. Chem Lett 2000, 3, 222.
33. Payne, M. C.; Teter, M. P.; Allan, D. C.; Arias, T. A.; Joannopoulos, J. D. Rev Mod Phys 1992, 64, 1045.
34. Hoshi, T.; Arai, M.; Fujiwara, T. Phys Rev B 1995, 52, R5459.
35. Kobayashi, K. Comput Mater Sci 1999, 14, 72.
36. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys Rev B 1991, 43, 1993.
37. Bachelet, G. B.; Hamann, D. R.; Schlüter, M. Phys Rev B 1982, 26, 4199.
38. Ono, T.; Hirose, K. Phys Rev Lett 1999, 82, 5016.
39. Barnett, R. N.; Landman, U. Phys Rev B 1993, 48, 2081.
40. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys Rev B 1981, 23, 5048.
41. Vlot, M. J.; Huinink, J.; van der Eerden, J. P. J Chem Phys 1999, 110, 55.
42. Ryan, E. T.; Xiang, T.; Johnston, K. P.; Fox, M. A. J Phys Chem 1996, 100, 9395.
43. Kajimoto, O. Chem Rev 1999, 99, 355.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery Jr, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Moro-kuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanay-akkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian98, Revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
45. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem Phys Lett 1996, 255, 327.
46. Cossi, M.; Barone, V.; Mennucci, B.; Tomasi, J. Chem Phys Lett 1998, 286, 253.
47. Cancès, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J Chem Phys 1997, 107, 3032.
48. Born, M. Z. Phys 1920, 1, 45.
49. Pierotti, R. A. Chem Rev 1976, 76, 717.
50. Balbuena, P. B.; Johnston, K. P.; Rossky, P. J. J Am Chem Soc 1994, 116; 2689.