Modeling of a rotaxane-based molecular device

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 107, Issue 8, 2003, Pages 1207-1215

  Zheng, Xiange ^a   Sohlberg, Karl ^a  

^a DREXEL UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR DEVICES;

GEOMETRY; HYDROGEN BONDS; OPTIMIZATION; POTENTIAL ENERGY;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0037468227     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0267611     Document Type: Article

References (69)

1. Collin, J. P.; Dietrich-Buchecker, C.; Sauvage, J. P. Actual. Chim. 2001, 27-32.
2. Collin, J. P.; Gavina, P.; Heitz, V.; Sauvage, J. P. Eur. J. Inorg. Chem. 1998, 1-14.
3. Amabilino, D. B.; Stoddart, J. F. Chem. Rev. 1995, 95, 2725-2828.
4. Pease, A. R.; Jeppesen, J. O.; Stoddart, J. F.; Luo, Y.; Collier, C. P.; Heath, J. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 433-444.
5. Pease, A. R.; Stoddart, J. F. Mol. Mach. Mot. 2001, 99, 189-236.
6. Philp, D.; Stoddart, J. F. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996, 35, 1155-1196.
7. Reuter, C.; Schmieder, R.; Vogtle, F. Pure Appl. Chem. 2000, 72, 2233-2241.
8. Chambron, J. C.; Sauvage, J. P.; Mislow, K.; De Cian, A.; Fischer, J. Chem.-Eur. J. 2001, 7, 4085-4096.
9. Asakawa, M.; Brancato, G.; Fanti, M.; Leigh, D. A.; Shimizu, T.; Slawin, A. M. Z.; Wong, J. K. Y.; Zerbetto, F.; Zhang, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2939-2950.
10. Chiu, S. H.; Rowan, S. J.; Cantrill, S. J.; Ridvan, L.; Ashton, P. R.; Garrell, R. L.; Stoddart, J. F. Tetrahedron 2002, 58, 807-814.
11. Biscarini, F.; Cavallini, M.; Leigh, D. A.; Leon, S.; Teat, S. J.; Wong, J. K. Y.; Zerbetto, F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 225-233.
12. Gunter, M. J.; Bampos, N.; Johnstone, K. D.; Sanders, J. K. M. New J. Chem. 2001, 25, 166-173.
13. Hunter, C. A.; Low, C. M. R.; Packer, M. J.; Spey, S. E.; Vinter, J. G.; Vysotsky, M. O.; Zonta, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2678-2682.
14. Jeppesen, J. O.; Perkins, J.; Becher, J.; Stoddart, J. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 1216 ff.
15. Kanamathareddy, S.; Gutsche, C. D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 6572-6579.
16. Lee, J. W.; Kim, K. P.; Kim, K. Chem. Commun. 2001, 1042-1043.
17. Osswald, F.; Vogel, E.; Safarowsky, O.; Schwanke, F.; Vogtle, F. Adv. Synth. Catal. 2001, 343, 303-309.
18. Schalley, C. A.; Beizai, K.; Vogtle, F. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 465-476.
19. Leigh, D. A.; Troisi, A.; Zerbetto, F. Chem.-Eur. J. 2001, 7, 1450-1454.
20. Li, Z. T. Chin. J. Org. Chem. 2000, 20, 655-662.
21. Shukla, R.; Deetz, M. J.; Smith, B. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2397-2398.
22. Jun, S. I.; Lee, J. W.; Sakamoto, S.; Yamaguchi, K.; Kim, K. Tetrahedron Lett. 2000, 41, 471-475.
23. Ashton, P. R.; Ballardini, R.; Balzani, V.; Credi, A.; Dress, K. R.; Ishow, E.; Kleverlaan, C. J.; Kocian, O.; Preece, J. A.; Spencer, N.; Stoddart, J. F.; Venturi, M.; Wenger, S. Chem.-Eur. J. 2000, 6, 3558-3574.
24. Sohlberg, K.; Sumpter, B. G.; Noid, D. W. THEOCHEM 1999, 491, 281-286.
25. Gibson, H. W.; Bryant, W. S. Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 1999, 218, 102-ORGN.
26. Amabilino, D. B.; Ashton, P. R.; Balzani, V.; Brown, C. L.; Credi, A.; Frechet, J. M. J.; Leon, J. W.; Raymo, F. M.; Spencer, N.; Stoddart, J. F.; Venturi, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12012-12020.
27. Asakawa, M.; Ashton, P. R.; Iqbal, S.; Quick, A.; Stoddart, J. F.; Tinker, N. D.; White, A. J. P.; Williams, D. J. Isr. J. Chem. 1996, 36, 329-340.
28. Anelli, P. L.; Spencer, N.; Stoddart, J. F. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5131-5133.
29. Ashton, P. R.; Bissell, R. A.; Gorski, R.; Philp, D.; Spencer, N.; Stoddart, J. F.; Tolley, M. S. Synlett 1992, 919-922.
30. Ashton, P. R.; Bissell, R. A.; Spencer, N.; Stoddart, J. F.; Tolley, M. S. Synlett 1992, 914-918.
31. Ashton, P. R.; Bissell, R. A.; Spencer, N.; Stoddart, J. F.; Tolley, M. S. Synlett 1992, 923-926.
32. Ashton, P. R.; Johnston, M. R.; Stoddart, J. F.; Tolley, M. S.; Wheeler, J. W. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1992, 1128-1131.
33. Ashton, P. R.; Philp, D.; Spencer, N.; Stoddart, J. F. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1992, 1124-1128.
34. Benniston, A. C.; Harriman, A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1993, 32, 1459-1461.
35. Bissell, R. A.; Cordova, E.; Kaifer, A. E.; Stoddart, J. F. Nature (London) 1994, 369, 133-137.
36. Cantrill, S. J.; Rowan, S. J.; Stoddart, J. F. Org. Lett. 1999, 1, 1363-1366.
37. Cao, J. G.; Fyfe, M. C. T.; Stoddart, J. F.; Cousins, G. R. L.; Glink, P. T. J. Org. Chem. 2000, 65, 1937-1946.
38. Glink, P. T.; Oliva, A. I.; Stoddart, J. F.; White, A. J. P.; Williams, D. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 1870-1875.
39. Martinez-Diaz, M. V.; Spencer, N.; Stoddart, J. F. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 1904-1907.
40. Pasini, D.; Raymo, F. M.; Stoddart, J. F. Gazz. Chim. Ital. 1995, 125, 431-443.
41. Deetz, M. J.; Shukla, R.; Smith, B. D. Tetrahedron 2002, 58, 799-805.
42. Kern, J. M.; Raehm, L.; Sauvage, J. P.; Divisia-Blohorn, B.; Vidal, P. L. Inorg. Chem. 2000, 39, 1555-1560.
43. Murakami, H.; Kawabuchi, A.; Kotoo, K.; Kunitake, M.; Nakashima, N. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7605-7606.
44. Brouwer, A. M.; Frochot, C.; Gatti, F. G.; Leigh, D. A.; Mottier, L.; Paolucci, F.; Roffia, S.; Wurpel, G. W. H. Science (Washington, D.C.) 2001, 291, 2124-2128.
45. Wurpel, G. W. H.; Brouwer, A. M.; van Stokkum, I. H. M.; Farran, A.; Leigh, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11327-11328.
46. Raymo, F. M.; Houk, K. N.; Stoddart, J. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9318-9322.
47. Leigh, D. A.; Murphy, A.; Smart, J. P.; Deleuze, M. S.; Zerbetto, F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6458-6467.
48. Leigh, D. A.; Troisi, A.; Zerbetto, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 350 ff.
49. Dewart, J.; Zoebisch, E.; Healy, E.; Stewart, J. HyperchemTM Release 5.01 for WindowsTM; Hypercube Inc.: Waterloo, Ontario, Canada, 1996; Vol. 107, p 3902.
50. Dudek, M. J.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 1995, 16, 791-816.
51. Kundrot, C. E.; Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Comput. Chem. 1991, 12, 402-409.
52. Ponder, J. W. Software Tools for Molecular Design, Version 3.9; 1990-2001 (http://dasher.wustl.edu/tinker/).
53. Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016-1026.
54. McDonald, N. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8049-8059.
55. Jorgensen, W. L.; McDonald, N. A. THEOCHEM 1998, 424, 145-155.
56. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
57. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
58. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
59. Liu, L.; Li, X. S.; Song, K. S.; Guo, Q. X. THEOCHEM 2000, 531, 127.
60. Sohlberg, K.; Tarbet, B. J. J. Inclusion Phenom. Mol. Recognit. Chem. 1995, 23, 203-212.
61. Buemi, G.; Zuccarello, F.; Raudino, A. THEOCHEM 1988, 164, 379-389.
62. Fabian, W. M. F. J. Comput. Chem. 1988, 9, 369-377.
63. Dávila, L. Y. A.; Caldas, M. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1135-1142.
64. Levine, I. N. Quantum Chemistry; Prentice Hall: Englewood Cliffs, NJ; 1991.
65. Ricketts, H. G.; Stoddart, J. F.; Hann, M. M. In Computational Approaches in Supramolecular Chemistry; Wipff, G., Ed.; Vol. Series C: Mathematical and Physical Science-V426; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, The Netherlands, 1994; pp 377-390.
66. Niemz, A.; Rotello, V. M. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 44-52.
67. Fyfe, M. C. T.; Glink, P. T.; Menzer, S.; Stoddart, J. F.; White, A. J. P.; Williams, D. J. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 2068-2070.
68. Vargas, R.; Garza, J.; Friesner, R. A.; Stern, H.; Hay, B. P.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4963-4968.
69. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502-16513.