Self-association of isoguanine nucleobases and molecular recognition of alkaline ions: Tetrad vs pentad structures

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 107, Issue 7, 2003, Pages 1025-1031

  Meyer, Michael ^a   Sühnel, Jürgen ^b  

^a Revotar Biopharmaceuticals AG   (Germany)

^b FRITZ LIPMANN INSTITUTE   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; HYDROGEN BONDS; PERTURBATION TECHNIQUES; POSITIVE IONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

MOLECULAR RECOGNITION;

ALKALI METALS;

EID: 0037456382     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0269219     Document Type: Article

References (42)

1. Roosenberg, J. M.; Lin, Y.-M.; Lu, Y.; Miller, M. J. Curr. Med. Chem. 2000, 7, 159-197.
2. Riddell, F. G. Chirality 2002, 14, 121-125.
3. Parkinson, G. N.; Lee, M. P. H.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876-880.
4. Patel, D. J.; Bouaziz, S.; Kettani, A.; Wang, Y. Structures of Guanine-Rich and Cytosine-Rich Quadruplexes Formed In Vitro by Telomeric, Centromeric, and Triplet Repeat Disease DNA Sequences. In Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure; Neidle, S., Ed.; Oxford University Press: Oxford, 1999; pp 389-453.
5. Meyer, M.; Steinke, T.; Brandl, M.; Sühnel, J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 109-124.
6. Jing, N.; Xiong, W.; Guan, Y.; Pallansch, L.; Wang, S. Biochemistry 2002, 41, 5397-5403.
7. Kotch, F. W.; Fettinger, J. C.; Davis, J. T. Org. Lett. 2000, 2, 3277-3280.
8. Mezzina, E.; Mariani, P.; Itri, R.; Masiaero, S.; Pieraccini, S.; Spada, G. P.; Spinozzi, F.; Davis, J. T.; Gottarelli, G. Chem. Eur. J. 2001, 7, 388-395.
9. Seela, F.; Wei, C.; Melenewki, A. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4940-4945.
10. Seela, F.; Kroschel, R. Bioconjugate Chem. 2001, 12, 1043-1050.
11. Chaput, J. C.; Switzer, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 10614-10619.
12. Cai, M.; Marlow, A. L.; Fettinger, J. C.; Fabris, D.; Haverlock, T. J.; Moyer, B. A.; Davis, J. T. Angew. Chem. 2000, 112, 1339.
13. Cai, M.; Sidorov, V.; Lam, Y.-F.; Flowers, R. A.; Davis, J. T. Org. Lett. 2000, 2, 1665-1668.
14. Hay, B. P.; Dixon, D. A.; Vargas, R.; Garza, J.; Raymond, K. N. Inorg. Chem. 2001, 40, 3922-3935.
15. Meyer, M.; Trowitzsch-Kienast, W. Theochem 1997, 418, 93-98.
16. Meyer, M.; Schnurre, R.; Reissbrodt, R.; Trowitzsch-Kienst, W. Z. Naturforsch. C 2001, 56, 540-546.
17. Meyer, M.; Schneider, C.; Brandl, M.; Sühnel, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11560-11573.
18. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 529-532.
19. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10366-10371.
20. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10272-10279.
21. Burda, J. V.; Šponer, J.; Leszczynski, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4404-4411.
22. Hobza, P.; Leszczynski, J.; Šponer, J. Theochem 2001, 573, 43-53.
23. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
24. Lee, C.; Yang, G.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
25. Stephens, P. J.; Delvin, F. J.; Chabolowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627.
26. Godbout, N.; Saiahub, D. R.; Andzelm, J.; Wimmer, E. Can. J. Chem. 1992, 70, 560-571.
27. Ross, R. B.; Ermler, W. C.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 1990, 93, 6654.
28. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724.
29. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650.
30. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
31. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Matick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
33. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-577.
34. Šponer, J.; Leszczynsky, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 14, 117-135.
35. Meyer, M.; Brandl, M.; Sühnel, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 823-825.
36. Gu, J.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2001, 335, 465-474.
37. Gu, J.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2002, 351,403-409.
38. Meyer, M.; Sühnel, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 2003, 20, 507-518.
39. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117-4128.
40. Meyer, M.; Sühnel, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 15, 619-624.
41. Brandl, M.; Meyer, M.; Sühnel, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 2001, 18, 545-555.
42. Brandl, M.; Meyer, M.; Sühnel, J. J. Phys. Chem. A 2001, 104, 11177-11187.