Atomic-scale mechanism of the GTP → GDP hydrolysis reaction by the Giα1 protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 14, 2003, Pages 3278-3283

  Katagiri, Daisuke ^a   Hata, Masayuki ^a   Itoh, Takao ^a   Neya, Sabro ^a   Hoshino, Tyuji ^a  

^a CHIBA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC-SCALE MECHANISMS;

ACTIVATION ENERGY; ELECTRON ENERGY LEVELS; PROTEINS; PROTONS; QUANTUM THEORY;

HYDROLYSIS;

EID: 0037431338     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp026975i     Document Type: Article

References (25)

1. Alfred, G. G. Annu. Rev. Biochem. 1987, 56, 615.
2. David, E. C.; Albert, M. B.; Ethan, E.; Maurine, E. L.; Alfred, G. G.; Stephen, R. S. Science (Washington, D.C.) 1994, 265, 1405.
3. Trahey, M.; McCormick, F. Science (Washington, D.C.) 1987, 238, 542.
4. Klaus, S.; Mohammad, R. A.; Wolfang, K.; Lisa, W.; Alfred, L.; Frank, S.; Aflred, W. Science (Washington, D.C.) 1997, 277, 333.
5. Gideon, B.; Frank, M. Nature (London) 1991, 351, 576.
6. Frank, M. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1992, 336, 43.
7. Jackson, B. G.; Michael, D. S.; W. Jeffrey. Allard.; Irving, S. S.; Edward, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 5026.
8. John, F. E.; Keith, J. M. M.; Lesley, M.; Richard, H. S.; Peter, N. L. J. Biol Chem. 1993, 268, 27012.
9. Landis, C. A. et al. Nature (London) 1989, 340, 692.
10. Lyons, J. et al. Science (Washington, D.C.) 1990, 249, 655.
11. Coleman, D. E.; Berghuis, A. M.; Lee, E.; Linder, M. E.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Science (Washington, D.C.) 1994, 265, 1405.
12. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
13. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
14. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 123, 327.
15. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. Amber 4.1; University of California: San Francisco, 1995.
16. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
17. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
18. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
19. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, L; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
20. Van Holde, K. E.; Johnson, W. C.; Ho, P. S. Principles of Physical Biochemistry; Prentice Hall: Upper Saddle River, NJ, 1998; Chapter 15.
21. Hirano, Y.; Hata, M.; Hoshino, T.; Tsuda, M. J. Phys. Chem. B. 2002, 106, 5788.
22. Futatsugi, N.; Tsuda, M. Biophys J. 2001, 81, 3483.
23. Futatsugi, N.; Hata, M.; Hoshino, T.; Tsuda, M. Biophys J. 1999, 77, 3287.
24. Prive, G. G.; Milburn, M. V.; Tong, L.; de, Vos, A. M.; Yamaizumi, Z.; Nishimura, S.; Kim, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 3649.
25. Okimoto, N.; Yamanaka, K.; Ueno, J.; Hata, M.; Hoshino, T.; Tsuda, M. Biophys J. 2001, 87, 2786.