Extraordinarily slow binding of guanosine to the Tetrahymena group I ribozyme: Implications for RNA preorganization and function

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 100, Issue 5, 2003, Pages 2300-2305

  Karbstein, Katrin ^a   Herschlag, Daniel ^a  

^a STANFORD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GUANOSINE; RIBOZYME; RNA;

ARTICLE; BINDING SITE; CONFORMATIONAL TRANSITION; NONHUMAN; PH; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN FUNCTION; REACTION ANALYSIS; RNA SPLICING; TETRAHYMENA;

ANIMALS; BINDING SITES; CATALYSIS; DOSE-RESPONSE RELATIONSHIP, DRUG; EXONS; GUANOSINE; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; INTRONS; KINETICS; LIGANDS; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN BINDING; RNA; RNA, CATALYTIC; TETRAHYMENA; THERMODYNAMICS; TIME FACTORS;

PROTOZOA; TETRAHYMENA;

EID: 0037418272     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.252749799     Document Type: Article

References (69)

1. Fischer, E. (1894) Ber. Dr. Chem. Ges. 27, 2985-2993.
2. Lesk, A M. & Chothia, C. (1984) J. Mol Biol. 174, 175-191.
3. Wright, P. E. & Dyson, H. J. (1999) J. Mol. Biol. 293, 321-331.
4. Dedmon, M. M., Patel, C. N., Young, G. B. & Pielak, G. J. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 12681-12684.
5. Bode, W. & Schwager, P. (1975) J. Mol. Biol. 98, 693-717.
6. Bode, W., Schwager, P. & Huber, R. (1978) J. Mol. Biol. 118, 99-112.
7. James, M. N. G., Sielecki, A. R., Brayer, G. D., Delbaere, L. T. J. & Bauer, C. A. (1980) J. Mol. Biol. 144, 43-88.
8. James, M. N. G., Brayer, G. D., Delbaere, L. T. J., Sielecki, A. R. & Gertler, A. (1980) J. Mol. Biol. 139, 423-438.
9. Perkins, S. J., Johnson, L. N., Machin, P. A. & Phillips, D., C. (1978) Biochem. J. 173, 607-616.
10. Phillips, S. E. V. (1980) J. Mol. Biol. 142, 531-554.
11. Rees, D. C. & Lipscomb, W. N. (1981) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 5455-5459.
12. Puglisi, J. D., Tan, R. Y., Calnan, B. J., Frankel, A. D. & Williamson, J. R. (1992) Science 257, 76-80.
13. AboulEla, F., Karn, J. & Varani, G. (1996) Nucleic Acids Res. 24, 3974-3981.
14. Brodsky, A. S. & Williamson, J. R. (1997) J. Mol. Biol. 267, 624-639.
15. Patel, D. J., Suri, A. K., Jiang, F., Jiang, L. C., Fan, P., Kumar, R. A. & Nonin, S. (1997) J. Mol. Biol 272, 645-664.
16. Williamson, J. R. (2000) Nat. Struct. Biol. 7, 834-837.
17. Leulliot, N. & Varani, G. (2001) Biochemistry 40, 7947-7956.
18. Sussmam D., Nix, J. C. & Wilson, C. (2000) Nat. Struct. Biol. 7, 53-57.
19. Golden, B. L., Gooding. A. R., Podell, E. R. & Cech. T. R. (1998) Science 282, 259-264.
20. Ferre, D. A. R., Zhou, K. H. & Doudna, J. A. (1998) Nature 395, 567-574.
21. Costa, M. & Michel, F. (1999) EMBO J. 18, 1025-1037.
22. Costa, M., Michel, F. & Westhof, E. (2000) EMBO J. 19, 5007-5018.
23. Konforti, B. B., Liu, Q. L. & Pyle, A. M. (1998) EMBO J. 17, 7105-7117.
24. Celander, D. W. & Cech, T. R. (1991) Science 251, 401-407.
25. Wang, J. F. & Cech, T. R. (1992) Science 256, 526-529.
26. Herschlag, D. (1998) Nature 395, 548-549.
27. Engelhardt, M. A., Doherty, E. A., Knitt, D. S., Doudna, J. A. & Herschlag, D. (2000) Biochemistry 39, 2639-2651.
28. Russell, R., Millett, I. S., Doniach, S. & Herschlag, D. (2000) Nat. Struct. Biol. 7, 367-370.
29. Pyle, A. M., Murphy, F. L. & Cech, T. R. (1992) Nature 358, 123-131.
30. Bevilacqua, P. C., Johnson, K. A. & Turner, D. H. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 8357-8361.
31. McConnell, T. S., Cech. T. R. & Herschlag, D. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 8362-8366.
32. Strobel, S. A. & Cech, T. R. (1993) Biochemistry 32, 13593-13604.
33. Narlikar, G. J., Gopalakrishnan, V., McConnell, T. S., Usman, N. & Herschlag, D. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 3668-3672.
34. Narlikar, G. J. & Herschlag, D. (1998) Biochemistry 37, 9902-9911.
35. Shan, S., Kravchuk, A. V., Piccirilli. J. A. & Herschlag, D. (2001) Biochemistry 40, 5161-5171.
36. Karbstein, K., Carroll, K. S. & Herschlag, D. (2002) Biochemistry 41, 11171-11183.
37. Russell, R. & Herschlag, D. (1999) J. Mol. Biol. 291, 1155-1167.
38. Russell, R. & Herschlag, D. (2001) J. Mol. Biol. 308, 839-851.
39. Zaug, A. J., Grosshans, C. A. & Cech. T. R. (1988) Biochemistry 27, 8924-8931.
40. Herschlag, D. & Cech, T. R. (1990) Biochemistry 29, 10159-10171.
41. Knitt, D. S. & Herschlag, D. (1996) Biochemistry 35, 1560-1570.
42. Russell, R. & Herschlag, D. (1999) RNA 5, 158-166.
43. Herschlag, D. & Khosla, M. (1994) Biochemistry 33, 5291-5297.
44. Moran, S., Kierzek, R. & Turner, D. H. (1993) Biochemistry 32, 5247-5256.
45. Michel, F. & Westhof, E. (1990) J. Mol. Biol. 216, 585-610.
46. Shan, S., Narlikar, G. J. & Herschlag, D. (1999) Biochemistry 38, 10976-10988.
47. Fersht, A. (1984) Enzyme Structure and Mechanism (Freeman, New York).
48. Szewczak, A. A., Ortoleva-Donnelly, L., Ryder, S. P., Moncoeur, E. & Strobel, S. A. (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 1037-1042.
49. Szewczak, A. A., Kosek, A. B., Piccirilli, J. A. & Strobel, S. A. (2002) Biochemistry 41, 2516-2525.
50. Zhuang, X. W., Bartley, L. E., Babcock, H. P., Russell, R., Ha. T. J., Herschlag, D. & Chu. S. (2000) Science 288, 2048-2051.
51. Bevilacqua, P. C., Sugimoto, N. & Turner, D. H. (1996) Biochemistry 35, 648-658.
52. Porschke, D. & Eigen, M. (1971) J. Mol. Biol. 62, 361-381.
53. Serra, M. J. & Turner, D. H. (1995) Methods Enzymol. 259, 242-261.
54. Bartley, L. E., Zhuang, X. W., Das, R., Chu, S. & Herschlag, D. (2003) J. Mol. Biol., in press.
55. Shan, S. & Herschlag, D. (2000) RNA 6, 795-813.
56. Liao, X. M., Anjaneyulu, P. S. R., Curley, J. F., Hsu, M., Boehringer, M., Caruthers, M. H., & Piccirilli, J. A. (2001) Biochemistry 40, 10911-10926.
57. Narlikar, G. J. & Herschlag, D. (1997) Annu. Rev. Biochem. 66. 19-59.
58. Burkard, M. E., Turner, D. H. & Tinoco, I. (1999) in The RNA World, eds. Gesteland, R. F., Cech, T. R. & Atkins, J. F. (Cold Spring Harbor Lab. Press, Plainview, NY), 2nd Ed., pp. 233-264.
59. Baldwin, R. L. & Rose, G. D. (1999) Trends Biochem. Sci. 24, 26-33.
60. Gerstein, M., Lesk, A. M. & Chothia, C. (1994) Biochemistry 33, 6739-6749.
61. Herschlag, D. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 6921-6925.
62. Suh, E. R. & Waring, R. B. (1990) Mol Cell. Biol. 10, 2960-2965.
63. Peluso, P., Herschlag, D., Nock, S., Freymann, D. M., Johnson, A. E. & Walter, P. (2000) Science 288, 1640-1643.
64. Wu, L. C., Tuot, D. S., Lyons, D. S., Garcia, K. C. & Davis, M. M. (2002) Nature 418, 552-556.
65. Rose, M. A. & Weeks, K. M. (2001) Nat. Struct. Biol. 8, 515-520.
66. Webb, A. E., Rose, M. A., Westhof, E. & Weeks, K. M. (2001) J. Mol. Biol. 309, 1087-1100.
67. Weeks, K. M. & Cech, T. R. (1996) Science 271, 345-348.
68. Solem, A., Chatterjee, P. & Caprara, M. G. (2002) RNA 8, 412-425.
69. Shan, S. & Herschlag, D. (2002) RNA 8, 861-872.