The charge conduction properties of DNA holliday junctions depend critically on the identity of the tethered photooxidant

Journal of the American Chemical Society

Volumn 124, Issue 42, 2002, Pages 12477-12485

  Fahlman, Richard P ^a   Sharma, Rajendra D ^a   Sen, Dipankar ^a  

^a SIMON FRASER UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE CONDUCTION;

DIMERS; DNA; ELECTROPHORESIS; SOLUTIONS;

PHOTOOXIDATION;

ANTHRAQUINONE; CYCLOBUTANE; DNA; RHODIUM COMPLEX; THYMINE;

AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; DNA MODIFICATION; ELECTRIC CONDUCTIVITY; GEL ELECTROPHORESIS; HOLLIDAY JUNCTION; MEASUREMENT; PHOTOOXIDATION;

2,2'-DIPYRIDYL; BASE SEQUENCE; DNA; ELECTRIC CONDUCTIVITY; ORGANOMETALLIC COMPOUNDS; OXIDANTS; PHOTOCHEMISTRY; RHODIUM;

EID: 0037164001     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja020495n     Document Type: Article

References (59)

1. Eley, D. D.; Spivey, D. I. Trans. Faraday Soc. 1962, 58, 411-415.
2. Hoffman, T. A.; Ladik, J. Adv. Chem. Phys. 1964, 7, 84-158.
3. Arkin, M. R.; Stemp, E. D. A.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K.; Horrman, A.; Olsen, E. J. C.; Barbara, P. F. Science 1996, 273, 475-480.
4. Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenkins, Y.; Ghatlin, N. D.; Bossman, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025-1029.
5. Lewis, F. D.; Wu, T.; Zhang, Y.; Letsinger, R. L.; Greenfield, S. R.; Wasielewski, M. R. Science 1997, 277, 673-676.
6. Debije, M. G.; Milano, M. T.; Bernhard, W. A. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 2752-2756.
7. Giese, B. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 631-636.
8. Schuster, G. B. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 253-260.
9. Turro, N. J.; Barton, J. K. J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 201-209.
10. Lewis, F. D.; Letsinger, R. L.; Wasielewski, M. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 159-170.
11. Kelly, S. O.; Holmlin, R. E.; Stemp, E. D. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9861-9870.
12. Giese, B.; Wessely, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 3490-3491.
13. Boon, E. M.; Ceres, D. M.; Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Nature Biotech. 2000, 18, 1096-1100.
14. Hall, D. B.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5045-5046.
15. Gasper, S. M.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12 762-12 771.
16. Kan, Y.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10 857-10 864.
17. Fink, H. W.; Schonenberger, C. Nature 1999, 398, 407-410.
18. Porath, D.; Bezryadin, A.; de Vries, S.; Dekker, C. Nature 2000, 403, 635-638.
19. Grinstaff, M. W. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1999, 38, 3629-3635.
20. Nunez, M. E.; Barton, J. K. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 199-206.
21. Braun, E.; Eichen, Y.; Sivan, U.; Ben-Yoseph, G. Nature 1998, 391, 775-778.
22. Park, S.-J.; Lazarides, A. A.; Mirkin, C. A.; Brazis, P. W.; Kannewurf, C. R.; Letsinger, R. L. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 3845-3848.
23. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. J. T.; Roesler, W. J.; Falk, K. J. Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485.
24. Odom, D. T.; Barton, J. K. Biochemistry 2001, 40, 8727-8737.
25. Sartor, V.; Henderson, P. T.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11 027-11 033.
26. Abdou, I. M.; Sartor, V.; Cao, H.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6696-6697.
27. Nunez, M. E.; Noyes, K. T.; Gianolio, D. A.; McLaughlin, L. W.; Barton, J. K. Biochemistry 2000, 39, 6190-6199.
28. Kan, Y.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11 607-11 614.
29. Szalai, V.; Thorp, H. H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4524-4525.
30. Fahlman, R. P.; Sen, D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4610-4616.
31. Odom, D. T.; Dill, E. A.; Barton, J. K. Chem. Biol. 2000, 7, 475-481.
32. Odom, D. T.; Dill, E. A.; Barton, J. K. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2026-2033.
33. Clegg, R. M.; Murchie, A. I.; Lilley, D. M. Biophys. J. 1994, 66, 99-109.
34. Duckett, D. R.; Murchie, A. I. H.; Diekmann, S.; von Kitzing, E.; Kemper, B.; Lilley, D. M. J. Cell 1988, 55, 79-89.
35. Kimball, A.; Guo, Q.; Lu, M.; Cunningham, R. P.; Kallenbach, N. R.; Tullius, T. D. J. Biol. Chem. 1990, 265, 6544-6547.
36. Ortiz-Lombardia, M.; Gonzalez, A.; Eritja, R.; Aymami, J.; Azorin, F.; Coll, M. Nature Struct. Biol. 1999, 6, 913-917.
37. Overmars, F. J. J.; Altona, C. J. Mol. Biol. 1997, 273, 519-524.
38. Carlstrom, G.; Chazin, W. J. Biochemistry 1996, 35, 3534-3544.
39. Miick, S. M.; Fee, R. S.; Miller, D. P.; Chazin, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 9080-9084.
40. Wan, C.; Fiebig, T.; Kelly, S. O.; Treadway, C. R.; Tarton, J. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6014-6019.
41. Seeman, N. C. Synlett 2000, 11, 1536-1558.
42. Grainger, R. J.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 1998, 37, 23-32.
43. Telser, J.; Cruickshank, K. A.; Morrison, L. E.; Netzel, T. L.; Chan, K. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7226-7232.
44. Yonemoto, E. H.; Saupe, G. B.; Schmehl, R. H.; Hubig, S. M.; Riley, R. L.; Iverson, B. L.; Mallouk, T. E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4786-4795.
45. Nussbaumer, W.; Gruber, H.; Greber, G. F. Monatschefte fur Chemie 1988, 119, 1-15.
46. Pyle, A. M.; Chiang, M. Y.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 1990, 20, 4487-4495.
47. Nunez, M. E.; Hall, D. B.; Barton, J. K. Chem. Biol. 1999, 6, 85-97.
48. Altona, C. J. Mol. Biol. 1996, 263, 568-581.
49. Hall, D. B.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Nature 1996, 382, 731-735.
50. Saito, I.; Takayama, M.; Sugiyama, H.; Nakatani, K.; Tsuchida, A.; Yamamoto, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6406-6407.
51. Saito, I.; Nakamura, T.; Nakatani, K.; Yoshioka, Y.; Yamaguchi, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12 686-12 687.
52. Dandliker, P. J.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Science 1997, 275, 1465-1468.
53. Vivic, D. A.; Odom, D. T.; Nunez, M. E.; Gianolio, D. A.; McLaughlin, L. W.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8603-8611.
54. Holmlin, R. E.; Dandliker, P. J.; Barton, J. K. Bioconjugate Chem. 1999, 10, 1122-1130.
55. Henderson, P. T.; Jones, D.; Hampikian, G.; Kan, Y.; Schuster, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 8353-8358.
56. Lilley, D. M. J. Quar. Rev. Biophys. 2000, 33, 109-159.
57. Williams, T. T.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1840-1841.
58. Pyle, A. M.; Long, E. C.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4520-4522.
59. Li, X.; Yang, X.; Qi, J.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118,6131-6140.