Interpretation of amide I difference bands observed during protein reactions using site-directed isotopically labeled bateriorhodopsin as a model system

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 106, Issue 14, 2002, Pages 3553-3559

  Hauser, Karin ^a   Engelhard, Martin ^b   Friedman, Noga ^c   Sheves, Mordechai ^c   Siebert, Friedrich ^a  

^a UNIVERSITY OF FREIBURG   (Germany)

^b MAX PLANCK INSTITUTE OF MOLECULAR PHYSIOLOGY   (Germany)

^c WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; BACTERIORHODOPSIN; CYSTEINE; MOLECULAR LEVEL; PEPTIDE;

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; HYDROGEN BONDS; INFRARED SPECTROSCOPY; ISOTOPES;

PROTEINS;

EID: 0037061953     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp012926e     Document Type: Article

References (54)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181-229.
2. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9742-9747.
3. Chen X. G.; Schweitzer-Stenner, R.; Krimm, S.; Mirkin, N. G.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11141-11142.
4. Decatur, S. M.; Antonic, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11914-11915.
5. Tadesse, L.; Nazarbaghi, R.; Walters, L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7036-7037.
6. Silva, R.A.G.D.; Kubelka, J.; Bour, P.; Decatur, S.M; Keiderling, T.A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8318-8323.
7. Brauner, J.W.; Dugan, C.; Mendelsohn, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 677-683.
8. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379-3387.
9. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 86-91.
10. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 92-98.
11. Hamm, P.; Lim, M. H.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123-6138.
12. Wouterson, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316-11320.
13. Siebert, F. Methods Enzymol. 1995, 246, 501-526.
14. Lanyi J. K. J. Biol. Chem. 1997, 272, 31209-31212.
15. Oesterhelt, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 489-500.
16. Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H.-T.; Cartailler, J.-P.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 1999, 291, 899-911.
17. Pebay-Peyroula, E.; Rummel, G.; Rosenbusch, J. P.; Landau, E.M. Science 1997, 277, 1676-1681.
18. Mitsuoka, K.; Hirai, T.; Murata, A.; Miyazawa, A.; Kidera, A.; Kimura, Y.; Fujiyoshi, Y. J. Mol. Biol. 1999, 286, 861-882.
19. Sass, H. J.; Büldt, G.; Gesenich, R.; Hehn, D.; Neff, D., Schlesinger, R.; Berendzen, J.; Ormos, P. Nature 2000, 406, 649-653.
20. Essen, L. O.; Siegert, R.; Lehmann, W. D.; Oesterhelt, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11673-11678.
21. Ludlam, C. F. C.; Sonar, S.; Lee C. P.; Coleman, M.; Herzfeld, J.; RajBhandary, U. L.; Rothschild, K. J. Biochemistry 1995, 34, 2-6.
22. Sonar, S.; Liu, X.; Lee, C. P.; Coleman, M.; He, Y. W.; Pelletier, S.; Herzfeld, J.; RajBhandary, U.L.; Rothschild, K. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11614-11615.
23. Takei, H.; Gat Y.; Rothman, Z.; Lewis, A.; Sheves, M. J. Biol. Chem. 1994, 269, 7387-7389.
24. Steinhoff, H.-J.; Pfeiffer, M.; Rink, T.: Burlon, O.; Kurz, M.; Riesle, J.; Heuberger, E.; Gerwert, K.; Osterhelt, D. Biophys. J. 1999, 76, 2702-2710.
25. Engelhard, M.; Finkler, S.; Metz, G.; Siebert, F. Eur. J. Biochem. 1996, 235, 526-533.
26. Blatz, P. E.; Lin, M.; Balasubramaniyan, P.; Balasubramaniyan, V.; Dewhurst, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1969, 91, 5930-5931.
27. Waddel, W. H.; Umerus, M.; West, J. L. Tetrahedron Lett. 1978, 35, 3223-3226.
28. Tokunaga, F.; Ebrey, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1978, 17, 1915-1922.
29. Gerwert, K.; Siebert, F. EMBO J. 1986, 5, 805-811.
30. Clark, N. A.: Rothschild, K. J.; Luippold, D. A.; Simon, B. A. Biophys. J. 1980, 31, 65-96.
31. Fahmy, K.; Siebert, F.; Tavan, P. Biophys. J. 1991, 60, 989-1001.
32. Weidlich, O.; Friedman, N.; Sheves, M.; Siebert, F. Biochemistry 1995, 34, 13502-13510.
33. Delaney J. K.; Schweiger, U.; Subramaniam, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11120-11124.
34. Subramanianam, S.; Greenhalgh, D. A.; Rath, P.; Rothschild, K. J.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 6873-6877.
35. Halverson, K. J.; Sucholeiki, I.; Ashburn, T. T.; Lansbury, P. T., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6701-6703.
36. Malinowski, E. R. Factor Analysis in Chemistry, 2nd ed.; John Wiley & Sons: New York, 1991.
37. Delaney, J. K.; Schweiger, U.; Subramaniam, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11120-11124.
38. Sulkes, M.; Lewis, A.; Marcus, M. A. Biochemistry 1978, 17, 4712-4721.
39. Heyde, M. E.; Gill, D.; Kilponen, R. G.; Rimai, L. J. Am. Chem. Soc. 1971, 93, 6776-6780.
40. Callender, R.; Honig, B. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 33-55.
41. Pfefferle, J. M.; Maeda, A.; Sasaki, J.; Yoshizawa, T. Biochem. 1991, 30, 6548-6556.
42. Wang, J.; El-Sayed, M. A. Biophys. J. 1999, 76, 2777-2783.
43. Krimm, S.; Dwivedi, A. M. Science 1982, 216, 407-408.
44. Gibson, N. J.; Cassim, J.Y. Biochemistry 1989, 28, 2134-2139.
45. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81-86.
46. Torii, H.; Tasumi, M. In Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Mantsch, H. H., Chapman, D., Eds.; Wiley-Liss, Inc.: New York, 1996; Chapter 1, pp 1-18.
47. Rödig, C.; Siebert, F. Fourier Transform Spectroscopy: 11th International Conference; de Haseth, J. A., Ed.; American Institute of Physics: Woodbury, New York, 1998; Chapter 430, pp 388-391.
48. Sass, H. J.; Schachowa, I. W.; Rapp, G.; Koch, M. H. J.; Oesterhelt, D.; Dencher, N. A.; Büldt, G. EMBO J. 1997, 16, 1484-1491.
49. Kamikubo, H.; Kataoka, M.; Váró, G.; Oka, T.; Tokunaga, F.; Needleman, R.; Lanyi, J.K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 1386-1390.
50. Radzwill, N.; Gerwert, K.; Steinhoff, H.-J. Biophys. J. 2001, 80, 2856-2866.
51. Rink, T.; Pfeiffer, M.; Oesterhelt, D.; Gerwert, K.; Steinhoff, H.-J. Biophys. J. 2000, 78, 1519-1530.
52. Xiao, W.; Brown, L.S.; Needleman, R.; Lanyi, J.K.; Shin, Y.-K. J. Mol. Biol. 2000, 304, 715-721.
53. Brown, L. S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1460, 49-59.
54. Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H.-T.; Cartailler, J.-P.; Lanyi, J. K. Science 1999, 286, 255-260.