Structure and orientation of ligands bound to membrane proteins are reflected by residual dipolar couplings in solution NMR measurements

ChemBioChem

Volumn 3, Issue 10, 2002, Pages 975-980

  Koenig, Bernd W ^a  

^a FORSCHUNGSZENTRUM JÜLICH   (Germany)

Author keywords

G protein coupled receptors; Ligands; Membrane proteins; NMR spectroscopy; Residual dipolar couplings

Indexed keywords

GUANINE NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN;

ALPHA HELIX; AMINO TERMINAL SEQUENCE; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CONFORMATIONAL TRANSITION; DIPOLE; HYDROPHOBICITY; LIGAND BINDING; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; SHORT SURVEY; STRUCTURE ANALYSIS;

BINDING SITES; GTP-BINDING PROTEINS; KINETICS; LIGANDS; MEMBRANE PROTEINS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; RHODOPSIN; SPECTRUM ANALYSIS; TRANSDUCIN;

EID: 0037020279     PISSN: 14394227     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1439-7633(20021004)3:10<975::AID-CBIC975>3.0.CO;2-Y     Document Type: Short Survey

References (53)

1. G. M. Clore, A. M. Gronenborn, Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 564-570.
2. K. Pervushin, R. Riek, G. Wider, K. Wüthrich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 12366-12371.
3. K. H. Gardner, L. E. Kay, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1998, 27, 357-406.
4. A. Watts, Curr. Opin. Biotechnol. 1999, 10, 48-53.
5. P. T. Williamson, J. A. Watts, G. H. Addona, K. W. Miller, A. Watts, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 2346-2351.
6. S. J. Opella, C. Ma, F. M. Marassi, Methods Enzymol. 2001, 339, 285-313.
7. P. Balaram, A. A. Bothner-By, E. Breslow, Biochemistry 1973, 12, 4695-4704.
8. J. P. Albrand, B. Birdsall, J. Feeney, G. C. K. Roberts, A. S. V. Burgen, Int. J. Biol. Macromol. 1979, 1, 37-41.
9. G. M. Clore, A. M. Gronenborn, J. Magn. Reson. 1983, 53, 423-442.
10. F. Ni, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1994, 26, 517-606.
11. M. J. J. Blommers, W. Stark, C. E. Jones, D. Head, C. E. Owen, W. Jahnke, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1949-1953.
12. T. Carlomagno, I. C. Felli, M. Czech, R. Fischer, M. Sprinzl, C. Griesinger, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1945-1948.
13. B. Reif, M. Hennig, C. Griesinger, Science 1997, 276, 1230-1233.
14. H. Shimizu, A. Donohue-Rolfe, S. W. Homans, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5815-5816.
15. G. S. Thompson, H. Shimizu, S.W. Homans, A. Donohue-Rolfe, Biochemistry 2000, 39, 13 153-13 156.
16. P. J. Bolon, H. M. al Hashimi, J. H. Prestegard, J. Mol. Biol. 1999, 293, 107-115.
17. J. A. Losonczi, M. Andrec, M. W. Fischer, J. H. Prestegard, J. Magn. Reson. 1999, 138, 334-342.
18. G. M. Clore, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 9021-9025.
19. M. W. Fischer, J. A. Losonczi, J. L. Weaver, J. H. Prestegard, Biochemistry 1999, 38, 9013-9022.
20. H. M. al Hashimi, P. J. Bolon, J. H. Prestegard, J. Magn. Reson. 2000, 142, 153-158.
21. B. W. Koenig, D. C. Mitchell, S. König, S. Grzesiek, B. J. Litman, A. Bax, J. Biomol. NMR 2000, 16, 121-125.
22. B. W. Koenig, G. Kontaxis, D. C. Mitchell, J. M. Louis, B. J. Litman, A. Bax, J. Mol. Biol. 2002, 322, 441-461.
23. N. Tjandra, A. Bax, Science 1997, 278, 1111-1114.
24. D. L. Worcester, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1978, 75, 5475-5477.
25. B. W. Koenig, J.-S. Hu, S. Bose, R. W. Hendler, A. Bax, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1385-1386.
26. J. Sass, F. Cordier, A. Hoffmann, M. Rogowski, A. Cousin, J. G. Omichinski, H. Löwen, S. Grzesiek, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2047-2055.
27. C. R. Sanders, J. P. Schwonek, Biochemistry 1992, 31, 8898-8905.
28. J. Anglister, B. Zilber, Biochemistry 1990, 29, 921-928.
29. P. J. Quinn, D. Chapman in Structural Biology (Ed.: E. E. Bitlar), JAI Press, 1991, pp. 1-75.
30. G. Lipari, A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559.
31. A. Bax, G. Kontaxis, N. Tjandra, Methods Enzymol. 2001, 339, 127-174.
32. J. C. Hus, D. Marion, M. Blackledge, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1541-1542.
33. S. R. Arepalli, C. P. J. Glaudemans, G. D. Daves, P. Kovac, A. Bax, J. Magn. Reson. Ser. B 1995, 106, 195-198.
34. F. Ni, Y. Zhu, J. Magn. Reson. Ser. B 1994, 103, 180-184.
35. N. Tjandra, J. G. Omichinski, A. M. Gronenborn, G. M. Clore, A. Bax, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 732-738.
36. J. R. Tolman, J. M. Flanagan, M. A. Kennedy, J. H. Prestegard, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 9279-9283.
37. C. A. Bewley, G. M. Clore, J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6009-6016.
38. N. K. Goto, N. R. Skrynnikov, F. W. Dahlquist, L. E. Kay, J. Mol. Biol. 2001, 308, 745-764.
39. H. E. Hamm, J. Biol. Chem. 1998, 273, 669-672.
40. H. E. Hamm, D. Deretic, A. Arendt, P. A. Hargrave, B. Koenig, K. P. Hofmann, Science 1988, 241, 832-835.
41. L. Aris, A. Gilchrist, S. Rens-Domiano, C. Meyer, P. J. Schatz, E. A. Dratz, H. E. Hamm, J. Biol. Chem. 2000, 276, 2333-2339.
42. O. G. Kisselev, J. Kao, J. W. Ponder, Y. C. Fann, N. Gautam, G. R. Marshall, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 4270-4275.
43. E. A. Dratz, J. E. Furstenau, C. G. Lambert, D. L. Thireault, H. Rarick, T. Schepers, S. Pakhlevaniants, H. E. Hamm, Nature 1993, 363, 276-281.
44. D. G. Lambright, J. Sondek, A. Bohm, N. P. Skiba, H. E. Hamm, P. B. Sigler, Nature 1996, 379, 311-319.
45. K. Palczewski, T. Kumasaka, T. Hori, C. A. Behnke, H. Motoshima, B. A. Fox, T. Le, I. D. C. Teller, T. Okada, R. E. Stenkamp, M. Yamamoto, M. Miyano, Science 2000, 289, 739-745.
46. O. G. Kisselev, M. V. Ermolaeva, N. Gautam, J. Biol. Chem. 1994, 269, 21 399-21 402.
47. B. Konig, A. Arendt, J. H. McDowell, M. Kahlert, P. A. Hargrave, K. P. Hofmann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 6878-6882.
48. R. R. Franke, B. Konig, T. P. Sakmar, H. G. Khorana, K. P. Hofmann, Science 1990, 250, 123-125.
49. J. Liu, B. R. Conklin, N. Blin, J. Yun, J. Wess, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 11 642-11 646.
50. E. Kostenis, B. R. Conklin, J. Wess, Biochemistry 1997, 36, 1487-1495.
51. K. Cai, Y. Itoh, H. G. Khorana, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 4877-4882.
52. M. Goldman, J. Magn. Reson. 1984, 60, 437-452.
53. R. Koradi, M. Billeter, K. Wüthrich, J. Mol. Graphics 1996, 14, 51-32.