The value of complete microbial genome sequencing (you get what you pay for)

Journal of Bacteriology

Volumn 184, Issue 23, 2002, Pages 6403-6405

  Fraser, Claire M ^a   Eisen, Jonathan A ^a   Nelson, Karen E ^a   Paulsen, Ian T ^a   Salzberg, Steven L ^a  

^a J CRAIG VENTER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COST CONTROL; DNA SEQUENCE; GENE SEQUENCE; MICROBIAL GENETICS; PRIORITY JOURNAL; SEQUENCE ANALYSIS; SHORT SURVEY;

GENOME, ARCHAEAL; GENOME, BACTERIAL; HUMANS; MICROBIOLOGICAL TECHNIQUES; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 0036889014     PISSN: 00219193     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1128/JB.184.23.6403-6405.2002     Document Type: Short Survey

References (12)

1. Casjens, S., W. Huang, N. Palmer, R. van Vugt, B. Stevenson, P. Rosa, R. Lathigra, G. Sutton, J. Peterson, R. Dodson, E. Hickey, M. Gwinn, O. White, and C. Fraser. 2000. A genome in flux: The twelve linear and nine circular extrachromosomal DNAs of an infectious isolate of the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. Mol. Microbiol. 35:490-516.
2. Eisen, J. A., J. F. Heidelberg, O. White, and S. L. Salzberg. 2000. Evidence for symmetric chromosomal inversions around the replication origin in bacteria. Genome Biol. 1:RESEARCH0011.1-RESEARCH0011.9. [Online.]
3. Fleischmann, R. D. 2001. Single nucleotide polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis structural genes. Emerg. Infect. Dis. 7:487-488.
4. Fleischmann, R. D., M. D. Adams, O. White, R. A. Clayton, E. F. Kirkness, A. R. Kerlavage, C. J. Bult, J.-F. Tomb, B. A. Dougherty, J. M. Merrick, K. McKenney, G. Sutton, W. FitzHugh, C. Fields, J. D. Gocayne, J. Scott, R. Shirley, L.-I. Liu, A. Glodek, J. M. Kelley, J. F. Weidman, C. A. Phillips, T. Spriggs, E. Hedblom, M. D. Cotton, T. R. Utterback, M. C. Hanna, D. T. Nguyen, D. M. Saudek, R. C. Brandon, L. D. Fine, J. L. Fritchman, J. L. Fuhrmann, N. S. M. Geoghagen, C. L. Gnehm, L. A. McDonald, K. V. Small, C. M. Fraser, H. O. Smith, and J. C. Venter. 1995. Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science 269:496-512.
5. Fraser, C. M., S. Casjens, W. M. Huang,. G. G. Sutton, R. Clayton, R. Lathigra, O. White, K. A. Ketchum, R. Dodson, E. K. Hickey, M. Gwinn, B. Dougherty, J. F. Tomb, R. D. Fleischmann, D. Richardson, J. Peterson, A. R. Kerlavage, J. Quackenbush, S. Salzberg, M. Hanson, R. van Vugt, N. Palmer, M. D. Adams, J. Gocayne, J. Weidman, T. Utterback, L. Watthey, L. McDonald, P. Artiach, C. Bowman, S. Garland, C. Fujii, M. D. Cotton, K. Horst, K. Roberts, B. Hatch, H. O. Smith, and J. C. Venter. 1997. Genomic sequence of a Lyme disease spirochete, Borrelia burgdorferi. Nature 390:580-586.
6. Heidelberg, J. F., J. A. Eisen, W. C. Nelson, R. A. Clayton, M. L. Gwinn, R. J. Dodson, D. H. Haft, E. K. Hickey, J. D. Peterson, L. Umayam, S. R. Gill, K. E. Nelson, T. D. Read, H. Tettelin, D. Richardson, M. D. Ermolaeva, J. Vamathevan, S. Bass, H. Qin, I. Dragoi, P. Sellars, H. O. Smith, R. R. Colwell, J. J. Mekalanos, J. C. Venter, and C. M. Fraser. 2000. DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae. Nature 406:477-483.
7. Nelson, K. E., R. A. Clayton, S. R. Gill, M. L. Gwinn, R. J. Dodson, D. H. Haft, E. K. Hickey, J. D. Peterson, W. C. Nelson, K. A. Ketchum, L. McDonald, T. R. Utterback, J. A. Malek, K. D. Linher, M. M. Garrett, A. M. Stewart, M. D. Cotton, M. S. Pratt, C. A. Phillips, D. Richardson, J. Heidelberg, G. G. Sutton, R. D. Fleischmann, J. A. Eisen, O. White, S. L. Salzberg, H. O. Smith, J. C. Venter, and C. M. Fraser. 1999. Evidence for lateral gene transfer between Archaea and Bacteria from genome sequence of Thermotoga maritima. Nature 399:323-329.
8. Read, T. D., S. L. Salzberg, M. Pop, M. Shumway, L. Umayam, L. Jiang, E. Holtzapple, J. D. Busch, K. L. Smith, J. M. Schupp, D. Solomon, P. Keim, and C. M. Fraser. 2002. Comparative genome sequencing for discovery of novel polymorphisms in Bacillus anthracis. Science 296:2028-2033.
9. Sanger, F., A. R. Coulson, G. F. Hong, D. F. Hill, and G. B. Peterson. 1982. Nucleotide sequence of bacteriophage lambda DNA. J. Mol. Biol. 162:729-773.
10. Selkov, E., R. Overbeek, Y. Kogan, L. Chu, V. Vonstein, D. Holmes, S. Silver, R. Haselkorn, and M. Fonstein. 2000. Functional analysis of gapped microbial genomes: Amino acid metabolism of Thiobacillus ferrooxidans. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:3509-3514.
11. Tettelin, H., K. E. Nelson, I. T. Paulsen, J. A. Eisen, T. D. Read, S. Peterson, J. Heidelbert, R. T. DeBoy, D. H. Haft, R. J. Dodson, A. S. Durkin, M. Gwinn, J. F. Kolonay, W. C. Nelson, J. D. Peterson, L. A. Umayam, O. White, S. L. Salzberg, M. R. Lewis, D. Radune, E. Holtzapple, H. Khouri, A. M. Wolf, T. R. Utterback, C. L. Hansen, L. A. McDonald, R. V. Feldblyum, S. Angiuoli, T. Dickinson, E. K. Hickey, I. E. Holt, B. J. Loftus, F. Yang, H. O. Smith, J. C. Venter, B. A. Dougherty, D. A. Morrison, S. K. Hollingshead, and C. M. Fraser. 2001. Complete genome sequence of a virulent isolate of Streptococcus pneumoniae. Science 293:498-506.
12. White, O., J. A. Eisen, J. F. Heidelberg, E. K. Hickey, J. D. Peterson, R. J. Dodson, D. H. Haft M. L. Gwinn, W. C. Nelson, D. L. Richardson, K. S. Moffat, H. Qin, L. Jiang, W. Pamphile, M. Crosby, M. Shen J. J. Vamathevan, P. Lam, L. McDonald, T. Utterback, C. Zalewski, K. S. Makarova, L. Aravind, M. J. Daly, K. W. Minton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, K. E. Nelson, S. Salzberg, H. O. Smith, J. C. Venter, and C. M. Fraser. 1999. Genome sequence of the radioresistant bacterium Deinococcus radiodurans R1. Science 286:1571-1577.