Specific interactions between sense and complementary peptides: The basis for the proteomic code

ChemBioChem

Volumn 3, Issue 2-3, 2002, Pages 136-151

  Heal, Jonathan R ^b   Roberts, Gareth W ^b   Raynes, John G ^c   Bhakoo, Ashish ^a   Miller, Andrew D ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b BABRAHAM INSTITUTE   (United Kingdom)

^c LONDON SCHOOL OF HYGIENE AND TROPICAL MEDICINE   (United Kingdom)

Author keywords

Amino acids; Antisense agents; Complementary peptides; Molecular recognition; Proteomics

Indexed keywords

ANGIOTENSIN; ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE; ARGIPRESSIN; CALMODULIN DERIVATIVE; COMPLEMENTARY DNA; CORTICOTROPIN; EPIDERMAL GROWTH FACTOR; EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR; ERYTHROPOIETIN; FIBRINOGEN; FIBRINOPEPTIDE A; FOLLITROPIN; GASTRIN; GONADORELIN; GROWTH FACTOR; GROWTH HORMONE RELEASING FACTOR; INTERLEUKIN 2; INTERLEUKIN 2 RECEPTOR; INTERMEDIN; NEUROKININ A; NITRIC OXIDE SYNTHASE; PROTEOME; SUBSTANCE P; TACHYKININ RECEPTOR; TRANSFERRIN; TRANSFERRIN RECEPTOR; UNINDEXED DRUG; VITRONECTIN; VON WILLEBRAND FACTOR;

AMINO ACID SEQUENCE; AUTOIMMUNITY; BASE PAIRING; BETA SHEET; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CIRCULAR DICHROISM; CODON; CRYSTAL STRUCTURE; DATA BASE; DNA LIBRARY; DNA SEQUENCE; DNA STRAND; ENTROPY; ENZYME LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY; GENETIC CODE; GENOME; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; LIGAND BINDING; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR MODEL; MOLECULAR RECOGNITION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; PROTEOMICS; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; RECEPTOR BINDING; REVIEW; RNA SEQUENCE; SITE DIRECTED MUTAGENESIS; STEREOSPECIFICITY; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; STRUCTURE ANALYSIS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

AMINO ACIDS; CODON; DNA, ANTISENSE; PEPTIDES; PROTEOME; RNA, MESSENGER;

EID: 0036523474     PISSN: 14394227     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1439-7633(20020301)3:2/3<136::AID-CBIC136>3.0.CO;2-7     Document Type: Review

References (150)

1. a) H. B. LéJohn, L. E. Cameron, B. Yang, S. L. Rennie, J. Biol. Chem. 1994, 269, 4523-4531;
2. b) B. Huelseweh, B. Kohl, H. Hentschel, R. K. H. Kinne, A. Werner, Biochem. J. 1998, 332, 483-489;
3. c) N. D. Walker, N. R. McEwan, R. J. Wallace, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 263, 58-62;
4. d) B. J. Van den Eynde, B. Gaugler, M. Probst-Kepper, L. Michaux, O. Devuyst, F. Lorge, P. Weynants, T. Boon, J. Exp. Med. 1999, 190, 1793-1799.
5. a) R. S. Root-Bernstein, D. D. Holsworth, J. Theor. Biol. 1998, 190, 107-119;
6. b) J. E. Blalock, Cell. Mol. Life Sci. 1999, 55, 513-518.
7. L. B. Mekler, Biofizika 1969, 14, 581-584.
8. L. B. Mekler, R. G. Idlis, VINITI Deposited Doc. 1476-1481, 1981.
9. J. E. Blalock, E. M. Smith, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984, 121, 203-207.
10. P. Y. Chou, G. D. Fasman, Biochemistry 1974, 13, 211-222.
11. R. R. Brentani, J. Theor. Biol. 1988, 135, 495-499.
12. I. Chaiken, J. Chromatogr. 1992, 597, 29-36.
13. R. S. Root-Bernstein, J. Theor. Biol. 1982, 94, 885-894.
14. S. K. Burley, G. A. Petsko, Adv. Protein Chem. 1988, 39, 125-189.
15. U. Samanta, D. Pal, P. Chakrabarti, Proteins 2000, 38, 288-300.
16. Y. Shai, M. Flashner, I. M. Chaiken, Biochemistry 1987, 26, 669-675.
17. Y. Shai, T. K. Brunck, I. M. Chaiken, Biochemistry 1989, 28, 8804-8811.
18. G. Fassina, M. Zamai, M. Brigham-Burke, I. M. Chaiken, Biochemistry 1989, 28, 8811-8818.
19. G. Fassina, P. P. Roller, A. D. Olson, S. S. Thorgeirsson, J. G. Omichinski, J. Biol. Chem. 1989, 264, 11 252-11 257.
20. M. C. Menziani, M. Cocchi, P. G. De Benedetti, J. Mol. Struct. 1993, 286, 95-108.
21. G. Fassina, S. S. Thorgeirson, J. G. Omichinski in Methods in Protein Sequence Analysis (Ed.: B. Wittman Liebold), Springer, Berlin, 1989, pp. 431-438.
22. V. Hanin, O. Déry, D. Boquet, M.-A. Sagot, C. Créminon, J.-Y. Couraud, J. Grassi, Mol. Immunol. 1997, 34, 829-838.
23. G. Markus, G. L. Tritsch, R. Parthasarathy, Arch. Biochem. Biophys. 1989, 272, 433-439.
24. E. G. Hutchinson, R. B. Sessions, J. M. Thornton, D. N. Woolfson, Protein Sci. 1998, 7, 2287-2300.
25. J. E. Zull, S. K. Smith, Trends Biochem. Sci. 1990, 15, 257-261.
26. J. Kyte, R. F. Doolittle, J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132.
27. a) J. E. Blalock, Trends Biotechnol. 1990, 8, 140-144;
28. b) J. E. Blalock, Nat. Med. (N.Y.) 1995, 1, 876-878.
29. J. R. Heal, S. Bino, K. P. Ray, G. Christie, A. D. Miller, J. G. Raynes, Mol. Immunol. 1999, 36, 1141-1148.
30. A. Sisto in Peptides 1992 (Eds.: C. H. Schneider, A. N. Eberle), ESCOM Science Publishers, Amsterdam, 1993, pp. 747-748.
31. J. W. Davids, A. El-Bakri, J. Heal, G. Christie, G. W. Roberts, J. G. Raynes, A. D. Miller, Angew. Chem. 1997, 109, 999-1004; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1997, 36, 962-967.
32. J. W. Davids, A. El-Bakri, J. Heal, G. Christie, G. W. Roberts, J. G. Raynes, A. D. Miller, Angew. Chem. 1997, 109, 999-1004; Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1997, 36, 962-967.
33. K. L. Bost, E. M. Smith, J. E. Blalock, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 1372-1375.
34. R. S. Root-Bernstein, J. Theor. Biol. 1983, 100, 99-106.
35. S. Aota, T. Gojobori, F. Ishibashi, T. Maruyama, T. Ikemura, Nucleic Acids Res. 1988, 16, No.SS, r315-402.
36. K. L. Bost, J. E. Blalock, J. Mol. Recognit. 1989, 1, 179-183.
37. K. L. Bost, J. E. Blalock, Methods Enzymol. 1989, 168, 16-28.
38. D. S. Jones, J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1 1972, 1407-1415.
39. D. J. J. Carr, K. L. Bost, J. E. Blalock, J. Neuroimmunol. 1986, 12, 329-337.
40. J. E. Blalock, K. L. Bost, Biochem. J. 1986, 234, 679-683.
41. R. L. Softer, S. Bandyopadhyay, E. Rosenberg, P. Hoeprich, A. Teitelbaum, T. Brunck, C. B. Colby, C. Gloff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 9219-9222.
42. D. D. Holsworth, J. S. Kiely, R. S. Root-Bernstein, R. W. Overhiser, Pept. Res. 1994, 7, 185-193.
43. H. M. Johnson, B. A. Torres, J. Immunol. 1988, 141, 2420-2423.
44. H. M. Johnson, B. A. Torres, Immunomethods 1994, 5, 167-171.
45. T. K. Gartner, R. Loudon, D. B. Taylor, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 180, 1446-1452.
46. T. K. Gartner, D. B. Taylor, Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1991, 198, 649-655.
47. D. A. Weigent, B. L. Clarke, J. E. Blalock, Immunomethods 1994, 5, 91-97.
48. R. S. Root-Bernstein, F. C. Westall, Brain Res. Bull. 1986, 17, 519-528.
49. F. A. Al-Obeidi, V. J. Hruby, S. D. Sharma, M. E. Hadley, A. M. Castrucci in Peptides, Chemistry, Structure and Biology (Eds.: J. E. River, G. R. Marshall), 1990, pp. 530-532.
50. D. W. Pascual, J. E. Blalock, K. L. Bost, J. Immunol. 1989, 143, 3697-3702.
51. J. L. Bret-Dibat, D. Zouaoui, O. Déry, F. Zerari, J. Grassi, S. Maillet, M. Conrath, J. Y. Couraud, J. Neurochem. 1994, 63, 333-343.
52. D. Borovsky, C. A. Powell, J. K. Nayar, J. E. Blalock, T. K. Hayes, FASEB J. 1994, 8, 350-355.
53. L. Sautebin, L. Rombolà, M. Di Rosa, G. Caliendo, E. Perissutti, P. Grieco, B. Severino, V. Santagada, Eur. J. Med. Chem. 2000, 35, 727-732.
54. A. N. Eberle, M. Huber, J. Recept. Res. 1991, 11, 13-43.
55. E. S. Najem, A. Corigliano-Murphy, J. A. Ferretti, FEBS Lett. 1989, 250, 405-410.
56. G. Guillemette, G. Boulay, S. Gagnon, R. Bosse, E. Escher, Biochem. J. 1989, 261, 309.
57. M. De Gasparo, S. Whitebread, K. Einsle, C. Heusser, Biochem. J. 1989, 261, 310-311.
58. H. L. Eaton, R. E. Austin, S. W. Fesik, S. F. Martin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 9767-9769.
59. U. B. Rasmussen, R.-D. Hesch, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987, 149, 930-938.
60. J. Beattie, D. J. Flint, Biochem. J. 1992, 283, 473-478.
61. G. Fassina, R. Consonni, L. Zetta, G. Cassani, Int. J. Pept. Protein Res. 1992, 39, 540-548.
62. R. S. Root-Bernstein, F. C. Westall, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1984, 81, 4339-4342.
63. J. A. Loo, D. D. Holsworth, R. S. Root-Bernstein, Biol. Mass Spectrom. 1994, 23, 6-12.
64. K. P. Madhusudanan, S. B. Katti, W. Haq, P. K. Misra, J. Mass. Spectrom. 2000, 35, 237-241.
65. J. Dillon, W. T. Woods, V. Guarcello, R. D. LeBoeuf, J. E. Blalock, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 9726-9729.
66. S. A. Martin-Moe, R. Lehr, M. D. Cauley, G. R. Moe, Pept. Res. 1995, 8, 70-76.
67. E. V. Curto, N. R. Krishna, Immunomethods 1994, 5, 98-106.
68. G. Fassina, G. Cassani, Biochem. J. 1992, 282, 773-779.
69. G. Fassina, A. Corti, G. Cassani, Int. J. Pept. Protein Res. 1992, 39, 549-556.
70. G. Fassina, G. Cassani, A. Corti, Arch. Biochem. Biophys. 1992, 296, 137-143.
71. G. Fassina, J. Chromatogr. 1992, 591, 99-106.
72. Y. S. Gho, C.-B. Chae, J. Biol. Chem. 1997, 272, 24294-24299.
73. K. L. Bost, E. M. Smith, J. E. Blalock, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1985, 128, 1373-1380.
74. J. Ghiso, E. Saball, J. Leoni, A. Rostagno, B. Frangione, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1990, 87, 1288-1291.
75. N. Ruiz-Opazo, K. Akimoto, V. L. M. Herrera, Nat. Med. (N.Y.) 1995, 1, 1074-1081.
76. J. W. Slootstra, E. W. Roubos, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 179, 266-271.
77. A. J. Sytkowski, K. A. Donahue, J. Biol. Chem. 1987, 262, 1161-1165.
78. a) J. F. Bazan, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1989, 164, 788-795;
79. b) A. D. D'Andrea, H. F. Lodish, G. G. Wong, Cell 1989, 57, 277-285.
80. J. Slootstra, E. Roubos, Trends Biotechnol. 1990, 8, 279-281.
81. A. Wijkhuisen, M.-A. Sagot, Y. Frobert, C. Créminon, J. Grassi, D. Boquet, J.-Y. Couraud, FEBS Lett. 1999, 447, 155-159.
82. S. M. Ribeiro, M. Poczatek, S. Schultz-Cherry, M. Villain, J. E. Murphy-Ullrich, J. Biol. Chem. 1999, 274, 13 586-13 593.
83. R. Brown, C. Meldrum, S. Cousins, Med. Hypotheses 1992, 38, 322-324.
84. R. J. Sheedy, F. M. Clarke in Results and Problems in Cell Differentiation, Vol. 32: Molecular Interactions of Actin (Ed.: C. dos Remedios), Springer, Heidelberg, 2001, pp. 155-164.
85. W. Campbell, H. Okada, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 175, 207-214.
86. C. C. Maier, R. D. LeBoeuf, S. R. Zhou, J. N. Whitaker, J. E. Blalock, FASEB J. 1991, 5, A1383.
87. S. J. De Souza, R. Brentani, J. Biol. Chem. 1992, 267, 13 763-13 767.
88. J. Biro, Med. Hypotheses 1981, 7, 981-993.
89. T. Kunisawa, J. Otsuka, Protein Sequences Data Anal. 1987, 1, 117-121.
90. J. E. Zull, R. C. Taylor, G. S. Michaels, N. B. Rushforth, Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3373-3380.
91. G. Fassina, M. Melli, Immunomethods 1994, 5, 114-120.
92. N. Stambuk, Period. Biol. 1999, 101, 355-361.
93. J. E. Blalock, K. L. Bost, Recent Prog. Horm. Res. 1988, 44, 199-222.
94. C. Vanhee-Brossollet, C. Vaquero, Gene 1998, 211, 1-9.
95. a) R. R. Brentani, J. Mol. Evol. 1990, 31, 239-243;
96. b) R. R. Brentani, Trends Biochem. Sci. 1990, 15, 463.
97. J. P. Adelman, C. T Bond, J. Douglass, E. Herbert, Science 1987, 235, 1514-1517.
98. A. Goldstein, D. L. Brutlag, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 42-45.
99. J. E. Blalock, Nat. Med. (N.Y.) 1995, 1, 1223.
100. L. Baranyi, W. Campbell, K. Ohshima, S. Fujimoto, M. Boros, H. Okada, Nat. Med. (N.Y.) 1995, 1, 894-901.
101. K. G. Draper, Biochem. Biophys. Res. Comm. 1989, 163, 466-470.
102. A. Kierzek, D. Plochocka, P. Zielenkiewicz, Nat. Med. (N.Y.) 1995, 1, 1222-1223.
103. L. R. Smith, K. L. Bost, J. E. Blalock, J. Immunol. 1987, 138, 7-9.
104. J. J. Mulchahey, J. D. Neill, L. D. Dion, K. L. Bost, J. E. Blalock, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83, 9714-9718.
105. T. S. Elton, L. D. Dion, K. L. Bost, S. Oparil, J. E. Blalock, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 2518-2522.
106. R. R. Brentani, S. F. Ribeiro, P. Potocnjak, R. Pasqualini, J. D. Lopes, C. R. Nakaie, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 364-367.
107. a) L. G. Abood, G. J. Michael, L. Xin, K. M. Knigge, J. Recept. Res. 1989, 9, 19-25;
108. b) B. H. Swords, J. E. Blalock, K. H. Berecek, Hypertension 1989, 14, 352;
109. c) B. H. Swords, D. J. J. Carr, J. E. Blalock, K. H. Berecek, Neuroendocrinology 1990, 51, 487-492.
110. S. Araga, R. D. LeBoeuf, J. E. Blalock, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 8747-8751.
111. C.-Y. Kang, T. K. Brunck, T. Kieber-Emmons, J. E. Blalock, H. Kohler, Science 1988, 240, 1034-1036.
112. a) C. C. Maier, H. N. B. Moseley, S. R. Zhou, J. N. Whitaker, J. E. Blalock, Immunomethods 1994, 5, 107-113;
113. b) D. Boquet, O. Déry, Y. Frobert, J. Grassi, J. Y. Couraud, Mol. Immunol. 1995, 32, 303-308;
114. c) M. Villa, J.-M. Durand-Gorde, P. Carayon, J. Ruf, J. Autoimmunity 1996, 9, 653-660.
115. a) S. Araga, F.S. Galin, M. Kishimoto, A. Adachi, J. E. Blalock, J. Immunol. 1996, 157, 386-392;
116. b) L. Xu, S. Araga, M. Villain, F. S. Galin, J. E. Blalock, FASEB J. 1999, 13, A1123.
117. S. Araga, M. Kishimoto, S. Doi, K. Nakashima, J. Immunol. 1999, 163, 476-482.
118. S.-R. Zhou, J. N. Whitaker, J. Immunol. 1993, 150, 1629-1642.
119. C. J. Xian, R. D. Simmons, D. O. Willenborg, A. A. Vandenbark, G. A. Hashim, P. R. Carnegie, J. Neurosci. Res. 1995, 41, 620-627.
120. D. B. Taylor, D. L. Amrani, N. E. Kirschbaum, D. A. Walz, T. K. Gartner, Thromb. Haemostasis 1991, 65, 1149.
121. L. Baranyi, W. Campbell, H. Okada, J. Immunol. 1996, 157, 4591-4601.
122. R. R. Pfister, J. L. Haddox, J. E. Blalock, C. I. Sommers, L. Coplan, M. Villain, Cornea 2000, 19, 384-389.
123. V. R. Martins, E. Graner, J. Garcia-Abreu, S. J. de Souza, A. F. Mercadante, S. S. Veiga, S. M. Zanata, V. M. Neto, R. R. Brentani, Nat. Med. (N.Y.) 1997, 3, 1376-1382.
124. B. L. Clarke, J. E. Blalock, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1990, 87, 9708-9711.
125. F. X. Lu, N. Aiyar, I. Chaiken, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 3642-3646.
126. G. Fassina, G. Cassani, P. Gnocchi, M. C. Fornasiero, A. M. Isetta, Arch. Biochem. Biophys. 1995, 318, 37-45.
127. L. Scapol, P. Rappuoli, G. C. Viscomi, J. Chromatogr. 1992, 600, 235-242.
128. H. Kohler, J. E. Blalock, Nat. Biotechnol. 1998, 16, 601.
129. G. J. Moore, R. C. Ganter, K. J. Franklin, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1989, 160, 1387-1391.
130. K. M. Knigge, D. T Piekut, D. Berlove, Neurosci. Lett. 1988, 86, 269-271.
131. N. A. Shahabi, K. L. Bost, T. C. Madhok, B. M. Sharp, J. Pharmacol. Exp. Ther. 1992, 263, 876-88.
132. rd Annual Endocrine Society Meeting 1991, p. 209 [Abs. 716].
133. X. Wu, N. T. Richards, E. J. Johns, T. Kohsaka, A. Nakamura, H. Okada, Br. J. Pharmacol. 1997, 122, 316-320.
134. D. J. J. Carr, J. E. Blalock, K. L. Bost, Immunol. Lett. 1989, 20, 181-186.
135. P. K. Misra, W. Haq, S. B. Katti, K. B. Mathur, R. Raghubir, G. K. Patnaik, B. N. Dhawan, Pharm. Res. 1993, 10, 660-661.
136. N. Stambuk, N. Kopjar, K. Sentija, V. Garaj-Vrhovac, D. Vikic-Topic, R. M. D. Marina, V. Brinar, M. Trobojevic-Cepe, N. Zarkovic, B. Curkovic, D. Babic-Naglic, M. Hadzija, N. Zurak, Z. Brzovic, R. Martinic, V. Stambuk, P. Konjevoda, N. Ugrinovic, I. Pavlic-Renar, Z. Bidin, B. Pokric, Croat. Chem. Acta 1998, 71, 591-605.
137. R. Pasqualini, D. F. Chamone, R. R. Brentani, J. Biol. Chem. 1989, 264, 14566-14570.
138. J. E. McGuigan, M. Campbell-Thompson, Gastroenterology 1992, 103, 749-758.
139. C. E. Grosvenor, K. Balint, US 4833166, 1987.
140. M. Imai, N. Okada, H. Okada, Microbiol. Immunol. 2000, 44, 205-212.
141. J. E. Blalock, J. N. Whitaker, E. N. Benveniste, K. L. Bost, Methods Enzymol. 1989, 178, 63-74.
142. V. P. Knutson, J. Biol. Chem. 1988, 263, 14146-14151.
143. J. M. Derrick, D. B. Taylor, R. G. Loudon, T. K. Gartner, Biochem. J. 1997, 325, 309-313.
144. H. M. Johnson, M. P. Langford, B. Lakhchaura, T.-S. Chan, G. J. Stanton, J. Immunol. 1982, 129, 2357-2359.
145. D. A. Weigent, P. D. Hoeprich, K. L. Bost, T. K. Brunck, W. E. Reiher III, J. E. Blalock, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1986, 139, 367-374.
146. V. Castronovo, G. Taraboletti, M. E. Sobel, Cancer Res. 1991, 51, 5672-5678.
147. A. Bajpai, K. P. Hooper, K. E. Ebner, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 180, 1312-1317.
148. D. J. J. Carr, B. DeCosta, A. E. Jacobson, K. L. Bost, K. C. Rice, J. E. Blalock, FEBS Lett. 1987, 224, 272-276.
149. M. Campbell-Thompson, J. E. McGuigan, Am. J. Med. Sci. 1993, 305, 365-373.
150. J.M. Kelly, D. Trinder, P. A. Phillips, D. J. Casley, B. Kemp, V. Mooser, C. I. Johnston, Peptides (N.Y.) 1990, 11, 857-862.