Restrained point-charge models for disaccharides

Journal of Computational Chemistry

Volumn 23, Issue 3, 2002, Pages 351-364

  Sigfridsson, Emma ^a   Ryde, Ulf ^a,b   Bush, Bruce L ^a  

^a CHEMICAL CENTER   (Sweden)

^b MERCK RESEARCH LABORATORIES   (United States)

Author keywords

Atomic charges; Chemical transferability; Conformational transferability; Rank deficiency problems; Restrained electrostatic potential charges

Indexed keywords

DISACCHARIDE; ION; SUCROSE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; COMPUTER SIMULATION; ELECTRICITY;

COMPUTER SIMULATION; DISACCHARIDES; ELECTROSTATICS; IONS; MODELS, MOLECULAR; SUCROSE; WATER;

EID: 0036462494     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10024     Document Type: Article

References (21)

1. 1 Bachrach, S. M. Rev Comput Chem 1994, 5, 171.
2. 2 Sigfridsson, E. ; Ryde, U. J Comput Chem 1998, 19, 377.
3. 3 Chirlian, L. E. ; Francl, M. M. J Comput Chem 1987, 6, 894.
4. 4 Breneman, C. M. ; Wiberg, K. B. J Comput Chem 1990, 11, 361.
5. 5 Bayly, C. I. ; Cieplak, P. ; Cornell, W. D. ; Kollman, P. A. J Phys Chem 1993, 97, 10269.
6. 6 Singh, U. C. ; Kollman, P. A. J Comput Chem 1984, 5, 129.
7. 7 Besler, B. H. ; Merz, K. M. ; Kollman, P. A. J Comput Chem 1990, 11, 431.
8. 8 Francl, M. M. ; Carey, C. ; Chirlian, L. E. ; Gange, D. M. J Comput Chem 1996, 17, 367.
9. 9 Carey, C. ; Chirlian, L. E. ; Francl, M. M. ; Gange, D. M. Glycoconjugate J 1997, 14, 501.
10. 10 Hinsen, K. ; Roux, B. J Comput Chem 1997, 18, 368.
11. 11 Hehre, W. J. ; Radom, L. ; Schleyer, P. V. R. ; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory ; Wiley‐Interscience: New York, 1986.
12. 12 Frisch, M. J. ; Trucks, G. W. ; Schlegel, H. B. ; Gill, P. M. W. ; Johnson, B. G. ; Robb, M. A. ; Cheeseman, J. R. ; Keith, T. ; Petersson, G. A. ; Montgomery, J. A. ; Raghavachari, K. ; Al‐Laham, M. A. ; Zakrzewski, V. G. ; Ortiz, J. V. ; Foresman, J. B. ; Cioslowski, J. ; Stefanov, B. B. ; Nanayakkara, A. ; Challacombe, M. ; Peng, C. Y. ; Ayala, P. Y. ; Chen, W. ; Wong, M. W. ; Andres, J. L. ; Replogle, E. S. ; Gomperts, R. ; Martin, R. L. ; Fox, D. J. ; Binkley, J. S. ; Defrees, D. J. ; Baker, J. ; Stewart, J. P. ; Head‐Gordon, M. ; Gonzalez, C. ; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision D.1 ; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
13. 13 Cornell, W. D. ; Cieplak, P. ; Bayly, C. I. ; Gould, I. R. ; Merz, K. M. ; Ferguson, D. M. ; Spellmeyer, D. C. ; Fox, T. ; Caldwell, J. W. ; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
14. 14 Frisch, M. J. ; Trucks, G. W. ; Schlegel, H. B. ; Scuseria, G. E. ; Robb, M. A. ; Cheeseman, J. R. ; Zakrzewski, V. G. ; Montgomery, J. A. ; Stratmann, R. E. ; Burant, J. C. ; Dapprich, S. ; Millam, J. M. ; Daniels, A. D. ; Knudin, K. N. ; Strain, M. C. ; Farkas, O. ; Tomasi, J. ; Barone, V. ; Cossi, M. ; Cammi, R. ; Mennucci, B. ; Pomelli, C. ; Adamo, C. ; Clifford, S. ; Ochterski, J. ; Petersson, G. A. ; Ayala, P. Y. ; Cui, Q. ; Morokuma, K. ; Malick, D. K. ; Rabuck, A. D. ; Raghavachari, K. ; Foresman, J. B. ; Cioslowski, J. ; Ortiz, J. V. ; Stefanov, B. B. ; Liu, G. ; Liashenko, A. ; Piskorz, P. ; Komaromi, I. ; Gomperts, R. ; Martin, R. L. ; Fox, D. J. ; Keith, T. ; Al‐Laham, M. A. ; Peng, C. Y. ; Nanayakkara, A. ; Gonzalez, C. ; Challacombe, M. ; Gill, P. M. W. ; Johnson, B. G. ; Chen, W. ; Wong, M. W. ; Andres, J. L. ; Head‐Gordon, M. ; Replogle, E. S. ; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.5 ; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
15. 15 Pearlman, D. A. ; Case, D. A. ; Caldwell, J. W. ; Ross, W. S. ; Cheatham III, T. E. ; Ferguson, D. M. ; Seibel, G. L. ; Singh, U. C. ; Weiner, P. K. ; Kollman, P. A. AMBER 4.1 ; University of California: San Francisco, 1995.
16. 16 Woods, R. J. ; Khalil, M. ; Pell, W. ; Moffat, S. H. ; Smith, V. H. J Comput Chem 1990, 11, 297.
17. 17 Bush, B. L. ; Bayly, C. I. ; Halgren, T. A. J Comput Chem 1999, 20, 14, 1495.
18. 18 Williams, D. E. Biopolymers 1990, 29, 1367.
19. 19 Stouch, T. R. ; Williams, D. E. J Comput Chem 1992, 13, 622.
20. 20 Reynolds, C. A. ; Essex, J. W. ; Richards, W. G. Chem Phys Lett 1992, 199, 257.
21. 21 Engkvist, O. ; Åstrand, P.‐O. ; Karlström, G. Chem Rev 2000, 100, 4087.