Conformational studies of the two anomeric methyl glycosides of α-D-Manp-(1→2)-D-Glcp by molecular simulations and NMR 1H,1H T-ROESY experiments

Journal of the Chemical Society. Perkin Transactions 2

Volumn 2, Issue 3, 2002, Pages 416-421

  Lycknert, Kristina ^a   Höög, Christer ^a   Widmalm, Göran ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; MOLECULAR DYNAMICS; POTENTIAL ENERGY; PROTONS; SOLVENTS;

MOLECULAR SIMULATIONS;

CARBOHYDRATES;

EID: 0036006071     PISSN: 03009580     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b111342a     Document Type: Article

References (46)

1. J. Lehmann Carbohydrates: Structure and Biology, G. Thieme Verlag, Stuttgart, 1998.
2. A. Varki, R. Cummings, J. Esko H Freeze G. Hart and J. Marth Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY.
3. Endotoxin in Health and Disease, eds. H. Brade S. M. Opal S. N. Vogel and D. C. Morrison Marcel Dekker, New York, NY 1999.
4. J. Dabrowski, T. Kosár, H. Grosskurth, N. E. Nifant’ev J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5534.
5. C. Landersjö, R. Stenutz, G. Widmalm J. Am. Chem. Soc. 1997 119 8695.
6. C. Höög, C. Landersjö, G. Widmalm Chem. Eur. J. 2001 7 3069.
7. R. Bukowski, L. M. Morris, R. J. Woods, T. Weimar Eur. J. Org. Chem. 2001 2697.
8. P.-E. Jansson, L. Kenne, K. Persson, G. Widmalm J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1990 591.
9. A. Kjellberg, G. Widmalm Biopolymers 1999 50 391.
10. E. Kupce, J. Boyd, I. D. Campbell J. Magn. Reson. B 1995 106 300.
11. H. Geen, R. Freeman J. Magn. Reson. 1991 93 93.
12. T. Nishida, G. Widmalm, P. Sándor Magn. Reson. Chem. 1996 34 377.
13. F. del Río-Portilla, V. Blechta, R. Freeman J. Magn. Reson. 1994 111 132.
14. P. Damberg, J. Jarvet, A. Gräslund J. Magn. Reson. 2001 148 343.
15. E. O. Stejskal, J. E. Tanner J. Phys. Chem. 1965 42 288.
16. R. Mills J. Phys. Chem. 1973 77 685.
17. S. J. Gibbs, C. S. Johnson, Jr. J. Magn. Reson. 1991 93 395.
18. R. Stuike-Prill, B. Meyer Eur. J. Biochem. 1990 194 903.
19. H. Thøgersen, R. U. Lemieux, K. Bock, B. Meyer Can. J. Chem. 1982 60 44.
20. P. Dauber-Osguthorpe, V. A. Roberts, D. J. Osguthorpe, J. Wolff, M. Genest, A. T. Hagler Proteins: Struct. Funct. Genet. 1988 4 31.
21. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187.
22. M. L. C. E. Kouwijzer, P. D. J. Groothenhuis J. Phys. Chem. 1995 99 13426.
23. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kushnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, T. D. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586.
24. S. N. Ha, A. Giammona, M. Field, J. W. Brady Carbohydr. Res. 1988 180 207.
25. R. W. Pastor, in The molecular dynamics of liquid crystals, ed. G. R. Luckhurst and C. A. Veracini Kluwer Academic Publishers, Dordrecht 1994 85.
26. B. J. Hardy, W. Egan, G. Widmalm Int. J. Biol. Macromol. 1995 17 149.
27. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. J. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935.
28. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684.
29. P. J. Steinbach, B. R. Brooks J. Comput. Chem. 1994 15 667.
30. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327.
31. I. Tvaroska, M. Hricovíni, E. Petráková Carbohydr. Res. 1988 189 359.
32. K. Bock, A. Brignole, B. W. Sigurskjold J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1986 1711.
33. M. J. Gidley, S. M. Bociek J. Am. Chem. Soc. 1988 110 3820.
34. J. W. Keepers, T. L. James J. Magn. Reson. 1984 57 404.
35. C. Höög, G. Widmalm Glycoconjugate J. 1998 15 183.
36. C. Höög, G. Widmalm Arch. Biochem. Biophys. 2000 377 163.
37. K. J. Naidoo, J. W. Brady J. Am. Chem. Soc. 1999 121 2244.
38. C. Monterio, C. Hervé du Penhoat J. Phys. Chem. A 2001 105 9827.
39. D. Chandler Introduction to Modern Statistical Mechanics, Oxford University Press, Oxford, 1987.
40. S. E. Feller, R. W. Pastor, A. Rojnuckarin, S. Bogusz, B. R. Brooks J. Phys. Chem. 1996 100 17011.
41. D. van der Spoel, P. J. van Maaren, H. J. C. Berendsen J. Chem. Phys. 1998 108 10220.
42. P. Mark, L. Nilsson J. Phys. Chem. A 2001 105 9954.
43. S. Bogusz, R. M. Venable, R. W. Pastor J. Phys. Chem. B 2001 105 8312.
44. R. Mills, K. R. Harris Chem. Soc. Rev. 1976 5 215.
45. G. Widmalm, R. M. Venable Biopolymers 1994 34 1079.
46. T. Rundlöf, R. M. Venable, R. W. Pastor, J. Kowalewski, G. Widmalm J. Am. Chem. Soc. 1999 121 11847.