Ab initio calculations on a critical part of a protein, with an H5O2 partially charged group in a central role

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 22, 2001, Pages 5298-5303

  Green, Michael E ^a  

^a CITY COLLEGE OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BORN BARRIER; GLUTAMATES; STREPTOMYCES LIVIDANS;

COMPUTER SIMULATION; ELECTRON SPIN RESONANCE SPECTROSCOPY; IONIZATION OF SOLIDS; MATHEMATICAL MODELS; PERMITTIVITY; PROTONS; X RAY SPECTROSCOPY;

PROTEINS;

EID: 0035822223     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0044431     Document Type: Article

References (27)

1. Doyle, D. A.; Cabral, J. M.; Pfuetzner, R. A.; Kuo, A.; Gulbis, J. M.; Cohen, S. L.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Science 1998, 280, 69-77.
2. Perozo, E.; Cortes, D. M.; Cuello, L. G. Science 1999, 285, 73-78.
3. Hille, B. Ionic Channels of Excitable Membranes; Sinauer: Sunderland, MA, 1992.
4. Bezanilla, F. Physiol. Rev. 2000, 80, 555-592.
5. Lu, J.; Yin, J.; Green, M. E. Ferroelectrics 1999, 220, 249-271.
6. Green, M. E.; Lu, J. J. Colloid Interface Sci. 1995, 171, 117-126.
7. Yin, J.; Green, M. E. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7181-7190.
8. Mautner, M. M. N.; Elmore, D. E.; Scheiner, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7625-7635.
9. Tsuzuki, S. U., T., Matsumura, K.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11906-11910q.
10. Xu, S. C. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2242-2254.
11. Shishkin, O. V. G.; L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5357-5361.
12. Dannenberg, J. J. H.; Masunov, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7083-7086.
13. Dykstra, C. E. Chem. Phys. Lett. 1999, 299, 132-136.
14. Zundel, G. Adv. Chem. Phys. 2000, 111. 1-219.
15. Zscherp, C.; Schlesinger, R.; Tittor, J.; Oesterhelt, D.; Heberle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5498-5503.
16. Tanioka, A. K.; Hamadaa, M.; Yoshie, K. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 1730-1735.
17. Bezrukov, S. M.; Kasianowicz, J. J. Eur. J. Biophys. 1997, 26, 471-476.
18. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221-264.
19. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1040-1046.
20. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
21. Miehlech, B. S.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200-206.
22. Dunning, T. H., Jr.; Hay, P. J. Gaussian Basis Sets for Molecular Calculations. In Modern Theoretical Chemistry; Schaefer, H. F., Ed.; Plenum: New York, 1976; pp 1-27.
23. Frisch, M. J. Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ciolowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
24. Perozo, E.; Cortes, D. M.; Cuello, L. G. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 459-469.
25. Ojamae, L.; Shavitt, I.; Singer, S. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 5547-5564.
26. Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5547-5551.
27. Ahlstrom, P.; Wallqvist, A.; Engstrom, S.; Jonsson, B. Mol. Phys. 1989, 68, 563-581.