Toward direct determination of conformations of protein building units from multidimensional NMR experiments part II: A theoretical case study of Formyl-L-Valine amide

Chemistry - A European Journal

Volumn 7, Issue 5, 2001, Pages 1069-1083

  Perczel, András ^a   Császár, Attila G ^a  

^a EÖTVÖS LORÁND UNIVERSITY   (Hungary)

Author keywords

Ab initio calculations; Chemical shifts; Conformational analysis; NMR spectroscopy; Structure elucidation

Indexed keywords

ANISOTROPY; CONFORMATIONS; CORRELATION METHODS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTONS;

CHEMICAL SHIFTS;

PROTEINS;

CARBON; FORMYLVALINAMIDE; FORMYLVALINE AMIDE; HYDROGEN; NITROGEN; PEPTIDE; PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG; VALINE;

ANISOTROPY; ARTICLE; COMPARATIVE STUDY; MODEL; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; STRUCTURE ANALYSIS;

MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS; VALINE;

EID: 0035793811     PISSN: 09476539     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1521-3765(20010302)7:5<1069::AID-CHEM1069>3.0.CO;2-U     Document Type: Article

References (76)

1. D. Neuhaus, M. Williamson, The Nuclear Overhauser Effect in Structural and Conformational Analysis, VCH, New York, 1989.
2. K. Wüthrich in NMR of Proteins and Nucleic Acids, Wiley, New York, 1986.
3. K. Wülhrich, Science 1989, 243, 45-50.
4. J. A. Smith, L. G. Pease, CRC Crit. Rev. Biochem. Mol. 1980, 8, 315-399.
5. M. Nilges, J. Mol. Biol. 1995, 245, 645-660.
6. J. Cavanagh, W. J. Fairbrother, A. G. Palmer III, N. J. Skelton, Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice, Academic Press, San Diego, 1996.
7. a) S. W. Fesik, E. R. P. Zuiderweg, Q. Rev. Biophys. 1990, 23, 97-131;
8. b) G. M. Clore, A. M. Gronenborn, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1991, 23, 43-92;
9. c) A. Bax, S. Grzesiek, Acc. Chem. Res. 1993, 26, 131-138.
10. I. Pelczer, B. G. Carter in Protein NMR Techniques (Ed.: D. G. Reid), Humana Press, Totowa, 1997, pp. 71-155.
11. a) B. Reif, M. Henning, C. Griesinger, Science 1997, 270, 1230-1233;
12. b) N. Tjandra, A. Bax, Science 1997, 278, 1111-1114;
13. c) J. D. van Beek, L. Beaulieu, H. Schafer, M. Demura, T. Asakura, B. H. Meier, Nature 2000, 405, 1077-1079;
14. d) J. H. Prestegard, Nat. Struct. Biol. 1998, 517-522.
15. G. Cornilescu, F. Delaglio, A. Bax, J. Biomol. NMR 1999, 13, 289-302.
16. B. R. Seavey, E. A. Farr, W. M. Westler, J. L. Markley, J. Biomol. NMR 1991, 1, 217.
17. D. S. Wishart, B. D. Sykes, F. M. Richards, J. Mol. Biol. 1991, 222, 311-333.
18. D. S. Wishart, B. D. Sykes, Meth. Enzymol. 1994, 239, 363-392.
19. L. Szilágyi, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1995, 27, 325-443.
20. R. Tabeta, H. Saito, Biochemistry 1985, 24, 7696-7702.
21. C. E. Johnson, F. A. Bovey, J. Chem. Phys. 1958, 29, 1012.
22. a) S. J. Perkins, K. Wüthrich, Biochim. Biophys. Acta 1979, 576, 409-423;
23. b) C. W. Haigh, R. B. Mallion, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1980, 13, 303-344;
24. c) S. Spera, A. Bax, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5490-5492;
25. d) M. P. Williamson, Biopolymers 1990, 29, 1428-1431.
26. a) A. C. de Dios, J. G. Pearson, E. Oldfield, Science 1993, 260, 1491-1496;
27. b) A. C. de Dios, J. G. Pearson, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9768-9773;
28. c) A. C. de Dios, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5307-5314;
29. d) H.-B. Le, J. G. Pearson, A. C. de Dios, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 3800-3807.
30. M. D. Reily, V. Thanabal, D. O. Omecinsky, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 6251-6252.
31. A. Pastore, V. Saudek, J. Magn. Reson. 1990, 90, 165-176.
32. a) L. Müller, J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 4481-4484;
33. b) R. H. Griffey, C. D. Poulter, A. Bax, B. L. Hawkins, A. Yamaizumi, S. Nishimura, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983, 80, 5895-5897.
34. G. Bodenhausen, D. J. Ruben, Chem. Phys. Lett. 1980, 69, 185-189.
35. M. Ikura, L. E. Kay, A. Bax, Biochemistry 1990, 29, 4659-4667.
36. a) H. M. Sulzbach, P. v. R. Schleyer, H. F. Schaefer III, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3967-3972;
37. b) H. M. Sulzbach, P. v. R. Schleyer, H. F. Schaefer III, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2632-2637;
38. c) H. M. Sulzbach, G. Vacek, P. R. Schreiner, J. M. Galbraith, P. v. R. Schleyer, H. F. Schaefer III, J. Comp. Chem. 1997, 18, 126-138.
39. D. Jiao, M. Barfield, V. J. Hruby, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10883-10887.
40. N. Asakawa, H. Kurosu, I. Ando, J. Mol. Struct. 1994, 323, 279-285.
41. J. G. Pearson, J. F. Wang, J. L. Markley, H.-B. Le, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8823-8829.
42. R. H. Havlin, H.-B. Le, D. D. Laws, A. C. de Dios, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11951-11958.
43. J. Heller, D. D. Laws, M. Tomaselli, D. S. King, D. E. Wemmer, A. Pines, R. H. Havlin, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7827-7831.
44. A. C. de Dios, E. Oldfield, Solid State Nucl. Magn. Reson. 1996, 6, 101-125.
45. A. Perczel, A. G. Császár, J. Comp. Chem. 2000, 21, 882-900.
46. J. Vaara, J. Kaski, J. Jokisaari, P. Diehl, J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5069-5081.
47. A. C. de Dios, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11485-11488.
48. G. Zheng, L. M. Wang, J. Z. Hu, X. D. Zhang, L. F. Shen, C. H. Ye, G. A. Webb, Magn. Reson. Chem. 1997, 35, 606-608.
49. A. G. Császár, A. Perczel, Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 71, 243-309.
50. P. Hudáky, I. Jákli, A. G. Császár, A. Perczel, J. Comp. Chem., in press.
51. R. Ditchfield, Mol. Phys. 1974, 27, 789.
52. K. Wolinski, J. F. Hinton, P. Pulay, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8251-8260.
53. D. D. Laws, H.-B. Le, A. C. de Dios, R. H. Havlin, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9542-9546.
54. J. G. Pearson, H.-B. Le, L. K. Sanders, N. Godbout, R. H. Havlin, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11941-11950.
55. D. D. Laws, A. C. de Dios, E. Oldfield, J. Biomol. NMR 1993, 3, 607-612.
56. P. C. Hariharan, J. A. Pople, Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
57. A. Schafer, C. Huber, R. Ahlrichs, J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5835.
58. Ganssian94, Revision B.2, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, M. A. Robb, J. R, Cheeseman, T. Keith, G. A. Petersson, J. A. Montgomery, K. Raghavachari, M. A. Al-Laham, V. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz, J. B. Foresman, J. Cioslowski, A. Nanavakkara, M. Challacombe, C. Y. Peng, P. Y. Ayala, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, E. S. Replogle, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, J. S. Binkley, D. J. Defrees, J. Baker, J. P. Stewart, M. Head-Gordon, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1995.
59. Gaussian98, Revision A.5, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. HeadGordon, E. S. Replogle, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1998.
60. A. G. Császár, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9568-9575.
61. V. Barone, C. Adamo, F. Lelj, J. Chem. Phys. 1995, 102, 364.
62. A. G. Császár, J. Phys. Chem. 1996, 100, 3541-3551.
63. A. G. Császár, W. D. Allen, H. F. Schaefer III, J. Chem. Phys. 1998, 108, 9751-9764.
64. F. C. Bernstein, T. F. Koetzle, G. J. Williams, E. E. Meyer, M. D. Brice, J. R. Rodgers, O. Kennard, T. Shimanouchi, M. Tasumi, J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542.
65. C. Ramakrishnan, G. N. Ramachandran, Biophys. J. 1965, 5, 909-933.
66. IUPAC-IUB, Commission on Biochemical Nomenclature, Biochemistry 1970, 9, 3471.
67. A. Perczel, J. G. Ángyán, M. Kajtár, W. Viviani, J.-L. Rivail, J.-F. Marcoccia, I. G. Csizmadia, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6256-6265.
68. A. Perczel, M. A. McAllister, P. Császár, I. G. Csizmadia, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4849-4858.
69. A. Perczel, Ö. Farkas, I. G. Csizmadia, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7809-7817.
70. T. Head-Gordon, M. Head-Gordon, M. J. Frisch, C. Brooks III, J. A. Pople, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5989-5997.
71. A. Perczel, I. G. Csizmadia in The Amide Linkage (Eds.: A. Greenberg, C. M. Breneman, J. F. Liebman), Wiley, New York, 2000, pp. 409-463.
72. A. Perczel, Ö. Farkas, A. G. Császár, I. G. Csizmadia, Can. J. Chem. 1997, 75, 1120-1130.
73. W. Viviani, J.-L. Rivail, A. Perczel, I. G. Csizmadia, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 8321-8329.
74. R. H. Havlin, H.-B. Le, D. D. Laws, A. C. de Dios, E. Oldfield, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11951-11958.
75. T. M. Wonnacott, R. J. Wonnacott, Introductory Statistics, 5th ed., Wiley, New York, 1990.
76. H. R. Kricheldorf, D. Müller, Macromolecules 1983, 16, 615-623.