Modeling the deamidation of asparagine residues via succinimide intermediates

Journal of Molecular Modeling

Volumn 7, Issue 5, 2001, Pages 147-160

  Konuklar, F Aylin Sungur ^a   Aviyente, Viktorya ^a   Sen, Taner Zafer ^a   Bahar, Ivet ^a  

^a BOGAZICI UNIVERSITY   (Turkey)

Author keywords

Deamidation; Density functional theory; Hydrolysis of peptides; Succinimide

Indexed keywords

ASPARAGINE; SUCCINIMIDE;

ACIDITY; ALKALINITY; ARTICLE; CONTROLLED STUDY; CYCLIZATION; DEAMINATION; DENSITY; ENERGY; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN HYDROLYSIS; PROTEIN STRUCTURE;

EID: 0035789098     PISSN: 16102940     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/S008940100025     Document Type: Article

References (28)

1. Robinson, A. B.; Rudd, C. Curr. Top. Cell Regul. 1974, 8, 248.
2. Wright, H. T. CRC Crit. Rev. Biochem. 1991, 26, 1.
3. Bhatt, N. P.; Patel, K.; Borchardt, R. T. Pharm. Res. 1990, 7, 793.
4. Geiger, T.; Clarke, S. J. Biol. Chem. 1987, 262, 785.
5. Stephenson, R. C.; Clarke, S. J. Biol. Chem. 1986, 264, 54.
6. Capasso, S.; Mazzarella, L.; Sica, F.; Zagon, A. Peptide Res. 1989, 2, 195.
7. Bischoff, R.; Kolbe, V. J. H. J. Chromatogr. B 1994, 662, 261.
8. Bongers, J.; Heimer, E. P.; Lambros, T.; Pan, Y.; Campbell, R. M.; Felix, A. M. Int. J. Peptide Protein Res. 1992, 36, 364.
9. Artigues, A.; Farrant, H.; Schirch, V. J. Biol. Chem. 1993, 268, 13784.
10. Gibbs, R. A.; Taylor, S. D.; Benkovic S. J. Science 1992, 258, 803.
11. Liotta, L. J.; Benkovic, P. A.; Miller, G. P.; Benkovic, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 350.
12. Liotta, L. J.; Benkovic, P. A.; Miller, G. P.; Benkovic, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4729.
13. Kerrow, J. H.; Robinson, A. B. Anal. Biol. Chem. 1971, 42, 565.
14. Friedman, A. R.; Ichhpurani, A. K.; Brown, D. M.; Hillman, R. M.; Krabill, L. F.; Martin, R. A.; Zurcher-Neely, H. A.; Guido, D. M. Int. J. Peptide Protein Res. 1991, 37, 14.
15. Sun, A. Q.; Yuksel, K. U.; Rao, G. S. R.; Gracy, R. W. Arch. Biochem. Biophys. 1992, 295, 421.
16. Capasso, S.; Mazzarella, L.; Sica, F.; Zagari, A.; Salvatori, S. J. Chem. Soc. Perkin. Trans. 1993, 2, 679.
17. Capasso, S.; Mazzarella, L.; Kirby, A. J.; Salvatori, S. Peptide Bond Cleavage 1997, 543.
18. Xu, M. Q.; Comb, D. G.; Paulus, H.; Noren, C. J.; Shao, Y.; Perler, F. EMBO J. 1994, 13, 5517.
19. Shao, C. J.; Xu, M. Q.; Paulus, H. Biochemistry 1995, 34, 10844.
20. Radkiewicz J. L.; Zipse H.; Clarke S.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9148.
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. V.; Andres, J. L.; Repogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzales, C.; Pople, J. A.; GAUSSIAN 94, Revision C.3, Gaussian, Pittsburgh, PA, 1995.
22. Spartan Version 4.0, Wavefunction, Inc. 18401 Von Karman Ave., #370 Irvine, CA 92715, 1996.
23. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221.
24. Tomasi, J.; Miertus, S. Chem. Phys. 1982, 65, 239.
25. Lifson, S.; Hagler, A. T.; Dauger J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 5111.
26. Coll, M.; Frau, J.; Munoz, F.; Donoso, J. J. Phys. Chem. 1998, 102, 5915.
27. Kumar, G. A.; Pan, Y.; Smallwood, C. J.; McAllister, M. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1345.
28. Wright, H. T. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1991, 26, 1.