The study of single biomolecules with fluorescence methods

Springer Series in Chemical Physics

Volumn 67, Issue , 2001, Pages 326-337

  Ha, Taekjip ^a   Zhuang, X ^a   Babcock, H ^a   Kim, H ^a   Orr, J W ^a   Williamson, J R ^a   Bartley, L ^a   Russell, R ^a   Herschlag, D ^a   Chu, S ^a  

^a University of Illinois at Urbana Champaign   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGAND; RNA;

BIOMOLECULAR ELECTRONICS; CONFERENCE PAPER; CONFORMATIONAL TRANSITION; ENERGY TRANSFER; ENZYME ACTIVITY; ENZYME KINETICS; EQUILIBRIUM CONSTANT; FLUORESCENCE; MOLECULAR DYNAMICS; POLARIZATION; POLYMERIZATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 0035777495     PISSN: 01726218     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1007/978-3-642-56544-1_19     Document Type: Conference Paper

References (38)

1. T. T. Perkins, D. E. Smith, and S. Chu, Science 276, 2016 (1997); D. E. Smith and S. Chu, Science 281, 1335 (1998); R. G. Larson, H. Hu, D. E. Smith, and S. Chu, J. Rheol. 43, 267 (1999)
2. T. T. Perkins, D. E. Smith, and S. Chu, Science 276, 2016 (1997); D. E. Smith and S. Chu, Science 281, 1335 (1998); R. G. Larson, H. Hu, D. E. Smith, and S. Chu, J. Rheol. 43, 267 (1999)
3. T. T. Perkins, D. E. Smith, and S. Chu, Science 276, 2016 (1997); D. E. Smith and S. Chu, Science 281, 1335 (1998); R. G. Larson, H. Hu, D. E. Smith, and S. Chu, J. Rheol. 43, 267 (1999)
4. D. E. Smith, H. P. Babcock, and S. Chu, Science 283, 1724 (1999); H. P. Babcock, D. E. Smith, J. S. Hur, E. S. G. Shaqfeh, and S. Chu, submitted to Science (1999)
5. D. E. Smith, H. P. Babcock, and S. Chu, Science 283, 1724 (1999); H. P. Babcock, D. E. Smith, J. S. Hur, E. S. G. Shaqfeh, and S. Chu, submitted to Science (1999)
6. P. R. Selvin, Methods Enzymol. 246, 300 (1995); L. Stryer, and R. P. Haugland, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 58, 719 (1967)
7. P. R. Selvin, Methods Enzymol. 246, 300 (1995); L. Stryer, and R. P. Haugland, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 58, 719 (1967)
8. R. T. Batey and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 261, 536 (1996); op. cit., J. Mol. Biol. 261, 550 (1996); op. cit., Rna-a Publication of the Rna Society 4, 984 (1998); J. W. Orr, P. J. Hagerman, and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 275, 453 (1998)
9. R. T. Batey and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 261, 536 (1996); op. cit., J. Mol. Biol. 261, 550 (1996); op. cit., Rna-a Publication of the Rna Society 4, 984 (1998); J. W. Orr, P. J. Hagerman, and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 275, 453 (1998)
10. R. T. Batey and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 261, 536 (1996); op. cit., J. Mol. Biol. 261, 550 (1996); op. cit., Rna-a Publication of the Rna Society 4, 984 (1998); J. W. Orr, P. J. Hagerman, and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 275, 453 (1998)
11. R. T. Batey and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 261, 536 (1996); op. cit., J. Mol. Biol. 261, 550 (1996); op. cit., Rna-a Publication of the Rna Society 4, 984 (1998); J. W. Orr, P. J. Hagerman, and J. R. Williamson, J. Mol. Biol. 275, 453 (1998)
12. T. Ha, T. Enderle, D. F. Ogletree, D. S. Chemla, P. R. Selvin, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6264 (1996); G. J. Schutz, W. Trabesinger, and T. Schmidt, Biophys. J. 74, 2223, (1998); T. Ha, A. Y. Ting, J. Liang, W. B. Caldwell, A. A. Deniz, D. S. Chemla, P. G. Schultz, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 893 (1999); A. A. Deniz, M. Dahan, J. R. Grunwell, T. Ha, A. E. Faulhaber, D. S. Chemla, S. Weiss, and P. G. Schultz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 3670 (1999)
13. T. Ha, T. Enderle, D. F. Ogletree, D. S. Chemla, P. R. Selvin, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6264 (1996); G. J. Schutz, W. Trabesinger, and T. Schmidt, Biophys. J. 74, 2223, (1998); T. Ha, A. Y. Ting, J. Liang, W. B. Caldwell, A. A. Deniz, D. S. Chemla, P. G. Schultz, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 893 (1999); A. A. Deniz, M. Dahan, J. R. Grunwell, T. Ha, A. E. Faulhaber, D. S. Chemla, S. Weiss, and P. G. Schultz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 3670 (1999)
14. T. Ha, T. Enderle, D. F. Ogletree, D. S. Chemla, P. R. Selvin, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6264 (1996); G. J. Schutz, W. Trabesinger, and T. Schmidt, Biophys. J. 74, 2223, (1998); T. Ha, A. Y. Ting, J. Liang, W. B. Caldwell, A. A. Deniz, D. S. Chemla, P. G. Schultz, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 893 (1999); A. A. Deniz, M. Dahan, J. R. Grunwell, T. Ha, A. E. Faulhaber, D. S. Chemla, S. Weiss, and P. G. Schultz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 3670 (1999)
15. T. Ha, T. Enderle, D. F. Ogletree, D. S. Chemla, P. R. Selvin, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6264 (1996); G. J. Schutz, W. Trabesinger, and T. Schmidt, Biophys. J. 74, 2223, (1998); T. Ha, A. Y. Ting, J. Liang, W. B. Caldwell, A. A. Deniz, D. S. Chemla, P. G. Schultz, and S. Weiss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 893 (1999); A. A. Deniz, M. Dahan, J. R. Grunwell, T. Ha, A. E. Faulhaber, D. S. Chemla, S. Weiss, and P. G. Schultz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 3670 (1999)
16. S. M. Nie and R. N. Zare, Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26, 567 (1997);
17. X. S. Xie and J. K. Trautman, Ann. Rev. Phys. Chem. 49, 441 (1998); W. E. Moerner and M. Orrit, Science 283, 1670 (1999); S. Weiss, Science 283, 1676 (1999)
18. X. S. Xie and J. K. Trautman, Ann. Rev. Phys. Chem. 49, 441 (1998); W. E. Moerner and M. Orrit, Science 283, 1670 (1999); S. Weiss, Science 283, 1676 (1999)
19. X. S. Xie and J. K. Trautman, Ann. Rev. Phys. Chem. 49, 441 (1998); W. E. Moerner and M. Orrit, Science 283, 1670 (1999); S. Weiss, Science 283, 1676 (1999)
20. T. Funatsu, Y. Harada, M. Tokunaga, K. Saito, and T. Yanagida, Nature 374, 555 (1995); I. Sase, H. Miyata, S. Ishiwata, and K. Kinosita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 5646 (1997); R. D. Vale, T. Funatsu, D. W. Pierce, L. Romberg, Y. Harada, and T. Yanagida, Nature 380, 451 (1996); H. P. Lu, L. Y. Xun, and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998); W. A. Held, B. Ballou, S. Mizushim, and M. Nomura, J. Biol. Chem. 249, 3103 (1974)
21. T. Funatsu, Y. Harada, M. Tokunaga, K. Saito, and T. Yanagida, Nature 374, 555 (1995); I. Sase, H. Miyata, S. Ishiwata, and K. Kinosita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 5646 (1997); R. D. Vale, T. Funatsu, D. W. Pierce, L. Romberg, Y. Harada, and T. Yanagida, Nature 380, 451 (1996); H. P. Lu, L. Y. Xun, and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998); W. A. Held, B. Ballou, S. Mizushim, and M. Nomura, J. Biol. Chem. 249, 3103 (1974)
22. T. Funatsu, Y. Harada, M. Tokunaga, K. Saito, and T. Yanagida, Nature 374, 555 (1995); I. Sase, H. Miyata, S. Ishiwata, and K. Kinosita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 5646 (1997); R. D. Vale, T. Funatsu, D. W. Pierce, L. Romberg, Y. Harada, and T. Yanagida, Nature 380, 451 (1996); H. P. Lu, L. Y. Xun, and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998); W. A. Held, B. Ballou, S. Mizushim, and M. Nomura, J. Biol. Chem. 249, 3103 (1974)
23. T. Funatsu, Y. Harada, M. Tokunaga, K. Saito, and T. Yanagida, Nature 374, 555 (1995); I. Sase, H. Miyata, S. Ishiwata, and K. Kinosita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 5646 (1997); R. D. Vale, T. Funatsu, D. W. Pierce, L. Romberg, Y. Harada, and T. Yanagida, Nature 380, 451 (1996); H. P. Lu, L. Y. Xun, and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998); W. A. Held, B. Ballou, S. Mizushim, and M. Nomura, J. Biol. Chem. 249, 3103 (1974)
24. T. Funatsu, Y. Harada, M. Tokunaga, K. Saito, and T. Yanagida, Nature 374, 555 (1995); I. Sase, H. Miyata, S. Ishiwata, and K. Kinosita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 5646 (1997); R. D. Vale, T. Funatsu, D. W. Pierce, L. Romberg, Y. Harada, and T. Yanagida, Nature 380, 451 (1996); H. P. Lu, L. Y. Xun, and X. S. Xie, Science 282, 1877 (1998); W. A. Held, B. Ballou, S. Mizushim, and M. Nomura, J. Biol. Chem. 249, 3103 (1974)
25. T. Ha, X. Zhuang, H. D. Kim, J. W. Orr, J. R. Williamson and S. Chu, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9077 (1999)
26. R. L. Baldwin, Nature 369, 183 (1994)
27. J. N. Onuchic, Z. Luthey-Schulten, and P. G. Wolynes, Ann. Rev. Phys. Chem. 48, 539 (1997)
28. X. Zhuang, T. Ha, H. D. Kim, T. Centner, S. Labeit and S. Chu, to be published (1999)
29. M. Reif, M. Gautel, F. Oesterhelt, J. M. Fernandez, and H. E. Gaub, Science 276, 1109 (1997); M.S.Z. Kellermayer, S.B. Smith, H.L. Granzier, and C. Bustamante, Science 276, 1112 (1997); L. Tskhoverbova, J. Trinick, J. A. Sleep, and R. M. Simmons, Nature 387, 308 (1997)
30. M. Reif, M. Gautel, F. Oesterhelt, J. M. Fernandez, and H. E. Gaub, Science 276, 1109 (1997); M.S.Z. Kellermayer, S.B. Smith, H.L. Granzier, and C. Bustamante, Science 276, 1112 (1997); L. Tskhoverbova, J. Trinick, J. A. Sleep, and R. M. Simmons, Nature 387, 308 (1997)
31. M. Reif, M. Gautel, F. Oesterhelt, J. M. Fernandez, and H. E. Gaub, Science 276, 1109 (1997); M.S.Z. Kellermayer, S.B. Smith, H.L. Granzier, and C. Bustamante, Science 276, 1112 (1997); L. Tskhoverbova, J. Trinick, J. A. Sleep, and R. M. Simmons, Nature 387, 308 (1997)
32. D. W. Celander and T. R. Cech, Science 251, 401 (1991); P. P. Zarrinkar and J. R. Williamson, ibid. 265, 918 (1994); B. Sclavi, M. Sullivan, M. R. Chance, M. Brenowitz, S. A. Woodson, ibid. 279, 1940 (1998); D. K. Treiber, M. S. Rook, P. P. Zarrinkar, J. R. Williamson, ibid. 279, 1943 (1998)
33. D. W. Celander and T. R. Cech, Science 251, 401 (1991); P. P. Zarrinkar and J. R. Williamson, ibid. 265, 918 (1994); B. Sclavi, M. Sullivan, M. R. Chance, M. Brenowitz, S. A. Woodson, ibid. 279, 1940 (1998); D. K. Treiber, M. S. Rook, P. P. Zarrinkar, J. R. Williamson, ibid. 279, 1943 (1998)
34. D. W. Celander and T. R. Cech, Science 251, 401 (1991); P. P. Zarrinkar and J. R. Williamson, ibid. 265, 918 (1994); B. Sclavi, M. Sullivan, M. R. Chance, M. Brenowitz, S. A. Woodson, ibid. 279, 1940 (1998); D. K. Treiber, M. S. Rook, P. P. Zarrinkar, J. R. Williamson, ibid. 279, 1943 (1998)
35. D. W. Celander and T. R. Cech, Science 251, 401 (1991); P. P. Zarrinkar and J. R. Williamson, ibid. 265, 918 (1994); B. Sclavi, M. Sullivan, M. R. Chance, M. Brenowitz, S. A. Woodson, ibid. 279, 1940 (1998); D. K. Treiber, M. S. Rook, P. P. Zarrinkar, J. R. Williamson, ibid. 279, 1943 (1998)
36. J. Pan, D. Thirumalai, and S. A. Woodson, J. Mol. Biol. 273, 7 (1997)
37. R. Russell and D. Herschlag, J. Mol. Biol. 291, 1155 (1999)
38. D. Herschlag and T. R. Cech, Biochemistry 29, 10159 (1990)