Stereospecificity for the hydrogen transfer of pyridoxal enzyme reactions

Chemical Records

Volumn 1, Issue 5, 2001, Pages 373-384

  Soda, Kenji ^a   Yoshimura, Tohru ^a   Esaki, Nobuyoshi ^b  

^a KANSAI UNIVERSITY   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

Molecular evolution; Pyridoxal phosphate; Stereochemistry

Indexed keywords

AMINOTRANSFERASE; HYDROGEN; PYRIDOXAL 5 PHOSPHATE;

BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; METABOLISM; MOLECULAR EVOLUTION; PROTEIN CONFORMATION; REVIEW; STEREOISOMERISM;

BINDING SITES; EVOLUTION, MOLECULAR; HYDROGEN; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PYRIDOXAL PHOSPHATE; STEREOISOMERISM; SUBSTRATE SPECIFICITY; TRANSAMINASES;

EID: 0035756145     PISSN: 15278999     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/tcr.1021     Document Type: Article

References (64)

1. Dunathan, H. C. Adv Enzymol Relat Areas Mol Biol 1971, 35, 79.
2. Braunstein, A. E. The enzymes, 3rd. ed., Academic Press: New York, 1973, 9, 379.
3. Metzler, D. E. ; Ikawa, M. ; Snell, E. E. J Am Chem Soc 1954, 76, 648.
4. Braunstein, A. E. Advan Enzymol 1957, 19, 335.
5. Mehta, P. K. ; Hale. T. I. ; Christen, P. Eur J Biochem 1993, 214, 549.
6. Alexander EW. ; Sandmeier, E. ; Mehta, P. K. ; Christen, P. Eur J Biochem 1994, 219, 953.
7. Grishin, N. V. ; Phillips, M. A. ; Goldsmith, EJ. Protein Sci 1995, 4, 1291.
8. Kirsch, J. E; Eichele, G. ; Ford, G. G. ; Vincent, M. G. ; Jansonius, J. N. ; Gehring, H. ; Christen, P. J Mol Biol 1984, 174, 497.
9. Momany, C. ; Ernst, S. ; Ghosh, R. ; Chang, N. L. ; Hacken, M. L. Protein Sci 1995, 4, 84.
10. Toney, M. D. ; Hohenester, S. W. ; Cowan, S. W. ; Jansonius, J. N. Science 1993, 261, 756.
11. Dunathan, H. C. ; Voet, J. G. Proc Natl Acad Sci USA 1974, 71, 3888.
12. Tanizawa, K. ; Masu, Y. ; Asano, S. ; Tanaka, H. ; Soda, K. J Biol Chem 1989, 264, 2445.
13. Kuramitsu, S. ; Ogawa, T. ; Ogawa, H. ; Kagamiyama, H. J Biochem 1985, 97, 993.
14. Tanizawa, K. ; Asano, S. ; Masu, Y. ; Kuramitsu, S. ; Kagamiyama, H. ; Tanaka, H. ; Soda, K. J Biol Chem 1989, 264, 2450.
15. Yoshimura, T. ; Nishimura, K. ; Ito, J. ; Esaki, N. ; Kagamiyama, H. ; Manning, J. M. ; Soda, K. J Am Chem Soc 1993, 115, 3987.
16. Tobler, H. P. ; Christen, P. ; Gehring, H. J Biol Chem 1986, 261, 7105.
17. Jhee, K. - H. ; Yoshimura, T. ; Esaki, N. ; Yonaha, K. ; Soda, K. J Biochem 1995, 118, 101.
18. Tanaka. T. ; Yamamoto, S. ; Moriya, T. ; Taniguchi, M. ; Hayashi, H. ; Kagamiyama, H. ; Oi, S. J Biochem 1994, 115, 309.
19. Kirsch, J. E; Eichele, G. ; Ford, G. G. ; Vincent, M. G. ; Jansonius, J. N. ; Gehring, H. ; Christen, P. J Mol Biol 1984, 174, 497.
20. Shen, B. W. ; Hennig, M. ; Hohenester, E. ; Jansonius, J. N. ; Schirmer, T. J Mol Biol 1998, 277, 81.
21. Stark, W. ; Kallen, J. ; Markovic-Housley, Z. ; Fol, B. ; Kania, M. ; Jansonius, J. M. Enzymes dependent on pyridoxal phosphate and other carbonyl compounds as cofactors; Pergamon Press, Oxford, 1991; p 111.
22. Sugio, S. ; Petsko, G. A. ; Manning, J. M. ; Soda, K. ; Ringe, D. Biochemistry 1995, 34, 9661.
23. Okada, K. ; Hirotsu, K. ; Sato, M. ; Hayashi, H. ; Kagamiyama, H. J Biochem 1997, 121, 637.
24. Shaw, J. P. ; Petsko, G. A. ; Ringe, D. Biochemistry 1997, 36, 1329.
25. Faraci, W. S. ; Walsh, C. T. Biochemistry 1988, 27, 3267.
26. Yorifuji, T. ; Soda, K. J Biol Chem 1971, 246, 5093.
27. Lim, Y. - H. ; Yoshimura, T. ; Kurokawa, Y; Esaki, N. ; Soda, K. J Biol Chem 1998, 273, 4001.
28. Kurokawa, Y; Watanabe, A. ; Yoshimura, T. ; Esaki, N. ; Soda, K. J Biochem 1998, 124, 1163.
29. Cardinale, G. J. ; Abeles, R. H. Biochemistry 1968, 7, 3979.
30. Choi, S. Y. ; Esaki, N. ; Yoshimura, T. ; Soda, K. J Biochem 1992, 112, 139.
31. Gallo, K. A. ; Tanner, M. E. ; Knowles, J. R. Biochemistry 1993, 32, 3991.
32. Yamauchi, T. ; Choi, S. -Y; Okada, H. ; Yohda, M. ; Kumagai, H. ; Esaki, N. ; Soda, K. J Biol Chem 1992, 267, 18361.
33. Runick, G. ; Abeles, R. H. Biochemistry 1975, 14, 4515.
34. Albery, J. ; Knowles, J. Biochemistry 1986, 25, 2572.
35. Wiseman, J. S. ; Nichols, J. S. J Biol Chem 1984, 259, 8907.
36. Lim, Y. - H. ; Yokoigawa, K. ; Esaki, N. ; Soda, K. J Bacteriol 1994, 175, 4213.
37. Soda, K. ; Osumi, T. ; Methods Enzymol 17B, 1971, 629.
38. Inagaki, K. ; Tanizawa, K. ; Tanaka, H. ; Soda, K. Agric Biol Chem 1987, 51, 173.
39. Toyama, H. ; Tanizawa, K. ; Yoshimura, T. ; Asano, S. ; Lim, Y.
40. H. ; Esaki, N. ; Soda, K. J Biol Chem 1991, 266, 13634.
41. Watababe, A. ; Kurokawa, Y; Yoshimura, T. ; Kurihara, T. ; Soda, K. ; Esaki, N. J Biol Chem 1999, 274, 4189.
42. Watanabe, A. ; Yoshimura, T. ; Mikami, B. ; Esaki, N. J Biochem 1999, 126, 781.
43. Miles, E. W. Transaminases; Wiley: New York, 1985; p 470.
44. Tani, S. ; Tsujimoto, N. ; Kawata, Y. ; Tokushige, M. Biotechnol AppI Biochem 1990, 12, 28.
45. Miles, E. W. ; Houck, D. R. ; Floss, H. G. J Biol Chem 1982, 257, 14203.
46. Kamitani, H. ; Esaki, N. ; Tanaka, H. ; Soda, K. Agric Biol Chem 1990, 54, 2069.
47. Green, J. M. ; Merkel, W. K. ; Nichols, B. P. J Bacteriol 1992, 174, 5317.
48. Mehta, P. K. ; Christen, P. Eur J Biochem 1993, 211, 373.
49. Gribskov, M. Gene 1992, 119, 107.
50. Nakai, T. ; Mizutani, H. ; Miyahara, I. ; Hirotsu, K. ; Takeda, S. ; Jhee, K. -H. ; Yoshimura, T. Esaki, N. J Biochem 2000, 128, 29.
51. Hyde, C. C. ; Ahmed, S. A. ; Padlan, E. A. ; Miles, E. W. ; Davies, D. R. J Biol Chem 1988, 263, 17857.
52. Isupov, M. N. ; Antson, A. A. ; Dodson, E. J. ; Dodson, G. G. ; Dementieva, I. S. ; Zakomirdina, L. N. ; Wilson, K. S. ; Dauter, Z. ; Lebedev, A. A. ; Harutyunyan, E. H. J Mol Biol 1998, 276, 603.
53. Watanabe, N. ; Sakabe, K. ; Sakabe, N. ; Higashi, T. ; Sasaki, K. ; Aibara, S. ; Morita, Y. ; Yonaha, K. ; Toyama, S. ; Fukutani, H. J Biochem 1989, 105, 1.
54. Momany, C. ; Ernst, S. ; Ghosh, R. ; Chang, N. L. ; Hackert, M. L. J Mol Biol 1995, 252, 643.
55. Momany, C. ; Ghosh, R. ; Hackert, M. L. Protein Sci 1995, 4, 849.
56. Antson, A. A. ; Demidkina, T. V. ; Gollnick, P. ; Dauter, Z. ; von Tersch, R. L. ; Long, J. ; Berezhnoy, S. N. ; Phillips, R. S. ; Harutyunyan, E. H. ; Wilson, K. S. Biochemistry 1993, 32, 4195.
57. Clauseri, T. '; Huber, R. ; Laber, B. ; Pohlenz, H. D. ; Messerschmidt, A. J Mol Biol 1996, 262, 202.
58. Hennig, M. ; Grimm, B. ; Contestabile, R. ; John, R. A. ; Jansonius, J. N. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 4866.
59. Okamoto, A. ; Nakai, Y. ; Hayashi, H. ; Hirotsu, K. ; Kagamiyama, H. J Mol Biol 1998, 280, 443.
60. Renwick, S. B. ; Snell, K. ; Baumann, J. Structure 1998, 15, 1105.
61. Gallagher, D. T. ; Gilliland, G. L; Xiao, G. ; Zondlo, J. ; Fisher, K. E. ; Chinchilla, D. ; Eisenstein, E. Structure 1998, 15, 465.
62. Burkhard, P. ; Rao, G. S. J. ; Hohenester, E. ; Schnackerz, K. D. ; Cook, P. P. ; Jansonius, J. N. J Mol Biol 1998, 283, 121.
63. Grishin, N. V. ; et al. Abstr Annul Meet Protein Society; San Diego, CA, 1998; p 144.
64. Hester, G. ; Luong, T. N. ; Moser, M. ; Jansonius, J. N. Phosphoserine aminotransferase from Bacillus Circulars Subsp. Alkalophilus.