On the use of the quasi-Gaussian entropy theory in systems of polyatomic flexible molecules

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 9, 2001, Pages 1834-1844

  Amadei, Andrea ^a   Lacono, Barbara ^b   Grego, Simone ^b   Apol, M E F ^a   Chillemi, Giovanni ^a   Paci, Enrico ^b   Delfini, Maurizio ^a   Nola, Alfredo Di ^a  

^a UNIVERSITY OF ROME TOR VERGATA   (Italy)

^b SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; MOLECULAR DYNAMICS;

POLYATOMIC FLEXIBLE MOLECULES; QUASI-GAUSSIAN ENTROPY (QGE) THEORY;

ENTROPY;

EID: 0035280758     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp002805z     Document Type: Article

References (38)

1. Amadei, A.; Apol, M. E. F.; Di Nola, A.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 104, 1560-1574.
2. Amadei, A.; Apol, M. E. F.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1997. 706, 1893-1912.
3. Amadei, A.; Apol, M. E. F.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998. 709, 3004-3016.
4. Apol, M. E. F.; Amadei, A.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998, 709, 3017-3027.
5. Landau, L. D.; Lifshitz, E. M. Course of Theoretical Physics, 3rd ed.; Pergamon Press: Oxford, 1980; Vol. 5, Part 1 (Statistical Physics).
6. Apol, M. E. F.; Amadei, A.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6665-6678.
7. Apol, M. E. F.; Amadei, A.; Berendsen, H. J. C. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 172-178.
8. Amadei, A.; Roccatano, D.; Apol, M. E. F.; Berendsen, H. J. C.; Di Nola, A. J. Chem. Phys. 1996, 705, 7022-7025.
9. Roccatano, D.; Amadei, A.; Apol, M. E. F.; Di Nola, A.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998, 709, 6358-6363.
10. Amadei, A.; Apol, M. E. F.; Chillemi, G.; Berendsen, H. J. C.; Di Nola, A. Mol. Phys. 1999, 96, 1469-1490.
11. Stern, P. S.; Chorev, M.; Goodman, M.; Hagler, A. T. Biopolymers 1983, 22, 1885-1900.
12. Aleman, C.; Ferez, J. J. Int. J. Peptide Proteins Res. 1994,43,258-263.
13. Fletcher, M. D.; Campbell, M. M. Chem. Rev. 1998, 98, 763795.
14. Dauber-Osguthorpe, P.; Campbell, M. M.; Osguthorp, D. J. Int. J. Pept. Proteins Res. 1991, 38, 357-377.
15. Rodriguez, A. M.; Baldoni, H. A.; Suvire, F.; Vazquez, R. N.; Zamarbide, G.; Enriz, R. D.; Farkas, 0.; Perczel, A.; McAlIister, M. A.; Torday, L. L.; Papp, J. G.; Csizmadia, I. G. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998,455,275-301.
16. Stem, P. S.; Chorev; M.; Goodman, M.; Hagler, A. T. Biopolymers 1983,22,1901-1917.
17. Dixon, D. A.; Komornicki, A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 56305636.
18. Di Nola, A.; Brunger, A. T. J. Comput. Chem. 1998, 19, 12291240.
19. Resat, H.; Mezei, M. J. Chem. Phys. 1993, 99, 6052-6061.
20. Mezei, M. Mol. Simul. 1993, 10, 225-239.
21. Tobias, D. J.; III, C. L. B. J. Phys. Chem. 1992, 96, 3864-3870.
22. Christensen, I. T.; Jprgensen, F. S. J. Comput.-Aided Mol. Design 1997, 11, 385-394.
23. Pettitt, B. M.; Karplus, M. J. Phys. Chem 1988, 92, 3994-3997.
24. Mezei, M.; Mehrotra, P. T.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 707, 2239-2245.
25. Abramowitz, M.; Stegun, I. A. Handbook of Mathematical Functions; Dover: New York, 1972.
26. Apol, M. E. F.; Amadei, A.; Berendsen, H. J. C.; Di Nola, A. J. Chem. Phys. 1999, / / /, 4431 -4441.
27. Amadei, A.; Chillemi, G.; Ceruso, M.; Grottesi, A.; Di Nola, A. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9-23.
28. Evans, D. J.; Morris, G. P. Phys. Lett. A 1983, 98, 433-436.
29. van der Spoel, D.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. Gromacs User Manual, Version 1.51; University of Groningen: Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands, 1997.
30. Gromos-87 manual, van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Biomos BV; University of Groningen: Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands.
31. van Gusteren, W. F.; Karplus, M. Macromolecules 1982,15, 15281544.
32. Herman, J.; Berensen, H. J. C.; van Gusteren, W. F.; Postma, J. P. M. Biopolymers 1984, 23, 1513-1518.
33. van Buren, A. R.; Marrink, S. J.; Berensen, H. J. C. J. Phys. Chem 1993, 97, 9206-9212.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; HeadGordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1994.
35. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct., Fund.', Genet. 1993, 17, 412-425.
36. Anet, F. A. L.; Bourn, A. J. R. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 760768.
37. Squillacote, M.; Sheridan, R. S.; Chapman, O. L.; Anet, F. A. L. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 3244-3246.
38. Anderson, A. G.; Hermans, J. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1988, 3, 262-265.