Energy landscapes of conformationally constrained peptides

Journal of Chemical Physics

Volumn 114, Issue 2, 2001, Pages 993-1009

  Levy, Yaakov ^a   Backer, Oren M ^a  

^a TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; STATISTICAL METHODS;

PEPTIDES;

AMINO ACIDS;

EID: 0035128033     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.1329646     Document Type: Article

References (58)

1. C. M. Dobson, A. Sali, and M. Karplus, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 37, 868 (1998).
2. M. Karplus, J. Phys. Chem. B 104, 11 (2000).
3. A. Ansari, J. Berendzen, S. F. Bowne, H. Frauenfelder, I. E. T. Iben, T. B. Sauke, E. Shyamsunder, and R. D. Young, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82, 5000 (1985).
4. I. E. T. Iben, D. Braunstein, W. Dister, H. Frauenfelder, M. K. Hong, J. B. Johnson, S. Luck, P. Ormos, A. Schulte, P. J. Steinbach, A. H. Xie, and R. D. Young, Phys. Rev. Lett. 62, 1916 (1989).
5. H. Frauenfelder, S. G. Sliger, and P. G. Wolynes, Science 254, 1598 (1991).
6. A. Sali, E. Shakhnovich, and M. Karplus, Nature (London) 369, 248 (1994).
7. N. D. Socci, J. N. Onuchic, and P. G. Wolynes, J. Chem. Phys. 104, 5860 (1996).
8. H. S. Chan and K. A. Dill, Proteins 30, 2 (1998).
9. A. R. Dinner and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 103, 7969 (1999).
10. R. Du, V. S. Pande, A. Y. Grosberg, T. Tanaka, and E. S. Shakhnovich, J. Chem. Phys. 108, 334 (1998).
11. H. S. Chan and K. A. Dill, J. Chem. Phys. 100, 9238 (1994).
12. R. Elber and M. Karplus, Science 235, 318 (1987).
13. F. B. Sheinerman and C. L. Brooks III, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 1562 (1998).
14. F. B. Sheinerman and C. L. Brooks III, Proteins 29, 193 (1997).
15. O. M. Becker and M. Karplus, J. Chem. Phys. 106, 1495 (1997).
16. Y. Levy and O. M. Becker, Phys. Rev. Lett. 81, 1126 (1998).
17. D. J. Wales, M. A. Miller, and W. TR, Nature (London) 394, 758 (1998).
18. J. P. K. Doye, M. A. Miller, and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 6896 (1999).
19. R. S. Berry and R. E. Kunz, Phys. Rev. Lett. 74, 3951 (1995).
20. R. E. Kunz and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 103, 1904 (1995).
21. K. D. Ball, R. S. Berry, R. E. Kunz, F.-Y. Li, A. Proykova, and D. J. Wales, Science 271, 963 (1996).
22. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 109, 8557 (1998).
23. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 111, 2060 (1999).
24. A. E. Garcia, Phys. Rev. Lett. 68, 2696 (1992).
25. A. E. Garcia, in Nonlinear Excitations in Biomolecules, edited by M. Peyrard (Springer, Berlin, 1994), pp. 191-207.
26. R. Abagyan and P. Argos, J. Mol. Biol. 225, 519 (1992).
27. M. A. Balsera, W. Wriggers, Y. Oono, and K. Schulten, J. Phys. Chem. 100, 2567 (1996).
28. L. S. D. Caves, J. D. Evanseck, and M. Karplus, Protein Sci. 7, 649 (1998).
29. O. M. Becker, J. Mol. Struct.: THEOCHEM 398-399, 507 (1997).
30. O. M. Becker, Proteins 27, 213 (1997).
31. O. M. Becker, J. Comput. Chem. 19, 1255 (1998).
32. N. Elmaci and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 110, 606 (1999).
33. S. B. Prusiner, Cell 93, 337 (1998).
34. O. M. Becker, Y. Levy, and O. Ravitz, J. Phys. Chem. B 104, 2123 (2000).
35. R. D. Levine and R. B. Bernstein, Molecular Reaction Dynamics and Chemical Reactivity (Oxford University Press, New York, 1987).
36. J. N. Onuchic, Z. Luthey-Schulten, and P. G. Wolynes, Annu. Rev. Phys. Chem. 48, 539 (1997).
37. F. H. Stillinger and T. A. Weber, Science 225, 983 (1984).
38. T. Noguti and N. Go, Proteins 5, 97 (1989).
39. R. S Berry, N. Elmaci, J. P. Rose, and B. Vekhter, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 9520 (1997).
40. A. Fernandez, K. S. Kostov, and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 112, 5223 (2000).
41. R. Czerminski and R. Elber, J. Chem. Phys. 92, 5580 (1990).
42. M. A. Miller and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 6610 (1999).
43. R. E. Bruccoleri and M. Karplus, Biopolymers 29, 1847 (1990).
44. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem. 4, 187 (1983).
45. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998).
46. A. Amadei, A. B. M. Linssen, and H. J. C. Berendsen, Proteins 17, 412 (1993).
47. A. Amadei, A. B. M. Linssen, B. L. de Groot, D. M. F. van Alten, and H. J. C. Berendsen, J. Biomol. Struct. Dyn. 13, 615 (1996).
48. B. L. de Groot, A. Amedi, D. M. F. van Alten, and H. J. C. Berendsen, J. Biomol. Struct. Dyn. 13, 741 (1996).
49. J. M. Troyer and F. E. Cohen, Proteins 23, 97 (1995).
50. A. E. Garcia and G. Hummer, Proteins 36, 175 (1999).
51. J. C. Gower, Biometrika 53, 325 (1966).
52. P. Sibani, J. C. Schön, P. Salamon, and J. O. Andersson, Europhys. Lett. 22, 479 (1993).
53. J. C. Schön, Ber. Bunsenges. Phys. Chem. 100, 1388 (1996).
54. S. Fischer and M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 194, 252 (1992).
55. J. M. Shin and W. S. Oh, J. Phys. Chem. B 102, 6405 (1998).
56. A. Sali, E. Shakhnovich, and M. Karplus, J. Mol. Biol. 235, 1614 (1994).
57. P. E. Leopold, M. Montal, and J. N. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 8721 (1992).
58. J. N. Onuchic, P. G. Wolynes, Z. Luthey-Schulten, and N. D. Socci, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 3626 (1995).