Temperature effects on protein motions: A molecular dynamics study of RNase-Sa

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 44, 2000, Pages 10387-10397

  Dvorsky, Radovan ^a   Sevcik, Josef ^a   Caves, Leo S D ^b   Hubbard, Roderick E ^b   Verma, Chandra S ^b  

^a Institute of Molecular Biology   (Slovakia)

^b UNIVERSITY OF YORK   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; ENZYME KINETICS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; SOLVENTS; THERMAL EFFECTS;

PROTEIN MOTIONS;

PROTEINS;

EID: 0034321622     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp001933k     Document Type: Article

References (95)

1. Brooks, C. L.; Karplus, M. J. Mol. Biol 1989, 208, 159.
2. Kitao, A.; Hirata, F.; Go, N. Chem. Phys. 1991, 158, 447.
3. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
4. Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11.
5. Rasmussen, B. F.; Stock, A. M.; Ringe, D.; Petsko, G. A. Nature 1992, 557, 423.
6. Ferrand, M.; Dianoux, A. J.; Petry, W.; Zaccai, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9668.
7. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Science 1995, 269, 959.
8. Yedgar, S.; Tetreau, C.; Gavish, B.; Lavalette, D. Biophys J. 1995, 68, 665.
9. Melchionna, S.; Falconi, M.; Desideri, A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 6033.
10. Vitkup, D.; Ringe, D.; Petsko, G. A.; Karplus, M. Nature Struct. Biol. 2000, 7, 34.
11. Eastman, P.; Pellegrini, M.; Doniach, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10141.
12. Perez, J.; Zanotti, J. M.; Durand, D. Biophys. J. 1999, 77, 454.
13. Nienhaus, G. U.; Muller, J. D.; McMahon, B. H.; Frauenfelder, H. Physica D 1997, 107, 297.
14. Daniel, R. M.; Smith, J. C.; Ferrand, M.; Hery, S.; Dunn, R.; Finney, J. L. Biophys. J. 1998, 75, 2507.
15. Fitter, J.; Lechner, R. E.; Dencher, N. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8036.
16. Rector, K. D.; Engholm, J. R.; Rella, C. W.; Hill, J. R.; Dlott, D. D.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2381.
17. Tang, X. P.; Geyer, U.; Busch, R.; Johnson, W. L.; Wu, Y. Nature 1999, 402, 160.
18. Greer, A. L. Nature 1999, 402, 132.
19. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. 1990, 215, 439.
20. GoupilLamy, A. V.; Souaille, M.; Smith, J. C. Biopolymers 1996, 39, 471.
21. Swartz, P. D.; Ichiye, T. Biochemistry 1996, 35, 13772.
22. GoupilLamy, A. V.; Smith, J. C.; Yunoki, J.; Parker, S. F.; Kataoka, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9268.
23. Hery, S.; Genest, D.; Smith, J. C. J. Mol. Biol. 1998, 279, 303.
24. Tuzel, E.; Erzan, A. Phys. Rev. 2000, E61, R1040.
25. Bacova, M.; Zelinkova, E.; Zelinka, J. Biochim. Biophys. Acta 1971, 235, 335.
26. Sevcik, J.; Dodson, E. J.; Dodson, G. G. Acta Crystallogr. B 1991, 47, 240-253.
27. Sevcik, J.; Dauter, Z.; Lamzin, V. S.; Wilson, K. S. Acta Crystallogr. D 1996, 52, 327.
28. Tilton, R. F.; Dewan, J. C.; Petsko, G. A. Biochemistry 1992, 31, 2469.
29. Angell, C. A. Science 1995, 267, 1924.
30. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
31. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
32. Reiher, D. Ph.D. Thesis, Harvard University, 1985.
33. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1989, 6, 32.
34. Berendsen, H. J. C.; Postma, P. M., van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
35. York, D. M.; Wlodawer, A.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 8715.
36. Ceccarelli, M.; Marchi, M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2105.
37. Levy, R. M.; Perahia, D.; Karplus, M. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 1346.
38. Wong, C. F.; Zheng, C.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1989, 154, 151.
39. Lonhariach, R. J.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. 1990, 215, 439.
40. Norberg, J.; Nilsson, L. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10173.
41. Young, A. C. M.; Tilton, R. F.; Dewan, J. C. J. Mol. Biol. 1994, 235, 302.
42. Bhaskaran, R.; Prabhakaran, M.; Jayaraman, G.; Yu, C.; Ponnuswamy, P. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 627.
43. Zhou, Y. Q.; Vitkup, D.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1371.
44. Doster, W.; Bachleitner, A.; Dunau, R.; Hiebl, M.; Luscher, E. Biophys. J. 1986, 50, 213.
45. Ichiye, T.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1987, 2, 236.
46. Leach, A. R. Molecular modelling: principles and applications; Addison-Wesley Longman: Essex, U.K., 1996; Chapter 6.
47. Garcia, A. E.; Hummer, G. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 36, 175.
48. Schliter, J.; Friedrich, J.; Herenyi, L.; Fidy, J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3045.
49. McCammon, J. A.; Karplus, M. Bioploymers 1980, 19, 1375.
50. Davis, J. H.; Agard, D. A. Biochemistry 1998, 37, 7696.
51. Sevcik, J.; Hill, C. P.; Dauter, Z.; Wilson, K. S. Acta Crystallogr. Sect. D 1993, 49, 257.
52. Hayward, S.; Go, N. Annu. Rev. Phys. Chem. 1995, 46, 223.
53. Verma, C. S.; Caves, L. S. D.; Hubbard, R. E.; Roberts, G. C. K. J. Mol. Biol. 1997, 266, 776.
54. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 292.
55. Akke, M.; Liu, J.; Cavanagh, J.; Erickson, H. P.; Palmer, A. G. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 55.
56. Caves, L. S. D.; Evanseck, J. D.; Karplus, M. Protein Sci. 1998, 7, 649.
57. Lan, E. Y.; Bruice, T. C. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12387.
58. Yon, J. M.; Perahia, D.; Ghelis, C. Biochemie 1998, 80, 33.
59. Miller, D. W.; Agard, D. A. J. Mol. Biol. 1999, 256, 267.
60. Radkiewicz, J. L.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 225.
61. Elamrani; S.; Berry, M. B.; Phillips, G. N.; McCammon, J. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 25, 79.
62. Ma, J. P.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1997, 274, 114.
63. Bahar, I.; Atilgan, A. R.; Demirel, M. C.; Erman, B. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 2733.
64. deGroot, B. L.; Hayward, S.; vanAalten, D. M. F.; Amadei, A.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 31, 116.
65. Ansari, A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1774.
66. Madrid, M.; JacoboMolina, A.; Ding, J.; Arnold, E. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 35, 332.
67. Ichiye, T.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1991, 11, 205.
68. Caves, L. S. D.; Nguyen, D. T.; Hubbard, R. E. Molecular dynamics: an overview of applications in molecular biology; Macmillan: London, 1991; Chapter 2.
69. Clarage, J. B.; Clarage, M. S.; Phillips, W. C.; Sweet, R. M.; Caspar, D. L. D. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1992, 12, 145.
70. Forrest, J. A.; Mattsson, J. Phys. Rev. E 2000, 61, R53.
71. VanAalten, D. M. F.; DeGroot, B. L.; Findlay, J. B. C.; Berendsen, H. J. C.; Amadei, A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 169.
72. Mandel, A. M.; Akke, M.; Palmer, A. G. Biochemistry 1996, 35, 16009.
73. Janezic, D.; Venable, R. M.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1554.
74. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 14, 412.
75. deGroot, B. L.; vanAalten, D. M. F.; Amadei, A.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1996, 71, 1707.
76. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 235, 318.
77. Becker, O. M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1495.
78. Garcia, A. E.; Blumenfeld, R.; Hummer, G.; Krumhansl, J. A. Physica D 1997, 107, 225.
79. Kitao, A.; Hayward, S.; Go, N. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 33, 496.
80. Bahar, I.; Erman, B.; Haliloglu, T.; Jernigan, R.L. Biochemistry 1997, 36, 13512.
81. McCammon, J. A.; Harvey, S. C. Dynamics of proteins and nucleic acids; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1987; Chapter 4.
82. Cannon, W. R.; Benkovic, S. J. J. Biol. Chem. 1998, 273, 26257.
83. Elofsson, A.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2480.
84. Bentley, G.; Dodson, G.; Lewitova, A. J. Mol. Biol. 1978, 126, 871.
85. Barrat, J. L.; Klein, M. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 1991, 42, 23.
86. Kneller, G. R.; Smith, J. C. J. Mol. Biol. 1994, 242, 181.
87. Bahar, I.; Erman, B.; Jernigan, R. L.; Atilgan, A. R.; Covell, D. G. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1023.
88. Luque, I.; Todd, M. J.; Gomez, J.; Semo, N.; Friere, E. Biochemistry 1998, 37, 5791.
89. Jerome, B.; Commandeur, J. Nature 1997, 386, 589.
90. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37.
91. Fitter, J. Biophys. J. 1999, 76, 1034.
92. Polnaszek, C. F.; Bryant, R. G. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 428.
93. Saccai, G. Science 2000, 288, 1604.
94. Cohen, R. Nature 1999, 573, 512.
95. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946.