Probing the origins of spectroscopic responses to analyte-induced conformational changes in fluorescently-labeled cod III parvalbumin

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 43, 2000, Pages 10100-10110

  Brennan, John D ^a   Flora, Kulwinder K ^a   Bendiak, Glenda N ^a   Baker, Gary A ^b   Kane, Maureen A ^b   Pandey, Siddharth ^b   Bright, Frank V ^b  

^a MCMASTER UNIVERSITY   (Canada)

^b UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AGENTS; BIOSENSORS; CONFORMATIONS; CRYSTAL ORIENTATION; FLUORESCENCE; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

ANALYTE-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES;

PROTEINS;

EID: 0034320853     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp002244b     Document Type: Article

References (63)

1. (a) Healy, B. G.; Li, L.; Walt, D. R. Biosens. Bioelectron. 1997, 12, 521.
2. (b) Sierra, J. F.; Galban, J.; Castillo, J. R. Anal. Chem. 1997, 69, 1471.
3. (c) Sierra, J. F.; Galban, J.; de Marcos, S.; Castillo, J. R. Anal. Chim. Acta 1998, 368, 97.
4. (d) Barker, S. L. R.; Zhao, Y.; Marletta, M.; Kopelman, R. Anal. Chem. 1999, 71, 2071.
5. Rabbany, S. Y.; Donner, B. L.; Ligler, F. S. Crit. Rev. Biomed. Eng. 1994, 22, 307.
6. (a) Piunno, P. A.; Krull, U. J. Anal. Chem. 1995, 67, 2635.
7. (b) Henke, L.; Piunno, P. A. E.; Mcclure, A. C.; Krull, U. J. Anal. Chim. Acta 1997, 344, 201,
8. (c) Liu, X.; Tan, W. Anal. Chem. 1999, 71, 5054.
9. (d) Budach, W.; Abel, A. P.; Bruno, A. E.; Neuschafer, D. Anal. Chem. 1999, 71, 3347.
10. (a) Thompson, R. B.; Jones, E. R. Anal. Chem. 1993, 65, 730.
11. (b) Thompson, R. B.; Maliwal, B. P.; Feliccia, V. L.; Fierke, C. A.; McCall, K. Anal. Chem. 1998, 70, 4717.
12. (c) Thompson, R. B.; Maliwal, B. P. Anal. Chem. 1998, 70, 1749.
13. (a) D'Aurie, S.; Herman, P.; Rossi, M.; Lakowicz, J. R. Biochim. Biophys. Res. Commun. 1999, 265, 550.
14. (b) D'Aurie, S.; Gryczynski, Z.; Bryczynski, I.; Rossi, M.; Lakowicz, J. R. Anal. Biochem. 2000, 283, 83.
15. (c) D'Aurie, S.; Rossi, M.; Herman, P.; Lakowicz, J. R. Biophys. Chem. 2000, 84, 167.
16. (a) Giuliano, K. A.; Post, P. L.; Hahn, K. M.; Taylor, D. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 405.
17. (b) Giuliano, K. A.; Taylor, D. L. Trends Biotechnol. 1998, 16, 135.
18. (c) Hellinga, H. W.; Marvin, J. S. Trends Biotechnol. 1998, 16, 183.
19. Brennan, J. D. J. Fluoresc. 1999, 9, 295.
20. Flora, K. K.; Brennan, J. D. Anal. Chem. 1998, 70, 4505.
21. (a) Hahn, K. M.; Waggoner, A. S.; Taylor, D. L. J. Biol. Chem. 1990, 265, 20335.
22. (b) Blair, T. L.; Yang, S. T.; Smith-Palmer, T.; Bachas, L. G. Anal. Chem. 1994, 66, 300.
23. (c) Schauer-Vukasinovic, V.; Cullen, L.; Daunert, S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11102.
24. (d) Watkins, A. N.; Bright, F. V. Appl. Spec. 1998, 52, 1447.
25. (a) Gilardi, G.; Zhou, L. Q.; Hibbert, L.; Cass, A. E. G. Anal. Chem. 1994, 66, 3840.
26. (b) Marvin, J. S.; Corcoran, E. E.; Hattandadi, N. A.; Zhang, J. V.; Gere, S. A.; Hellinga, H. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 269, 4366.
27. (a) Marvin, J. S.; Hellinga, H. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7.
28. (b) Tolosa, L.; Gryczynski, I.; Eichhorn. L. R.; Dattelbaum, J. D.; Castellano, F. N.; Rao, G.; Lakowicz, J. R. Anal. Biochem. 1999, 267, 114.
29. (a) Brune, M.; Hunter, J. L.; Corrie, J. E. T.; Webb, M. R. Biochemistry 1994, 33, 8262.
30. (b) Nixon, A. E.; Brune, M.; Lowe, P. N.; Webb, M. R. Biochemistry 1995, 34, 15592.
31. (c) Lionne, C.; Brune, M.; Webb, M. R.; Travers, F.; Barman, T. FEBS Lett. 1995, 364, 59.
32. (d) Lundgren, J. S.; Salins, L. L. E.; Kaneva, I.; Daunert, S. Anal. Chem. 1999, 71, 589.
33. Hutnik, C. M. L.; MacManus, J. P.; Szabo, A. G. Biochemistry 1990, 29, 7318.
34. Hutnik, C. M. L.; MacManus, J. P.; Banville, D.; Szabo, A. G. J. Biol. Chem. 1990, 265, 11456.
35. Chattopadhyay, A. Chem. Phys. Lipids 1990, 53, 1.
36. Weber, G.; Farris, F. J. Biochemistry 1979, 18, 3075.
37. Sjöback, R.; Nygren, J.; Kubista, M. Spectrochim. Acta A 1995, 51, L7.
38. Horrocks, W. D., Jr.; Collier, W. E. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 2856.
39. Permyakov, E. A.; Kalinichenko, L. P.; Derezhkov, V. Y.; Antalik, M.; Meinholtz, D. C.; Berliner, L. J. Biophys. Chem. 1992, 42, 189.
40. Lin, S.; Struve, W. S. Photchem. Photobiol. 1991, 54, 361.
41. Edmiston, P. L.; Wambolt, C. L.; Smith, M. K.; Saavedra, S. S. J. Colloid Interface Sci. 1994, 163, 395.
42. Zheng, L.; Reid, W. R.; Brennan, J. D. Anal. Chem. 1997, 69, 3940.
43. Miller, J. N. Standards in Fluorescence Spectrometry; Chapman and Hall: London, 1981; p 75.
44. Lakowicz, J. R.; Cherek, H.; Balter, A. J. Biochem. Biophys. Methods 1981, 5, 131.
45. Wang, R.; Bright, F. V. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4231.
46. James, D. R.; Siemiarczuk, A.; Ware, W. R. Rev. Sci. Instrum. 1992, 63, 1710.
47. (a) Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 2nd ed.; Kluwer Academic/Plenum Press: New York, 1999.
48. (b) Demas, J. N. Excited-State Lifetime Measurements; Academic Press: New York, 1983.
49. (c) Lakowicz, J. R.; Gryczynski, I. In Topics in Fluorescence Spectroscopy; Lakowicz, J. R., Ed.; Plenum: New York, 1991; Vol. 1, Chapter 5.
50. (d) Bright, F. V.; Betts, T. A.; Litwiler, K. S. CRC Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 389.
51. (e) Bright, F. V. Appl. Spectrosc. 1995, 49, 14A-19A.
52. (a) Munro, I.; Pecht, I.; Stryer, L. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1979, 76, 56.
53. (b) Wang, R.; Sun, S.; Bekos, E. J.; Bright, F. V. Anal. Chem. 1995, 67, 149.
54. Bers, D.; Patton, C.; Nuccitelli, R. A Practical Guide to the Preparation of Ca Buffers. In Methods in Cell Biology; Nuccitelli, R. Ed.; Academic Press: San Diego, 1994; Vol. 40, pp 3-29.
55. Schwarzenbach, G.; Senn, H.; Anderegg, G. Helv. Chim. Acta 1957, 40, 1886.
56. (a) Lakowicz, J. R.; Weber, G. Biochemistry 1973, 12, 4161.
57. (b) Flora, K.; Brennan, J. D.; Baker, G. A.; Doody, M.; Bright, F. V. Biophys. J. 1998, 75, 1084.
58. Eftink, M. R.; Ghiron, C. A. Biochemistry 1977, 16, 5546.
59. Birks, J. B. Photophysics of Aromatic Molecules; Wiley-Interscience: London, 1970; Chapter 5.
60. (a) Szabo, A. G.; Faerman, C. Proc. SPIE 1992, 1640, 70.
61. (b) Sitkoff, D.; Lockhart, D. J.; Sharp, K. A.; Honig, B. Biophys. J. 1994, 67, 2251.
62. (c) Brennan, J. D.; Clark, I. D.; Hogue, C. W. V.; Ito, A. S.; Juliano, L.; Paiva, A. C. M.; Rajendran, B.; Szabo, A. G. Appl. Spectrosc. 1995, 49, 51.
63. Narazaki, R.; Maruyama, T.; Otagiri, M. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1338, 275.