Application of the density matrix method to spectroscopy and dynamics of photosynthetic reaction centers

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 80, Issue 4-5, 2000, Pages 1043-1054

  Hayashi, M ^a   Yang, T S ^a   Chang, C H ^a   Liang, K K ^a   Chang, R L ^a   Lin, S H ^a  

^a INSTITUTE OF ATOMIC AND MOLECULAR SCIENCES   (Taiwan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE TRANSFER; DENSITY (SPECIFIC GRAVITY); ELECTRODYNAMICS; ELECTRON ENERGY LEVELS; ELECTRON TRANSITIONS; ENERGY TRANSFER; LATTICE VIBRATIONS; MATRIX ALGEBRA; PHOTOSYNTHESIS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

DENSITY MATRIX METHOD;

QUANTUM THEORY;

EID: 0034319810     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1097-461x(2000)80:4/5<1043::aid-qua53>3.0.co;2-e     Document Type: Article

References (72)

1. Breton, J.; Martin, J.-L.; Migus, A.; Antonetti, A.; Orszag, A. Proc Natl Acad Sci USA 1986, 83, 5121.
2. Martin, J.-L.; Breton, J.; Hoff, A. J.; Migus, A.; Antonetti, A. Proc Natl Acad Sci USA 1986, 83, 957.
3. Woodbury, N. W.; Becker, M.; Middendorf, D.; Person, W. W. Biochemistry 1985, 24, 7516.
4. Fleming, G. R.; Martin, J. L.; Breton, J. Nature 1988, 333, 190.
5. Kirmaier, C.; Holten, D. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 3552.
6. Breton, J.; Martin, J.-L.; Fleming, G. R.; Lambry, J.-C. Biochemistry 1988, 27, 8276.
7. Vos, M. H.; Lambry, J.-C.; Robles, S. J.; Youvan, D. G.; Breton, J.; Martin, J.-L. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 8888.
8. Vos, M. H.; Lambry, J.-C.; Robles, S. J.; Youvan, D. G.; Breton, J.; Martin, J.-L. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 613.
9. Vos, M. H.; Rappaport, F.; Lambry, J.-C.; Breton, J.; Martin, J.-L. Nature 1993, 363, 320.
10. Vos, M. H.; Jones, M. R.; Hunter, C. N.; Breton, J.; Lambry, J.-C.; Martin, J.-L. Biochemistry 1994, 33, 6750.
11. Vos, M. H.; Breton, J.; Martin, J.-L. J Phys Chem B 1997, 101, 9820.
12. Chan, C-K.; Chen, L. X.-Q.; DiMagno, T. J.; Hanson, D. K.; Nance, S. L; Schiffer, M.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. Chem Phys Lett 1991, 176, 366.
13. Chan, C-K.; DiMagno, T. J.; Chen, L. X.-Q.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. Froc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 11202.
14. Du, M.; Rosenthal, S. J.; Xie, X.; DiMagno, T. J.; Schmidt, M.; Hanson, D. K.; Schiffer, M; Norris, J. R.; Fleming, G. R. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 8517.
15. Wang, Z.; Pearlstein, R. M.; Jia, Y.; Fleming, G. R.; Norris, J. R. Chem Phys 1993, 176, 421.
16. Jia, Y.; Jonas, D. M.; Joo, T.; Nagasawa, Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J Phys Chem 1995, 99, 6263.
17. Jonas, D. M.; Lang, M. J.; Nagasawa, Y.; Joo, T.; Fleming, G. R. J Chem Phys 1996, 100, 12660.
18. Groot, M.-L.; Yu, J.-Y.; Agarwal, R.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. J Phys Chem 1998, 102, 5923.
19. Maiti, S.; Walker, G. C.; Cowen, B. R.; Pippenger, R.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 10360.
20. Walker, G. C.; Maiti, S.; Cowen, B. R.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. J Phys Chem 1994, 98, 5778.
21. Wynne, K.; Haran, G.; Reid, G. D.; Moser, C. C.; Dutton, P. L; Hochstrasser, R. M. J Chem Phys 1996, 100, 5140.
22. Haran, G.; Wynne, K.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. J Phys Chem 1996, 100, 5562.
23. Holzapfel, W.; Finkele, U.; Kaiser, W.; Oesterhelt, D.; Scheer, H.; Stilz, H. U.; Zinth, W. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 5168.
24. Dressler, K.; Umlauf, E.; Schmidt, S.; Hamm, P.; Zinth, W.; Buchanan, S.; Michel, H. Chem Phys Lett 1991, 183, 270.
25. Arlt, T.; Schmidt, S.; Kaiser, W.; Lauterwasser, C.; Meyer, M.; Scheer, H.; Zinth, W. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 11757.
26. Schmidt, S.; Arlt, T.; Hamm, P.; Huber, H.; Nägele, T.; Wachtveil, J.; Meyer, M.; Scheer, H.; Zinth, W. Chem Phys Lett 1994, 24, 116.
27. Hamm, P.; Zurek, M.; Mäntele, W.; Meyer, M.; Scheer, H.; Zinth, W. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 1826.
28. Hamm, P.; Zinth, W. J Phys Chem 1995, 99, 13537.
29. Zinth, W.; Arlt, T.; Wachtveitl, J. Ber Bunsenges Phys Chem 1996, 100, 1962.
30. van Stokkum, I. H. M.; Beekman, L. M.; Jones, M. R.; van Brederode, M. E.; van Grondelle, R. Biochemistry 1997, 36, 11360.
31. van Brederode, M. R.; Jones, M. R.; van Mourik, F.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R. Biochemistry 1997, 36, 6856.
32. van Brederode, M. E.; Jones, M. R.; van. Grondelle, R. Chem Phys Lett 1997, 268, 143.
33. Stanley, R. J.; King, B.; Boxer, S. G. J Phys Chem 1996, 100, 12052.
34. Streltsov, A. M.; Aartsma, T. J.; Hoff, A. J.; Shuvalov, V. A. Chem Phys Lett 1997, 266, 347.
35. Streltsov, A. M.; Vulto, S. I. E.; Shkuropatov, A. Ya.; Hoff, A. J.; Aartsma, T. J.; Shuvalov, V. A. J Phys Chem B 1998, 102, 7293.
36. Spörlein, S.; Zinth, W.; Wachtveitl, J. J Chem Phys B 1998, 102, 7492.
37. Arnett, D. C.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Scherer, N. F. J Phys Chem 1999, 103, 2014.
38. Lewis, J. W.; Goldbeck, R. A.; Kliger, D. S.; Xie, X.; Dunn, R. C.; Simon, J. D. J Phys Chem 1992, 96, 5243.
39. Hartwich, G.; Lossau, H.; Ogrodnik, A.; Michel-Beyerle, M. E. The Reaction Center of Photosynthetic Bacteria; Michel-Beyerle, M.-E., Ed.; Springer: XX, 1996.
40. Cherepy, N. J.; Shreve, A. P.; Moore, L. J.; Boxer, S. G.; Marthies, R. A. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 11207.
41. Cherepy, N. J.; Shreve, A. P.; Moore, L. J.; Boxer, S. G.; Marthies, R. A. J Phys Chem 1994, 98, 6023.
42. Cherepy, N. J.; Holzwarth, A. R.; Mathies, R. A. Biochemistry 1995, 34, 5288.
43. Cherepy, N. J.; Shreve, A. P.; Moore, L. J; Boxer, S. G.; Marthies, R. A. Biochemistry 1997, 36, 8559.
44. Cherepy, N. J.; Shreve, A. P.; Moore, L. J.; Boxer, S. G.; Marthies, R. A. J Phys Chem B 1997, 101, 3250.
45. Johnson, S. G.; Tang, D.; Jankowiak, R.; Hayes, J. M.; Small, G. J.; Tiede, D. M. J Phys Chem 1990, 94, 5849.
46. Reddy, N. R. S.; Lyle, P. A.; Small, G. J. Photosyn Res 1992, 31, 167.
47. Small, G. J.; Hayes, J. M.; Sillbey, R. J. J Phys Chem 1992, 96, 7499.
48. Reddy, N. R. S.; Kolaczkowski, S. V.; Small, G. J. J Phys Chem 1993, 97, 6934.
49. Lyle, P. A.; Kolaczkowski, S. V.; Small, G. J. J Phys Chem 1993, 97, 6924.
50. Reddy, N. R. S.; Kolaczkowski, S. V.; Small, G. J. Science 1993, 260, 68.
51. Huber, H.; Meyer, M.; Scheer, H.; Zinth, W.; Wachveitl, J. 1998, 55, 153.
52. Chekalin, S. V.; Matveetz, Y. A.; Shkuropatov, A. Y.; Shuvalov, V. A.; Yartzev, A. P. FEBS Lett 1987, 216, 245.
53. Müh, F.; Schultz, C.; Schlodder, E.; Jones, M. R.; Rautter, J.; Kuhn, M.; Lubitz, W. Photosyn Res 1998, 55, 199.
54. Lin, S. H.; Alden, R. G.; Hayashi, M.; Suzuki, S.; Murchison, H. A. J Phys Chem 1993, 97, 12566.
55. Lin, S. H.; Hayashi, M.; Alden, R. G.; Suzuki, S.; Gu, X. Z.; Lin, Y. Y. Femtosecond Chemistry; Mantz, J.; Wöste, L., Eds.; Weinheim: New York, VCH, XX, 1995.
56. Lin, S. H.; Hayashi, M.; Suzuki, S.; Gu, X.; Xiao, W.; Sugawara, M. Chem Phys 1995, 197, 433.
57. Hayashi, M.; Islampour, R.; Lin, S. H. Chem Phys Lett 1993, 213, 465.
58. Lin, S. H. J Chem Phys 1989, 90, 7103.
59. Lin, S. H.; Xiao, W. Z.; Dietz, W. Phys Rev E 1993, 47, 3698.
60. Liao, D. W.; Cheng, W. D.; Bigman, J.; Karni, Y.; Speiser, S.; Lin, S. H. J Chin Chem Soc 1995, 42, 177.
61. Förster, T. Ann Phys 1948, 2, 55.
62. Förster, T. Disc Faraday Trans 1965, 27, 7.
63. Marcus, R. A. J Chem Phys 1956, 24, 966.
64. Levich, V. G. J Phys Chem 1966, 78, 249.
65. Lin, S. H. J Chem Phys 1966, 44, 3759.
66. Gu, X. Z.; Hayashi, M.; Suzuki, S.; Lin, S. H. Biochim Biophys Acta 1995, 1229, 215.
67. Alden, R. G.; Hayashi, M.; Allen, J. P.; Woodnury, N. W.; Murchison, H.; Lin, S. H. Chem Phys Lett 1993, 208, 350.
68. Sugawara, M.; Fujimura, Y.; Yen, C. Y.; Lin, S. H. Photochem Photobio A 1990, 54, 32.
69. Lin, S. H.; Alden, R. G.; Tang, C. K.; Fujimura, Y.; Sugawara, M. Mode Selective Chemistry; Jortner, J.; et al., Eds.; Kluwer: Dordrecht, 1990.
70. Fain, B.; Lin, S. H.; Hamer, N. J Chem Phys 1989, 91, 4485.
71. Lin, S. H.; Fain, B.; Hamer, N. Adv Chem Phys 1990, 79, 133.
72. Lin, S. H.; Villaeys, A. A. Density Matrix Method and Femtosecond Processes; World Scientific: Singapore, 1991.