Methyl motional parameters in crystalline L-alanine: Molecular dynamics simulation and NMR

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 47, 2000, Pages 11342-11348

  Chatfield, David C ^a   Wong, Sergio E ^a  

^a FLORIDA INTERNATIONAL UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOUNDARY CONDITIONS; COMPUTER SIMULATION; CRYSTALLINE MATERIALS; FUNCTIONS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

ALANINE;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 0034318487     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0018089     Document Type: Article

References (62)

1. Clore, G. M.; Szabo, A.; Bax, A.; Kay, L. E.; Driscoll, P. C; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 772, 4989-4991.
2. Schneider, D. M.; Dellwo, M. J.; Wand, A. J. Biochem. 1992, 31, . 3645-3652.
3. Eriksson, M. A. L.; Berglund, H.; Härd, T.; Nilsson, L. Proteins: Struct., Func., Genet. 1993, 17, 375-390.
4. Alexandrescu, A. T.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1994, 242, 527546.
5. Torchia, D. A.; Nicholson, L. K.; Cole, H. B. R.; Kay, L. E. In Topics in Molecular and Structural Biology; Clore, G. M., Gronenbaum, A. M., Eds.; MacMillan: London, 1993; pp 190-219.
6. Farrow, N. A.; Zhang, O.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Biochem. 1995, 34, 868-878.
7. Buck', M.; Boyd, J.; Redfieold, C.; MacKenzie, D. A.; Jeenes, D. J.; Archer, D. B.; Dobson, C. M. Biochemistry 1995, 34, 4041-4055.
8. Yamasaki, K.; Saito, M.; Oobatake, M.; Kanaya, S. Biochemistry 1995, 34, 6587-6601.
9. Nicholson, L. K.; Kay, L. E.; Torchia, D. A. In NMR Spectroscopy and Its Application to Biomédical Research; Sarkar, S. K., Ed.; Elsevier: New York, 1996; pp 241-279.
10. Zhu, L.; Prendergast, F. G.; Kemple, M. D. J. Biomol. NMR 1998, 12, 135-144.
11. Coles, M.; Diercks, T.; Muehlenweg, B.; Bartsch, S.; Zolzer, V.; Tschesche, H.; Kessler, H. J. Mol. Biol. 1999, 289, 139-157.
12. Guenneugues, M.; Gilquin, B.; Wolff, N.; Menez, A.; Zinn-Justin, S. J. Biomol. NMR 1999, 14, 47-66.
13. Levy, R. M.; Karplus, M.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 5998-6011.
14. Chandrasekhar, I.; Clore, G. M.; Szabo, A.; Gronenborn, A. M.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. 1992, 226, 239-250.
15. Palmer, A. G., III.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1992,114,90599067.
16. Balasubramanian, S.; Nirmala, R.; Beveridge, D. L.; Bolton, P. H. J. Magn. Res., Ser. B 1994, 104, 240-249.
17. Philippopoulos, M.; Lim, C. J. Mol. Biol. 1995, 254, 771-792.
18. Smith, L. J.; Mark, A. E.; Dobson, C. M.; van Gunsteren, W. F. Biochem. 1995,34, 10918-10931.
19. Akke, M.; Bruschweiler, R.; Palmer, A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 775, 9832-9833.
20. Yang, D. Y.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 369-382.
21. Li, Z.; Raychaudhuri, S.; Wand, A. J. Protein Sei. 1996, 5, 26472650.
22. Yang, D. Y.; Mok, Y.-K.; Forman-Kay, J. D.; Farrow, N. A.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1997, 272, 790-804.
23. Palmer, A. G., III.; Hochstrasser, R. A.; Millar, D. P.; Ranee, M.; Wright, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 6333-6345.
24. Nicholson, L. K.; Kay, L. E.; Baldisseri, D. M.; Arango, J.; Young, P.; Bax, A.; Torchia, D. A. Biochemistry 1992, 31, 5253-5263.
25. Engelke, J.; Ruterjans, H. J. Biomol. NMR 1998, 77, 165-183.
26. Chatfield, D. C.; Szabo, A.; Brooks, B. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 720,5301-5311.
27. Briischweiler, R.; Roux, B.; Blackledge, M.; Griesinger, C.; Karplus, M.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 774, 2289-2302.
28. Blackedge, M. J.; Bruschweiler, R.; Griesinger, C.; Schmidt, J. M.; Xu, P.; Ernst, R. R. Biochemistry 1993, 32, 10960-10974.
29. Brunne, R. M.; Gunsteren, W. F. v.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 775, 4764-4768.
30. Schmidt, J. M.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R.; Dunbrack, R. L. J.; Joseph, D.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 775, 8747-8756.
31. Bremi, T.; Ernst, M.; Ernst, R. R. J. Phys. Chem. 1994, 98,93229334.
32. Bremi, T.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. /. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4272-4294.
33. Batchelder, L.; Niu, C. H.; Torchia, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1983, 705, 2228-2231.
34. Keniry, M. A.; Kintanar, A.; Smith, R. L,; Gutowsky, H. S.; Oldfield, E. Biochemistry 1984, 23, 288-298.
35. Andrew, E. R.; Hinshaw, W. S.; Hutchins, M. G.; Sjoblom, R. O. I. Mol. Phys. 1976, 5, 1479-88.
36. Andrew, E. R.; Hinshaw, W. S.; Hutchins, M. G.; Sjoblom, R. O. L; Canepa, P. C. Mol. Phys. 1976, 32, 795-806.
37. Andrew, E. R.; Hinshaw, W. S.; Hutchins, M. G.; Sjoblom, R. O. I. Mol. Phys. 1977, 34, 1695-1706.
38. Gall, C. M.; DiVerdi, J. A.; Opella, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 5039-5043.
39. Beshah, K.; Griffin, R. G. J. Magn. Res. 1989, 84, 268-274.
40. Lehmann, M. S.; Koetzle, T. F.; Hamilton, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2657-2660.
41. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4(2), 187-217.
42. Mackerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellot, M.; Dunbrack, R. L.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Joseph, D.; Ha, S.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Nguyen, D. T.; Ngo, T.; Prodhom, B.; Roux, B.; Schlenkrich, B.; Smith, J.; Stote, R.; Sträub, J.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 35863616.
43. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
44. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
45. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 75, 667.
46. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Gill, P. M. W.; Wong, M. W.; Foresman, J. B.; Johnson, B. G.; Schlegel, H. B.; Robb, M. A.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Andres, J. L.; Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; Gonzalez, C.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Pople, J. A. Gaussian 92, Revision A; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1992.
47. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559.
48. Press: .W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in Fortran; Cambridge University Press: New York, 1992; pp 678-683.
49. Zwanzig, R.; Ailawasi, N. Phys. Rev. 1969, 782, 280.
50. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523-535.
51. Medhi, J. Stochastic Processes; Wiley: New York, 1982.
52. Crow, E. L.; Gardner, R. S. Biometrika 1959, 46, 441-453.
53. Pastor, R. W.; Feller, S. E. In Biological Membranes, A Molecular Perspective from Computation and Experiment; Merz, K. M., Roux, B., Eds.; Birkhäuser: Boston, 1996; pp 4-29.
54. Brunger, A.; Brooks, C. L.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1984, 705, 495.
55. Pastor, R. W.; Brooks, B. R.; Szabo, A. Mol. Phys. 1988,65,1409.
56. Gunsteren, W. F. v.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1982,45,637.
57. Eyring, H. Quantum Chemistry; Wiley: New York, 1944; p 310.
58. Stejskal, E. O.; Gutowsky, H. S. J. Chem. Phys. 1958, 28, 388396.
59. Shirts, R. B. ACM Trans. Math. Sofnvare 1993, 19', 377-390.
60. Shirts, R. B. ACM Trans. Math. SofMare 1993, 19, 391-406.
61. Torchia, D. A.; Szabo, A. J. Magn. Res. 1982, 49, 107-121.
62. Edholm, O.; Blomberg, C. Chem. Phys. 1979, 42, 449-464.