Effect of a variable nonbonded attractive pair interaction on the relaxation dynamics of in vacuo unfolded lysozyme

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 47, 2000, Pages 11360-11369

  Arteca, Gustavo A ^a,b   Reimann, C T ^c   Tapia, O ^b  

^a LAURENTIAN UNIVERSITY   (Canada)

^b UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^c LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; MOLECULAR STRUCTURE; MONOMERS; RELAXATION PROCESSES;

LYSOZYME;

PROTEINS;

EID: 0034315730     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp001841v     Document Type: Article

References (63)

1. Dobson, C. M.; Sali, A.; Karplus, M. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1998, 37, 868.
2. Socci, N. D.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Proteins 1998, 32, 136.
3. Shakhnovich, E.; Fersht, A. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 3, 65.
4. Dill, K. A.; Chan, H. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 10.
5. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524.
6. Garel, T.; Orland, H. Europhys. Lett. 1998, 6, 307.
7. Sali, A.; Shakhnovich, E.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1994, 235, 1614.
8. Shea, J.-E.; Onuchic, J. N.; Brooks, C., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 12512.
9. Guo, Z.; Thirumalai, D. Folding Des. 1997, 2, 377.
10. (a) Chan, H. S.; Dill, K. A. Macromolecules 1989, 22, 4559.
11. (b) Chan, H. S.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 6388.
12. Chan, H. S.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 1990, 92, 3118.
13. Yee, D. P.; Chan, H. S.; Havel, T. F.; Dill, K. A. / Mol. Biol. 1994, 241, 557.
14. Lattman, E. E.; Fiebig, K. M.; Dill, K. A. Biochemistry 1994, 33, 6158.
15. Dobson, C. M.; Karplus, M. Girr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 92.
16. Gutin, A. M.; Abkevich, V. I.; Shakhnovich, E. I. Biochemistry 1995, 34, 3066.
17. Abkevich, V. L; Gutin, A. M.; Shakhnovich, E. I. J. Mol. Biol. 1995, 252, 460.
18. He, S.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 287.
19. Gutin, A.; Sali, A.; Abkevich, V.; Karplus, M.; Shakhnovich, E. I. / Chem. Phys. 1998, 108, 6466.
20. Socci, N. D.; Bialek, W. S.; Onuchic, J. N. Phys. Rev. E1994,49, 3440.
21. Caliri, A.; da Suva, M. A. A. J. Chem. Phys. 1997,106, 7856.
22. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426.
23. Shelimov, K.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1996,118, 10313; 1997, 119, 2987.
24. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez-Cruz, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3143.
25. Valentine, J. S.; Andersen, J. G.; Ellington, A. D.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3891.
26. McLafferty, F. W.; Guan, Z.; Haupts, U.; Wood, T. D.; Kelleher, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4732.
27. Jarrold, M. F. Ace. Chem. Res. 1999, 32, 360.
28. Reimann, C. T.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2277.
29. Reimann, C. T.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 9344.
30. Marchi, M.; Ballone, P. J. Chem. Phys. 1999, 770, 3697.
31. Arteca, G. A.; Velazquez, L; Reimann, C. T.; Tapia, O. Phys. Rev. E 1999, 59, 5981.
32. Arteca, G. A.; Velazquez, I.; Reimann, C. T.; Tapia, O. J. Chem. Phys. 1999, 777, 4774.
33. Velazquez, I.; Reimann, C. T.; Tapia, O. J. Am. Chem. Soc. 1999, 727, 11468.
34. (a) Arteca, G. A. Biopolymers 1995, 35, 393.
35. (b) Arteca, G. A. Macromolecules 1996, 29, 7594.
36. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Groningen Molecular Simulation- GROMOS Library Manual; Biomos: Groningen, 1987.
37. Aqvist, J.; van Gunsteren, W. F.; Leijonmarck, M.; Tapia, O. J. Mol. Biol. 1985, 83, 461.
38. Miranker, A.; Robinson, C. V.; Radford, S. E.; Aplin, R. T.; Dobson, C. M. Science 1993, 262, 896.
39. Reimann, C. T.; Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Quist, A. P.; Altman, S.; Roepstorff, P.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7608.
40. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 1984, 81, 3684.
41. Lazaridis, T.; Karplus, M. Science 1997, 278, 1928.
42. Baumgärtner, A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 7496.
43. Arteca, G. A. Biopolymers 1993, 33, 1829.
44. (a) Arteca, G. A.; Caughill, D. I. Can. J. Chem. 1998, 76, 1402.
45. (b) Arteca, G. A. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999, 39, 550.
46. Laune, B.; Katritch, V.; Sogo, J.; Koller, T.; Dubochet, J.; Stasiak, A. Biophys. J. 1998,74,2815.
47. (a) Arteca, G. A. Phys. Rev. E 1994, 49, 2417.
48. (b) Arteca, G. A. Phys. Rev. E 1995, 51, 2600.
49. Arteca, G. A.; Tapia, O. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999,39, 642.
50. Kuznetsov, D. V.; Grosberg, A. Yu. Macromolecules 1992, 25, 1970.
51. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. J. Mol. Biol. 1998, 252, 471.
52. Chiti, F.; Taddei, N.; Webster, P.; Hamada, D.; Fiaschi, T.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 380.
53. Nilsson, O.; Tapia, O. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1992, 250, 295.
54. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 121.
55. (a) Terzi, E.; Holzemann, G.; Seelig, J. Biochemistry 1994,33,1345.
56. (b) Zhang, S.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 23.
57. Jacchieri, S. G. Biophys. Chem. 1998, 74, 23.
58. Chou, J. J.; Shakhnovich, E. I. J. Phys. Chem. B 1999,103, 2535.
59. (a) Goodfellow, J. M.; Levy, R. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 137.
60. (b) Lazaridis, T.; Karplus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 139.
61. Osguthorpe, D. J. Curr. Opin . Struct. Biol. 2000, 10, 146.
62. Zavodszky, P.; Kardos, J.; Svingor, A.; Petsko, G. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 7406.
63. Koradi, R.; Billeter, M.; Wiithrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51.