Hydrodynamic bead modeling of biological macromolecules

Methods in Enzymology

Volumn 321, Issue , 2000, Pages 278-304

  Byron, Olwyn ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER MODEL; COMPUTER PROGRAM; DIFFUSION COEFFICIENT; HYDRODYNAMICS; MACROMOLECULE; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; VISCOSITY;

EID: 0033920488     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/s0076-6879(00)21199-3     Document Type: Review

References (50)

1. S. E. Harding, Biophys. Chem. 55, 69 (1995).
2. S. E. Harding, J. C. Horton, and H. Colfen, Eur. Biophys. J. 25, 347 (1997).
3. R. K. Heenan, Rutherford Appleton Laboratory Report (1989).
4. P. J. Morgan, S. C. Hyman, O. Byron, P. W. Andrew, T. J. Mitchell, and A. J. Rowe, J. Biol. Chem. 269, 25315 (1994).
5. P. J. Morgan, S. C. Hyman, A. J. Rowe, T. J. Mitchell, P. W. Andrew, and H. R. Saibil, FEBS Letts. 371, 77 (1995).
6. R. J. C. Gilbert, J. Rossjohn, M. W. Parker, R. K. Tweten, P. J. Morgan, T. J. Mitchell, N. Errington, A. J. Rowe, P. W. Andrew, and O. Byron, J. Mol. Biol. 284, 1223 (1999).
7. J. Rossjohn, S. C. Feil, W. J. McKinstry, R. K. Tweten, and M. W. Parker, Cell 89, 685 (1997).
8. J. Rossjohn, R. J. C. Gilbert, D. Crane, P. J. Morgan, T. J. Mitchell, A. J. Rowe, P. W. Andrew, J. C. Paton, R. K. Tweten, and M. W. Parker, J. Mol. Biol. 284, 449 (1998).
9. R. J. C. Gilbert, R. K. Heenan, P. A. Timmins, N. A. Gingles, T. J. Mitchell, A. J. Rowe, J. Rossjohn, M. W. Parker, P. W. Andrew, and O. Byron, J. Mol. Biol. 293, 1145 (1999).
10. P. Bork, A. K. Downing, B. Kieffer, and I. D. Campbell, Q. Rev. Biophys. 29, 119 (1996).
11. J. García de la Torre and V. A. Bloomfield, Q. Rev. Biophys. 14, 81 (1981).
12. J. García de la Torre, Eur. Biophys. J. 23, 307 (1994).
13. B. Spotorno, L. Piccinini, G. Tassara, C. Ruggiero, M. Nardini, F. Molina, and M. Rocco, Eur. Biophys. J. 25, 373 (1997).
14. J. García de la Torre, B. Carrasco, and S. E. Harding, Eur. Biophys. J. 25, 361 (1997).
15. O. Byron, Biophys. J. 72, 408 (1997).
16. J. García de la Torre, S. Navarro, M. C. Lopez Martinez, F. G. Díaz, and J. J. Lopez Cascales, Biophys. J. 67, 530 (1994).
17. H. Tharia, A. J. Rowe, O. Byron, and C. Wells, J. Musc. Res. Cell Mot. 18, 697 (1997).
18. R. A. Sayle and E. J. Milner-White, Trends in Biochem. Sci. 20, 374 (1995).
19. M. Rocco, E. Infusini, M. G. Daga, L. Gogioso, and C. Cuniberti, EMBO J. 6, 2343 (1987).
20. M. Rocco, B. Spotorno, and R. R. Hantgan, Prot. Sci. 2, 2154 (1993).
21. S. J. Perkins, C. G. Ullman, N. C. Brissett, D. Chamberlain, and M. K. Boehm, Immunol. Revs. 163, 237 (1998).
22. E. E. Abola, F. C. Bernstein, S. H. Bryant, T. F. Koetzle, and J. Weng, in "Crystallographic Databases - Information Content Software Systems Scientific Applications" (F. H. Allen, G. Bergerhoff, and R. Sievers, eds.), p. 107. Data Commission of the International Union of Crystallography, Bonn, Cambridge, Chester, 1987.
23. M. K. Boehm, M. O. Mayans, J. D. Thornton, R. H. J. Begent, P. A. Keep, and S. J. Perkins, J. Mol. Biol. 259, 718 (1996).
24. J. Gracía de la Torre, S. Navarro, and M. C. Lopez Martinez, Biophys. J. 66, 1573 (1994).
25. M. L. Huertas, S. Navarro, M. C. Lopez Martinez, and J. García de la Torre, Biophys. J. 73, 3142 (1997).
26. H. Jian, A. V. Vologodskii, and T. Schlick, J. Comput. Phys. 136, 168 (1997).
27. V. Copié, Y. Tomita, S. K. Akiyama, S. Aota, K. M. Yamada, R. M. Venable, R. W. Pastor, S. Krueger, and D. A. Torchia, J. Mol. Biol. 277, 663 (1998).
28. S. J. Perkins, Eur. J. Biochem. 157, 169 (1986).
29. E. J. Cohn and J. T. Edsall, in "Proteins, Amino Acids and Peptides as Ions and Dipolar Ions" (E. J. Cohn and J. T. Edsall, eds.), p. 155. Reinhold Publishing Corporation, New York, 1943.
30. H. Durchschlag, in "Thermodynamic Data for Biochemistry and Biotechnology" (H.-J. Hinz, ed.), p. 45. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, New York and Tokyo, 1986.
31. V. A. Bloomfield, D. M. Crothers, and J. Tinoco, "Physical Chemistry of Nucleic Acids." Harper and Row, New York and London, 1974.
32. O. Kratky, H. Leopold, and H. Stabinger, Methods Enzymol. 27, 98 (1973).
33. J. A. Reynolds and C. Tanford, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 73, 4467 (1976).
34. S. J. Perkins, in "Modern Physical Methods in Biochemistry" (A. Neuberger and L. L. M. Van Deenen, eds.), Part B, p. 143. Elsevier Science Publishers B. V. (Biomedical Division), Amsterdam, New York, and Oxford, 1988.
35. P. G. Squire and M. E. Himmel, Arch. Biochem. Biophys. 196, 165 (1979).
36. S. J. Perkins, A. W. Ashton, M. K. Boehm, and D. Chamberlain, Int. J. Biol. Macromol. 22, 1 (1998).
37. D. C. Teller, E. Swanson, and C. de Haen, Methods Enzymol. 61, 103 (1979).
38. A. W. Ashton, M. K. Boehm, J. R. Gallimore, M. B. Pepys, and S. J. Perkins, J. Mol. Biol. 272, 408 (1997).
39. I. D. Kuntz and W. Kauzmann, in "Advances in Protein Chemistry" (C. B. Anfinsen, J. T. Edsall, and F. M. Richards, eds.), Vol. 28, p. 239. Academic Press, 1974.
40. D. I. Svergun, S. Richard, M. H. J. Koch, Z. Sayers, S. Kuprin, and G. Zaccaï, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95, 2267 (1998).
41. A. J. Beavil, R. J. Young, B. J. Sutton, and S. J. Perkins, Biochemistry 34, 14449 (1995).
42. S. J. Perkins, Biochem. J. 228, 13 (1985).
43. L. Gregory, K. G. Davis, B. Sheth, J. Boyd, R. Jefferis, C. Nave, and D. R. Burton, Mol. Immunol. 24, 821 (1987).
44. S. J. Perkins, FEBS 271, 89 (1990).
45. S. J. Perkins, K. F. Smith, J. M. Kilpatrick, J. E. Volanakis, and R. B. Sim, Biochem. J. 295, 87 (1993).
46. S. J. Perkins, K. F. Smith, and R. B. Sim, Biochem. J. 295, 101 (1993).
47. T. Hellweg, W. Eimer, E. Krahn, K. Schneider, and A. Müller, Biochim. Biophys. Acta 1337, 311 (1997).
48. R. D. Mullins, W. F. Stafford, and T. D. Pollard, J. Cell Biol. 136, 331 (1997).
49. S. C. Alley, V. K. Shier, E. Abel-Santos, D. J. Sexton, P. Soumillion, and S. J. Benkovic, Biochem. 38, 7696 (1999).
50. P. Chacón, F. Moran, J. F. Díaz, E. Pantos, and J. M. Andreu, Biophys. J. 74, 2760 (1998).