메뉴 건너뛰기




Volumn 8, Issue 11, 2000, Pages 2643-2650

CH/π interactions in the crystal structure of TATA-box binding protein/DNA complexes

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEOXYRIBOSE; DNA; NUCLEOTIDE; TATA BINDING PROTEIN; THYMINE;

EID: 0033798257     PISSN: 09680896     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/S0968-0896(00)00197-8     Document Type: Article
Times cited : (54)

References (28)
  • 2
    • 0007812870 scopus 로고    scopus 로고
    • Nishio, M. Kagaku no Ryoiki 1977, 31, 998; 1979, 33, 422; 29th Symposium on Protein Structures, Osaka, 1978, Abstract, 161; Kodama, Y.; Nishihata, K.; Zushi, S.; Nishio, M.; Uzawa, J.; Sakamoto, K.; Iwamura, H. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1979, 52, 2661.
  • 4
    • 0007763640 scopus 로고    scopus 로고
    • O'Reilly, M.; Watson, K. A.; Schinzel, R.; Palm, D.; Johnson, L. N. Nat. Struct. Biol. 1997, 5, 405; Harata, K.; Muraki, M. Acta Crystallogr. Sect. D 1997, 53, 650; Zographos, S. E.; Oikonomakos, N. G.; Tsitsanou, K. E.; Leonidas, D. D.; Chrysina, E. D.; Skamnaki, V. T.; Bischoff, H.; Goldmann, S.; Watson, K. A.; Johnson, L. N. Structure 1997, 5, 1413; Kashima, A.; Inoue, Y.; Sugio, S.; Maeda, I.; Nose, T.; Shimohigashi, Y. Eur. J. Biochem. 1998, 255, 12; Jabs, A.; Weiss, M. S.; Hilgenfeld, R. J. Mol. Biol. 1999, 286, 291; Pal, D.; Chakrabarti, P. J. Mol. Biol. 1999, 294, 271; Samanta, U.; Pal, D.; Chakrabarti, P. Proteins: Structure, Function, and Genetics 2000, 38, 288; Muraki, M.; Harata, K.; Sugita, N.; Sato, I. Biochemistry 2000, 39, 292.
  • 5
    • 0007810659 scopus 로고    scopus 로고
    • Kim, D.-H.; Li, Z.-H.; Soo, S. L.; Park, J.; Chung, S. J. Bioorg. Med. Chem. 1998, 6, 239; Nose, T., Fujita, T., Nakajima, M., Inoue, Y., Costa, T., Shimohigashi, Y. J. Biochem. 1998, 124, 354; Sato, T.; Kanai, Y.; Hoshino, T. Biosci. Biotech. Biochem. 1998, 62, 407; Shimohigashi, Y.; Nose, T.; Yamauchi, Y.; Maeda, I. Biopolymers 1999, 51, 9; Schoepfer, J.; Fretz, H.; Gay, B.; Furet, P.; Garcia-Echeverria, C.; End, N.; Caravatti, G. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1999, 9, 221; Barreca, M. L.; Carotti, A.; Carrieri, A.; Chimirri, A.; Monforte, A. M.; Pellegrini-Calace, M.; Rao, A. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 2283.
  • 6
    • 0007859485 scopus 로고    scopus 로고
    • (a) Umezawa, Y.; Nishio, M. Bioorg. Med. Chem. 1998, 6, 493; (b) Umezawa, Y.; Nishio, M. Bioorg. Med. Chem. 1998, 6, 2507.
  • 7
    • 0007813558 scopus 로고    scopus 로고
    • Fan, M.-F.; Lin, Z.; McGrady, J. E.; Mingos, D. M. P. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1996, 563; Samanta, U.; Chakrabarti, P.; Chandrasekhar, J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 8964; Novoa, J. J.; Mota, F. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 345.
  • 8
    • 0007866146 scopus 로고    scopus 로고
    • Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8265; idem. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3746.
  • 9
    • 0007761459 scopus 로고    scopus 로고
    • Pauling, L. The Nature of the Chemical Bonds; Cornell Univ. Press: Ithaca, New York, 1960, p. 260.
  • 12
    • 0007813041 scopus 로고    scopus 로고
    • The CVFF force field within the modeling package DISCOVER (MSI, San Diego, CA) was used.
  • 13
    • 0007814682 scopus 로고    scopus 로고
    • Ref 1, pp 178-181; Tables 11.1 and 11.2.
  • 14
    • 0007819224 scopus 로고    scopus 로고
    • Ref 6a, Tables 1 and 2.
  • 16
    • 0007865746 scopus 로고    scopus 로고
    • Nikolov, D. B.; Chen, H.; Haley, E. D.; Hoffman, A.; Roeder, R. G.; Burley, S. K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 4862 (PDB code 1CDW, 1.9A); Juo, Z.-S.; Chiu, T.-K.; Leiberman, P. M.; Baikalov, I.; Berk, A. J.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1996, 261, 239 (1TGH, 2.9A); Tsai, F. T. F.; Sigler, P. B. EMBO J. 2000, 19, 25 (1C9B, 2.65A).
  • 17
    • 0007818256 scopus 로고    scopus 로고
    • Kim, Y.; Gieger, J. H.; Hahn, S.; Sigler, P. B. Nature 1993, 365, 512 (1YTB, 1.9A); Tan, S.; Hunziker, Y.; Sargent, D. F.; Richmond, T. J. (1YTF, 2.5 A, not published).
  • 18
    • 0007814683 scopus 로고    scopus 로고
    • Kim, J. L.; Nikolov, D. M.; Burley, S. K. Nature 1993, 365, 520 (2.25 A); Nikolov, D. B.; Chen, H.; Haley, E. D.; Usheva, A. A.; Hisatake, K.; Lee, D.-K.; Roeder, R. G.; Burley, S. K. Nature 1995, 377, 119 (1VOL, 2.7A); Kim, J. L.; Burley, S. K. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 638 (1QNE, 1.9A).
  • 19
    • 0007762272 scopus 로고    scopus 로고
    • Kosa, P. F.; Ghosh, G.; DeDecker, B. S.; Sigler, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 6042 (1AIS, 2.1A); Littlefield, O.; Korkhin, Y.; Sigler, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 13668 (1D3U, 2.4A).
  • 20
    • 0007764020 scopus 로고    scopus 로고
    • Nishinaka, T.; Ito, Y.; Yokoyama, S.; Shibata, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 6623; Nishinaka, T.; Shinohara, A.; Ito, Y.; Yokoyama, S.; Shibata, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 11071.
  • 21
    • 0007762879 scopus 로고    scopus 로고
    • Chou, S.-H; Tseng, Y.-Y. J. Mol. Biol. 1999, 285, 41. See also Hirao, I.; Kawai, G.; Yoshizawa, S.; Nishimura, Y.; Ishido, Y.; Watanabe, K.; Miura, K. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 576; Zhu, L.; Chou, S.-H.; Reid, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 12159; Yoshizawa, S.; Kawai, G.; Watanabe, K.; Miura, K.; Hirao, I. Biochemistry 1997, 36, 4761; Chou, S.-H; Tseng, Y.-Y.; Wang, S.-W. J. Mol. Biol. 1999, 287, 301.
  • 22
    • 0007763544 scopus 로고    scopus 로고
    • 2 carbon) is replaced by OH.
  • 23
    • 0007818258 scopus 로고    scopus 로고
    • Ref 1, Chapter 3; Nishio, M.; Hirota, M. Tetrahedron 1989, 45, 7201.
  • 24
    • 0007763174 scopus 로고    scopus 로고
    • Takagi, T.; Tanaka, A.; Matsuo, S.; Maezaki, H.; Tani, M.; Fujiwara, H.; Sasaki, Y. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1987, 1015; Nakai, Y.; Inoue, K.; Yamamoto, G.; Oki, M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1989, 62, 2923; Hirota, M.; Sakakibara, K.; Suezawa, H.; Yuzuri, T.; Ankai, E.; Nishio, M. J. Phys. Org. Chem. 2000, in press.
  • 25
    • 0007762880 scopus 로고    scopus 로고
    • Hirota, M.; Sekiya, T.; Abe, K.; Tashiro, H.; Karatsu, M.; Nishio, M.; Osawa, E. Tetrahedron 1983, 39, 3091; Nishio, M.; Hirota, M. Tetrahedron 1989, 45, 7201.
  • 27
    • 0007764021 scopus 로고    scopus 로고
    • The concept of hydrophobic effect is a subject of controversy among physical chemists. See, e.g., Shinoda, K. Kagaku to Kogyo 1967, 21, 1400; Hildebrand, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1979, 76, 194; Privalov, P. L.; Gill, S. J. Adv. Protein Chem. 1988, 39, 191; Murphy, K. P.; Privalov, P. L.; Gill, S. J. Science 1990, 247, 559; Dill, K. Science 1990, 250, 297; Privalov, P. L.; Gill, S. J.; Murphy, K. P. Science 1990, 250, 297.
  • 28
    • 0007813967 scopus 로고    scopus 로고
    • Nishio, M. Introduction to Intermolecular Forces in Organic Chemistry; Kodansha: Tokyo, 2000 (in Japanese).


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.