Density functional theory study of the structure and13C chemical shifts of retinylidene iminium salts

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 38, 2000, Pages 9048-9053

  Buda, F ^a   Giannozzi, P ^b   Mauri, F ^c  

^a VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

^b INFM   (Italy)

^c UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOPHORES; HYDROGEN BONDS; NEGATIVE IONS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; POSITIVE IONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; X RAY SPECTROSCOPY;

BACTERIORHODOPSIN; RETINYLIDENE;

SALTS;

EID: 0033632585     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp001739y     Document Type: Article

References (44)

1. Wald, G. Science 1967, 162, 230-242.
2. Oesterhelt, D.; Stoeckenius,W. Nature New Biol. 1971, 233, 149-152.
3. Birge, R. R. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1016, 293-327.
4. Luecke, H.; Richter, H.-T.; Lanyi, J. K. Science 1998, 280, 1934-1937.
5. Pebay-Peyroula, E.; Rummel, G.; Rosenbusch, J. P.; Landau, E. M. Science 1997, 277, 1676-1681.
6. Edman, K.; Nollert, P.; Royant, A.; Belrhali, H.; Pebay-Peyroula, E.; Hajdu, J.; Neutze, R.; Landau, E. M. Nature 1999, 401, 822-826.
7. Birge, R. R.; Murray, L. P.; Pierce, P. M.; Akita, H.; Balogh-Nair, V.; Findsen, L. A.; Nakanishi, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 4117-4121.
8. Sakmar, T. P.; Franke, R. R.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8309-8313.
9. Lugtenburg, J.; Mathies, R. A.; Griffin, R. G.; Herzfeld, J. Trends Biochem. Sci. 1988, 13, 388-393.
10. Palings, I.; Perdoen, J. A.; van den Berg, E.; Winkel, C; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A. Biochemistry 1987, 26, 2544-2556.
11. Palings, I.; van den Berg, E.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A. Biochemistry 1989, 28, 1498-1507.
12. Smith, S. O.; Palings, I.; Miley, M. E.; Courtin, J.; de Groot, H. J. M.; Lustenburg, J.; Mathies, R. A.; Griffin, R. G. Biochemistry 1990, 29, 8158-8164.
13. Verdegem, P. J. E.; Bovee-Geurts, P. H. M.; de Grip, W. J.; Lugtenburg, J.; de Groot, H. J. M. Biochemistry 1999, 38, 11316-11324.
14. Feng, X.; Verdegem, P. J. E.; Lee, Y. K.; Sandström, D.; Edén, M.; Bovee-Geurts, P. H. M.; de Grip, W. J.; Lugtenburg, J.; de Groot, H. J. M.; Levitt, M. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6853-6857.
15. See, e.g.: Rodman-Gilson, H. S.; Honig, B. H. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1943-1950 and references therein.
16. Han, M.; DeDecker, S.; Smith, S. O. Biophys. J. 1993, 65, 899-906.
17. Han, M.; Smith, S. O. Biochemistry 1995, 34, 1425-1432.
18. Santarsiero, B. D.; James, M. N. G.; Mahendran, M.; Childs, R. F. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9416-9418.
19. Elia, G. R.; Childs, R. F.; Britten, J. F.; Yang, D. S. C.; Santarsiero, B. D. Can. J. Chem. 1996, 74, 591-601.
20. See, e.g.: Parr, R. G.; Yang, W. Density-Functional Theory of Atoms and Molecules; Oxford University Press: New York, 1989.
21. Mauri, F.; Louie, S. G. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 4246-4249.
22. Mauri, F.; Pfrommer, B. G.; Louie, S. G. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 5300-5303.
23. Hamanaka, T.; Mitsui, T.; Ashida, T.; Kakudo, M. Acta Crystallogr. B 1972, 28, 214.
24. Harbison, G. S.; Mulder, P. P. J.; Pardoen, H.; Lugtenburg, J.; Herzfeld, J.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 4809-4816.
25. Buda, F.; de Groot, H. J. M.; Bifone, A. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 4474-4477.
26. Bifone, A.; de Groot, H. J. M.; Buda, F. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2954-2958.
27. La Penna, G.; Buda, F.; Bifone, A.; de Groot, H. J. M. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 447-453.
28. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
29. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822-8824.
30. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1990, 41, 7892-7895.
31. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993-2006.
32. Yoon, Y. Y.; Pfrommer, B. G.; Mauri, F.; Louie, S. G:Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 3388-3391.
33. Pfrommer, B. G.; Mauri, F.; Louie, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 123-129.
34. Mauri, F.; Pfrommer, B. G.; Louie, S. G. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 2340-2343.
35. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425-1428.
36. Jamenson, A. K.; Jamenson, C. Chem. Phys. Lett. 1987, 134, 461.
37. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys. Rev. B 1981, 23, 5048-5079.
38. Bifone, A.; de Groot, H. J. M.; Buda, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 248, 165-172.
39. (a) Mintmire, J. W.; White, C. T. Phys. Rev. B 1987, 35, 4180-4183.
40. (b) Vogl, P.; Campbell, D. K. Phys. Rev. Lett. 1989, 62, 2012-2015.
41. Ashkenazi, J.; Pickett, W. E.; Krakauer, H.; Wang, C. S.; Klein, B. M.; Chubb, S. R. Phys. Rev. Lett. 1989, 62, 2016-2019.
42. Gervasio, F. L.; Cardini, G.; Salvi, P. R.; Schettino, V. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2131-2136.
43. Champagne, B.; Perpète, E. A.; van Gisbergen, S. J. A.; Baerends, E. J.; Snijders, J. G.; Soubra-Ghaoui, C.; Robins, K. A.; Kirtman, B. J. Chem. Phys. 1998, 109, 10489-10498.
44. Shriver, J. W.; Mateescu, G. D.; Abrahamson, E. W. Biochemistry 1979, 18, 4785-4792.