NMR relaxation order parameter analysis of the dynamics of protein side chains

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 8, 1999, Pages 1726-1742

  LeMaster, David M ^a  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LEUCINE; PHENYLALANINE; THIOREDOXIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DYNAMICS; ENTROPY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PREDICTION; PROBABILITY; PROTEIN ANALYSIS; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE;

EID: 0033518882     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja982988r     Document Type: Article

References (95)

1. Nicholson, L. K.; Kay, L. E.; Baldisseri, D. M.; Arango, J.; Young, P. E.; Bax, A.; Torchia, D. A. Biochemistry 1992, 31, 5253.
2. Palmer, A. G.; Hochstrasser, R. A.; Millar, D. P.; Rance, M.; Wright, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 6333.
3. Muhandiram, D. R.; Yamazaki, T.; Sykes, B. D.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11536.
4. LeMaster, D. M.; Kushlan, D. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9255.
5. Lee, A. L.; Urbauer, J. L.; Wand, A. J. J. Biomol. NMR 1997, 9, 437.
6. Yang, D.; Mittermaier, A.; Mok, Y. K.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1998, 276, 939.
7. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546.
8. Clore, G. M.; Szabo, A.; Bax, A.; Kay, L. E.; Driscoll, P. C.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4989.
9. LeMaster, D. M. J. Biomol. NMR 1995, 6, 366.
10. Peng, J. W.; Wagner, G. Biochemistry 1992, 31, 8571.
11. Ishima, R.; Yamasaki, K.; Nagayama, K. J. Biomol. NMR 1995, 6, 423.
12. Bruschweiler, R.; Wright, P. E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8426.
13. Montroll, E. W.; Shlesinger, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3380.
14. Stanley, H. E.; Meakin, P. Nature 1988, 335, 405.
15. Weissman, M. B. Rev. Mod. Phys. 1988, 60, 537.
16. Littau, K. A.; Dugan, M. A.; Chen, S.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3484.
17. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. J. Phys. Chem. 1989, 93, 6902.
18. Shaknovich, E. I.; Finkelstein, A. V. Biopolymers 1989, 28, 1667.
19. Akke, M.; Bruschweiler, R.; A. G. Palmer, I. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9832.
20. Yang, D.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 369.
21. Li, Z.; Raychaudhuri, S.; Wand, A. J. Protein Sci. 1996, 5, 2647.
22. Yang, D.; Mok, Y. K.; Forman-Kay, J. D.; Farrow, N. A.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1997, 272, 790.
23. Gagne, S. M.; Tsuda, S.; Spyracopoulos, L.; Kay, L. E.; Sykes, B. D. J. Mol. Biol. 1998, 278, 667.
24. Wand, A. J.; Urbauer, J. L.; McEvoy, R. P.; Bieber, R. J. Biochemistry 1996, 35, 6116.
25. Edholm, O.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1984, 51, 1011.
26. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559.
27. Constantine, K. L.; Friedrichs, M. S.; Wittekind, M.; Jamil, H.; Chu, C. H.; Parker, R. A.; Goldfarb, V.; Mueller, L.; B. T. Farmer, I. Biochemistry 1998, 37, 7965.
28. Engelke, J.; Ruterjans, H. J. Biomol. NMR 1998, 11, 165.
29. Yamazaki, T.; Muhandiram, R.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8266.
30. Fagerness, P. E.; Grant, D. M.; Kuhlmann, K. F.; Mayne, C. L.; Parry, R. B. J. Chem. Phys. 1975, 63, 2524.
31. Vold, R. R.; Vold, R. L. J. Chem. Phys. 1976, 64, 320.
32. Palmer, A. G.; Wright, P. E.; Rance, M. Chem. Phys. Lett. 1991, 185, 41.
33. Zhu, L.; Kemple, M. D.; Landy, S. B.; Buckley, P. J. Magn. Reson. 1995, 109, 19.
34. Yang, D.; Kay, L. E. J. Magn. Reson. B 1996, 110, 213.
35. Stone, M. J.; Chandrasekhar, K.; Holmgren, A.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. Biochemistry 1993, 32, 426.
36. Katti, S.; LeMaster, D. M.; Eklund, H. J. Mol. Biol. 1990, 212, 167.
37. Fushman, D.; Weisemann, R.; Thuring, H.; Ruterjans, H. J. Biomol. NMR 1994, 4, 61.
38. Ernst, M.; Ernst, R. R. J. Magn. Reson. Ser. A 1994, 110, 202.
39. Gutowsky, H. S.; Holm, C. H. J. Chem. Phys. 1956, 23, 1228.
40. Szyperski, T.; Luginbuhl, P.; Otting, G.; Guntert, P.; Wuthrich, K. J. Biomol. NMR 1993, 3, 151.
41. Akke, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 911.
42. Woessner, D. T. J. Chem. Phys. 1962, 37, 647.
43. Tjandra, N.; Feller, S. E.; Pastor, R. W.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12562.
44. Tjandra, N.; Wingfield, P.; Stahl, S.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1996, 8, 273.
45. Schurr, J. M.; Babcock, H. P.; Fujimoto, B. S. J. Magn. Reson. Ser. B 1994, 105, 211.
46. Lanczos, C. Applied Analysis; Prentice Hall, Inc.: Englewood Cliffs, NJ, 1956.
47. Levy, R. M.; Karplus, M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 994.
48. Woessner, D. E. J. Chem. Phys. 1962, 36, 1.
49. Wittebort, R. J.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1722.
50. London, R. E.; Avitabile, J. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 7159.
51. Kinoshita, K.; Kawato, S.; Ikegami, A. Biophys. J. 1977, 20, 289.
52. Lipari, G.; Szabo, A. Biophys. J. 1980, 30, 489.
53. Perico, A.; Pratolongo, R. Macromolecules 1997, 30, 5958.
54. Edholm, O.; Blomberg, C. Chem. Phys. 1979, 42, 449.
55. Pratolongo, R.; Perico, A.; Freed, K. F.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4683.
56. Ziel, A. v. d. Phvsica 1950, 16, 359.
57. Stein, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 3670.
58. Ansari, A.; Berendzen, J.; Bowne, S. F.; Frauenfelder, H.; Iben, I. E. T.; Suke, T. B.; Shyansunder, E.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 5000.
59. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524.
60. Power, L. S.; Blumberg, W. E. Biophys. J. 1988, 54, 181.
61. Sasai, M.; Ohmine, I.; Ramaswamy, R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3045.
62. Takano, M.; Takahashi, T.; Nagayama, K. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 5691.
63. Sarkar, S. K.; Young, P. E.; Torchia, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6459.
64. London, R. E. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 2678.
65. Daragan, V. A.; Mayo, K. H. J. Magn. Reson. Ser. B 1996, 110, 164.
66. Helfand, E. Science 1984, 226, 647.
67. Karplus, M.; Kushick, J. N. Macromolecules 1981, 14, 325.
68. Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617.
69. Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5341.
70. Sunada, S.; Go, N.; Koehl, P. J. Chem. Phys. 1996, 105, 6560.
71. Rojas, O. L.; Levy, R. M.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1986, 85, 1037.
72. Go, N.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1969, 51, 4751.
73. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 775.
74. Daragan, V. A.; Mayo, K. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 8378.
75. Garnier, N.; Genest, D.; Genest, M. Biophys. Chem. 1996, 58, 225.
76. LeMaster, D. M. J. Biomol. NMR 1997, 9, 79.
77. Bremi, T.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4272.
78. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
79. Wong, K. B.; Daggett, V. Biochemistry 1998, 37, 11182.
80. Vuister, G. W.; Yamazaki, T.; Torchia, D. A.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1993, 3, 297.
81. Kariminejad, Y.; Schmidt, J. M.; Ruterjans, H.; Schwalbe, H.; Griesinger, C. Biochemistry 1994, 33, 5481.
82. Kay, L. E.; Muhandiram, D. R.; Farrow, N. A.; Aubin, Y.; Forman-Kay, J. D. Biochemistry 1996, 35, 361.
83. Konrat, R.; Muhandiram, D. R.; Farrow, N. A.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 1997, 9, 409.
84. Karplus, M.; Ichiye, T.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1987, 52, 1083.
85. Doig, A. J.; Sternberg, M. J. E. Protein Sci. 1995, 4, 2247.
86. Wallach, D. J. J. Chem. Phys. 1967, 47, 5258.
87. London, R. E.; Avitabile, J. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 7765.
88. Batie, R. D. d. l.; Laupretre, F.; Monnerie, L. Macromolecules 1988, 21, 2045.
89. Helfand, E. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1010.
90. Koetzle, T. F.; Golic, L.; Lehmann, M. S.; Verbist, J. J.; Hamilton, W. C. J. Chem. Phys. 1974, 60, 4690.
91. Chatfield, D. C.; Szabo, A.; Brooks, B. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5301.
92. Daragan, V. A.; Mayo, K. H. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1997, 31, 63.
93. Daragan, V. A.; Mayo, K. H. J. Magn. Reson. 1998, 130, 329.
94. Morgan, J. D.; McCammon, J. A.; Northrup, S. H. Biopolymers 1983, 22, 1579.
95. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 235, 318.