Solution structure of a designed four-α-helix bundle maquette scaffold

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 21, 1999, Pages 4941-4951

  Skalicky, Jack J ^a,b   Gibney, Brian R ^a   Rabanal, Francesc ^a,c   Bieber Urbauer, Ramona J ^a   Dutton, P Leslie ^a   Wand, A Joshua ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^b UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

^c UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLUTAMIC ACID; HISTIDINE; ISOLEUCINE; LEUCINE; LYSINE; MAQUETTE; PEPTIDE; PHENYLALANINE; PROTEIN; RECOMBINANT PROTEIN; TRYPTOPHAN; UNCLASSIFIED DRUG;

ALPHA HELIX; ARTICLE; DIFFUSION; GEL PERMEATION CHROMATOGRAPHY; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PURIFICATION; PROTEIN STRUCTURE; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SEDIMENTATION RATE; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 0033516327     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja983309f     Document Type: Article

References (69)

1. DeGrado, W. F.; Wasserman, Z. R.; Lear, J. D. Science 1989, 243, 622-8.
2. Betz, S. F.; Bryson, J. W.; DeGrado, W. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 457-63.
3. Fezoui, Y.; Weaver, D. L.; Osterhout, J. J. Protein Sci. 1995, 4735, 286-295.
4. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-51.
5. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-70.
6. Crick, F. H. C. Acta Ctystallogr. 1953, 6, 689-697.
7. Hodges, R. S.; Zhou, N. E.; Kay, C. M.; Semchuk, P. D. Pept. Res. 1990, 3, 123-37.
8. Zhou, N. E.; Kay, C. M.; Hodges, R. S. Biochemistry 1992, 31, 5739-46.
9. Dolphin, G. T.; Brive, L.; Johansson, G.; Baltzer, L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11297-11298.
10. Zhou, N. E.; Kay, C. M.; Hodges, R. S. J. Mol. Biol. 1994, 237, 500-512.
11. Handel, T. M.; Williams, S. A.; DeGrado, W. F. Science 1993, 261, 879-85.
12. Desjarlais, J. R.; Handel, T. M. Protein Sci. 1995, 4, 2006-18.
13. Dahiyat, B. I.; Mayo, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10172-7.
14. Hellinga, H. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10015-7.
15. Gibney, B. R.; Rabanal, F.; Skalicky, J. J.; Wand, A. J.; Dutton, P. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2323-2324.
16. Skalicky, J. J.; Bieber, R. J.; Gibney, B. R.; Rabanal., F.; Dutton, P. L.; Wand, A. J. J. Biomol. NMR 1998, 2, 227-228.
17. Saudek, V.; Pastore, A.; Castiglione Morelli, M. A.; Frank, R.; Gausepohl, H.; Gibson, T.; Weih, F.; Roesch, P. Protein Eng. 1990, 4, 3-10.
18. Kuroda, Y.; Nakai, T.; Ohkubo, T. J. Mol. Biol. 1994, 236, 862-868.
19. Hill, B. R.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1138-1145.
20. Choma, C. T.; Lear, J. D.; Nelson, M. J.; Dutton, P. L.; Robertson, D. E.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 856-65.
21. Robertson, D. E.; Farid, R. S.; Moser, C. C.; Urbauer, J. L.; Mulholland, S. E.; Pidikiti, R.; Lear, J. D.; Wand, A. J.; DeGrado, W. F.; Dutton, P. L. Nature 1994, 368, 425-32.
22. DeGrado, W. F.; Regan, L.; Ho, S. P. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1987, 52, 521-6.
23. Degrado, W. F. Adv. Protein Chem. 1988, 39, 51-124.
24. Xia, D.; Yu, C. A.; Kim, H.; Xia, J. Z.; Kachurin, A. M.; Zhang, L.; Yu, L.; Deisenhofer, J. Science 1997, 277, 60-6.
25. Cohn, E. J.; Edsall, J. T. Proteins, Amino acids and Peptides as Ions and Dipolar Ions; Reinhold Publishing Corporation: New York, NY, 1965.
26. Macura, S.; Ernst, R. R. Mol. Phys. 1980, 41, 95-117.
27. Bothner-By, A. A.; Stephens, R. L.; Lee, J.-M.; Warren, C. D.; Jeanloz, R. W. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 811-13.
28. Griesinger, C.; Otting, G.; Wüthrich, K.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7870-72.
29. Rance, M.; Sorensen, O. W.; Bodenhausen, G.; Wagner, G.; Ernst, R. R.; Wüthrich, K. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 117, 479-85.
30. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; John Wiley and Sons: New York, NY, 1986.
31. Muller, L. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 4481-84.
32. Bodenhausen, G.; Ruben, D. J. Chem. Phys. Lett. 1980, 69, 185-89.
33. Bax, A.; Marion, D. J. Magn. Reson. 1988, 78, 186-191.
34. Yamazaki, T.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4-11055.
35. Zerbe, O.; Szyperski, T.; Ottiger, M.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1996, 99-106.
36. Fesik, S. W.; Zuiderweg, E. R. Q. Rev. Biophys. 1990, 23, 97-131.
37. Zhang, O.; Kay, L. E.; Olivier, J. P.; Forman-Kay, J. D. J. Biomol. NMR 1994, 4, 845-58.
38. Weisemann, R.; Ruterjans, H.; Schwalbe, H.; Schleucher, H.; Bermel, W.; Griesinger, C. J. Biomol. NMR 1994, 4, 231-240.
39. Hu, J.-S.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1803-1804.
40. Marion, D.; Ikura, M.; Tschudin, R.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1989, 85, 393-99.
41. Stejskal, E. O.; Tanner, J. E. J. Chem. Phys. 1965, 42, 288-292.
42. Stilbs, P. Progr. Nucl. Magn. Reson. Spectroscopy 1987, 19, 1-45.
43. Gibbs, S. J.; Johnson, C. S. J. Magn. Reson. 1991, 93, 395-402.
44. Altieri, A. S.; Hinton, D. P.; Byrd, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7566-7567.
45. Cavanagh, J.; Fairbrother, W. J.; Palmer, A. G.; Skelton, N. J. Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practices; Academic Press: San Diego, CA, 1996.
46. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-92.
47. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-4.
48. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5891-8.
49. Brunger, A. T. X-PLOR version 3.1: A System for X-ray Crystallography and NMR; Yale University Press, 1992.
50. Bloomberg, F.; Maurer, W.; Ruterjans, H. J. Am. Chem. Soc. 1977, 25, 5, 8149-8159.
51. Pelton, J. G.; Torchia, D. A.; Meadow, N. D.; Roseman, S. Protein Sci. 1993, 2, 543-58.
52. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. FEBS 1991, 293, 72-80.
53. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. Biochemistry 1992, 31, 1647-51.
54. Pardi, A.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Biol. 1984, 180, 741-51.
55. Gibney, B. R.; Johansson, J. S.; Rabanal, F.; Skalicky, J. J.; Wand, A. J.; Dutton, P. L. Biochemistry 1997, 36, 2798-806.
56. Gibney, B. R.; Rabanal, F.; Skalicky, J. J.; Wand, A. J.; Dutton, P. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4952-60.
57. Oas, T. G.; McIntosh, L. P.; EK, O. S.; Dahlquist, F. W.; Kim, P. S. Biochemistry 1990, 29, 2891-4.
58. Ciesla, D. J.; Gilbert, D. E.; Feigon, J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3957-3961.
59. Osterhout, J., J. J.; Handel, T.; Na, G.; Toumadje, A.; Long, R. C.; Connolly, P. J.; Hoch, J. C.; Johnson, J., W. C.; Live, D.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 331-37.
60. Markley, J. L. Acc. Chem. Res. 1975, 8, 70-80.
61. Feng, Y.; Sugar, S. G.; Wand, A. J. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 30-5.
62. Gibney, B. R.; Rabanal, F.; Reddy, K. S.; Dutton, P. L. Biochemistry 1998, 13, 4635-4643.
63. Ilyina, E.; Roongta, V.; Mayo, K. H. Biochemistry 1997, 36, 5245-50,
64. Englander, S. W.; Kallenbach, N. R. Q. Rev. Biophys. 1983, 16, 521-655.
65. Betz, S. F.; Raleigh, D. P.; DeGrado, W. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 601-610.
66. Bai, Y.; Milne, J. S.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proteins 1994, 20, 4-14.
67. Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192-7.
68. Myers, J. K.; Pace, C. N.; Scholtz, J. M. Protein Sci. 1995, 4, 2138-48.
69. Nicholls, A.; Sharp, K. A.; Honig, B. Proteins 1991, 11, 281-96.