Scoring peptide(mimetic)-protein interactions

Medicinal Chemistry Research

Volumn 9, Issue 7-8, 1999, Pages 604-620

  Moret, E E ^a   Van Wijk, M C ^a   Kostense, A S ^a   Gillies, M B ^a  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; PEPTIDE SYNTHESIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; RECEPTOR AFFINITY; SCORING SYSTEM; THERMODYNAMICS;

EID: 0033399383     PISSN: 10542523     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (44)

1. 1. Ajay; Murcko, M. A. J Med Chem 1995, 38, 4953-67.
2. 2. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys J 1997, 72, 1047-69.
3. 3. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 236, 564-8.
4. 4. Böhm, H. J. J Comput Aided Mol Des 1994, 8, 243-56.
5. 5. Böhm, H. J. J Comput Aided Mol Des 1998, 12, 309-23.
6. 6. Froloff, N.; Windemuth, A.; Honig, B. Protein Sci 1997, 6, 1293-301.
7. 7. Wade, R. C.; Ortiz, A. R.; Gago, F. Perspectives in Drug Discovery and Design 1998, 9/10/11, 19-34.
8. 8. Strynadka, N. C.; Eisenstein, M.; Katchalski-Katzir, E.; Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D.; Abagyan, R.; Totrov, M.; Janin, J.; Cherfils, J.; Zimmerman, F.; Olson, A.; Duncan, B.; Rao, M.; Jackson, R.; Sternberg, M.; James, M. N. Nat Struct Biol 1996, 3, 233-9.
9. 9. Murray, C. W.; Auton, T. R.; Eldridge, M. D. J Comput Aided Mol Des 1998, 12, 503-19.
10. 10. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J.; Meyer, E. E., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535-42.
11. 11. Oprea, T. I.; Marshall, G. R. Perspectives in Drug Discovery and Design 1998, 9/10/11, 35-61.
12. 12. Knegtel, R. M. A.; Grootenhuis, P. D. J. Perspectives in Drug Discovery and Design 1998, 9/10/11, 99-114.
13. 13. Madden, D. R.; Garboczi, D. N.; Wiley, D. C. Cell 1993, 75, 693-708.
14. 14. Miller, M.; Schneider, J.; Sathyanarayana, B. K.; Toth, M. V.; Marshall, G. R.; Clawson, L.; Selk, L.; Kent, S. B.; Wlodawer, A. Science 1989, 246, 1149-52.
15. 15. Eldridge, M. D.; Murray, C. W.; Auton, T. R.; Paolini, G. V.; Mee, R. P. J Comput Aided Mol Des 1997, 11, 425-45.
16. 16. Fitzgerald, P. M.; McKeever, B. M.; VanMiddlesworth, J. F.; Springer, J. P.; Heimbach, J. C.; Leu, C. T.; Herber, W. K.; Dixon, R. A.; Darke, P. L. J Biol Chem 1990, 265, 14209-19.
17. 17. Swain, A. L.; Miller, M. M.; Green, J.; Rich, D. H.; Schneider, J.; Kent, S. B.; Wlodawer, A. Proc Natl Acad Sci U S A 1990, 87, 8805-9.
18. 18. Jaskolski, M.; Tomasselli, A. G.; Sawyer, T. K.; Staples, D. G.; Heinrikson, R. L.; Schneider, J.; Kent, S. B.; Wlodawer, A. Biochemistry 1991, 30, 1600-9.
19. 19. Lin, Y.; Lin, X.; Hong, L.; Foundling, S.; Heinrikson, R. L.; Thaisrivongs, S.; Leelamanit, W.; Raterman, D.; Shah, M.; Dunn, B. M.; et al. Biochemistry 1995, 34, 1143-52.
20. 20. Erickson, J.; Neidhart, D. J.; VanDrie, J.; Kempf, D. J.; Wang, X. C.; Norbeck, D. W.; Plattner, J. J.; Rittenhouse, J. W.; Turon, M.; Wideburg, N.; et al. Science 1990, 249, 527-33.
21. 21. Dreyer, G. B.; Lambert, D. M.; Meek, T. D.; Carr, T. J.; Tomaszek, T. A., Jr.; Fernandez, A. V.; Bartus, H.; Cacciavillani, E.; Hassell, A. M.; Minnich, M.; et al. Biochemistry 1992, 31, 6646-59.
22. 22. Hoog, S. S.; Zhao, B.; Winborne, E.; Fisher, S.; Green, D. W.; DesJarlais, R. L.; Newlander, K. A.; Callahan, J. F.; Moore, M. L.; Huffman, W. F.; et al. J Med Chem 1995, 38, 3246-52.
23. 23. Kim, E. E.; Baker, C. T.; Dwyer, M. D.; Murcko, M. A.; Rao, B. G.; Tung, R. D.; Navia, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 177, 1181-2.
24. 24. Jhoti, H.; Singh, O. M.; Weir, M. P.; Cooke, R.; Murray-Rust, P.; Wonacott, A. Biochemistry 1994, 33, 8417-27.
25. 25. Hosur, M. V.; Bhat, T. N.; Kempf, D. J.; Baldwin, E. T.; Liu, B.; Gulnik, S.; Wideburg, N. E.; Norbeck, D. W.; Appelt, K.; Erickson, J. W. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 847-55.
26. 26. Lam, P. Y.; Jadhav, P. K.; Eyermann, C. J.; Hodge, C. N.; Ru, Y.; Bacheler, L. T.; Meek, J. L.; Otto, M. J.; Rayner, M. M.; Wong, Y. N.; et al. Science 1994, 263, 380-4.
27. 27. Gilson, M. K.; Honig, B. Proteins 1988, 4, 7-18.
28. 28. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709-13.
29. 29. Vriend, G. J Mol Graph 1990, 8, 52-6, 29.
30. 30. Wei, D. T.; Meadows, J. C.; Kellogg, G. E. Med Chem Res 1997, 7, 259-270.
31. 31. Morgan, B. P.; Scholtz, J. M.; Ballinger, M. D.; Zipkin, I. D.; Bartlett, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 297-307.
32. 32. Holloway, M. K. Perspectives in Drug Discovery and Design 1998, 9/10/11, 63-84.
33. 33. Miller, M.; Geller, M.; Gribskov, M.; Kent, S. B. Proteins 1997, 27, 184-94.
34. 34. Bardi, J. S.; Luque, I.; Freire, E. Biochemistry 1997, 36, 6588-96.
35. 35. Umezawa, Y.; Nishio, M. Bioorg Med Chem 1998, 6, 2507-15.
36. 36. Davies, T. G.; Hubbard, R. E.; Tame, J. R. Protein Sci 1999, 8, 1432-44.
37. 37. Gilmer, T.; Rodriguez, M.; Jordan, S.; Crosby, R.; Alligood, K.; Green, M.; Kimery, M.; Wagner, C.; Kinder, D.; Charifson, P.; et al. J Biol Chem 1994, 269, 31711-9.
38. 38. Nicklaus, M. C.; Wang, S.; Driscoll, J. S.; Milne, G. W. Bioorg Med Chem 1995, 3, 411-28.
39. 39. Boström, J.; Norrby, P. O.; Liljefors, T. J Comput Aided Mol Des 1998, 12, 383-96.
40. 40. Kellogg, G. E.; Semus, S. F.; Abraham, D. J. J Comput Aided Mol Des. 1991, 5, 545-52.
41. 41. Meng, E. C.; Kuntz, I. D.; Abraham, D. J.; Kellogg, G. E. J Comput Aided Mol Des 1994, 8, 299-306.
42. 42. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J Phys Chem 1994, 98, 1978-88.
43. 43. Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Ferrin, T. E. J Mol Biol 1982, 161, 269-88.
44. 44. Hooft, R. W.; Sander, C.; Vriend, G. Proteins 1996, 26, 363-76.