Analysis of Drosophila chromatin structure in vivo

Methods in Enzymology

Volumn 304, Issue , 1999, Pages 462-496

  Cartwright, Iain L ^a   Cryderman, Diane E ^a   Gilmour, David S ^a   Pile, Lori A ^a   Wallrath, Lori L ^a   Weber, Janet A ^a   Elgin, Sarah C R ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEOXYRIBONUCLEASE I; DNA; EDETIC ACID; EGTAZIC ACID; FORMIC ACID; MICROCOCCAL NUCLEASE; RESTRICTION ENDONUCLEASE;

ANIMAL CELL; ARTICLE; CELL COMPARTMENTALIZATION; CHROMATIN STRUCTURE; DNA CLEAVAGE; DNA FOOTPRINTING; DNA HYBRIDIZATION; DNA PURIFICATION; DROSOPHILA MELANOGASTER; GENE ACTIVATION; GENE MAPPING; IN VIVO STUDY; NONHUMAN; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRIORITY JOURNAL; STRUCTURE ANALYSIS;

ANIMALIA; DROSOPHILA MELANOGASTER; MELANOGASTER;

EID: 0033037064     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(99)04028-8     Document Type: Article

References (53)

1. C. D. Shaffer, J. M. Wuller, and S. C. R. Elgin, Methods Cell. Biol. 44, 99 (1994).
2. C. Wu, P. M. Bingham, K. J. Livak, R. Holmgren, and S. C. R. Elgin, Cell 16, 797 (1979).
3. C. Wu, Nature (London) 286, 854 (1980).
4. I. L. Cartwright, R. P. Hertzberg, P. B. Dervan, and S. C. R. Elgin, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 79, 5470 (1983).
5. I. L. Cartwright and S. C. R. Elgin, Mol. Cell. Biol. 6, 779 (1986).
6. G. H. Thomas and S. C. R. Elgin, EMBO J. 7, 2191 (1988).
7. M. W. Hull, G. Thomas, J. M. Huibregtse, and D. R. Engelke, Methods Cell Biol. 35, 383 (1991).
8. P. R. Mueller, P. A. Garrity, and B. Wold, in "Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel, R. Brent, R. E. Kingston, D. D. Moore, J. G. Seidman, J. A. Smith, and K. Struhl, eds.), Vol. 2, p. 15.5.1. Wiley, New York, 1992.
9. J. A. Weber, D. J. Taxman, Q. Lu, and D. S. Gilmour, Mol. Cell. Biol. 17, 3799 (1997).
10. D. L. Lindsley and G. G. Zimm, "The Genome of Drosophila melanogaster." Academic Press, New York, 1992.
11. G. M. Rubin and A. C. Spradling, Science 218, 348 (1982).
12. T Grigliatti, Methods Cell. Biol. 35, 588 (1991).
13. L. L. Wallrath, Curr. Opin. Genet. Dev. 8, 147 (1998).
14. F. Sauer, D. A. Wassarman, G. M. Rubin, and R. Tjian, Cell 87, 1271 (1996).
15. Q. Lu, L. L. Wallrath, H. Granok, and S. C. R. Elgin, Mol. Cell. Biol. 13, 2802 (1993).
16. L. L. Wallrath and S. C. R. Elgin, Genes Dev. 9, 1263 (1995).
17. R. T. Kamakaka and J. T. Kadonaga, Methods Cell Biol. 44, 225 (1994).
18. P. B. Becker, T. Tsukiyama, and C. Wu, Methods Cell Biol. 44, 208 (1994).
19. R. T. Kamakaka, M. Bulger, and J. T. Kadonaga, Genes Dev. 7, 1779 (1993).
20. C. Dingwall, G. P. Lomonosoff, and R. A. Laskey, Nucleic Acids Res. 9, 2659 (1981).
21. W. Hörz and W. Altenburger, Nucleic Acids Res. 9, 2643 (1981).
22. M. A. Keene and S. C. R. Elgin, Cell 27, 57 (1981).
23. R. P. Hertzberg and P. B. Dervan, J. Am. Chem. Soc. 104, 313 (1982).
24. R. P. Hertzberg and P. B. Dervan, Biochemistry 23, 3934 (1984).
25. M. A. Price and T. D. Tullius, Methods Enzymol. 212, 194 (1992).
26. C. V. Hanson, C.-K. J. Shen, and J. E. Hearst, Science 193, 62 (1976).
27. T. Cech and M. L. Pardue, Cell 11, 631 (1977).
28. I. L. Cartwright and S. C. R. Elgin, EMBO J. 3, 3101 (1984).
29. H. Richard-Foy and G. L. Hager, EMBO J. 6, 2321 (1987).
30. M. F. Norman, T. N. Lavin, J. D. Baxter, and B. L. West, J. Biol. Chem. 264, 12063 (1989).
31. J. C. Hansen, K. E. van Holde, and D. Lohr, J. Biol. Chem. 266, 4276 (1991).
32. M. Truss, J. Bartsch, A. Scheibert, R. J. Hache, and M. Beato, EMBO J. 14, 1737 (1995).
33. S. A. Stanfield-Oakley and J. D. Griffith, J. Mol. Biol. 256, 503 (1996).
34. S. A. Nedospasov and G. P. Georgiev, Biochem. Biophys. Res. Commun. 92, 532 (1980).
35. K. Lowenhaupt, I. L. Cartwright, M. A. Keene, J. L. Zimmerman, and S. C. R. Elgin, Dev. Biol. 99, 194 (1983).
36. G. M. Church and W. Gilbert, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 81, 1991 (1984).
37. D. S. Gilmour, G. H. Thomas, and S. C. R. Elgin, Science 245, 1487 (1989).
38. R. D. Kornberg and L. Stryer, Nucleic Acids Res. 16, 6677 (1988).
39. P. R. Mueller and B. Wold, Science 246, 780 (1989).
40. P. A. Garrity and B. Wold, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 1021 (1992).
41. C. Straka and W. Hörz, EMBO J. 10, 361 (1991).
42. T. K. Archer, M. G. Cordingly, R. G. Wolford, and G. L. Hager, Mol. Cell. Biol 11, 688 (1991).
43. E. Verdin, P. Paras, Jr., and C. Van Lint, EMBO J. 12, 3249 (1993).
44. R. S. Jack, P. Moritz, and S. Cremer, EMBO J. 9, 2603 (1991).
45. Q. Lu, L. L. Wallrath, B. D. Allan, R. L. Glaser, J. T. Lis, and S. C. R. Elgin, J. Mol. Biol. 225, 985 (1992).
46. Q. Lu, L. L. Wallrath, and S. C. R. Elgin, EMBO J. 14, 4738 (1995).
47. H. Granok, B. A. Leibovitch, C. D. Shaffer, and S. C. R. Elgin, Curr. Biol. 5, 238 (1995).
48. K. S. Weiler and B. T. Wakimoto, Annu. Rev. Genet. 29, 577 (1995).
49. J. C. Eissenberg, T. C. James, D. M. Foster-Hartnett, T. Hartnett, V. Ngan, and S. C. R. Elgin, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 9923 (1990).
50. J. C. Eissenberg, G. D. Morris, G. Reuter, and T. Hartnett, Genetics 131, 345 (1992).
51. L. L. Wallrath, M. J. Swede, and S. C. R. Elgin, in "Chromatin: A Practical Approach" (H. Gould, ed.), p. 59. Oxford Univ. Press, Oxford, 1998.
52. J. Schlossherr, H. Eggert, R. Paro, S. Cremer, and R. S. Jack, Mol. Gen. Genet. 243, 45 (1994).
53. M. Hershkovitz and A. D. Riggs, Methods 11, 253 (1997).