Alternate pathways for acetic acid and acetate ion release from acetylcholinesterase: A molecular dynamics study

Journal of the American Chemical Society

Volumn 120, Issue 32, 1998, Pages 8043-8050

  Enyedy, Istvan J ^a   Kovach, Ildiko M ^a   Brooks, Bernard R ^b  

^a CATHOLIC UNIVERSITY OF AMERICA   (United States)

^b NATIONAL HEART LUNG AND BLOOD INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETIC ACID; ACETYLCHOLINE; ACETYLCHOLINESTERASE; PHENYLALANINE; TYROSINE;

ACETYLCHOLINE RELEASE; ARTICLE; ENERGY TRANSFER; MOLECULAR DYNAMICS; NONHUMAN; SIMULATION; TORPEDO CALIFORNICA;

EID: 0032547319     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja973131h     Document Type: Article

References (59)

1. Quinn, D. M. Chem. Rev. 1987, 87, 955-975.
2. Harel, M.; Quinn, D. M.; Nair, H. K.; Silman, I.; Sussman, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2340-2346.
3. Froede, H. C.; Wilson, I. B. J. Biol. Chem. 1984, 259, 11010-11013.
4. Kovach, I. M.; Larson, M.; Schowen, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3054-3056.
5. Sussman, J. L.; Harel, M.; Frolow, F.; Oefner, C.; Goldman, A.; Toker, L.; Silman, I. Science 1991, 253, 872-879.
6. Axelsen, P. H.; Harel, M.; Silman, I.; Sussman, J. L. Protein Sci. 1994, 3, 188-197.
7. Harel, M.; Schalk, I.; Ehret-Sabatier, L.; Bouet, F.; Goeldner, M.; Hirth, C.; Axelsen, P.; Silman, I.; Sussman, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9031-9035.
8. Bourne, Y.; Taylor, P.; Marchot, P. Cell 1995, 83, 503-512.
9. Marchot, P.; Khelif, A.; Ji, Y. H.; Mansuelle, P.; Bougis, P. E. J. Biol. Chem. 1993, 268, 12458-12467.
10. Radic, Z.; Quinn, D. M.; Vellom, D. C.; Camp, S.; Taylor, P. J. Biol. Chem. 1995, 270, 20391-20399.
11. Radic, Z.; Duran, R.; Vellom, D. C.; Li, Y.; Chambers, J. L.; Taylor, P. J. Biol. Chem. 1993, 269, 11233-11239.
12. Tan, R. C.; Truong, T. N.; McCammon, J. A.; Sussman, J. L. Biochemisrry 1993, 32, 401-403.
13. Harel, M.; Sussman, J. L.; Krejci, E.; Bon, S.; Chanal, P.; Massoulie, J.; Silman, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 10827-10831.
14. Gilson, M. K.; Straatsma, T. P.; McCammon, J. A.; Ripoll, D. R.; Faerman, C. H.; Axelsen, P. H.; Silman, I.; Sussman, J. L. Science 1994, 263, 1276-1278.
15. Ripoll, D. L.; Faerman, C. H.; Axelsen, P. H.; Silman, I.; Sussman, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5128-5131.
16. Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; McCammon, J. A. Isr. J. Chem. 1994, 34, 151-158.
17. Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Lee, I. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1995, 68, 62-68.
18. Antosiewiez, J.; McCammon, J. A.; Wlodek, S. T.; Gilson, M. K. Biochemistrys 1995, 34, 4211-4219.
19. Wlodek, S. T.; Antosiewicz, J.; Briggs, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8159-8165.
20. Wlodek, S. T.; Clark, T. W.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9513-9522.
21. Kovach, I. M.; Qian, N. F.; Bencsura, A. FEBS Lett. 1994, 349, 60-64.
22. Karplus, M.; McCammon, J. A. CRC Crit. Rev. Biochem. 1981, 293-349.
23. McCammon, J. A.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 3585-3589.
24. Brooks, C. L., III; Brunger, A.; Karplus, M. Biopolymers 1985, 24, 843-865.
25. Case, D. A.; Karplus, M. J. Mol. Biol 1979, 132, 343-368.
26. Warshell, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
27. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
28. Northrup, S. H.; Pear, M. R.; Lee, C.-Y.; McCammon, J. A.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4035-4039.
29. Case, D. A.; McCammon, J. A. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1986, 482, 222-233.
30. Kottalam, J.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7690-7697.
31. Brooks, C. L., III; Karplus, M.; Pettitt, B. M. In Proteins. A Theoretical Perspective of Dynamics, Structure, and Thermodynamics; Wiley & Sons: New York, 1988; pp 46-49.
32. Beveridge, D. L.; DiCapua, F. M. Annul Rev. Biophys. Chem. 1989, 18, 431-492.
33. Young, W. S.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 1996, 230, 560-573.
34. Brooks, C. L., III; Case, D. A. Chem. Rev. 1993, 2487-2502.
35. Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6059-6070.
36. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comp. Phys. 1977, 23, 187-199.
37. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L. J.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Nguyen, D. T.; Ngo, T.; Prodhom, B.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. FASEB J. 1992, 6, A143.
38. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, I. W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. Unpublished data.
39. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
40. Durell, S. R.; Brooks, B. R.;; Ben-Naim, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2198-2202.
41. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 15, 667-683.
42. Bernstein, F.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Schimanouchi, T.; Tasumi, M. J. J. Mol. Biol. Chem. 1977, 112, 535.
43. Brunger, A. T.; Karplus, M. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1988, 4, 148-156.
44. Bencsura, A.; Enyedy, I.; Viragh, C.; Akhmetshin, R.; Kovach, I. M. In Enzymes of The Cholinesterase Family; Quinn, D. M., Balasubramanian, A. S., Doctor, B. P., Taylor, P., Eds.; Plenum Press: New York, 1995; pp 155-162.
45. Bencsura, A.; Enyedy, I.; Kovach, I. M. Biochemistry 1995, 34, 8989-8999.
46. Bencsura, A.; Enyedy, I.; Kovach, I. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8531-8541.
47. Reiher, W. E. Ph.D. dissertation, 1985.
48. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. Chem. 1990, 215, 439-455.
49. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9135-9139.
50. Brooks, C. L., III; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312-6325.
51. Brooks, C. L., III; Karplus, M.; Pettitt, B. M. In Proteins: A Theoretical Perspective of Dynamics, Structure and Thermodynamics; Prigogine, I., Rice, S. A., Eds.; Willey & Sons: NewYork, 1988; pp 38-44.
52. McCammon, J. A.; Harvey, S. C. Dynamics of Proteins and Nucleic Acids; Cambridge University Press: Cambridge, 1989; pp 1-234.
53. Nakagawa, S.; Yu, H.-A.; Karplus, M.; Umeyama, H. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 16, 172-194.
54. Radic, Z.; Kirchhoff, P. D.; Quinn, D. M.; McCammon, J. A.; Taylor, P. J. Biol. Chem. 1997, 272, 23265-23277.
55. Kovach, I. M. J. Enzyme Inhib. 1988, 2, 199-208.
56. Radic, Z.; Pickering, N. A.; Vellom, D. C.; Camp, S.; Taylor, P. Biochemistry 1993, 32, 12074-12084.
57. Vellom, D. C.; Radic, Z.; Li, Y.; Pickering, N. A.; Camp, S.; Taylor, P. Biochemistry 1993, 32, 12-17.
58. Ordentlich, A.; Barak, D.; Kronman, C.; Flashner, Y.; Leitner, M.; Segal, Y.; Ariel, N.; Cohen, S.; Velan, B.; Shafferman, A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 17083-17095.
59. Viragh, C.; Kovach, I. M.; Lockridge, O. Unpublished result.