Folding of branched RNA species

Biopolymers

Volumn 48, Issue 2-3, 1998, Pages 101-112

  Lilley, David M J ^a  

^a UNIVERSITY OF DUNDEE   (United Kingdom)

Author keywords

Catalytic RNA; Hairpin ribozyme; Hammerhead ribozyme; Helical junctions; Metal ions; Ribozymes; RNA folding; RNA structure; S15 ribosomal protein; Tat TAR; U1A

Indexed keywords

RIBOSOME PROTEIN; RIBOZYME; RNA;

BINDING SITE; CONFORMATIONAL TRANSITION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN RNA BINDING; REVIEW; RNA CONFORMATION; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 0032439514     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-0282(1998)48:2<101::AID-BIP2>3.0.CO;2-7     Document Type: Article

References (114)

1. Groeneveld, H.; Thimon, K.; van Duin, J. RNA 1995, 1, 79-88.
2. Poot, R. A.; Tsareva, N. V.; Boni, I. V.; van Duin, J. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 10110-10115.
3. Dingwall, C.; Ernberg, I.; Gait, M. J.; Green, S. M.; Heaphy, S.; Karn, J.; Lowe, A. D.; Singh, M.; Skinner, M. A. EMBO J 1990, 9, 4145-4153.
4. Weeks, K. M.; Ampe, C.; Schultz, S. C.; Steitz, T. A.; Crothers, D. M. Science 1990, 249, 1281-1285.
5. Bhattacharyya, A.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Nature 1990, 343, 484-487.
6. Tang, R. S.; Draper, D. E. Biochemistry 1990, 29, 5232-5237.
7. Zacharias, M.; Hagerman, P. J. J Mol Biol 1995, 247, 486-500.
8. Gohlke, C.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Clegg, R. M. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 11660-11664.
9. Puglisi, J. D.; Tan, R.; Calnan, B. J.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1992, 257, 76-80.
10. Aboul-ela, R.; Karn, J.; Varani, G. J Mol Biol 1995, 253, 313-332.
11. Aboul-ela, F.; Karn, J.; Varani, G. Nucleic Acids Res 1996, 24, 3974-3981.
12. Riordan, F. A.; Bhattacharyya, A.; McAteer, S.; Lilley, D. M. J. J Mol Biol 1992, 226, 305-310.
13. Zacharias, M.; Hagerman, P. J. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 6052-6056.
14. Ippolito, A.; Steitz, T. A. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 9819-9824.
15. Bartel, D. P.; Zapp, M. L.; Green, M. R.; Szostak, J. W. Cell 1991, 67, 529-536.
16. van Gelder, C. W.; Gunderson, S. I.; Jansen, E. J.; Boelens, W. C.; Polycarpou-Schwarz, M.; Mattaj, I. W.; van Venrooij, W. J. EMBO J 1993, 12, 5191-5200.
17. Allain, F. H. T.; Gubser, C. C.; Howe, P. W. A.; Nagai, K.; Neuhaus, D.; Varani, G. Nature 1996, 380, 646-650.
18. Gubser, C. C.; Varani, G. Biochemistry 1996, 35, 2253-2267.
19. Grainger, R. J.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Lilley, D. M. J. J Mol Biol 1997, 273, 84-92.
20. Lilley, D. M. J.; Clegg, R. M.; Diekmann, S.; Seeman, N. C.; von Kitzing, E.; Hagerman, P. Eur J Biochem 1995, 230, 1-2.
21. Holliday, R. Genet Res 1964, 5, 282-304.
22. Broker, T. R.; Lehman, I. R. J Mol Biol 1971, 60, 131-149.
23. Orr-Weaver, T. L.; Szostak, J. W.; Rothstein, R. J. Proc Natl Acad Sci USA 1981, 78, 6354-6358.
24. Potter, H.; Dressler, D. Proc Natl Acad Sci USA 1976, 73, 3000-3004.
25. Schwacha, A.; Kleckner, N. Cell 1995, 83, 783-791.
26. Jack, A.; Ladner, J. E.; Klug, A. J Mol Biol 1976, 108, 619-649.
27. Sussman, J. L.; Holbrook, S. R.; Wade Warrant, R.; Church, G. M.; Kim, S.-H. J Mol Biol 1978, 123, 607-630.
28. Branlant, C.; Krol, A.; Ebel, J.-P. Nucleic Acids Res 1981, 9, 841-858.
29. Guthrie, C.; Patterson, B. Ann Rev Genet 1988, 22, 387-419.
30. Gamarnik, A. V.; Andino, R. RNA 1997, 3, 882-892.
31. Hampel, A.; Tritz, R. Biochemistry 1989, 28, 4929-4933.
32. Forster, A. C.; Symons, R. H. Cell 1987, 49, 211-220.
33. Hazeloff, J. P.; Gerlach, W. L. Nature 1988, 334, 585-591.
34. Lilley, D. M. J.; Clegg, R. M. Ann Rev Biophys Biomol Struct 1993, 22, 299-328.
35. Lilley, D. M. J.; Clegg, R. M. Quart Rev Biophys 1993, 26, 131-175.
36. Seeman, N. C.; Kallenbach, N. R. Ann Rev Biophys Biomol Struct 1994, 23, 53-86.
37. Duckett, D. R.; Murchie, A. I. H.; Diekmann, S.; von Kitzing, E.; Kemper, B.; Lilley, D. M. J. Cell 1988, 55, 79-89.
38. Churchill, M. E.; Tullius, T. D.; Kallenbach, N. R.; Seeman, N. C. Proc Natl Acad Sci USA 1988, 85, 4653-4656.
39. Murchie, A. I. H.; Portugal, J.; Lilley, D. M. J. EMBO J 1991, 10, 713-718.
40. Chen, S. M.; Chazin, W. J. Biochemistry 1994, 33, 11453-11459.
41. Pikkemaat, J. A.; van den Elst, H.; van Boom, J. H.; Altona, C. Biochemistry 1994, 33, 14896-14907.
42. Murchie, A. I. H.; Clegg, R. M.; von Kitzing, E.; Duckett, D. R.; Diekmann, S.; Lilley, D. M. J. Nature 1989, 341, 763-766.
43. Carlstrom, G.; Chazin, W. J. Biochemistry 1996, 35, 3534-3544.
44. Miick, S. M.; Fee, R. S.; Millar, D. P.; Chazin, W. J. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 9080-9084.
45. Grainger, R. J.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 1998, 37, 23-32.
46. Welch, J. B.; Duckett, D. R.; Lilley, D. M. J. Nucleic Acids Res 1993, 21, 4548-4555.
47. Stühmeier, F.; Welch, J. B.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Clegg, R. M. Biochemistry 1997, 36, 13530-13538.
48. Leontis, N. B.; Kwok, W.; Newman, J. S. Nucleic Acids Res 1991, 19, 759-766.
49. Leontis, N. B.; Hills, M. T.; Piotto, M.; Malhotra, A.; Nussbaum, J.; Gorenstein, D. G. J Biomol Struct Dynam 1993, 11, 215-223.
50. Rosen, M. A.; Patel, D. J. Biochemistry 1993, 32, 6576-6587.
51. Rosen, M. A.; Patel, D. J. Biochemistry 1993, 32, 6563-6575.
52. Ouporov, I. V.; Leontis, N. B. Biophys J 1995, 68, 266-274.
53. Welch, J. B.; Walter, F.; Lilley, D. M. J. J Mol Biol 1995, 251, 507-519.
54. Møllegaard, N. E.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Nielsen, P. E. EMBO J 1994, 13, 1508-1513.
55. Duckett, D. R.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. EMBO J 1990, 9, 583-590.
56. Duckett, D. R.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Cell 1995, 83, 1027-1036.
57. Walter, F.; Murchie, A. I. H.; Duckett, D. R.; Lilley, D. M. J. RNA 1998, 4, 719-728.
58. Krol, A.; Westhof, E.; Bach, M.; Lührmann, R.; Ebel, J.-P.; Carbon, P. Nucleic Acids Res 1990, 18, 3803-3811.
59. Feldstein, P. A.; Buzayan, J. M.; Bruening, G. Gene 1989, 82, 53-61.
60. Chowrira, B. M.; Berzal-Herranz, A.; Burke, J. M. Nature 1991, 354, 320-322.
61. Chowrira, B. M.; Berzal-Herranz, A.; Burke, J. M. Biochemistry 1993, 32, 1088-1095.
62. Dos Santos, D. V.; Vianna, A. L.; Fourrey, J. L.; Favre, A. Nucleic Acids Res 1993, 21, 201-207.
63. Hegg, L. A.; Fedor, M. J. Biochemistry 1995, 34, 15813-15828.
64. Esteban, J. A.; Banerjee, A. R.; Burke, J. M. J Biol Chem 1997, 272, 13629-13639.
65. Hampel, A.; Cowan, J. A. Chem Biol 1997, 4, 513-517.
66. Berzal-Herranz, A.; Simpson, J.; Chowrira, B. M.; Butcher, S. E.; Burke, J. M. EMBO J 1993, 12, 2567-2574.
67. Chowrira, B. M.; Berzal-Herranz, A.; Keller, C. F.; Burke, J. M. J Biol Chem 1993, 268, 19458-19462.
68. Grasby, J. A.; Mersmann, K.; Singh, M.; Gait, M. J. Biochemistry 1995, 34, 4068-4076.
69. Schmidt, S.; Beigelman, L.; Karpeisky, A.; Usman, N.; Sorensen, U. S.; Gait, M. J. Nucleic Acids Res 1996, 24, 573-581.
70. Siwkowski, A.; Shippy, R.; Hampel, A. Biochemistry 1997, 36, 3930-3940.
71. Komatsu, Y.; Koizumi, M.; Nakamura, H.; Ohtsuka, E. J Am Chem Soc 1994, 116, 3692-3696.
72. Butcher, S. E.; Heckman, J. E.; Burke, J. M. J Biol Chem 1995, 270, 29648-29651.
73. Komatsu, Y.; Kanzaki, I.; Ohtsuka, E. Biochemistry 1996, 35, 9815-9820.
74. Komatsu, Y.; Kanzaki, I.; Shirai, M.; Ohtsuka, E. Biochemistry 1997, 36, 9935-9940.
75. Earnshaw, D. J.; Masquida, B.; Müller, S.; Sigurdsson, S. T.; Eckstein, F.; Westhof, E.; Gait, M. J. J Mol Biol 1997, 274, 197-212.
76. Walter, N. G.; Hampel, K. J.; Brown, K. M.; Burke, J. M. EMBO J 1998, 17, 2378-2391.
77. Murchie, A. I. H.; Thomson, J. B.; Walter, F.; Lilley, D. M. J. Cell 1998, 1, 873-881.
78. Walter, F.; Murchie, A. I. H.; Thomson, J. B.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 1998, 37, 14195-14203.
79. Walter, F.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 1998, 37, 17629-17636.
80. Thomson, J. B.; Lilley, D. M. J. RNA 1998, 5, 180-187.
81. Shen, Z.; Hagerman, P. J. J Mol Biol 1994, 241, 415-430.
82. Orr, J. W.; Hagerman, P. J.; Williamson, J. R. J Mol Biol 1998, 275, 453-464.
83. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K. H.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678-1685.
84. Serganov, A. A.; Masquida, B.; Westhof, E.; Cachia, C.; Portier, C.; Garber, M.; Ehresmann, B.; Ehresmann, C. RNA 1996, 2, 1124-1138.
85. Batey, R. T.; Williamson, J. R. J Mol Biol 1996, 261, 550-567.
86. Batey, R. T.; Williamson, J. R. RNA 1998, 4, 984-997.
87. Branch, A. D.; Robertson, H. D. Science 1984, 223, 450-455.
88. Ruffner, D. E.; Storno, G. D.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1990, 29, 10695-10702.
89. Olsen, D. B.; Benseler, F.; Aurup, H.; Pieken, W. A.; Eckstein, F. Biochemistry 1991, 30, 9735-9741.
90. Williams, D. M.; Pieken, W. A.; Eckstein, F. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 918-921.
91. Fu, D.-J.; McLaughlin, L. W. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 3985-3989.
92. Fu, D.-J.; McLaughlin, L. W. Biochemistry 1992, 31, 10941-10949.
93. Yang, J.-H.; Usman, N.; Chartrand, P.; Cedergren, R. Biochemistry 1992, 31, 5005-5009.
94. Fu, D. J.; Rajur, S. B.; McLaughlin, L. W. Biochemistry 1993, 32, 10629-10637.
95. Tuschl, T.; Ng, M. M. P.; Pieken, W.; Benseler, F.; Eckstein, F. Biochemistry 1993, 32, 11658-11668.
96. Seela, F.; Mersmann, K.; Grasby, J. A.; Gait, M. J. Helv Chim Acta 1993, 76, 1809-1820.
97. Grasby, J. A.; Butler, P. J. G.; Gait, M. J. Nucleic Acids Res 1993, 21, 4444-4450.
98. Fu, D. J.; Rajur, S. B.; McLaughlin, L. W. Biochemistry 1994, 33, 13903-13909.
99. Ng, M. M. P.; Benseler, F.; Tuschl, T.; Eckstein, F. Biochemistry 1994, 33, 12119-12126.
100. Beigelman, L.; Karpeisky, A.; Matulicadamic, J.; Haeberli, P.; Sweedler, D.; Usman, N. Nucleic Acids Res 1995, 23, 4434-4442.
101. Kuimelis, R. G.; McLaughlin, L. W. J Am Chem Soc 1995, 117, 11019-11020.
102. Pley, H. W.; Flaherty, K. M.; McKay, D. B. Nature 1994, 372, 68-74.
103. Scott, W. G.; Finch, J. T.; Klug, A. Cell 1995, 81, 991-1002.
104. Tuschl, T.; Gohlke, C.; Jovin, T. M.; Westhof, E.; Eckstein, F. Science 1994, 266, 785-789.
105. Bassi, G. S.; Murchie, A. I. H.; Walter, F.; Clegg, R. M.; Lilley, D. M. J. EMBO J 1997, 16, 7481-7489.
106. Amiri, K. M. A.; Hagerman, P. J. Biochemistry 1994, 33, 13172-13177.
107. Bassi, G.; Møllegaard, N. E.; Murchie, A. I. H.; von Kitzing, E.; Lilley, D. M. J. Nature Struct Biol 1995, 2, 45-55.
108. Gast, F. U.; Amiri, K. M. A.; Hagerman, P. J. Biochemistry 1994, 33, 1788-1796.
109. Bassi, G. S.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. RNA 1996, 2, 756-768.
110. Dahm, S. C.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1991, 30, 9464-9469.
111. Scott, W. G.; Murray, J. B.; Arnold, J. R. P.; Stoddard, B. L.; Klug, A. Science 1996, 274, 2065-2069.
112. Murray, J. B.; Terwey, D. P.; Maloney, L.; Karpeisky, A.; Usman, N.; Beigelman, L.; Scott, W. G. Cell 1998, 92, 665-673.
113. White, M. F.; Giraud-Panis, M.-J. E.; Pöhler, J. R. G.; Lilley, D. M. J. J Mol Biol 1997, 269, 647-664.
114. Grainger, R. J.; Norman, D. G.; Lilley, D. M. J. J Mol Biol 1999. in press.