Near-Infrared Heavy-Atom-Modified Fluorescent Dyes for Base-Calling in DNA-Sequencing Applications Using Temporal Discrimination

Analytical Chemistry

Volumn 70, Issue 13, 1998, Pages 2676-2684

  Flanagan Jr , James H ^a,c   Owens, Clyde V ^a   Romero, Sarah E ^a   Waddell, Emanuel ^a   Kahn, Shaheer H ^b   Hammer, Robert P ^a   Soper, Steven A ^a  

^a LOUISIANA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b PERKINELMER INC   (United States)

^c TRANSGENOMIC INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; FLUORESCENT DYE; HALOGEN; PRIMER DNA;

ARTICLE; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; FLUORESCENCE; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; MOLECULAR WEIGHT; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; SYNTHESIS;

DNA; DNA PRIMERS; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; FLUORESCENCE; FLUORESCENT DYES; HALOGENS; MOLECULAR WEIGHT; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 0032110171     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac980018g     Document Type: Article

References (47)

1. Smith, L. M.; Sanders, J. Z.; Kaiser, R. J.; Hughes, P.; Dodd, C.; Connell, C. R.; Heiner, C.; Kent, S. B. H.; Hood, L. Nature 1986, 327, 674-678.
2. Prober, G. M.; Trainor, G. L.; Dam, R. J.; Hobbs, F. W.; Robertson, C. W.; Zagursky, R. J.; Cocuzza, A. J.; Jensen, M. A.; Baumeister, K. Science 1987, 238, 336-341.
3. Swerdlow, H.; Zhang, J. Z.; Chen, D. Y.; Harke, H. R.; Grey, R.; Wu, S.; Dovichi, N. Anal. Chem. 1991, 63, 2835-2841.
4. Trainor, G. L.; Hobbs, F. W.; Cocuzza, A. J.; Confalone, P. N. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 119-120.
5. Applied Biosystems. Inc., Foster City, CA, 94404.
6. Smith, L. M. Nature 1991, 349, 812-813.
7. Jacobson, S. C.; Hergenroder, R.; Koutny, L. B.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 1994, 66, 1114-1118.
8. Jacobson, S. C.; Moore, A. W.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 1995, 67, 2059-2063.
9. Woolley, A. T.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1995, 67, 3676-3680.
10. Chen, D.; Harke, H. R.; Dovichi, N. J. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4873-4880.
11. Huang, X. C.; Quesada, M. A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1992, 64, 2149-2154.
12. Ju, J.; Glazer, A. N.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4347-4351.
13. Ju, J.; Kheterpal, I.; Scherer, J. R.; Ruan, C.; Fuller, C. W.; Glazer, A. N.; Mathies, R. A. Anal. Biochem. 1995, 231, 131-140.
14. Kheterpal, I.; Ju, J.; Radhakrishnan, A.; Brandt, G. S.; Ginther, C. L.; Scherer, J. R.; Sensabaugh, G. F.; Mathies, R. A. Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. 1996, 2680, 204-213.
15. Metzker, M. L.; Jing, L.; Gibbs, R. A. Science 1996, 271, 1420-1422.
16. Seeger, S.; Bahteler, G.; Drexhage, K. H.; Arden-Jacob, J.; Deltau, G.; Galla, K.; Han, K. T.; Muller, R.; Kollner, M.; Rumphorst, A.; Sauer, M.; Schulz, A.; Wolfrum, J. Ber. Bunsen-Ges. Phys. Chem. 1993, 97, 1542-1548.
17. Soper, S. A.; Legendre, B. L.; Williams, D. C. Anal. Chem. 1995, 67, 4358-4365.
18. Li, L.; McGown, L. B. Anal. Chem. 1996, 68, 2737-2743.
19. Imasaka, T.; Yoshitake, A.; Hirata, K.; Kawabata, Y.; Ishibashi, N. Anal. Chem. 1985, 57, 947-949.
20. Bachteler, G.; Drexhage, K. H.; Arden-Jacob, J.; Han, K. T.; Kollner, M.; Muller, R.; Sauer, M.; Seeger, S.; Wolfrum, J. J. Lumin. 1994, 62, 101-108.
21. Soper, S. A.; Davidson, Y. Y.; Flanagan, J. H. J.; Legendre, B. L.; Owens, C.; Williams, D. C.; Hammer, R. P. Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. 1996, 2680, 235-246.
22. Farrens, D. L.; Song, P.-S. Photochem. Photobiol. 1991, 54, 313-317.
23. Legendre, B. L.; Williams, D. C.; Soper, S. A.; Erdmann, R.; Ortmann, U.; Enderlein, J. Rev. Sci. Instrum. 1996, 67, 3984-3989.
24. Bachteler, G.; Drexhage, K.-H.; Arden-Jacob, J.; Han, K.-T.; Kollner, M.; Muller, R.; Sauer, M.; Seeger, S.; Wolfrum, J. J. Lumin. 1993, 62, 101-108.
25. Sauer, M.; Han, K.-T.; Muller, R.; Nord, S.; Schulz, A.; Seeger, S.; Wolfrum, J.; Arden-Jacob, J.; Deltau, G.; Marx, N. J.; Drexhage, K. H. J. Fluoresc. 1995, 5, 247-250.
26. Sauer, M.; Arden-Jacob, J.; Drexhage, K. H.; Marx, N. J.; Karger, A. E.; Lieberwirth, U.; Muller, R.; Neumann, M.; Nord, S.; Paulus, A.; Schulz, A.; Seeger, S.; Zander, C.; Wolfrum, J. Biol. Chromatogr. 1997, 11, 81-82.
27. McGlynn, S. P.; Azumi, T.; Kinoshita, M. Molecular Spetroscopy of the Triplet State; Prentice Hall: Englewood Cliffs, NJ, 1969.
28. Kavarnos, G.; Cole, G.; Scribe, P.; Dalton, J. C.; Turro, N. J. J. Am. Chem. Soc. 1971, 93, 1032-1034.
29. Davidson, R. S.; Bonneau, R.; Joussot-Dubien, J.; Trethewey, K. R. Chem. Phys. Lett. 1980, 74, 318-320.
30. Makin, S. M.; Boiko, I. I.; Shavrygina, O. A. Zh. Org. Khim. 1977, 13, 2440-2443.
31. Lipowska, M.; Patonay, G.; Strekowski, L. Synth. Commun. 1993, 23, 3087-3094.
32. Strekowski, L.; Lipowska, M.; Patonay, G. J. Org. Chem. 1992, 57, 4578-4580.
33. Evangelatos, S. T.; Kakabakos, S. E.; Evangelatos, G. P.; Ithahkissios, D. S. J. Pharm. Sci. 1993, 82, 1228-1231.
34. Kajigaeshi, S.; Kakinami, T.; Okamoto, T.; Kakamura, H.; Fujikawa, M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1987, 60, 0, 4187-4189.
35. Chung, K. H.; Kim, H. J.; Kim, H. R.; Ryu, E. K. Synth. Commun. 1990, 20, 2991-2997.
36. Banks, R. E.; Besheesh, M. K.; Mohialdin-Khaffaf, S. N.; Sharif, I. J. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1996, 1, 2069-2070.
37. Narayanan, N.; Patonay, G. J. Org. Chem. 1995, 60, 2391-2395.
38. Draney, D. (Li-COR), private communication.
39. Demas, J. N.; Crosby, G. A. J. Phys. Chem. 1971, 75, 991-1024.
40. Soper, S. A.; Mattingly, Q. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3744-3752.
41. Fouassier, J. P.; Lougnot, D. J.; Faure, J. Opt. Commun. 1976, 18, 263-267.
42. Flanagan, J. H.; Legendre, B. L.; Soper, S. A., manuscript in preparation.
43. Buettner, A. V. J. Chem. Phys. 1967, 46, 1398-1401.
44. Swerdlow, H.; Dew-Jager, K. E.; Brady, K.; Grey, R.; Dovichi, N. J.; Gesteland, R. Electrophoresis 1992, 13, 475-483.
45. Rocheleau, M. J.; Grey, R. J.; Chen, D.; Harke, H. R.; Dovichi, N. J. Electrophoresis 1992, 13, 484-486.
46. Swerdlow, H.; Dew-Jager, K.; Gesteland, R. BioTechniques 1994, 16, 684-693.
47. Hall, P.; Selinger, B. J. J. Phys. Chem. 1981, 85, 2941-2945.