Separation of DNA by Capillary Electrophoresis

Advances in Chromatography

Volumn 38, Issue , 1998, Pages 301-340

  Guttman, András ^a   Ulfelder, Kathi J ^b,c  

^a Genetic BioSystems Inc   (United States)

^b BECKMAN COULTER INC   (United States)

^c Caliper Life Sciences   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE; DNA; OLIGONUCLEOTIDE; PRIMER DNA;

CAPILLARY ELECTROPHORESIS; GENETIC POLYMORPHISM; GENETICS; ISOLATION AND PURIFICATION; METHODOLOGY; REVIEW;

DNA; DNA PRIMERS; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; OLIGONUCLEOTIDES; OLIGONUCLEOTIDES, ANTISENSE; POLYMORPHISM, GENETIC;

EID: 0031601140     PISSN: 00652415     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (138)

1. A. Tiselius, Trans. Faraday. Soc., 33, 524 (1937).
2. S. F. Y. Li, Capillary Electrophoresis, Elsevier, Amsterdam, The Netherlands, 1993.
3. CRC Handbook of Capillary Electrophoresis: Principles, Methods, and Applications, J. P. Landers, Ed. CRC Press, Boca Raton, FL, 1993.
4. R. K. Saiki, S. J. Scharf, F. Faloona, K. B. Mullis, G. T. Horn, H. A. Erlich, and N. Arnheim, Science, 230, 1350 (1985).
5. K. B. Mullis and F. Faloona, Meth. Enzymol., 155, 335 (1987).
6. B. L. Karger, A. S. Cohen, and A. Guttman, J. Chromatogr., 492, 585 (1989).
7. S. Hjerten, J. Chromatogr., 270, 1 (1983).
8. A. S. Cohen and B. L. Karger, J. Chromatogr., 397, 409 (1987).
9. B. L. Karger, A. Paulus, and A. S. Cohen, Chromatographia, 24, 15 (1987).
10. R. G. Brownlee, F. J. Sunzeri, and M. P. Busch, J. Chromatogr., 533, 87 (1990).
11. K. J. Ulfelder and P. Shieh, Poster T-211, Fifth International Symposium on High Performance Capillary Electrophoresis, Orlando, FL, 1993.
12. A. T. Andrews, Electrophoresis, Clarendon Press, Oxford, 2nd ed., 1986.
13. A. Chrambach, The Practice of Quantitative Gel Electrophoresis, VCH, Deerfield Beach, FL, 1985.
14. A. G. Ogston, Trans. Faraday Soc., 54, 1754 (1958).
15. P. D. Grossman, S. Menchen, and D. Hershey, GATA, 9, 9 (1992).
16. K. A. Ferguson, Metab. Clin. Exp., 13, 985 (1964).
17. O. J. Lumpkin, P. Dejardin, and B. H. Zimm, Biopolymers, 24, 1573 (1985).
18. P. G. de Germes, Scaling Concept in Polymer Physics, Cornell University Press, Ithaca, NY, 1979.
19. L. S. Lerman and H. L. Frisch, Biopolymers, 21, 995 (1982).
20. J. L. Viovy and T. A. J. Duke, Electrophoresis, 14, 322 (1993).
21. T. A. J. Duke, A. N. Semenov, and J. L. Viovy, Phys. Rev. Lett., 69, 3260 (1992).
22. G. W. Slater and J. Noolandi, Biopolymers, 28, 1781 (1989).
23. M. Chiari, M. Nesi, and P. G. Righetti, Electrophoresis, 15, 616 (1994).
24. A. S. Cohen, S. Terabe, J. A. Smith, and B. L. Karger, Anal. Chem., 59, 1021 (1987).
25. J. Liu, J. F. Banks, and M. Novotny, J. Microcol. Sep., 1, 136 (1989).
26. T. Tsuda, G. Nakagawa, M. Sato, and K. Yagi, J. Appl. Biochem., 5, 330 (1983).
27. A. Guttman, in Handbook of Capillary Electrophoresis, J. P. Landers, Ed., CRC Press, Boca Raton, FL, p. 129 (1994).
28. B. K. Clark, C. L. Nickles, K. C. Morton, J. Kovak, and M. J. Sepaniak, J. Microcol. Sep., 6, 503 (1994).
29. T. Tanaka, Sci. Am., 244, 124 (1981).
30. A. Guttman, US Patent 5,332,481 (1994)
31. H. E. Schwartz, K. J. Ulfelder, F. J. Sunzeri, M. P. Busch, and R. G. Brownlee, J. Chromatogr., 559, 267 (1991).
32. P. Bocek and A. Chrambach, Electrophoresis, 12, 1059 (1991).
33. E. Fung and E. S. Yeung, Anal. Chem., 67, 1913 (1995).
34. A. Barron, H. W. Blanch, and D. S. Soane, Electrophoresis, 15, 597 (1994).
35. D. K. Schmalzing, C. A. Piggee, F. Foret, E. Carriho, and B. L. Karger, J. Chromatog. A, 652, 149 (1993).
36. S. Hjerten, and K. Kubo, Electrophoresis 14, 390 (1993).
37. J. Townes, J. Bao, and F. Regnier, J. Chromatog., 599, 227 (1992).
38. P. Shieh, A. Hedeyati, N. Cooke, W. Goetzinger, and B. L. Karger, Poster 161, Eighth International Symposium on High Performance Capillary Electrophoresis, Orlando, FL, 1996.
39. J. L. Liao, J. Abramson, and S. Hjerten, J. Cap. Elec., 2, 191 (1995).
40. H. E. Schwartz and A. Guttman, Primer: Separation of DNA, Beckman Instruments, Inc., Fullerton, CA, 1995.
41. A. Guttman and H. E. Schwartz, Anal. Chem., 67, 2279 (1995).
42. M. J. van der Schaans, J. K. Allen, B. J. Wanders and A. Guttman, J. Chromatogr. A, 680, 511 (1994).
43. N. Cohen and E. Gruschka, J. Chromatogr., 684, 323 (1994).
44. S. L. Pentoney and J. V. Sweedler, in Handbook of Capillary Electrophoresis, J. R Landers, Ed., CRC Press, Boca Raton, FL, 1994, p. 147.
45. M. Jansson, J. Roeraarde, and F. Laurell, Anal. Chem., 65, 2766 (1993).
46. F-T. A. Chen, A. Tusak, S. L. Pentoney, K. Konrad, C. Lew, E. Koh, and J. Sternberg, J. Chromatogr. A, 652, 355 (1993).
47. H. E. Schwartz, K. J. Ulfelder, F-T. A. Chen, and S. L. Pentoney, J. Cap. Elec., 1, 36 (1994).
48. H. E. Schwartz and K. J. Ulfelder, Anal. Chem., 64, 1737 (1992).
49. A. N. Glazer and H. S. Rye, Nature, 359, 859 (1992).
50. K. J. Ulfelder, Application Information Bulletin A-1748A, Beckman Instruments, Inc., Fullerton, CA, 1993.
51. E. F. Rossomando, L. White, and K. J. Ulfelder, J. Chromatogr. B, 656, 159 (1994).
52. H. Zhu, S. M. Clark, S. C. Benson, H. S. Rye, A. N. Glazer, and R. A. Mathies, Anal. Chem., 66, 1941 (1994).
53. H. Arakawa, K. Uetanaka, M. Maeda, Y. Tsuji, M. Matsubara, and K. Narisawa, J. Chromatogr. A, 680, 517 (1994).
54. K. J. Ulfelder and B. R. McCord, in Handbook of Capillary Electrophoresis, 2nd ed., J. P. Landers, Ed., CRC Press, Boca Raton, FL, p. 347 (1997).
55. N. Dovichi, in Handbook of Capillary Electrophoresis, J. P. Landers, Ed., CRC Press, Boca Raton, FL, 1994, p. 369.
56. S. M. Wolf, P. Vouros, C. Norwood, and E. Jackim, J. Am. Soc. Mass. Spectrom., 3, 757 (1992).
57. E. Bayer, T. Bauer, K. Schmeer, K. Bleicher, M. Maier, and H. J. Gaus, Anal. Chem., 66, 3858 (1994).
58. A. Guttman, A. S. Cohen, D. N. Heiger, and B. L. Karger, Anal. Chem., 62, 137 (1990).
59. A. W. Kuypers, P. M. Willems, M. J. van der Schans, P. C. Linssen, H. M. Wessels, C. H. de Bruijn, F. M. Everaerts, and E. J. Mensink, J. Chromatogr., 621, 149 (1993).
60. K. J. Ulfelder, H. E. Schwartz, J. M. Hall, and F. J. Sunzeri, Anal. Biochem., 200, 260 (1992).
61. J. M. Butler, B. R. McCord, J. M. Jung, M. R. Wilson, B. Budowle, and R. O. Allen, J. Chromatogr. B, 658, 271 (1994).
62. S. Nathakarnkitkool, P. J. Oefner, G. Bartsch, M. A. Chin, and G. K. Bonn, Electrophoresis, 13, 18 (1992).
63. A. W. Kuypers, J. P. Meijerink, T. F. Smetsers, P. C. Linssen, and E. J. Mensink, J. Chromatogr. B, 660, 271 (1994).
64. W. Lu, D. S. Han, J. Yuan, and J. M. Andrieu, Nature, 368, 269 (1994).
65. M. J. Fasco, C. P. Treanor, S. Spivack, H. L. Figge, and L. S. Kaminsky, Anal. Biochem., 224, 140(1995).
66. G. S. Srivatsa, M. Batt, J. Schuette, R. H. Carlson, J. Fitchett, C. Lee, and D. L. Cole, J. Chromatogr. A, 680, 469(1994).
67. A. J. Bourque and A. S. Cohen, J. Chromatogr. B, 662, 343 (1994).
68. J. M. Leeds, M. J. Graham, L. A. Truong, and L. L. Cummins, Anal. Biochem., 235, 36 (1996).
69. J. M. Butler, B. R. McCord, J. M. Jung, J. A. Lee, B. Budowle, and R. O. Allen, Electrophoresis, 16, 974 (1995).
70. R. L. Chien and D. S. Burgi, J. Chromatogr., 559, 141 (1991).
71. J. M. Butler, B. R. McCord, J. M. Jung, and R. O. Allen, BioTechniques, 17, 1062 (1994).
72. Y. Wang, J. Ju, B. A. Carpenter, J. M. Atherton, G. F. Sensabaugh, and A. Mathies, Anal. Chem., 67, 1197 (1995).
73. H. T. Chang and E. S. Yeung, J. Chromatogr. B, 669, 113 (1995).
74. J. Berka, Y. F. Pariat, O. Müller, K. Hebenbrock, D. N. Heiger, F. Foret, and B. L. Karger, Electrophoresis, 16, 377 (1995)
75. P. E. Williams, M. A. Marino, S. A. Del Rio, L. A. Turni, and J. M. Devaney, J. Chromatogr. A, 680, 525 (1994).
76. D. A. McGregor and E. S. Yeung, J. Chromatogr., 652, 67 (1993).
77. J. W. Efcavitch, in Gel Electrophoresis of Nucleic Acids, A Practical Approach, 2nd ed., D. Rickwood and B. D. Hames, Eds., Oxford University Press, Oxford, 1990.
78. A. Guttman and N. Cooke, J. Chromatogr., 559, 285 (1991).
79. D. Demorest and R. Dubrow, J. Chromatogr., 559, 43 (1991).
80. A. Guttman, A. Arai, and K. Magyar, J. Chromatogr., 608, 175 (1992).
81. A. Guttman, B. Wanders, and N. Cooke, Anal. Chem., 64, 2348 (1992).
82. Y. Baba, M. Tsuhako, T. Sawa, and M. Akashi, J. Chromatogr., 632, 137 (1993).
83. Y. Baba, M. Tsuhako, T. Sawa, and M. Akashi, J. Chromatogr., 652, 93 (1993).
84. T. Satow, T. Akiyama, A. Machida, Y. Utagawa, and H. Kobayashi, J. Chromatogr., 652, 23 (1993).
85. Y. Cordier, O. Roch, P. Cordier, and R. Bischoff, J. Chromatogr., 680, 479 (1994).
86. J. Sudor, F. Foret, and P. Bocek, Electrophoresis, 12, 1056 (1991).
87. M. Chiari, M. Nesi, M. Fazio, and P. G. Righetti, Electrophoresis, 13, 690 (1992).
88. C. Heller and J. L. Viovy, Appl. Theor. Electrophoresis, 4, 39 (1994).
89. W. S. Marshall and M. H. Caruthers, Science, 259, 1564 (1993).
90. P. E. Neelsen, M. Egholm, R. H. Berg, and O. Buchardt, Science, 254, 1497 (1991).
91. W. J. Warren and G. Vella, BioTechniques, 14, 598 (1993).
92. A. S. Cohen, M. Vilenchik, and J. L. Dudley, J. Chromatogr., 638, 293 (1993).
93. L. DeDionisio, J. Chromatogr., 652, 101 (1993).
94. D. J. Rose, Anal. Chem., 65, 3545 (1993).
95. M. Vilenchik, A. Belenky, and A. S. Cohen, J. Chromatogr., 663, 105 (1994).
96. C. S. Effenhauser, A. Paulus, A. Manz, and H. M. Widmer, Anal. Chem., 66, 2949 (1994).
97. S. L. Pentoney, K. D. Konrad, and W. Kaye, Electrophoresis, 13, 467 (1992).
98. R. A. Mathies and X. C. Huang, Nature, 359, 167 (1992).
99. K. Ueno and E. S. Yeung, Anal. Chem., 66, 1424 (1994).
100. S. Takahashi, K. Murakami, T. Anazawa, and H. Kambara, Anal. Chem., 66, 1021 (1994).
101. M. C. Ruiz-Martinez, J. Berka, A. Belenki, F. Foret, A. W. Miller, and B. L. Karger, Anal. Chem., 65, 2851 (1993).
102. R. A. Evangelista, M-S. Liu, S. Rampai, and F-T. A. Chen, Anal. Biochem., 235, 89 (1993).
103. J. P. Landers, R. P. Oda, T. C. Spelsberg, J. A. Nolan, and K. J. Ulfelder, BioTechniques, 14, 98 (1993).
104. A. E. Barron and H. W. Blanch, Separation and Purification Methods, 24, 1 (1995).
105. A. Paulus and J. I. Ohms, J. Chromatogr., 507, 113 (1990).
106. J. Cheng and K. R. Mitchelson, Anal. Chem., 66, 4210 (1994).
107. Y. F. Pariat, J. Berka, D. N. Heiger, T. Schmitt, M. Vilenchik, A. S. Cohen, F. Foret, and B. L. Karger, J. Chromatogr., 652, 57 (1993).
108. K. Kleparnik, S. Fanali, and P. Bocek, J. Chromatogr., 638, 283 (1993).
109. H. A. Erlich (Ed.), PCA Technology - Principles and Applications for DNA Amplification, Stockton Press, New York, 1989.
110. K. J. Ulfelder, in High Performance Liquid Chromatography in Enzymatic Analysis, 2nd ed., E. Rossomando, Ed., Wiley, New York, in press.
111. B. R. McCord, J. M. Jung, and E. A. Holleran, J. Liq. Chromatogr., 16, 1963 (1993).
112. K. Srinivasan, S. C. Morris, J. E. Girard, M. C. Kline, and D. J. Reeder, Appl. Theor. Electrophoresis, 3, 235 (1993).
113. M. Nesi, P. G. Righetti, M. C. Patrosso, A. Ferlini, and M. Chiari, Electrophoresis, 15, 644 (1994).
114. T. A. Felmlee, P. S. Mitchell, K. J. Ulfelder, D. H. Persing, and J. R Landers, J. Cap Elec., 2, 125 (1995).
115. D. Del Principe, M. P. Iampieri, D. Germani, A. Menichelli, G. Novelli, and B. Dallapiccola, J. Chromatogr., 638, 277 (1993).
116. C. Gelfi, P. G. Righetti, V. Brancolini, L. Cremonesi, and M. Ferrari, Clin. Chem., 40, 1603 (1994).
117. J. M. Kolesar, J. D. Rizzo, and J. G. Kuhn, J. Cap. Elec., 2, 287 (1995).
118. S. J. Williams, C. Schwer, A. S. M. Krishnarao, C. Heid, B. L. Karger and P. M. Williams, Anal. Biochem., 236, 146 (1996).
119. B. R. McCord, D. L. McClure, and J. M. Jung, J. Chromatogr., 652, 75 (1993).
120. M. Orita, H. Iwahana, H. Kanazawa, K. Hayashi, and T. Sekiya, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86, 2766 (1989).
121. J. Cheng, T. Kasuga, N. D. Watson, and K. R. Mitchelson, J. Cap. Elec., 2, 24 (1995).
122. J. Cheng, T. Kasuga, K. R. Mitchelson, E. R. Lightly, N. D. Watson, W. J. Martin, and D. Atkinson, J. Chromatogr. A, 677, 169 (1994).
123. K. Khrapko, J. S. Hanekamp, W. G. Thilly, A. Belenkii, F. Foret, and B. L. Karger, Nucleic Acids Res., 22, 364 (1994).
124. C. Gelfi, P. G. Righetti, L. Cremonesi, and M. Ferrari, Electrophoresis, 15, 1506 (1994).
125. A. E. Barron, W. M. Sunada, and H. W. Blanch, Electrophoresis, 16, 64 (1995).
126. M. Strege and A. Lagu, Anal. Chem., 63, 1233 (1991).
127. T. Guszczynski, H. Pulyaeva, D. Tietz, M. M. Garner, and A. Chrambach Electrophoresis, 14, 523 (1993).
128. K. Hebenbrock, K. Schügerl, and R. Freitag, Electrophoresis, 14, 753 (1993).
129. T. Izumi, M. Yamaguchi, K. Yoneda, T. Isobe, T. Okuyama, and T. Shinoda, J. Chromatogr., 652, 41 (1993).
130. P. Bocek and A. Chrambach, Electrophoresis, 13, 31 (1992).
131. P. Bocek and A. Chrambach, Electrophoresis, 12, 620 (1991).
132. S. Rampal, M-S. Liu, R. A. Evangelista, and F-T. A. Chen, P-304, Seventh International Symposium on High Performance Capillary Electrophoresis, Würzburg, Germany, 1995.
133. J. Sudor and M. V. Novotny, Anal. Chem., 66, 2446 (1994).
134. M. J. Navin, T. L. Rapp, and M. D. Morris, Anal. Chem., 66, 1179 (1994).
135. Y. Kim and M. D. Morris, Anal. Chem., 66, 3081 (1994).
136. Y. Kim and M. D. Morris, Anal. Chem., 67, 784 (1995).
137. X. C. Huang, M. A. Quesada, and R. A. Mathies, Anal. Chem., 64, 2149 (1992).
138. C. S. Effenhauser, A. Manz, and H. M. Widmer, Anal. Chem., 67, 2284 (1995).