Conformational effects on the proton affinity of the Schiff base in bacteriorhodopsin: A density functional study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 101, Issue 40, 1997, Pages 8021-8028

  Tajkhorshid, Emadeddin ^a,b   Paizs, Béla ^a,c   Suhai, Sándor ^a  

^a GERMAN CANCER RESEARCH CENTER DKFZ   (Germany)

^b UNIVERSITY OF TEHRAN   (Iran)

^c CTRL RES INSTITUTE FOR CHEMISTRY   (Hungary)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; COMPUTATIONAL METHODS; CONFORMATIONS; ELECTRONIC STRUCTURE; ISOMERIZATION; MOLECULAR STRUCTURE;

BACTRIORHODOPSIN; DENSITY FUNCTIONAL THEORY (DFT); PROTON AFFINITY; SCHIFF BASE;

PROTEINS;

EID: 0031549614     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp971283t     Document Type: Article

References (57)

1. Oesterhelt, D.; Tittor, J.; Bamberg, E. J. Bioenerg. Biomembr. 1992, 24, 181.
2. Mathies, R. A.; Lin, S. W.; Ames, J. B.; Pollard, W. T. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 491.
3. Lanyi, J. K. Biochim. Biophys. Acta 1993, 1183, 241.
4. Rotschild, K. J. J. Bioenerg. Biomembr. 1992, 24, 147.
5. Krebs, M. P.; Khorana, H. J. J. Bacteriol. 1993, 175, 1555.
6. Nina, M.; Roux, B.; Smith, J. C. Biophys. J. 1995, 68, 25.
7. Roux, B.; Nina, M.; Pomes, R.; Smith, J. C. Biophys. J. 1996, 71, 670.
8. Orlandi, G.; Schulten, K. Chem. Phys. Lett 1979, 64, 370.
9. Tavan, P.; Schulten, K.; Oesterhelt, D. Biophys. J. 1985, 47, 415.
10. Warshel, A. Photochem. Photobiol. 1979, 30, 285.
11. Warshel, A. Methods Enzymol. 1986, 127, 578.
12. Tittor, J.; Oesterhelt, D.; Bamberg, E. Biophys. Chem. 1995, 56, 153.
13. Kuhn, C. Phys. Rev. B 1989, 40, 7776.
14. Kuhn, H.; Kuhn, C. Chem. Phys. Lett. 1993, 204, 206.
15. Kuhn, C.; Kuhn, H. Synth. Met. 1995, 68, 173.
16. Kuhn, H.; Kuhn, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 253, 61.
17. Logunov, S. L.; El-Sayed, M. A.; Lanyi, J. K. Biophys. J. 1996, 70, 2875.
18. Song, L.; El-Sayed, M. A.; Lanyi, J. K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10479.
19. Logunov, S. L.; El-Sayed, M. A.; Song, L.; Lanyi, J. K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2391.
20. Song, L.; El-Sayed, M. A.; Lanyi, J. K. Science 1993, 261, 891.
21. Logunov, S. L.; Song, L.; El-Sayed, M. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18586.
22. de Lera, A. R.; Iglesias, B.; Rodriguez, J.; Alvarez, R.; Lopez, S.; Villanueva, X.; Padros, E. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8220.
23. Terstegen, F.; Buss, V. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 369, 53.
24. Bifone, A.; de Groot, H. J. M.; Buda, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 248, 165.
25. Warshel, A.; Chu, Z. T.; Hwang, J. K. Chem. Phys. 1991, 158, 303.
26. Nonella, M.; Windemuth, A.; Schulten, K. J. Photochem. Photobiol. 1991, 54, 937.
27. Zhou, F.; Windemuth, A.; Schulten, K. Biochemistry 1993, 32, 2291.
28. Humphrey, W.; Lugonov, I.; Schulten, K.; Sheves, M. Biochemistry 1994, 33, 3668.
29. Humphrey, W.; Xu, D.; Sheves, M.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 14549.
30. Lugonov, I.; Humphrey, W.; Schulten, K.; Sheves, M. Biophys. J. 1995, 68, 1270.
31. Xu, D.; Sheves, M.; Schulten, K. Biophys. J. 1995, 69, 2745.
32. Xu, D.; Martin, C.; Schulten, K. Biophys. J. 1996, 70, 453.
33. Lugonov, I.; Schulten, K. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9727.
34. TRIPOS Associates, Inc.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision C.3, Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1985.
36. Smith, S. O.; Myers, A. B.; Pardoen, J. A.; Winkel, C.; Mulder, P. P. J.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 2055.
37. Fitzgerald, G.; Andzelm, J. J. Phys. Chem. 1991, 95, 10531.
38. Del Bene, J. E. J. Comput. Chem. 1984, 5, 381.
39. Warshel, A.; Deakyne, C. Chem. Phys. Lett. 1978, 55, 459.
40. Warshel, A.; Ottolenghi, M. Photochem. Photobiol. 1979, 30, 291.
41. Wang, Q.; Kochendoerfer, G. G.; Schoenlein, R. W.; Verdegem, P. J. E.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A.; Shark, C. V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17388.
42. Kochendoerfer, G. G.; Verdegen, P. J. E.; van der Hoef, I.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A. Biochemistry 1996, 35, 16230.
43. Warshel, A., Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 5677.
44. Simmons, C. J.; Liu, R. S. H.; Denny, M.; Seff, K. Acta Crystallogr., Sect. B 1981, 37, 2197.
45. Hamanaka, T.; Mitsui, T.; Ashida, T.; Kakudo, M. Acta Crystallogr., Sect. B 1972, 28, 214.
46. Santarsiero, B. D.; James, M. N. G.; Mahendran, M.; Childs, R. F. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9416.
47. Harbison, G. S.; Smith, S. O.; Pardoen, J. A.; Winkel, C.; Lugtenburg, J.; Herzfeld, J.; Mathies, R.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 1706.
48. Tavan, P.; Schulten, K. Biophys. J. 1986, 50, 81.
49. Grossjean, M. F.; Tavan, P.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8059.
50. Mathies, R. A.; Li, X. Y. Biophys. Chem. 1995, 56, 47.
51. Baasov, T.; Sheves, M. Biochemistry 1986, 25, 5249.
52. Rousso, I.; Friedman, N.; Sheves, M.; Ottolenghi, M. Biochemistry 1995, 34, 12059.
53. Druckman, S.; Ottolenghi, M.; Pande, A.; Pande, J.; Callender, R. H. Biochemistry 1982, 21, 4953
54. Sheves, M.; Friedman, N.; Albeck, A.; Ottolenghi, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 3262.
55. Gat, Y.; Sheves. M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3772.
56. Haupts, U.; Tittor, J.; Bomberg, E.; Oesterhelt, D. Biochemistry 1997, 36, 2.
57. Warshel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 2558.