DNA Analysis Using an Electrospray Scanning Mobility Particle Sizer

Analytical Chemistry

Volumn 69, Issue 5, 1997, Pages 919-925

  Mouradian, Stéphane ^a,c   Skogen, Jeffrey W ^b,d   Dorman, Frank D ^b   Zarrin, Fahimeh ^b,d   Kaufman, Stanley L ^b   Smith, Lloyd M ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b TSI INCORPORATED   (United States)

^c Imation   (United States)

^d NONE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; DNA FRAGMENT; OLIGONUCLEOTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTROPHORESIS; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; PH;

DNA; DNA FRAGMENTATION; ELECTROPHORESIS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; OLIGONUCLEOTIDES; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 0031092019     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac960785k     Document Type: Article

References (96)

1. Smith, L. M. Science 1993, 262, 530-532.
2. Hunkapiller, T.; Kaiser, R. J.; Koop, B. F.; Hood, L. E. Science 1991, 254, 59-67.
3. Atwood, T. K.; Nelmes, B. J.; Sellen, D. B. Biopolymers 1988, 27, 201.
4. Ruan, J. Z.; Litt, M. H.; Krieger, I. M. J. Colloid Interface Sci. 1988, 126, 93-106.
5. Schwartz, D. C.; Cantor, C. R. Cell 1984, 37, 67-75.
6. Turmel, C.; Brassard, E.; Foosyth, R.; Hood, K.; Slater, G. W.; Noolandi, J. Electrophoresis of Large DNA Molecules: Theory and Application; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1990; pp 101-131.
7. Turmel, C.; Brassard, E.; Slater, G. W.; Noolandi, J. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 569-575.
8. Birren, B. W.; Lai, E.; Hood, L. E.; Simon, M. Anal. Biochem. 1989, 177, 282-286.
9. Daniels, D. L.; Olson, C. H.; Brumley, R. L.; Blattner, F. R. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 1312.
10. Maniatis, T.; Jeffrey, A.; VandeSande, J. H. Biochemistry 1975, 14, 3787.
11. Maniatis, T.; Efstratiadis, A. Methods Enzymol. 1980, 65, 299-319.
12. Pinder, J. C.; Staynov, D. E.; Gratzer, W. B. Biochemistry 1973, 13, 5367-5373.
13. Luckey, J. A.; Drossman, H.; Kostichka, A. J.; Mead, D. A.; D'Cunha, J.; Norris, T. B.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 4417-4421.
14. Luckey, J. A.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1993, 65, 2841-2850.
15. Luckey, J. A.; Norris, T. B.; Smith, L. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3067-3075.
16. Karger, B. L. Nature 1989, 339, 641-642.
17. Drossman, H.; Luckey, J. A.; Kostichka, A. J.; D'Cunha, J.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1990, 62, 900-903.
18. Brumley, R. L.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 4121-4126.
19. Kostichka, A. J.; Marchbanks, M. L.; Brumley, R. L.; Drossman, H.; Smith, L. M. Biotechnology 1992, 10, 78-81.
20. Hillenkamp, F.; Karas, M. Anal. Chem. 1988, 60, 2301-2303.
21. Karas, M.; Bachmann, D.; Bahr, U.; Hillenkamp, F. Int. J. Mass Spectrom. Ion. Processes 1987, 78, 53-68.
22. Fitzgerald, M. C.; Zhu, L.; Smith, L. M. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 895-897.
23. Parr, G. R.; Fitzgerald, M. C.; Smith, L. M. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 369-372.
24. Stemmler, E. A.; Buchanan, M. V.; Hurst, G. B.; Hettich, R. L. Anal. Chem. 1995, 67, 2924-2930.
25. Tang, K.; Taranenko, N. I.; Allman, S. L.; Chen, C. H.; Chang, L. Y.; Jacobson, K. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 673-678.
26. Lecchi, P.; Le, H. M. T.; Pannell, L. K. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 1276-1277.
27. Pieles, U.; Zürcher, W.; Schär, M.; Moser, H. E. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 3191-3196.
28. Wu, K. J.; Sledding, A.; Becker, C. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 191.
29. Currie, G. J.; Yates, J. R., III J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 955-963.
30. Liu, Y. H.; Bai, J.; Zhu, Y.; Liang, X.; Siemieniak, D.; Venta, P. J.; Lubman, D. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 735-743.
31. Tang, K.; Allman, S. L.; Chen, C. H. W.; Chang, L. Y.; Schell, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 183-186.
32. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uziel, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
33. Bai, J.; Liu, Y. H.; Liang, X.; Zhu, Y.; Lubman, D. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 1172-1176.
34. Chang, L. Y.; Tang, K.; Schell, M.; Ringelberg, C.; Matteson, K. J.; Allman, S. L.; Chen, C. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 772-774.
35. Tang, K.; Taranenko, N. I.; Allman, S. L.; Chang, L. Y.; Chen, C. H. W. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 727-730.
36. Juhasz, P.; Roskey, M. T.; Smirnov, I. P.; Haff, L. A.; Vestal, M. L.; Martin, S. A. Anal. Chem. 1996, 68, 941-946.
37. Shaler, T. A.; Tan, Y.; Wickham, J. N.; Wu, K. J.; Becker, C. H. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 942-947.
38. Roskey, M. T.; Sminov, I. P.; Juhasz, P.; Vestal, M.; Talkach, E. J.; Martin, S. A.; Haff, L. A. Gen. Sci. Technol. 1995, 1, 46.
39. Kirpekar, F.; Nordhoff, E.; Kristiansen, K.; Roepstorff, P.; Hahner, S.; Hillenkamp, F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 525-531.
40. Zhu, L.; Parr, G. R.; Fitzgerald, M. C.; Nelson, C. M.; Smith, L. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6048-6056.
41. Tang, W.; Zhu, L.; Nelson, C. M.; Smith, L. M. Submitted for publication.
42. Hettich, R. L.; Buchanan, M. V. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1991, 2, 22-30.
43. Kirpekar, F.; Nordhoff, E.; Kristiansen, K.; Roepstorff, P.; Lezius, A.; Hahner, S.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3866-3870.
44. Nordhoff, E.; Karas, M.; Cramer, R.; Hahner, S.; Hillenkamp, F.; Lezius, A.; Kirpekar, F.; Kristiansen, K.; Muth, J.; Meier, C.; Engels, J. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 99-109.
45. Stemmler, E. A.; Hettich, R. L.; Hurst, G. B.; Buchanan, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 828-836.
46. Yamashita, M.; Fenn, J. B. J. Phys. Chem. 1984, 88, 4451-4471.
47. Voress, L. Anal. Chem. 1994, 66, 481A-486A.
48. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Busman, M.; Udseth, H. R. Mass Spectrom. Rev. 1991, 10, 359-451.
49. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1990, 62, 882-899.
50. Bruins, A. P. J. Chem. Phys. 1993, 90, 1335-1344.
51. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Barinaga, C. J.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1990, 62, 882-899.
52. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; Little, D. F.; Aaserud, D. J.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3802-3805.
53. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
54. Bleicher, K.; Bayer, E. Biol. Mass. Spectrom. 1994, 23, 320-322.
55. Bayer, E.; Maier, M.; Gaus, H. Anal. Chem. 1994, 66, 3858-3863.
56. Covey, T. R.; Bonner, R. F.; Shushan, B. I.; Henion, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 249-256.
57. Potier, N.; Dorsselaer, A. V.; Cordier, Y.; Bischof, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903.
58. Smith, E. L.; Alves, C. A.; Anderegg, J. W.; Porter, M. D.; Siperko, L. M. Langmuir 1992, 8, 2707-2713.
59. Barth, H. G.; Boyes, B. E.; Jackson, C. Anal. Chem. 1994, 66, 595R-620R
60. Bly, D. L. Science 1970, 168, 527-533.
61. Yau, W. W.; Kirkland, J. J.; Bly, D. D. Modern Size Exclusion Liquid Chromatography, Wiley, New York, 1979.
62. Potschka, M. Anal. Biochem. 1987, 162, 47-64.
63. Kato, Y.; Sasaki, M.; Hashimoto, T.; Murotsu, T.; Fukushige, S.; Matsubara, K. J. Chromatogr. 1983, 266, 341-349.
64. Ware, B. R.; Flygare, W. H. J. Colloid Interface Sci. 1972, 39, 670-675.
65. Lee, M. R.; Smith, L. M. Unpublished results.
66. Kaufman, S. L.; Skogen, J. W.; Dorman, F. D.; Zarrin, F.; Lewis, K. C. Anal. Chem. 1996, 68, 1895-1904.
67. Liu, B. Y. H.; Pui, D. Y. H. J. Colloid Interface Sci. 1974, 49, 305-312.
68. Whitby, K. T.; Liu, B. Y. H. Atmos. Environ. 1968, 2, 103-116.
69. Wang, S. C.; Flagan, R. C. Aerosol Sci. Technol. 1990, 13, 230-240.
70. Knutson, E. O.; Whitby, K. T. J. Aerosol Sci. 1975, 6, 443-451.
71. Zarrin, F.; Kaufrnan, S. L.; Socha, J. R. J. Aerosol Sci. 1991, 22, 343-346.
72. Chen, D.; Pui, D. Y. H.; Kaufman, S. L. J. Aerosol Sci. 1995, 26, 963-977.
73. Zeleny, J. Proc. Cambridge Philos. Soc. 1915, 18, 71.
74. Hinds, W. C. Aerosol Technology; Wiley: New York, 1982; p 304.
75. Wiedensohler, A. J. Aerosol Sci. 1988, 19, 387-389.
76. Lewis, K. C.; Dohmeier, D. M.; Jorgenson, J. W.; Kaufman, S. L.; Zarrin, F.; Dorman, F. D. Anal. Chem. 1994, 66, 2285-2292.
77. Wang, A. P. L.; Guo, X.; Li, L. Anal. Chem. 1994, 66, 3664-3675.
78. Kochetkow, H. K.; Budovskii, E. I. Organic Chemistry of Nucleic Acids; Plenum Publishing Co. Ltd.: London, 1972.
79. Brown, D. M.; Todd, A. R. Nucleic Acids; Academic Press: London, 1955; Vol. 1.
80. Michelson, A. M. The Chemistry of Nucleosides and Nucleotides; Academic Press: London, 1963.
81. Kaufman, S. L.; Skogen, J. W.; Dorman, F. D.; Zarrin, F.; Lewis, K. C. Correction submitted to Anal. Chem.
82. Slater, G. W.; Lalande, M. Biopolymers 1988, 27, 509-524.
83. Rosenberg, A. H.; Studier, F. W. Biopolymers 1969, 7, 765-774.
84. Borochkov, N.; Eisenberg, H.; Kam, Z. Biopolymers 1981, 20, 231-235.
85. Holmes, D. L.; Stellwagen, N. C. Electrophoresis 1990, 11, 5-15.
86. Stellwagen, N. C. Biopolymers 1985, 24, 2243-2255.
87. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141-10142.
88. Shumate, C. B.; Hill, H. H. Anal. Chem. 1989, 61, 601-606.
89. Wittmer, D.; Chen, Y. H.; Luckenbill, B.; Hill, H. H. Anal. Chem. 1994, 66, 2348-2355.
90. Cox, K. A.; Julian, R. K.; Cooks, R. G.; Kaiser, R. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 127-128.
91. Feng, R.; Konishi, Y. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1993, 4, 638-645.
92. LeBlanc, J. C. Y.; Beuchemin, D.; Siu, K. W. M.; Guevremont, R.; Berman, S. S. Org. Mass Spectrom. 1991, 26, 831-839.
93. Guevremont, R.; Siu, K. W. M.; LeBlanc, J. C. Y.; Berman, S. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992, 3, 216-224.
94. Smith, R. D.; Light-Wahl, K. J. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 493-501.
95. Loo, R. R. O.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 207-220.
96. Loo, J. A.; Ogorzalek, R. R.; Udseth, H. R.; Edmons, C. G.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 101-105.