Fluorescence resonance energy transfer as a probe of DNA structure and function

Methods in Enzymology

Volumn 278, Issue , 1997, Pages 417-444

  Yang, Mengsu ^a   Millar, David P ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA PROBE; DNA SEQUENCE; ENERGY TRANSFER; FLUORESCENCE ANALYSIS; MATHEMATICAL ANALYSIS; MOLECULAR DYNAMICS; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; SEQUENCE ANALYSIS;

EID: 0030980795     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(97)78022-4     Document Type: Article

References (83)

1. T. Förster, Z. Naturforsch. A: Astrophys. Phys. Phys. Chem. 4, 321 (1949).
2. L. Stryer, Annu. Rev. Biochem. 47, 819 (1978).
3. R. H. Fairclough and C. R. Cantor, Methods Enzymol. 48, 347 (1978).
4. P. Wu and L. Brand, Anal Biochem. 218, 1 (1994).
5. K. Beardsley and C. R. Cantor, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 65, 39 (1970).
6. C.-H. Yang and D. Söll, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 71, 2838 (1974).
7. A. I. H. Murchie, R. M. Clegg, E. von Kitzing, D. R. Duckett, S. Diekmann, and D. M. J. Lilley, Nature (London) 341, 763 (1989).
8. J. P. Cooper and P. J. Hagerman, Biochemistry 29, 9261 (1990).
9. T. Tuschl, C. Gohlke, T. M. Jovin, E. Westhof, and F. Eckstein, Science 266, 785 (1994).
10. C. Gohlke, A. I. H. Murchie, D. M. J. Lilley, and R. M. Clegg, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 11660 (1994).
11. R. A. Cardullo, S. Agrawal, C. Flores, P. C. Zamecnik, and D. E. Wolf, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85, 8790 (1988).
12. M. Yang, S. Ghosh, and D. P. Millar, Biochemistry 33, 15329 (1994).
13. S. Ghosh, P. S. Eis, K. Blumeyer, K. Fearon, and D. P. Millar, Nucleic Acids Res. 22, 3155 (1994).
14. K. P. Bjorson, M. Amaratunga, K. J. M. Moore, and T. M. Lohman, Biochemistry 33, 14306 (1994).
15. E. Haas, M. Wilchek, E. Katchalski-Katzir, and I. Z. Steinberg, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 72, 1807 (1975).
16. R. A. Hochstrasser, S.-M. Chen, and D. P. Millar, Biophys. Chem. 45, 133 (1992).
17. D. Amir and E. Haas, Biochemistry 26, 2162 (1987).
18. J. R. Lakowicz, I. Gryczynski, H. C. Cheung, C.-K. Wang, M. L. Johnson, and N. Joshi, Biochemistry 27, 9149 (1988).
19. P. S. Eis and J. R. Lakowicz, Biochemistry 32, 7981 (1993).
20. P. Wu, K. G. Rice, Y. C. Lee, and L. Brand, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 9355 (1991).
21. K. M. Parkhurst and L. J. Parkhurst, Biochemistry 34, 293 (1995).
22. B. P. Maliwal, J. Kusba, and J. R. Lakowicz, Biopolymers 35, 245 (1995).
23. P. S. Eis and D. P. Millar, Biochemistry 32, 13852 (1993).
24. M. Yang and D. P. Millar, Biochemistry 35, 7959 (1996).
25. R. M. Clegg, Methods Enzymol. 211, 353 (1992).
26. P. R. Selvin, Methods Enzymol 246, 301 (1995).
27. D. V. O'Connor and D. Philips, "Time-Correlated Single Photon Counting." Academic Press, London, 1984.
28. J. R. Lakowicz and I. Gryczynski, Frequency-domain fluorescence spectroscopy. In "Topics in Fluorescence Spectroscopy" (J. R. Lakowicz, ed.), Vol. 1, p. 293. Plenum, New York, 1991.
29. P. R. Bevington, "Data Reduction and Error Analysis for the Physical Sciences." McGraw-Hill, New York, 1969.
30. R. E. Dale and J. Eisinger, Biopolymers 13, 1573 (1974).
31. R. E. Dale and J. Eisinger, In "Biochemical Fluorescence Concepts" (R. F. Chen and H. Edelhoch, eds.), Vol. 1, p. 115. Marcel Dekker, New York, 1975.
32. R. E. Dale, J. Eisinger, and W. E. Blumberg, Biophys. J. 26, 161 (1979); R. E. Dale, J. Eisinger, and W. E. Blumberg, Biophys. J. 30, 365 (1980).
33. R. E. Dale, J. Eisinger, and W. E. Blumberg, Biophys. J. 26, 161 (1979); R. E. Dale, J. Eisinger, and W. E. Blumberg, Biophys. J. 30, 365 (1980).
34. P. Wu and L. Brand, Biochemistry 31, 7939 (1992).
35. A. J. Cross and G. R. Fleming, Biophys. J. 46, 45 (1984).
36. E. Haas, E. Katchalski-Katzir, and I. Z. Steinberg, Biochemistry 17, 5064 (1978).
37. S. Albaugh and R. F. Steiner, J. Phys. Chem. 93, 8013 (1989).
38. A. Waggoner, Methods Enzymol. 246, 362 (1995).
39. K. J. Gibson and S. J. Benkovic, Nucleic Acids Res. 15, 6455 (1987).
40. D. P. Millar, R. A. Hochstrasser, C. R. Guest, and S.-M. Chen, Proc. S.P.I.E. Int. Soc. Opt. Eng. 1640, 592 (1992).
41. R. M. Clegg, A. I. H. Murchie, A. Zechel, C. Carlberg, S. Diekmann, and D. M. J. Lilley, Biochemistry 31, 4846 (1992).
42. H. E. Moser and P. B. Dervan, Science 238, 645 (1987).
43. J. S. Sun and C. Hélène, Curr. Opin. Struct. Biol. 3, 345 (1993).
44. L. E. Xodo, G. Manzini, and F. Quadrifoglio, Nucleic Acids Res. 18, 3557 (1990).
45. R. W. Roberts and D. M. Crothers, Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 88, 9397 (1991).
46. S. F. Singleton and P. B. Dervan, J. Am. Chem. Soc. 114, 6957 (1992).
47. H. Shindo, H. Torigoe, and S. Akinori, Biochemistry 32, 8963 (1993).
48. J. L. Mergny, T. Garestier, M. Rougee, A. V. Lebedev, M. Chassignol, T. N. Thuong, and C. Hélène, Biochemistry 33, 15321 (1994).
49. E. M. Evertsz, K. Rippe, and T. M. Jovin, Nucleic Acids Res. 22, 3293 (1994).
50. P. V. Scaria, S. Will, C. Levenson, and R. H. Shafer, J. Biol. Chem. 270, 7295 (1995).
51. L. J. Maher III, P. B. Dervan, and B. J. Wold, Biochemistry 29, 8820 (1990).
52. R. Holliday, Genet. Res. 5, 282 (1964).
53. D. M. J. Lilley and R. M. Clegg, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 22, 299 (1993).
54. N. C. Seeman and N. R. Kallenbach, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 23, 53 (1994).
55. N. C. Seeman, J. Theor. Biol. 99, 237 (1982).
56. N. C. Seeman and N. R. Kallenbach, Biophys. J. 44, 201 (1983).
57. R. M. Clegg, A. I. H. Murchie, and D. M. J. Lilley, Biophys. J. 66, 99 (1994).
58. T. Minigawa, A. Murakami, Y. Ryo, and H. Yamagashi, Virology 126, 183 (1983).
59. F. Jensch and B. Kemper, EMBO J. 5, 181 (1986).
60. J. B. Welch, D. R. Duckett, and D. M. J. Lilley, Nucleic Acids Res. 21, 4548 (1993).
61. M. Zhong, M. S. Rashes, N. B. Leontis, and N. R. Kallenbach, Biochemistry 33,3660 (1994).
62. L. S. Shlyakhtenko, E. Appella, R. E. Harrington, I. Kutyavin, and Y. L. Lyubohenko, J. Biomol Struct. Dynam. 12, 131 (1994).
63. N. B. Leontis, W. Kwok, and J. S. Newman, Nucleic Acids Res. 19, 759 (1991).
64. M. A. Rosen and D. J. Patel, Biochemistry 32, 6563 (1993); M. A. Rosen and D. J. Patel, Biochemistry 32, 6576 (1993).
65. M. A. Rosen and D. J. Patel, Biochemistry 32, 6563 (1993); M. A. Rosen and D. J. Patel, Biochemistry 32, 6576 (1993).
66. N. B. Leontis, M. T. Hills, M. Piotto, I. V. Ouporov, A. Malhotra, and D. G. Gorenstein, Biophys. J. 68, 251 (1994).
67. I. V. Ouporov and N. B. Leontis, Biophys. J. 68, 266 (1995).
68. H. Ozaki and L. W. McLaughlin, Nucleic Acids Res. 20, 5205 (1992).
69. R. M. Clegg, A. I. H. Murchie, A. Zechel, and D. M. J. Lilley, Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 90, 2994 (1993).
70. E. A. Jares-Erijman and T. M. Jovin, J. Mol. Biol. 257, 597 (1996).
71. J. L. Mergny, A. S. Boutorine, T. Garestier, F. Belloc, M. Rougee, N. V. Bulychev, A. A. Koshkin, J. Bourson, A. V. Lebedev, B. Valeur, T. N. Thuong, and C. Hélène, Nucleic Acids Res. 22, 920 (1994).
72. L. E. Morrison and L. M. Stols, Biochemistry 32, 3095 (1993).
73. M. Hiyoshi and S. Hosoi, Anal. Biochem. 221, 306 (1994).
74. K. M. Parkhurst and L. J. Parkhurst, Biochemistry 34, 285 (1995).
75. S. Sixou, F. C. Szoka, Jr., G. A. Green, B. Giusti, G. Zon, and D. J. Chin, Nucleic Acids Res. 22, 662 (1994).
76. J. Ju, C. Ruan, C. W. Fuller, A. N. Glazer, and R. A. Mathies, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 4347 (1995).
77. T. Heyduk and J. C. Lee, Biochemistry 31, (5165) 1992.
78. S. G. Erskine and S. E. Haiford, Gene (Amsterdam) 157, 153 (1995).
79. S. P. Lee, H. G. Kim, M. L. Censullo, and M. K. Han, Biochemistry 34, 10205 (1995).
80. P. Houston and T. Kodakek, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 5471 (1994).
81. T. R. Easterwood, F. Major, A. Malhotra, and S. C. Harvey, Nucleic Acids Res. 22, 3779 (1994).
82. B. S. Watson, T. L. Hazlett, J. F. Eccleston, C. Davis, D. M. Jameson, and A. E. Johnson, Biochemistry 34, 7904 (1995).
83. H. W. Pley, K. M. Flaherty, and D. M. McKay, Nature (London) 372, 68 (1994).