Fluorescent nucleotide analogs: Synthesis and applications

Methods in Enzymology

Volumn 278, Issue , 1997, Pages 363-390

  Jameson, David M ^a   Eccleston, John F ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL TRANSITION; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; NUCLEOTIDE METABOLISM; PHOTOAFFINITY LABELING; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 0030971247     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(97)78020-0     Document Type: Article

References (77)

1. P. Vigny and M. Duquesne, Photochem. Photobiol. 20, 15 (1974).
2. N. J. Leonard and G. L. Tolman, Ann. N.Y. Acad. Sci. 255, 43 (1975).
3. J. R. Barrio, J. A. Secrist III, and N. J. Leonard, Biochem. Biophys. Res. Commun. 92, 597 (1972).
4. N. J. Leonard, Chemtracts Biochem. Mol. Biol. 4, 251 (1993).
5. C. R. Bagshaw, J. F. Eccleston, D. R. Trentham, D. W. Yates, and R. S. Goody, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 37, 127 (1972).
6. J. F. Eccleston, T. F. Kanagasabai, D. P. Molloy, S. E. Neal, and M. R. Webb, In "Guanine-Nucleotide Binding Proteins" (L. Bosch, B. Kraal, and A. Parmeggiani, eds.), p. 87. Plenum, New York, 1989.
7. L. R. Yarbrough, J. G. Schlageck, and M. Baughman, J. Biol. Chem. 254, 12069 (1979).
8. A. J. Fischer, C. A. Smith, J. Thoden, R. Smith, K. Sutoh, H. M. Holden, and I. Raymant, Biophys. J. 68, 19s (1995).
9. F. Jurnak, Science 230, 32 (1985).
10. M. Kjeldgaard and J. Nyborg, J. Mol. Biol. 223, 721 (1992).
11. H. Berchtold, L. Reshetnikova, C. O. A. Reiser, N. K. Schirmer, M. Sprinzl, and R. Hilgenfeld, Nature (London) 365, 126 (1993).
12. S. M. Franken, A. J. Scheidig, U. Krengel, H. Rensland, A. Lautwein, M. Geyer, K. Scheffzek, R. S. Goody, H. R. Kalbitzer, E. F. Pai, and A. Wittinghofer, Biochemistry 32, 8411 (1993).
13. A. J. Scheidig, S. M. Franken, J. E. T. Corrie, G. P. Reid, A. Wittinghofer, E. F. Pai, and R. S. Goody, J. Mol. Biol. 253, 132 (1995).
14. T. Hiratsuka and K. Uchida, Biochim. Biophys. Acta 320, 635 (1973).
15. T. Hiratsuka, Biochim. Biophys. Acta 742, 496 (1983).
16. A. J. Sowerby, C. K. Seehra, M. Lee, and C. R. Bagshaw, J. Mol. Biol. 234, 114 (1993).
17. E. Lark and C. K. Omoto, Cell Motil. Cytoskel. 27, 161 (1994).
18. S. J. Jeng and R. J. Guillory, J. Supramol. Struct. 3, 448 (1975).
19. G. Onur, G. Schafer, and H. Strotmann, Z. Naturforsch. 382, 49 (1983).
20. I. Mayer, A. S. Dhams, W. Riezler, and M. Klingenberg, Biochemistry 23, 2430 (1984).
21. C. R. Cremo, J. M. Neuron, and R. G. Yount, Biochemistry 29, 3309 (1990).
22. R. E. Hileman, K. M. Parkhurst, N. K. Gupta, and L. J. Parkhurst, Bioconjugate Chem. 5, 436 (1994).
23. J. B. Hobbs and F. Eckstein, J. Org. Chem. 42, 714 (1977).
24. T. Iwaki, C. Torigoe, M. Noji, and M. Nakanishi, Biochemistry 32, 7589 (1993).
25. T. L. Hazlett, K. J. M. Moore, P. N. Lowe, D. M. Jameson, and J. F. Eccleston, Biochemistry 32, 13575 (1993).
26. J. E. T. Corrie, J. Chem. Soc. Perkins Trans. 1, 2151 (1990).
27. S. Braxton and R. G. Yount, Biophys. J. 53, A178 (1988).
28. B. S. Watson, T. L. Hazlett, J. F. Eccleston, C. Davis, D. M. Jameson, and A. E. Johnson, Biochemistry 34, 7904 (1995).
29. B. P. Conibear and C. R. Bagshaw, FEBS Lett. 380, 13 (1996).
30. B. P. Conibear, D. S. Jeffreys, C. K. Seehra, R. J. Eaton, and C. R. Bagshaw, Biochemistry 35, 2299 (1996).
31. R. B. Mujumdar, L. A. Ernst, S. R. Mujumdar, C. J. Lewis, and A. S. Waggoner, Bioconjugate Chem. 4, 105 (1993).
32. K. Oiwa, G. P. Reid, C. T. Davis, J. F. Eccleston, J. E. T. Corrie, and D. R. Trentham, Biophys. J. 68, A64 (1995).
33. J. F. Eccleston, K. J. M. Moore, G. G. Brownbridge, M. R. Webb, and P. N. Lowe, Biochem. Soc. Trans. 19, 436 (1991).
34. J. F. Eccleston, K. Oiwa, M. A. Ferenczi, M. Anson, J. E. T. Corrie, A. Yamada, H. Nakayama, and D. R. Trentham, Biophys. J. 70, A159 (1996).
35. C. B. Reese and D. R. Trentham, Tetrahedron Lett. 29, 2467 (1965).
36. H. Rensland, A. Lautwein, A. Wittinghofer, and R. S. Goody, Biochemistry 30, 11181 (1991).
37. Y.-Z. Ma and E. W. Taylor, Biochemistry 34, 13223 (1995).
38. Y.-Z. Ma and E. W. Taylor, J. Biol. Chem. 272, 717 (1997).
39. D. M. Jameson and W. H. Sawyer, Methods Enzymol. 246, 283 (1995).
40. F. G. Prendergast, M. Meyers, G. L. Carlson, S. Iida, and D. Potter, J. Biol. Chem. 258, 7541 (1983).
41. G. Weber and F. J. Farris, Biochemistry 18, 3075 (1979).
42. D. P. Molloy, Ph.D. thesis. CNAA, United Kingdom (1991).
43. F. Perrin, Ann. Phys. Ser. 10 XVII, 20 (1932).
44. Th. Förster, Ann. Phys. (Leipzig) 2, 55 (1948).
45. B. W. Van der Meer, G. Coker, and S.-Y. S. Chen, "Resonance Energy Transfer: Theory and Data." VCH, New York, 1994.
46. R. F. Dale, J. Eisinger, and W. E. Blumberg, Biophys. J. 26, 161 (1979).
47. P. Wu and L. Brand, Biochemistry 31, 7939 (1992).
48. W. Jiskoot, V. Hlady, J. J. Naleway, and J. N. Herron, In "Physical Methods to Characterize Pharmaceutical Proteins" (J. N. Herron, W. Jiskoot, and D. J. A. Crommelin, eds.), p. 1. Plenum, New York, 1996.
49. H. C. Cheung, In "Topics in Fluorescence Spectroscopy" (J. R. Lakowicz, ed.), p. 127. Plenum, New York, 1991.
50. P. Selvin, Methods Enzymol. 246, 300 (1995).
51. G. Weber, In "Fluorescence and Phosphorescence Analysis" (D. M. Hercules, ed.), p. 217. John Wiley & Sons, New York, 1966.
52. W. Denk, J. H. Strickler, and W. W. Webb, Science 248, 73 (1990).
53. P. T. C. So, T. French, W. M. Yu, K. M. Berland, C. Y. Dong, and E. Gratton, Bioimaging 3, 49 (1995).
54. T. Funatsu, Y. Harada, M. Tokunaga, K. Saito, and T. Yanagida, Nature (London) 374, 555 (1995).
55. J. A. Titus, R. Haugland, S. O. Sharrow, and D. M. Segal, J. Immunol. Methods 50, 193 (1982).
56. H. Gutfreund, "Kinetics for Life Sciences." Cambridge University Press, London, 1995.
57. S. E. Neal, J. F. Eccleston, and M. R. Webb, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 3562 (1990).
58. J. John, R. Sohmen, J. Feuerstein, R. Linke, A. Wittinghofer, and R. S. Goody, Biochemistry 29, 6058 (1990).
59. A. Sadhu and E. W. Taylor, J. Biol. Chem. 267, 11352 (1992).
60. A. Lockhart, R. A. Cross, and D. F. A. McKillop, FEBS Lett. 368, 531 (1995).
61. A. E. Remmers and R. R. Neubig, J. Biol. Chem. 271, 4791 (1996).
62. W. Bujalowski and M. M. Klonowska, Biochemistry 32, 5888 (1993).
63. W. Bujalowski and M. M. Klonowska, Biochemistry 33, 4682 (1994).
64. T. C. Mueser and L. J. Parkhurst, Int. J. Biochem. 25, 1689 (1993).
65. J. E. Churchich, Eur. J. Biochem. 231, 736 (1995).
66. J. E. Brunet, V. Vargas, E. Gratton, and D. M. Jameson, Biophys. J. 66, 446 (1994).
67. D. M. Jameson and T. L. Hazlett, In "Biophysical and Biochemical Aspects of Fluorescence Spectroscopy" (T. G. Dewey, ed.), p. 105. Plenum, New York, 1991.
68. J. F. Eccleston, E. Gratton, and D. M. Jameson, Biochemistry 26, 3902 (1987).
69. E. Gratton, D. M. Jameson, and R. D. Hall, Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 13, 105 (1984).
70. J. M. Beechem, J. R. Knutson, and L. Brand, Biochem. Soc. Trans. 14, 832 (1986).
71. P. Nissen, M. Kjeldgaard, S. Thirup, G. Polekhina, L. Reshetnikova, B. F. C. Clark, and J. Nyborg, Science 270, 1464 (1995).
72. S. K. A. Woodward, J. F. Eccleston, and M. A. Geeves, Biochemistry 30, 422 (1991).
73. S. K. A. Woodward, Ph.D. thesis. King's College, London, 1990.
74. D. A. Leonard, T. Evans, M. Hart, R. A. Cerione, and D. Manor, Biochemistry 33, 12323 (1994).
75. A. E. Remmers, R. Posner, and R. R. Neubig, J. Biol. Chem. 269, 13771 (1994).
76. K. J. M. Moore and T. M. Lohman, Biochemistry 33, 14550 (1994).
77. A. Giovane, C. Balestrieri, M. L. Balestrieri, and L. Servillo, Eur. J. Biochem. 227, 428 (1995).