Fluorescence approaches to study of protein-nucleic acid complexation

Methods in Enzymology

Volumn 278, Issue , 1997, Pages 390-416

  Hill, John J ^a   Royer, Catherine A ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR INTERACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN NUCLEIC ACID INTERACTION; REVIEW; TRANSCRIPTION INITIATION;

EID: 0030919292     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(97)78021-2     Document Type: Article

References (70)

1. P. J. Czernik, D. S. Shin, and B. K. Hurlburt, J. Biol. Chem. 269, 27869 (1994).
2. T. Heyduk and J. C. Lee, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 1744 (1990).
3. V. LeTilly and C. A. Royer, Biochemistry 32, 7753 (1993).
4. C. A. Royer, T. Ropp, and S. F. Scarlata, Biophys. Chem. 43, 197 (1992).
5. C. R. Guest, R. A. Hochstrasser, C. G. Dupuy, D. J. Allen, S. J. Benkovic, and D. P. Millar, Biochemistry 30, 8759 (1991).
6. T. E. Carver, Jr., R. A. Hochstrasser, and D. P. Millar, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 10670 (1994).
7. R. P. Kwok, J. R. Lundblad, J. C. Chrivia, J. P. Richards, H. P. Bachinger, R. G. Brennan, S. G. Roberts, M. R. Green, and R. H. Goodman, Nature (London) 370, 223 (1994).
8. G. M. Perez-Howard, P. A. Weil, and J. M. Beechem, Biochemistry 34, 8005 (1995).
9. X. Cheng, L. Kovac, and J. C. Lee, Biochemistry 34, 10816 (1995).
10. M. Bailey, P. Hagmar, D. P. Millar, B. E. Davidson, G. Tong, J. Haralambidis, and W. H. Sawyer, Biochemistry 34, 15802 (1995).
11. D. B. Nikolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisatake, D. K. Lee, R. G. Roeder, and S. K. Burley, Nature (London) 377, 119 (1995).
12. T. Tuschl, C. Gohlke, T. M. Jovin, E. Westhof, and F. Eckstein, Science 266, 785 (1994).
13. L. E. Morrison and L. M. Stols, Biochemistry 32, 3095 (1993).
14. C. Gholke, A. I. Murchie, D. M. Lilley, and R. M. Clegg, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 11660 (1994).
15. J. Y. Ju, I. Kheterpal, J. R. Scherer, C. C. Ruan, C. W. Fuller, A. N. Glazer, and R. A. Mathies, Anal. Biochem. 231, 131 (1995).
16. B. P. Maliwal, J. Kusba, and J. R. Lakowicz, Biopolymers 35, 245 (1995).
17. J. L. Mergny, T. Garestier, M. Rougee, A. V. Lebedev, M. Chassignol, N. T. Thuong, and C. Helene, Biochemistry 33, 15321 (1994).
18. M. Yang, S. S. Ghosh, and D. P. Millar, Biochemistry 33, 15329 (1994).
19. P. V. Scaria, S. Will, C. Levenson, and R. H. Shafer, J. Biol. Chem. 270, 7295 (1995).
20. R. M. Clegg, A. I. Murchie, A. Zechel, C. Carlberg, S. Diekmann, and D. M. Lilley, Biochemistry 31, 4846 (1992).
21. P. S. Eis and D. P. Millar, Biochemistry 32, 13852 (1993).
22. R. M. Clegg, A. I. Murchie, and D. M. Lilley, Biophys. J. 66, 99 (1994).
23. T. Heyduk and J. C. Lee, Biochemistry 31, 5165 (1992).
24. B. S. Watson, T. L. Hazlett, J. F. Eccleston, C. Davis, D. M. Jameson, and A. E. Johnson, Biochemistry 34, 7904 (1995).
25. T. R. Easterwood, F. Major, A. Malhorta, and S. C. Harvey, Nucleic Acids Res. 22, 3779 (1994).
26. M. A. Griep and C. S. McHenry, J. Biol. Chem. 267, 3052 (1992).
27. J. Widom, In preparation (1996).
28. S. G. Erskine and S. E. Halford, Gene 157, 153 (1995).
29. S. S. Ghosh, P. Eis, K. Blumeyer, K. Fearon, and D. P. Millar, Nucleic Acids Res. 22, 3155 (1994).
30. 30 K. P. Bjornson, M. Amaratunga, and T. M. Lohman, Biochemistry 33, 14306 (1994).
31. S. P. Lee, H. G. Kim, M. L. Censullo, and M. K. Han, Biochemistry 34, 10205 (1995).
32. M. Yang and D. P. Millar, Methods Enzymol. 278, [20], 1997 (this volume).
33. J. R. Casas-Finet, A. Kumar, G. Morris, S. H. Wilson, and R. L. Karpel, J. Biol. Chem. 266, 19618 (1991).
34. L. B. Overman, W. Bujalowski, and T. M. Lohman, Biochemistry 27, 456 (1988).
35. W. Bujalowski, L. B. Overman, and T. M. Lohman, J. Biol. Chem. 263, 4629 (1988).
36. W. T. Ruyechan and J. W. Olson, J. Virol. 66, 6273 (1992).
37. A. P. Stassen, B. J. Harmsen, J. G. Schoenmakers, C. W. Hilbers, and R. N. Konings, Eur. J. Biochem. 206, 605 (1992).
38. J. B. A. Ross, D. F. Senear, E. Waxman, B. B. Kombo, E. Rusinova, Y. T. Huang, W. R. Laws, and C. A. Hasselbacher, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 12023 (1992).
39. Y. T. Kim, S. Tabor, J. E. Churchich, and C. C. Richardson, J. Biol. Chem. 267, 15032 (1992).
40. K. A. Maegley, L. Gonzalez, Jr., D. W. Smith, and N. O. Reich, J. Biol. Chem. 267, 18527 (1992).
41. J. R. Casas-Finet and R. L. Karpel, Biochemistry 32, 9735 (1993).
42. M. Crowe and M. G. Fried, Eur. J. Biochem. 212, 539 (1993).
43. W. Bujalowski and T. M. Lohman, J. Mol. Biol. 217, 63 (1991).
44. C. A. Gelfand, Q. Wang, S. Randall, and J. E. Jentoft, J. Biol. Chem. 268, 18450 (1993).
45. C. L. Chan, Z. Wu, T. Ciardelli, A. Eastman, and E. Bresnick, Arch. Biochem. Biophys. 300, 193 (1993).
46. C. Kim, B. F. Paulus, and M. S. Wold, Biochemistry 33, 14197 (1994).
47. J. B. Clendenning and J. M. Schurr, Biophys. Chem. 52, 227 (1994).
48. M. L. Carpenter and G. G. Kneale, Methods Mol. Biol. 30, 313 (1994).
49. J. R. Wisniewski and E. Schulze, J. Biol. Chem. 269, 10713 (1994).
50. M. S. Soengas, J. A. Esteban, M. Salas, and C. Gutierrez, J. Mol. Biol. 239, 213 (1994).
51. P. Thommes, C. L. Farr, R. F. Marton, L. S. Kaguni, and S. Cotterill, J. Biol. Chem. 270, 21137 (1995).
52. T. Lundback, C. Cairns, J.-A. Gustafsson, J. Carlstedt-Duke, and T. Hard, Biochemistry 32, 5074 (1993).
53. T. Lundback, J. Zilliacus, J.-A. Gustafsson, J. Carlstedt-Duke, and T. Hard, Biochemistry 33, 5955 (1994).
54. M. Chabbert, H. Lami, and M. Takahashi, J. Biol. Chem. 266, 5395 (1991).
55. P. Wittung, B. Norden, and M. Takahashi, Eur. J. Biochem. 224, 39 (1994).
56. D. P. Giedroc, R. Khan, and K. Barnhart, Biochemistry 30, 8230 (1991).
57. P. Wittung, B. Norden, S. K. Kim, and M. Takahashi, J. Biol. Chem. 269, 5799 (1994).
58. L. B. Bloom, M. R. Otto, R. Eritja, L. J. Reha-Krantz, M. F. Goodman, and J. M. Beechem, Biochemistry 33, 7576 (1994).
59. K. D. Raney, L. C. Sowers, D. P. Millar, and S. J. Benkovic, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 6644 (1994).
60. P. Wittung, M. Funk, B. Jernstrom, B. Norden, and M. Takahashi, FEBS Lett. 368, 64 (1995).
61. P. Hagmar, B. Norden, D. Baty, M. Chartier, and M. Takahashi, J Mol. Biol. 226, 1193 (1992).
62. J. J. Hill, J. Lefstin, J. Miner, K. R. Yamamoto, and C. A. Royer, Submitted (1996).
63. D. P. Millar, R. M. Hoschstrasser, C. R. Guest, and S.-M. Chen, In "SPIE Proceedings 1640, Time-Resolved Spectroscopy in Biochemistry III" (J. R. Lakowicz, ed.), pp. 592-598. SPIE, Bellingham, Washington, 1992.
64. The G-factor is a measure of instrumental response to parallel and perpendicularly polarized emission, and requires horizontal excitation for determination.
65. D. W. Piston, G. Marriott, T. Radiveyovich, R. M. Clegg, T. M. Jovin, and E. Gratton, Rev. Sci. Instrum. 60, 2596 (1989).
66. E. Gratton, W. W. Mantulin, G. Weber, C. A. Royer, D. M. Jameson, R. Reininger, and R. W. Hansen, Rev. Sci. Instrum. In press (1996).
67. J. J. Hill et al., Submitted (1996).
68. X. Cheng, L. Kovac, and J. C. Lee, Biochemistry 34, 10816 (1995).
69. P. K. Wittmayer and R. T. Raines, Biochemistry 35, 1076 (1996).
70. M. C. Olmsted, J. P. Bond, C. F. Anderson, and M. T. Record, Jr., Biophys. J. 68, 634 (1995).