Detecting folding motifs and similarities in protein structures

Methods in Enzymology

Volumn 277, Issue , 1997, Pages 525-545

  Kleywegt, Gerard J ^a   Jones, T Alwyn ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLULOSE 1,4 BETA CELLOBIOSIDASE; GLUTATHIONE TRANSFERASE; MYELIN PROTEIN; REPRESSOR PROTEIN; RETINOIC ACID BINDING PROTEIN; RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE;

ALGORITHM; ARTICLE; COMPUTER PROGRAM; DATA BASE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STRUCTURE;

EID: 0030841589     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(97)77029-0     Document Type: Article

References (40)

1. A. G. Murzin, Nature (London) 360, 635 (1992).
2. A. M. Gronenborn, D. R. Filpula, N. Z. Essig, A. Achari, M. Whitlow, P. T. Wingfield, and G. M. Clore, Science 253, 657 (1991).
3. P. J. Kraulis, Science 254, 581 (1991).
4. L. Holm and C. Sander, Proteins Struct. Funct. Genet. 19, 165 (1994).
5. G. J. Kleywegt and T. A. Jones, in "From First Map to Final Model" (S. Bailey, R. Hubbard, and D. A. Waller, eds.), p. 59. SERC Daresbury Laboratory, Daresbury, Warrington, UK, 1994.
6. F. C. Bernstein, T. F. Koetzle, G. J. B. Williams, E. F. Meyer, M. D. Brice, J. R. Rodgers, O. Kennard, T. Shimanouchi, and M. Tasumi, J. Mol. Biol. 112, 535 (1977).
7. M. R. N. Murthy, FEBS Lett. 168, 97 (1984).
8. R. A. Abagyan and V. N. Maiorov, J. Biomol. Struct. Dynam. 5, 1267 (1988).
9. E. M. Mitchell, P. J. Artymiuk, D. W. Rice, and P. Willet, J. Mol. Biol. 212, 151 (1989).
10. G. Vriend and C. Sander, Proteins Struct. Funct. Genet. 11, 52 (1991).
11. C. A. Orengo, N. P. Brown, and W. R. Taylor, Proteins Struct. Funct. Genet. 14, 139 (1992).
12. R. B. Russell and G. J. Barton, Proteins Struct. Funct. Genet. 14, 309 (1992).
13. Z. Y. Zhu, A. Sali, and T. L. Blundell, Protein Eng. 5, 43 (1992).
14. M. S. Johnson, J. P. Overington, and T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 231, 735 (1993).
15. L. Holm and C. Sander, J. Mol. Biol. 233, 123 (1993).
16. C. A. Orengo and W. R. Taylor, J. Mol. Biol. 233, 488 (1993).
17. Y. Matsuo and M. Kanehisa, CABIOS 9, 153 (1993).
18. S. D. Ruffino and T. L. Blundell, J. Comput. Aided Mol. Design 8, 5 (1994).
19. T. A. Jones, J. Y. Zou, S. W. Cowan, and M. Kjeldgaard, Acta Crystallogr. A47, 110 (1991).
20. W. Kabsch and C. Sander, Biopolymers 22, 2577 (1983).
21. U. Hobohm and C. Sander, Protein Sci. 3, 522 (1994).
22. G. J. Kleywegt, G. W. Vuister, A. Padilla, R. M. A. Knegtel, R. Boelens, and R. Kaptein, J. Magn. Reson. Ser. B 102, 166 (1993).
23. W. Kabsch, Acta Crystallogr. A32, 922 (1976).
24. W. Kabsch, Acta Crystallogr. A34, 827 (1978).
25. Y. Takeda, J. G. Kim, C. G. Caday, E. Steers, D. H. Ohlendorf, W. F. Anderson, and B. W. Matthews, J. Biol. Chem. 261, 8608 (1986).
26. I. Sinning, G. J. Kleywegt, S. W. Cowan, P. Reinemer, H. W. Dirr, R. Huber, G. L. Gilliland, R. N. Armstrong, X. Ji, P. G. Board, B. Olin, B. Mannervik, and T. A. Jones, J. Mol. Biol. 232, 192 (1993).
27. P. Nordlund, B. M. Sjöberg, and H. Eklund, Nature (London) 345, 593 (1990).
28. J. Deisenhofer and H. Michel, EMBO J. 8, 2149 (1988).
29. U. Uhlin and H. Eklund, Nature (London) 370, 533 (1994).
30. G. J. Kleywegt, T. Bergfors, H. Senn, P. Le Motte, B. Gsell, K. Shudo, and T. A. Jones, Structure 2, 1241 (1994).
31. T. A. Jones, T. Bergfors, J. Sedzik, and T. Unge, EMBO J. 7, 1597 (1988).
32. L. Banaszak, N. Winter, Z. Xu, D. A. Bernlohr, S. W. Cowan, and T. A. Jones, Adv. Protein Chem. 45, 89 (1994).
33. J. Rouvinen, T. Bergfors, T. Teeri, J. Knowles, and T. A. Jones, Science 249, 380 (1990).
34. H. L. Carrell, J. P. Glusker, V. Burger, F. Manfre, D. Tritsch, and J. F. Biellmann, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86, 4440 (1989).
35. C. Divine, J. Ståhlberg, T. Reinikainen, L. Ruohonen, G. Pettersson, J. K. C. Knowles, T. T. Teeri, and T. A. Jones, Science 265, 524 (1994).
36. S. W. Cowan, M. E. Newcomer, and T. A. Jones, J. Mol. Biol. 230, 1225 (1993).
37. C. Fan, P. C. Moews, C. T. Walsh, and J. R. Knox, Science 266, 439 (1994).
38. C. Fan, P. C. Moews, Y. Shi, C. T. Walsh, and J. R. Knox, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1172 (1995).
39. X. Qiu, C. L. M. J. Verlinde, S. Zhang, M. P. Schmitt, R. K. Holmes, and W. G. J. Hol, Structure 3, 87 (1995).
40. G. J. Kleywegt, Acta Crystallogr. D52, 842 (1996).