Solution nuclear magnetic resonance characterization of peptide folding

Methods in Enzymology

Volumn 289, Issue , 1997, Pages 646-672

  Mayo, Kevin H ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE DERIVATIVE;

CIRCULAR DICHROISM; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 0030683698     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(97)89069-6     Document Type: Article

References (110)

1. O. B. Ptitsyn and G. V. Misotnov, in "Conformations and Forces in Protein Folding" (B. T. Nall and K. A. Dill, eds.). American Association for the Advancement of Science, Washington, D.C., 1991.
2. V. A. Daragan, E. E. Ilyina, C. G. Fields, G. B. Fields, and K. H. Mayo, Protein Sci. 6, 355 (1997).
3. R. M. Epand and H. A. Scheraga, Biochemistry 7, 2864 (1968).
4. J. E. Brown and W. A. Klee, Biochemistry 10, 470 (1971).
5. H. J. Dyson and P. E. Wright, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 20, 519 (1991).
6. A. Bundi and K. Wüthrich, Biopolymers 18, 285 (1979).
7. K. Wüthrich, "NMR of Proteins and Nucleic Acids." Wiley (Interscience), New York, 1986.
8. K. H. Mayo, E. Ilyina, and H. Park, Protein Sci. 5, 1301 (1996).
9. D. S. Wishart, B. D. Sykes, and F. M. Richards, Biochemistry 31, 1647 (1992).
10. K. H. Mayo, C. Burke, J. N. Lindon, and M. Kloczewiak, Biochemistry 29, 3277 (1990).
11. G. M. Clore and A. M. Gronenborn, "NMR of Proteins." CRC Press, Boca Raton, Florida, 1993.
12. J. N. S. Evans, "Biomolecular NMR Spectroscopy." Oxford Univ. Press, Oxford, 1995.
13. G. Fasman, ed., "Circular Dichroism and the Conformational Analysis of Biomolecules." Plenum, New York, 1996.
14. P. E. Wright, H. J. Dyson, and R. A. Lerner, Biochemistry 27, 7167 (1988).
15. D. Shortle and A. K. Meeker, Biochemistry 28, 936 (1989).
16. P. S. Kim and R. L. Baldwin, Annu. Rev. Biochem. 59, 631 (1990).
17. H. J. Dyson, G. Merutka, J. P. Waltho, R. A. Lerner, and P. E. Wright, J. Mol. Biol. 226, 795 (1992).
18. H. J. Dyson, J. R. Sayre, G. Merutka, H.-C. Shin, R. A. Lerner, and P. E. Wright, J. Mol. Biol. 226, 819 (1993).
19. J. Sancho and A. R. Fersht, J. Mol. Biol. 224, 741 (1992).
20. Y. Kuroda, T. Nakai, and T. Ohkubo, J. Mol. Biol. 236, 862 (1994).
21. H. Shin, G. Merutka, J. Waltho, P. Wright, and H. Dyson, Biochemistry 32, 6348 (1993).
22. H. Shin, G. Merutka, J. Waltho, L. Tennant, J. Dyson, and P. Wright, Biochemistry 32, 6356 (1993).
23. J. Waltho, V. Feher, G. Merutka, H. Dyson, and P. Wright, Biochemistry 32, 6337 (1993).
24. A. D. Kippen, J. Sancho, and A. Fersht, Biochemistry 33, 3778 (1994).
25. H. J. Dyson, K. J. Cross, R. A. Houghten, I. A. Wilson, P. E. Wright, and R. A. Lerner, Nature (London) 318, 480 (1985).
26. T. M. Logan, E. T. Olejniczak, R. X. Xu, and S. W. Fesik, J. Biomol. NMR 3, 225 (1993).
27. G. D. Rose, L. M. Gierasch, and J. A. Smith, Adv. Protein Chem. 37, 1 (1985).
28. P. Y. Chou and G. D. Fasman, Adv. Enzymol. 47, 45 (1978).
29. H. J. Dyson, M. Rance, R. A. Houghten, R. A. Lerner, and P. E. Wright, J. Mol. Biol. 201, 161 (1988).
30. K. H. Mayo, F. Fan, M. P. Beavers, A. Eckardt, P. Keane, W. J. Hoekstra, and P. Andrade-Gordon, Biochim. Biophys. Acta 1296, 95 (1996).
31. S. J. Stradley, J. Rizo, M. D. Bruch, A. N. Stroup, and L. M. Gierasch, Biopolymers 29, 263 (1990).
32. H. J. Dyson, M. Rance, R. A. Houghten, P. E. Wright, and R. A. Lerner, J. Mol. Biol. 201, 201 (1988).
33. J. Kemmink and T. E. Creighton, J. Mol. Biol. 234, 861 (1993).
34. J. Hermans and D. Puett, Biopolymers 10, 895 (1971).
35. J. P. Waltho, V. A. Feher, R. A. Lerner, and P. E. Wright, FEBS Lett. 250, 400 (1989).
36. J. P. Waltho, V. A. Feher, and P. E. Wright, in "Current Research in Protein Chemistry" (J. J. Villafranca, ed.), p. 283. Academic Press, San Diego, 1990.
37. V. Munoz, F. J. Blanco, and L. Serrano, Nat. Struct. Biol. 2, 380 (1995).
38. P. C. Lyu, D. E. Wemmer, H. X. Zhou, R. J. Pinker, and N. R. Kallenbach, Biochemistry 32, 421 (1993).
39. H. X. Zhou, P. C. Lyu, D. E. Wemmer, and N. R. Kallenbach, J. Am. Chem. Soc. 116, 1139 (1994).
40. E. Ilyina, R. Milius, and K. Mayo, Biochemistry 33, 13436 (1994).
41. B. Odaert, F. Baleux, T. Huynh-Dinh, J. M. Neumann, and A. Sanson, Biochemistry 34, 12820 (1995).
42. F. Blanco, G. Rivas, and L. Serrano, Nat. Struct. Biol. 1, 584 (1994).
43. F. J. Blanco, G. Rivas, and L. Serrano, J. Am. Chem. Soc. 115, 5887 (1993).
44. M. S. Searle, D. H. Williams, and L. C. Packman, Nat. Struct. Biol. 2, 999 (1995).
45. M. Ramirez-Alvarado, F. J. Blanco, and L. Serrano, Nat. Struct. Biol. 3, 604 (1996).
46. T. G. Oas and P. S. Kim, Nature (London) 336, 42 (1988).
47. M. S. Lee, G. Gippert, K. Y. Soman, D. A. Case, and P. E. Wright, Science 245, 635 (1989).
48. R. Saffrichm, H. R. Kalbitzer, H. Bodenmuller, P. Muhn, R. Pipkorn, and H. C. Schaller, Biochim. Biophys. Acta 997, 144 (1985).
49. S. C. J. Sumner and J. A. Ferretti, FEBS Lett. 253, 117 (1989).
50. J. B. Vaughn and J. W. Taylor, Biochim. Biophys. Acta 999, 135 (1989).
51. E. Ilyina and K. H. Mayo, Biochem. J. 306, 407 (1995).
52. K. H. Mayo, D. Parra-Diaz, J. B. McCarthy, and M. Chelberg, Biochemistry 30, 8251 (1991).
53. H. J. Hoppe, P. N. Barlow, and K. B. Reid, FEBS Lett. 344, 191 (1994).
54. M. H. Li, P. Fan, B. Brodsky, and J. Baum, Biochemisry 32, 7377 (1994).
55. C. G. Long, E. Braswell, D. Zhu, J. Apigo, J. Baum, and B. Brodsky, Biochemistry 32, 11688 (1993).
56. X. Liu, D. L. Siegel, P. Fan, B. Brodsky, and J. Baum, Biochemistry 35, 4306 (1996).
57. C. G. Fields, C. M. Lovdahl, A. J. Miles, V. L. Matthias Hagen, and G. B. Fields, Biopolymers 33, 1695 (1995).
58. X. H. Liu, P. G. Scott, A. Otter, and G. Kotovych, J. Biomol. Struct. Dyn. 8, 63 (1990).
59. A. Otter, P. G. Scott, and G. Kotovych, Biochemistry 27, 3560 (1988).
60. A. Otter, P. G. Scott, X. H. Liu, and G. Kotovych, J. Biomol. Struct. Dyn. 7, 455 (1989).
61. A. Otter, G. Kotovych, and P. G. Scott, Biochemistry 28, 8003 (1989).
62. A. Otter, P. G. Scott, and G. Kotovych, Biopolymers 33, 1443 (1993).
63. X. Liu, A. Otter, P. G. Scott, J. R. Cann, and G. Kotovych, J. Biomol. Struct. Dyn. 11, 541 (1993).
64. Y. Yang, S. Barker, M.-J. Chen, and K. H. Mayo, J. Biol. Chem. 268, 9223 (1993).
65. F. D. Sonnichsen, J. E. Van Eyk, R. S. Hodges, and B. D. Sykes, Biochemistry 32, 8790 (1992).
66. A. Jasanoff and A. R. Fersht, Biochemistry 33, 2129 (1994).
67. Z. P. Liu, J. Rizo, and L. M. Gierasch, Biochemistry 33, 134 (1994).
68. F. Fan and K. H. Mayo, J. Biol. Chem. 270, 24693 (1995).
69. J. W. Nelson and N. R. Kallenbach, Proteins: Struct. Funct. Genet. 1, 211 (1986).
70. J. W. Nelson and N. R. Kallenbach, Biochemistry 28, 5256 (1989).
71. J. Kemmink and T. E. Creighton, Biochemistry 34, 12630 (1995).
72. J. Jarvis, S. Munro, and D. Craik, Biochemistry 33, 33 (1994).
73. L. J. Smith, A. T. Alexandrescu, M. Pitkeathly, and C. M. Dobson, Structure 2, 703 (1994).
74. M. A. Jimenez, C. Carreno, D. Andreu, F. J. Blanco, J. Herranz, M. Rico, and J. L. Nieto, Biopolymers 34, 647 (1994).
75. F. J. Blanco, M. A. Jimenez, A. Pineda, M. Rico, J. Santoro, and J. L. Nieto, Biochemistry 33, 600 (1994).
76. J. Sancho, J. L. Neira, and A. R. Fersht, J. Mol. Biol. 224, 749 (1992).
77. J. Sancho, L. Serrano, and A. R. Fersht, Biochemistry 31, 2253 (1992).
78. A. D. Kippen, V. L. Arcus, and A. R. Fersht, Biochemistry 33, 10013 (1994).
79. L. Serrano, J. T. Jr. Kellis, P. Cann, A. Matouschek, and A. R. Fersht, J. Mol. Biol. 224, 783 (1992).
80. A. Matouschek, J. T. Kellis, Jr., L. Serrano, M. Bycroft, and A. R. Fersht, Nature (London) 346, 440 (1990).
81. A. Matouschek, L. Serrano, and A. R. Fersht, J. Mol. Biol. 224, 819 (1992).
82. A. R. Fersht, FEBS Lett. 325, 5 (1993).
83. 82a T. A. Cross, Methods Enzymol. 289, [31], 1997 (this volume).
84. V. Chupin, J. A. Killian, J. Breg, H. H. de Jongh, R. Boelens, R. Kaptein, and B. Kruijff, Biochemistry 34, 11617 (1995).
85. L. Wu, P. Laub, G. Elove, J. Carey, and H. Roder, Biochemistry 32, 10271 (1993).
86. E. Terzi, G. Holzemann, and J. Seelig, Biochemistry 33, 1345 (1994).
87. L. Regan and W. DeGrado, Science 241, 976 (1988).
88. M. Hecht, J. Richardson, D. Richardson, and R. Ogden, Science 249, 884 (1990).
89. R. Fairman, H. G. Chao, L. Mueller, T. B. Lavoie, L. Shen, J. Novotny, and G. R. Matsueda, Protein Sci. 4, 1457 (1995).
90. Y. Fezoui, D. L. Weaver, and J. J. Osterhout, Protein Sci. 4, 286 (1995).
91. D. J. Butcher, M. D. Bruch, and G. R. Moe, Biopolymers 36, 109 (1995).
92. M. D. Struthers, R. P. Cheng, and B. Imperiali, Science 271, 342 (1996).
93. V. Sieber and G. R. Moe, Biochemistry 35, 181 (1996).
94. J. S. Richardson, D. C. Richardson, N. B. Tweedy, K. M. Gernert, T. P. Quinn, M. H. Hecht, B. W. Erickson, Y. Yang, R. D. McClain, M. E. Donlan, and M. C. Surles, Biophys. J. 63, 1185 (1992).
95. T. P. Quinn, N. B. Tweedy, R. W. Williams, J. S. Richardson, and D. C. Richardson, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 8747 (1994).
96. Y. Yan and B. W. Erickson, Protein Sci. 3, 1069 (1994).
97. E. Ilyina, V. Roongta, and K. H. Mayo, Biochemistry 36, 5245 (1997).
98. V. Bobde, Y. U. Sasidhar, and S. Durani, Int. J. Pept. Protein Res. 43, 209 (1994).
99. R. E. London, M. E. Perlman, and D. G. Davis, J. Magn. Reson. 97, 79 (1992).
100. A. P. Campbell and B. D. Sykes, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 22, 99 (1993).
101. F. Ni, Prog. NMR Spectrosc. 26, 517 (1994).
102. F. Ni, Y. Konishi, and H. A. Scheraga, Biochemistry 29, 4479 (1990).
103. F. Ni, D. R. Ripoll, and E. O. Purisima, Biochemistry 31, 2545 (1992).
104. J. Srinivasan, S. Hu, R. Hrabal, Y. Zhu, E. A. Komives, and F. Ni, Biochemistry 33, 13553 (1994).
105. M. Andrieux, E. Leroy, E. Guittet, M. Ritco-Vonsovici, B. Mouratou, P. Minard, M. Desmadril, and J. M. Yon, Biochemistry 34, 842 (1995).
106. L. T. Kakalis and I. Armitage, Biochemistry 33, 1495 (1994).
107. L. J. Yao and K. H. Mayo, Biochem. J. 315, 161 (1996).
108. A. P. Campbell and B. D. Sykes, J. Mol. Biol. 222, 405 (1991).
109. Z. Wang, J. D. Jones, J. Rizo, and L. M. Gierasch, Biochemistry 32, 13991 (1993).
110. K. H. Mayo, F. Fan, M. P. Beavers, A. Eckardt, P. Keane, W. J. Hoekstra, and P. Andrade-Gordon, Biochemistry 35, 4434 (1996).