Accurate base composition of double-strand DNA by mass spectrometry

Journal of the American Society for Mass Spectrometry

Volumn 7, Issue 12, 1996, Pages 1266-1269

  Aaserud, David J ^a   Kelleher, Neil L ^a   Little, Daniel P ^a   McLafferty, Fred W ^a,b  

^a Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

^b Department of Molecular Biology and Genetics   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA BASE; DOUBLE STRANDED DNA;

ARTICLE; DNA BASE COMPOSITION; DNA STRUCTURE; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR WEIGHT;

EID: 0030560877     PISSN: 10440305     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/S1044-0305(96)00194-8     Document Type: Article

References (31)

1. 1. McLuckey, S. A.; Habibi-Goudarzi, S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12085-12095.
2. 2. Pomerantz, S. C.; Kowalak, J. A.; McCloskey, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 204-209.
3. 3. Light-Wahl, K. J.; Springer, D. L.; Winger, B. E.; Edmonds, C. G.; Camp, D. G., II; Thrall, B. D.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 803-804.
4. 4. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903. Gale, D. C.; Goodlett, D. R.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6027-6028. Doktycz, M. J.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416-3422. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159-164. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uzeil, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
5. 4. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903. Gale, D. C.; Goodlett, D. R.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6027-6028. Doktycz, M. J.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416-3422. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159-164. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uzeil, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
6. 4. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903. Gale, D. C.; Goodlett, D. R.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6027-6028. Doktycz, M. J.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416-3422. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159-164. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uzeil, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
7. 4. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903. Gale, D. C.; Goodlett, D. R.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6027-6028. Doktycz, M. J.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416-3422. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159-164. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uzeil, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
8. 4. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903. Gale, D. C.; Goodlett, D. R.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6027-6028. Doktycz, M. J.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416-3422. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159-164. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uzeil, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
9. 4. Ganem, B.; Li, Y.-T.; Henion, J. D. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 1445-1448. Potier, N.; Van Dorsselaer, A.; Cordier, Y.; Roch, O.; Bischoff, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3895-3903. Gale, D. C.; Goodlett, D. R.; Light-Wahl, K. J.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6027-6028. Doktycz, M. J.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1994, 66, 3416-3422. Ding, J.; Anderegg, R. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 159-164. Doktycz, M. J.; Hurst, G. B.; Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A.; Tang, K.; Chen, C. H.; Uzeil, M.; Jacobson, K. B.; Woychik, R. P.; Buchanan, M. V. Anal. Biochem. 1995, 230, 205-214.
10. 5. Naito, Y.; Ishikawa, K.; Koga, Y.; Tsuneyoshi, T.; Terunuma, H.; Arakawa, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 1484-148 6.
11. 6. Wunschel, D. S.; Fox, K. F.; Fox, A.; Bruce, J. E.; Muddiman, D. C.; Smith, R. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 29-35.
12. 7. Little, D. P.; Chorush, R. A.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4893-4897.
13. 8. Chen, R.; Cheng, X.; Mitchell, D. W.; Hofstadler, S. A.; Wu, Q.; Rockwood, A. L.; Sherman, M. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1995, 67, 1159-1163.
14. 9. Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6783-6784. Little, D. P.; Aaserud, D. J.; Valaskovic, G. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9352-9359.
15. 9. Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6783-6784. Little, D. P.; Aaserud, D. J.; Valaskovic, G. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9352-9359.
16. 10. Little, D. P.; Thannhauser, T. W.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 2318-2322.
17. 11. Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M. III; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 557-565. McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
18. 11. Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M. III; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 557-565. McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
19. 12. Clegg, G. A.; Dole, M. Biopolymers 1971, 10, 821-826. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
20. 12. Clegg, G. A.; Dole, M. Biopolymers 1971, 10, 821-826. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
21. 13. Marshall, A. G.; Comisarow, M. B. Chem. Phys. Lett. 1974, 25, 282-283. Marshall, A. G.; Grosshans, P. B. Anal. Chem. 1991, 63, 215A-229A.
22. 13. Marshall, A. G.; Comisarow, M. B. Chem. Phys. Lett. 1974, 25, 282-283. Marshall, A. G.; Grosshans, P. B. Anal. Chem. 1991, 63, 215A-229A.
23. 14. Wood, T. D.; Chen, L. H.; Kelleher, N. L.; Little, D. P.; Kenyon, G. L.; McLafferty, F. W. Biochemistry 1995, 34, 16251-16254.
24. 15. Kelleher, N. L.; Costello, C. A.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 981-984.
25. 16. Speir, J. P.; Senko, M. W.; Little, D. P.; Loo, J. A.; McLafferty, F. W. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 39-42.
26. 2 laser, 35% duty cycle) [19].
27. 18. Greig, M.; Griffey, R. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 97-102.
28. 19. Little, D. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 209-210.
29. r - n(1.0034).
30. 21. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233.
31. 22. Zubarev, R. A.; Bondarenko, P. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 276-277.