Chemical ligation as a method for the assembly of double-stranded nucleic acids: Modifications and local structure studies

Russian Chemical Bulletin

Volumn 45, Issue 8, 1996, Pages 1787-1809

  Dolinnaya, N G ^a   Shabarova, Z A ^a  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

Author keywords

Branched DNAs; Chemical ligation; Circular DNAs; Concatemeric DNAs; DNA ligase; Modified DNA duplexes; RNA DNA hybrid duplexes; Sequence dependent conformation of B DNA

Indexed keywords

EID: 0030356486     PISSN: 10665285     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/BF01457755     Document Type: Review

References (89)

1. R. Naylor and P. T. Gilham, Biochemistry, 1966, 5, 2722.
2. H. Schneider-Bernloehr, R. Lohrmann, J. Sulston, B. J. Weimann, and L. E. Orgel, J. Mol. Biol., 1968, 37, 151.
3. R. Lohrmann and L. E. Orgel, Nature, 1973, 244, 418.
4. Z. A. Shabarova and M. A. Prokofiev, FEBS Letters, 1970, 11, 237.
5. A. G. Badashkeeva, G. N. Kabasheva, D. G. Knorre, G. G. Shamovskii, and T. N. Shubina, Dokl. Akad. Nauk SSSR, 1972, 206, 870 [Dokl. Chem., 1972, 206 (Engl. Transl.)].
6. A. G. Badashkeeva, G. N. Kabasheva, D. G. Knorre, G. G. Shamovskii, and T. N. Shubina, Dokl. Akad. Nauk SSSR, 1972, 206, 870 [Dokl. Chem., 1972, 206 (Engl. Transl.)].
7. B. S. Sproat and M. J. Gait, in Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, Ed. M. J. Gait, IRL Press, Oxford, UK, 1984, Ch. 4.
8. V. K. Potapov, V. P. Veiko, O. N. Koroleva, and Z. A. Shabarova, Nucleic Acids Res., 1979, 6, 2040.
9. D. G. Knorre, N. V. Melamed, S. G. Popov, G. G. Shamovskii, and T. N. Shubina, Dokl. Akad. Nauk SSSR, 1974, 218, 113 [Dokl. Chem., 1974, 218 (Engl. Transl.)].
10. D. G. Knorre, N. V. Melamed, S. G. Popov, G. G. Shamovskii, and T. N. Shubina, Dokl. Akad. Nauk SSSR, 1974, 218, 113 [Dokl. Chem., 1974, 218 (Engl. Transl.)].
11. N. G. Dolinnaya, E. S. Gromova, E. V. Il'ina, N. F. Sergeeva, Z. A. Shabarova, and M. A. Prokofiev, Bioorg. Khim., 1975, 1, 1296 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1975, 1 (Engl. Transl.)].
12. N. G. Dolinnaya, E. S. Gromova, E. V. Il'ina, N. F. Sergeeva, Z. A. Shabarova, and M. A. Prokofiev, Bioorg. Khim., 1975, 1, 1296 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1975, 1 (Engl. Transl.)].
13. N. G. Dolinnaya, E. S. Gromova, S. N. Mikhailov, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1978, 4, 535 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1978, 4 (Engl. Transl.)].
14. N. G. Dolinnaya, E. S. Gromova, S. N. Mikhailov, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1978, 4, 535 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1978, 4 (Engl. Transl.)].
15. N. G. Dolinnaya and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1980, 6, 209 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1980, 6 (Engl. Transl.)].
16. N. G. Dolinnaya and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1980, 6, 209 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1980, 6 (Engl. Transl.)].
17. Z. A. Shabarova, N. G. Dolinnaya, S. I. Turkin, and E. S. Gromova, Nucleic Acids Res., 1980, 8, 2413.
18. N. G. Dolinnaya, V. L. Drutsa, and Z. A. Shabarova, Nucleic Acids Res., Symposium Series, 1981, No. 9, 255.
19. Z. A. Shabarova, N. G. Dolinnaya, V. L. Drutsa, N. P. Melnikova, and A. A. Purmal, Nucleic Acids Res., 1981, 9, 5747.
20. D. Porschke and F. Eggers, Eur. J. Biochem., 1972, 26, 490.
21. O. N. Koroleva, V. L. Drutsa, N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, and Z. A. Shabarova, Molekulyar. Biologiya, 1984, 18, 146 [Molecular Biology, 1984, 18 (Engl. Transl.)].
22. O. N. Koroleva, V. L. Drutsa, N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, and Z. A. Shabarova, Molekulyar. Biologiya, 1984, 18, 146 [Molecular Biology, 1984, 18 (Engl. Transl.)].
23. E. S. Gromova, M. N. Vinogradova, A. A. Elov, V. P. Veiko, N. G. Dolinnaya, V. L. Drutsa, V. G. Metelev, T. S. Oretskaya, and Z. A. Shabarova, Molekulyar. Biologiya, 1984, 18, 370 [Molecular Biology, 1984, 18 (Engl. Transl.)].
24. E. S. Gromova, M. N. Vinogradova, A. A. Elov, V. P. Veiko, N. G. Dolinnaya, V. L. Drutsa, V. G. Metelev, T. S. Oretskaya, and Z. A. Shabarova, Molekulyar. Biologiya, 1984, 18, 370 [Molecular Biology, 1984, 18 (Engl. Transl.)].
25. N. G. Dolinnaya, A. A. Purmal, V. L. Drutsa, and Z. A. Shabarova, Vestn. Mosk. Univ., Ser. Khim., 1986, 27, 520 [Moscow Univ. Bull., Chem., 1986, 27 (Engl. Transl.)].
26. N. G. Dolinnaya, A. A. Purmal, V. L. Drutsa, and Z. A. Shabarova, Vestn. Mosk. Univ., Ser. Khim., 1986, 27, 520 [Moscow Univ. Bull., Chem., 1986, 27 (Engl. Transl.)].
27. E. S. Gromova and Z. A. Shabarova, in Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology, Academic Press, Inc., 1990, 39, 1.
28. Z. A. Shabarova, V. P. Veyko, N. G. Dolinnaya, V. L. Drutsa, V. G. Metelev, T. S. Oretskaya, and A. A. Purmal', Bioorg. Khim., 1987, 13, 628 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1987, 13 (Engl. Transl.)].
29. Z. A. Shabarova, V. P. Veyko, N. G. Dolinnaya, V. L. Drutsa, V. G. Metelev, T. S. Oretskaya, and A. A. Purmal', Bioorg. Khim., 1987, 13, 628 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1987, 13 (Engl. Transl.)].
30. N. I. Sokolova, D. T. Ashirbekova, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1987, 13, 1286 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1987, 13 (Engl. Transl.)].
31. N. I. Sokolova, D. T. Ashirbekova, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1987, 13, 1286 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1987, 13 (Engl. Transl.)].
32. N. I. Sokolova, D. T. Ashirbekova, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, FEBS Letters, 1988, 232, 153.
33. E. Kanaya and H. Yanagawa, Biochemistry, 1986, 25, 7423.
34. O. I. Gryaznova, N. G. Dolinnaya, M. G. Isagulyants, V. G. Metelev, T. S. Oretskaya, N. I. Udalov, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1986, 12, 124 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1986, 12 (Engl. Transl.)].
35. O. I. Gryaznova, N. G. Dolinnaya, M. G. Isagulyants, V. G. Metelev, T. S. Oretskaya, N. I. Udalov, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1986, 12, 124 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1986, 12 (Engl. Transl.)].
36. A. V. Tsytovich, T. S. Oretskaya, N. G. Dolinnaya, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Khim. Prir. Soedin., 1987, 3, 421 [Chem. Nat. Compd., 1987, 3 (Engl. Transl.)].
37. A. V. Tsytovich, T. S. Oretskaya, N. G. Dolinnaya, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Khim. Prir. Soedin., 1987, 3, 421 [Chem. Nat. Compd., 1987, 3 (Engl. Transl.)].
38. N. G. Dolinnaya, N. I. Sokolova, O. I. Gryaznova, and Z. A. Shabarova, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 3721.
39. N. G. Dolinnaya and O. I. Gryaznova, Usp. Khim., 1989, 58, 1318 [Russ. Chem. Rev., 1989, 58 (Engl. Transl.)].
40. N. G. Dolinnaya and O. I. Gryaznova, Usp. Khim., 1989, 58, 1318 [Russ. Chem. Rev., 1989, 58 (Engl. Transl.)].
41. N. G. Dolinnaya, O. I. Gryaznova, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1986, 12, 755 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1986, 12 (Engl. Transl.)].
42. N. G. Dolinnaya, O. I. Gryaznova, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1986, 12, 755 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1986, 12 (Engl. Transl.)].
43. N. G. Dolinnaya, N. I. Sokolova, D. T. Ashirbekova, and Z. A. Shabarova, Nucleic Acid Res., 1991, 19, 3067.
44. Z. A. Shabarova, N. G. Dolinnaya, and N. I. Sokolova, in Nucleic Acid Chemistry. Improved and New Synthetic Procedures, Methods and Techniques, Eds. L. B. Townsend and R. S. Tipson, J. Wiley and Sons, New York, 1991, 348.
45. N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, S. G. Tevosyan, V. N. Sergeev, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1990, 16, 1195 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1990, 16 (Engl. Transl.)].
46. N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, S. G. Tevosyan, V. N. Sergeev, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1990, 16, 1195 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1990, 16 (Engl. Transl.)].
47. N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, V. N. Sergeev, and T. S. Oretskaya, Nucleic Acids Res., 1991, 19, 3073.
48. D. T. Ashirbekova, N. I. Sokolova, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1989, 15, 166 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1989, 15 (Engl. Transl.)].
49. D. T. Ashirbekova, N. I. Sokolova, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1989, 15, 166 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1989, 15 (Engl. Transl.)].
50. N. G. Dolinnaya, O. I. Gryaznova, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1986, 12, 921 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1986, 12 (Engl. Transl.)].
51. N. G. Dolinnaya, O. I. Gryaznova, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1986, 12, 921 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1986, 12 (Engl. Transl.)].
52. N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, V. N. Sergeev, M. N. Gertsuk, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1990, 16, 1183 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1990, 16 (Engl. Transl.)].
53. N. G. Dolinnaya, A. V. Tsytovich, V. N. Sergeev, M. N. Gertsuk, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1990, 16, 1183 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1990, 16 (Engl. Transl.)].
54. N. V. Melamed, S. G. Popov, and G. G. Shamovskii, Izv. Sib. Otd. Akad. Nauk SSSR, Ser. Khim. Nauk, 1974, 90 [Bull. Sib. Branch Acad. Sci. USSR, Div. Chem. Sci., 1974 (Engl. Transl.)].
55. N. V. Melamed, S. G. Popov, and G. G. Shamovskii, Izv. Sib. Otd. Akad. Nauk SSSR, Ser. Khim. Nauk, 1974, 90 [Bull. Sib. Branch Acad. Sci. USSR, Div. Chem. Sci., 1974 (Engl. Transl.)].
56. M. N. Gertsuk, V. N. Sergeev, A. V. Tsytovich, N. G. Dolinnaya, and V. P. Kukhar', Bioorg. Khim., 1990, 16, 1268 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1990, 16 (Engl. Transl.)].
57. M. N. Gertsuk, V. N. Sergeev, A. V. Tsytovich, N. G. Dolinnaya, and V. P. Kukhar', Bioorg. Khim., 1990, 16, 1268 [Sov. J. Bioorgan. Chem., 1990, 16 (Engl. Transl.)].
58. W. Saenger, in Principles of Nucleic Acids Structure, Springer-Verlag, New York, 1984, Ch. 17.
59. M. Salazar, J. J. Champoux, and B. R. Reid, Biochemistry, 1993, 32, 739.
60. J. Doornbos, J.-L. Barascut, H. Lazrek, J.-L. Imbach. J. van Westrenen, G. M. Visser, J. H. van Boom, and C. Altona, Nucleic Acids Res., 1983, 11, 4583.
61. E. Ohtsuka, Y. Ishino, K. Ibaraki, and M. Ikehara, Eur. J. Biochem., 1984, 139, 447.
62. N. G. Dolinnaya, D. T. Ashirbekova, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1989, 15, 1346 (Sov. J. Bioorgan. Chem., 1989, 15 (Engl. Transl.)].
63. N. G. Dolinnaya, D. T. Ashirbekova, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1989, 15, 1346 (Sov. J. Bioorgan. Chem., 1989, 15 (Engl. Transl.)].
64. R. Lohrmann and L. E. Orgel, J. Mol. Biol., 1980, 142, 555.
65. P. K. Bridson and L. E. Orgel, J. Mol. Biol., 1980, 144, 567.
66. J. H. G. van Roode and L. E. Orgel, J. Mol. Biol., 1980, 144, 579.
67. A. V. Tsytovich, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, Molekulyar. Biologiya, 1988, 22, 690 [Molecular Biology, 1988, 22 (Engl. Transl.)].
68. A. V. Tsytovich, N. G. Dolinnaya, and Z. A. Shabarova, Molekulyar. Biologiya, 1988, 22, 690 [Molecular Biology, 1988, 22 (Engl. Transl.)].
69. I. N. Merenkova, N. G. Dolinnaya, T. S. Oretskaya, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1992, 18, 85 [Russ. J. Bioorg. Chem., 1992, 18 (Engl. Transl.)].
70. I. N. Merenkova, N. G. Dolinnaya, T. S. Oretskaya, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1992, 18, 85 [Russ. J. Bioorg. Chem., 1992, 18 (Engl. Transl.)].
71. N. G. Dolinnaya, I. N. Merenkova, and Z. A. Shabarova, Nucleosides and Nucleotides, 1994, 13, 2169.
72. C. R. Calladine, J. Mol. Biol., 1982, 161, 343.
73. A. Sarai, J. Mazur, R. Nussinov, and R. L. Jernigan, Biochemistry, 1988, 27, 8498.
74. J. Aymami, M. Coll, G. A. van der Marel, J. H. van Boom, A. H.-J. Wang, and A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990, 87, 2526.
75. J. M. L. Pieters, R. M. W. Mans, H. van den Elst, G. A. van der Marel, J. H. van Boom, and C. Altona, Nucleic Acids Res., 1989, 17, 4551.
76. D. G. Gorenstein, S. A. Schroeder, J. M. Fu, J. T. Metz, V. Roongta, and C. R. Jones, Biochemistry, 27, 7223.
77. I. N. Merenkova, T. S. Oretskaya, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1993, 19, 1205 [Russ. J. Bioorg. Chem., 1993, 19 (Engl. Transl.)].
78. I. N. Merenkova, T. S. Oretskaya, N. I. Sokolova, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1993, 19, 1205 [Russ. J. Bioorg. Chem., 1993, 19 (Engl. Transl.)].
79. J. Kypr, V. Sklenar, and M. Vorličkova, Biopolymers, 1986, 25, 1803.
80. Z. A. Shabarova, I. N. Merenkova, T. S. Oretskaya, N. I. Sokolova, E. A. Skripkin, E. V. Alexeyeva, A. G. Balakin, and A. A. Bogdanov, Nucleic Acids Res., 1991, 19, 4247.
81. K. J. Luebke and P. B. Dervan, J. Am. Chem. Soc., 1989, 111, 8733.
82. N. G. Dolinnaya, O. V. Pyatrauskene, and Z. A. Shabarova, FEBS Letters, 1991, 284, 232.
83. P. Rajagopal and J. Feigon, Nature, 1989, 339, 637.
84. T. Horn and M. S. Urdea, Nucleic Acids Res., 1989, 17, 6959.
85. N. G. Dolinnaya, S. Gryaznov, Z. A. Shabarova, M. S. Urdea, and T. Horn, Bioorg. and Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1011.
86. N. G. Dolinnaya, M. Blumenfeld, I. N. Merenkova, T. S. Oretskaya, N. F. Krynetskaya, M. G. Ivanovskaya, M. Vasseur, and Z. A. Shabarova, Nucleic Acids Res., 1993, 21, 5403.
87. T. S. Oretskaya, N. G. Dolinnaya, I. N. Merenkova, N. F. Krynetskaya, E. A. Romanova, E. M. Volkov, M. Blumenfel'd, M. Vasseur, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1994, 20, 63 [Russ. J. Bioorg. Chem., 1994, 20 (Engl. Transl.)].
88. T. S. Oretskaya, N. G. Dolinnaya, I. N. Merenkova, N. F. Krynetskaya, E. A. Romanova, E. M. Volkov, M. Blumenfel'd, M. Vasseur, and Z. A. Shabarova, Bioorg. Khim., 1994, 20, 63 [Russ. J. Bioorg. Chem., 1994, 20 (Engl. Transl.)].
89. G. Prakash and E. T. Kool, J. Chem. Soc., Chem. Commun., 1991, 1161.