The structure and energetics of helix formation by short templated peptides in aqueous solution. 3. calculation of the helical propagation constant s from the template stability constants t/c for Ac-Hel1-Alan-OH, n = 1-6

Journal of the American Chemical Society

Volumn 118, Issue 18, 1996, Pages 4249-4255

  Kemp, D S ^a   Oslick, Sherri L ^a   Allen, Thomas J ^a  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE;

AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; CALCULATION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STABILITY; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEIN STABILITY;

EID: 0029949745     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja952911s     Document Type: Article

References (34)

1. Kemp, D. S.; Allen, T. J.; Oslick, S. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6641-6657. Kemp, D. S.; Allen, T. J.; Oslick, S L.; Boyd, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, xxx.
2. Kemp, D. S.; Allen, T. J.; Oslick, S. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6641-6657. Kemp, D. S.; Allen, T. J.; Oslick, S L.; Boyd, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, xxx.
3. Kemp, D. S.; Bold, J. G.; Muendel, C. C. Nature 1991, 352, 451-454.
4. von Dreele, P. H.; Poland, D.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1971, 4, 396-407. von Dreele, P. H.; Lotan, N.; Ananthanarayanan, V. S.; Andreatta, R. H.; Poland, D.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1971, 4, 408-417. Wojcik, J.; Altmann, K.-H.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1990, 30, 121-134.
5. von Dreele, P. H.; Poland, D.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1971, 4, 396-407. von Dreele, P. H.; Lotan, N.; Ananthanarayanan, V. S.; Andreatta, R. H.; Poland, D.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1971, 4, 408-417. Wojcik, J.; Altmann, K.-H.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1990, 30, 121-134.
6. von Dreele, P. H.; Poland, D.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1971, 4, 396-407. von Dreele, P. H.; Lotan, N.; Ananthanarayanan, V. S.; Andreatta, R. H.; Poland, D.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1971, 4, 408-417. Wojcik, J.; Altmann, K.-H.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1990, 30, 121-134.
7. Poland, D.; Scheraga, H. A. Statistical Mechanical Theory of Order-Disorder Transitions in Biological Macromolecules: Academic Press: New York, 1970.
8. Wojcik, J.; Kidera, A.; Leed, A. R.; Nakajima, A.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1990, 23, 3655-3662.
9. For previous analysis of helical sequence dependences, see: Finkelstein, A. V.; Badretdinov, A. Y.; Ptitsyn, O. B. Proteins, Struct., Funct., Genetics 1991, 10, 287-299. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
10. For previous analysis of helical sequence dependences, see: Finkelstein, A. V.; Badretdinov, A. Y.; Ptitsyn, O. B. Proteins, Struct., Funct., Genetics 1991, 10, 287-299. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
11. Armstrong, K. M.; Fairman, R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1992, 228, 284-291. Schoemaker, K. R.; Fairman, R.; Schultz, D. A.; Robertson, A. D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1990, 30, 1-11. Sancho, J.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Biochemistry 1992, 31, 2253-2258. Bell, J. A.; Becktel, W. J.; Sauer, U., Base, W. A.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 3590-3596. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
12. Armstrong, K. M.; Fairman, R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1992, 228, 284-291. Schoemaker, K. R.; Fairman, R.; Schultz, D. A.; Robertson, A. D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1990, 30, 1-11. Sancho, J.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Biochemistry 1992, 31, 2253-2258. Bell, J. A.; Becktel, W. J.; Sauer, U., Base, W. A.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 3590-3596. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
13. Armstrong, K. M.; Fairman, R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1992, 228, 284-291. Schoemaker, K. R.; Fairman, R.; Schultz, D. A.; Robertson, A. D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1990, 30, 1-11. Sancho, J.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Biochemistry 1992, 31, 2253-2258. Bell, J. A.; Becktel, W. J.; Sauer, U., Base, W. A.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 3590-3596. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
14. Armstrong, K. M.; Fairman, R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1992, 228, 284-291. Schoemaker, K. R.; Fairman, R.; Schultz, D. A.; Robertson, A. D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1990, 30, 1-11. Sancho, J.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Biochemistry 1992, 31, 2253-2258. Bell, J. A.; Becktel, W. J.; Sauer, U., Base, W. A.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 3590-3596. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
15. Armstrong, K. M.; Fairman, R.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1992, 228, 284-291. Schoemaker, K. R.; Fairman, R.; Schultz, D. A.; Robertson, A. D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1990, 30, 1-11. Sancho, J.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Biochemistry 1992, 31, 2253-2258. Bell, J. A.; Becktel, W. J.; Sauer, U., Base, W. A.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 3590-3596. Horovitz, A.; Matthews, J. M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 560-568.
16. Groebke, K.; Renold, P.; Tsang, K.-Y.; Allen, T. J.; McClure, K. F.; Kemp, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, in press.
17. Hamilton, W. C. Statistics in Physical Science; The Ronald Press Company: New York, 1964; pp 124-132.
18. Chothia, C. Ann. Rev. Biochem. 1984, 53, 537-572.
19. Vdovenko, V. M.; Gurikov, Yu. V.; Legin, E. K. Doklady Akad. Nauk, SSSR 1967, 172, 126-129. Ben-Naim, A. Israel J. Chem. 1964, 2, 278-279. Schneider, H.; Kresheck, G. C.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1965, 69, 4310-4324.
20. Vdovenko, V. M.; Gurikov, Yu. V.; Legin, E. K. Doklady Akad. Nauk, SSSR 1967, 172, 126-129. Ben-Naim, A. Israel J. Chem. 1964, 2, 278-279. Schneider, H.; Kresheck, G. C.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1965, 69, 4310-4324.
21. Vdovenko, V. M.; Gurikov, Yu. V.; Legin, E. K. Doklady Akad. Nauk, SSSR 1967, 172, 126-129. Ben-Naim, A. Israel J. Chem. 1964, 2, 278-279. Schneider, H.; Kresheck, G. C.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1965, 69, 4310-4324.
22. Hermans, J., Jr.; Scheraga, H. A. Biochem. Biophys. Acta 1959, 36, 534-535. Scheraga, H. A. Ann. NY Acad. Sci. 1961, 608-616. Calvin, M.; Hermans, J., Jr.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1960, 81, 5048-5050.
23. Hermans, J., Jr.; Scheraga, H. A. Biochem. Biophys. Acta 1959, 36, 534-535. Scheraga, H. A. Ann. NY Acad. Sci. 1961, 608-616. Calvin, M.; Hermans, J., Jr.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1960, 81, 5048-5050.
24. Hermans, J., Jr.; Scheraga, H. A. Biochem. Biophys. Acta 1959, 36, 534-535. Scheraga, H. A. Ann. NY Acad. Sci. 1961, 608-616. Calvin, M.; Hermans, J., Jr.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1960, 81, 5048-5050.
25. Cammers-Goodwin, A.; Allen, T. J.; Oslick, S. L.; McClure, K. F.; Lee, J. H.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1996, in press.
26. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270. Marqusee, S.; Robbins, V. H., Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286-5290. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-651. Lyu, P. C.; Sherman, J. C.; Chen, A.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 68, 5317-5320. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Science 1994, 3, 843-852.
27. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270. Marqusee, S.; Robbins, V. H., Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286-5290. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-651. Lyu, P. C.; Sherman, J. C.; Chen, A.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 68, 5317-5320. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Science 1994, 3, 843-852.
28. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270. Marqusee, S.; Robbins, V. H., Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286-5290. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-651. Lyu, P. C.; Sherman, J. C.; Chen, A.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 68, 5317-5320. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Science 1994, 3, 843-852.
29. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270. Marqusee, S.; Robbins, V. H., Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286-5290. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-651. Lyu, P. C.; Sherman, J. C.; Chen, A.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 68, 5317-5320. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Science 1994, 3, 843-852.
30. Padmanabhan, S.; Marqusee, S.; Ridgeway, T.; Laue, T. M.; Baldwin, R. L. Nature 1990, 344, 268-270. Marqusee, S.; Robbins, V. H., Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286-5290. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Science 1990, 250, 646-651. Lyu, P. C.; Sherman, J. C.; Chen, A.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 68, 5317-5320. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Science 1994, 3, 843-852.
31. Ingwall, R. T.; Scheraga, H. A.; Lotan, N.; Berger, A.; Katchalski, E. Biopolymers 1968, 6, 331-368.
32. Zimm, B. H.; Bragg, J. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526. Lifson, S.; Roig, A. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963.
33. Zimm, B. H.; Bragg, J. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526. Lifson, S.; Roig, A. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963.
34. Kemp, D. S.; Rothman, J. R. Tetrahedron Lett. 1995, 36, 4023-4026.