Determination of the backbone dihedral angles Φ in human ubiquitin from reparametrized empirical Karplus equations

Journal of the American Chemical Society

Volumn 118, Issue 10, 1996, Pages 2483-2494

  Wang, Andy C ^a   Bax, Ad ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

UBIQUITIN;

ARTICLE; ENZYME STRUCTURE; MOLECULAR DYNAMICS; THEORY; X RAY ANALYSIS;

EID: 0029879363     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9535524     Document Type: Article

References (65)

1. Karplus, M. J. Chem. Phys. 1959, 30, 11-15.
2. Altona, C.; Franke, R.; de Haan, R.; Ippel, J. H.; Daalmans, G. J.; Hoekzema, W. A. J. A.; van Wijk, J. Magn. Reson. Chem. 1994, 32, 670-678.
3. Bystrov, V. F.; Portnova, S. L.; Tsetlin. V. I.; Ivanov, V. T.; Ovchinnikov, Y. A. Tetrahedron 1969, 25, 493-515.
4. Bystrov, V. F. Prog. NMR. Spectrosc. 1976, 10, 41-81.
5. Fischman, A. J.; Live, D. H.; Wyssbrod, H. R.; Agosta, W. C.; Cowburn, D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 2533-2539.
6. Hansen, P. E.; Feeney, J.; Roberts, G. C. K. J. Magn. Reson. 1975, 17, 249-261.
7. DeMarco, A.; Llinás, M.; Wüthrich, K. Biopolymers 1978, 17, 2727-2742.
8. Pardi, A.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Biol. 1984, 180, 741-751.
9. Wang, A. C.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1810-1813.
10. Montelione, G. T.; Wagner, G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 5474-5475.
11. Montelione, G. T.; Winkler, M. E.; Rauenbuehler, P.; Wasner, G. J. Magn. Reson. 1989, 82, 198-204.
12. Wider, G.; Neri, D.; Otting, G.; Wüthrich, K. J. Magn. Reson. 1989, 85, 426-431.
13. Sørensen, O. W. J. Magn. Reson. 1990, 90, 433-438.
14. Delaglio, F.; Torchia. D. A.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1991, 1, 439-446.
15. Gemmecker, G.; Fesik, S. W. J. Magn. Reson. 1991, 95, 208-213.
16. Ludvigsen, S.; Andersen, K. V.; Poulsen, F. M. J. Mol. Biol. 1991, 217, 731-736.
17. Emerson, S. D.; Montelione, G. T. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 354-356.
18. Vuister, G. W.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1992, 2, 401-405.
19. Olsen, H. B.; Ludvigsen, S.; Sørensen, O. W. J. Magn. Reson. Ser. A 1993, 104, 226-230.
20. Olsen, H. B.; Ludvigsen, S.; Sørensen, O. W. J. Magn. Reson. Ser. A 1993, 105, 321-322.
21. Vuister, G. W.; Yamazaki, T.; Torchia. D. A.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1993, 3, 297-306.
22. Bax, A.; Vuister, G. W.; Grzesiek, S.; Delaalio, F.; Wang, A. C.; Tschudin, R.; Zhu, G. Meth. Enzymol. 1994, 239, 79-105.
23. Biamonti, C.; Rios, C. B.; Lyons, B. A.; Montelione, G. T. Adv. Biophys. Chem. 1994, 4, 51-120.
24. Seip, S.; Balbach, J.; Kessler, H. J. Magn. Reson. Ser. B 1994, 104, 172-179.
25. Weisemann, R.; Rüterjans, H.; Schwalbe, H.; Schleucher, J.; Bermel, W.; Griesinger, C. J. Biomol. NMR 1994, 4, 231-240.
26. Löhr, F.; Rüterjans, H. J. Biomol. NMR 1995, 5, 25-36.
27. Schmidt, J. M.; Ernst, R. R.; Aimoto, S.; Kainosho, M. J. Biomol. NMR 1995, 5, 95-105.
28. Eberstadt, M.; Gemmecker, G.; Mierke, D. F.; Kessler, H. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995, 34, 1671-1695.
29. Bartik, K.; Dobson, C. M.; Redfield, C. Eur. J. Biochem. 1993, 215, 255-266.
30. Vijay-Kumar, S.; Bugg, C. E.; Cook, W. J. J. Mol. Biol. 1987, 194, 531-544.
31. Vuister, G. W.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1993. 115, 7772-7777.
32. Kuboniwa, H.; Grzesiek, S.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1994, 4, 871-878.
33. Wagner, G.; Schmieder, P.; Thanabal, V. J. Magn. Reson. 1991, 93, 436-440.
34. Zhu, G.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1992, 100, 202-207.
35. Grzesiek, S. G.; Ikura, M.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1992, 96, 215-221.
36. McCoy, M. A.; Mueller, L. J. Magn. Reson. Ser. A 1993, 101, 122-130.
37. (a) Di Stefano, D. L.; Wand, A. J. Biochemistry 1987, 26, 7272-7281.
38. (b) Weber, P. L.; Brown, S. C.; Mueller, L. Biochemistry 1987, 26, 7282-7290.
39. (c) Schneider, D. M.; Dellwo, M. J.; Wand, A. J. Biochemistry 1992, 31, 3645-3652.
40. (d) Wang, A. C.; Grzesiek, S.; Tschudin, R.; Lodi, P. J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 5, 376-382.
41. (a) Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR In press.
42. (b) Garrett, D. S.; Powers, R.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 1991, 95, 214-220.
43. Griesinger, C.; Sørensen, O. W.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 6394-6396.
44. Bax, A.; Pochapsky, S. S. J. Magn. Reson. 1992, 99, 638-643.
45. Görlach, M.; Wittekind, M.; Farmer, B. T., II: Kay, L. E.; Mueller, L. J. Magn. Reson. 1993, 101, 194-197.
46. Ikura, M.; Kay, L. E.; Bax, A. Biochemistry 1990, 29, 4659-4667.
47. Vuister, G. W.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1994, 4, 193-200.
48. Peng, J. W.; Wagner, G. J. Magn. Reson. 1992, 98, 308-332.
49. Harbison, G. S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3026-3027.
50. Neri, D.; Otting, G.; Wüthrich, K. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 3663-3665.
51. Billeter, M.; Neri, D.; Otting, G.; Qian, Y. Q.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1992, 2, 257-274.
52. Ramachandran, G. N.; Chandrasekaran, R.; Kopple, K. D. Biopolymers 1971, 10, 2113-2131.
53. Smith, L. J.; Sutcliffe, M. J.; Redfield, C.; Dobson, C. M. Biochemistry 1991, 30, 986-996.
54. Szyperski, T.; Luginbühl, P.; Otting, G.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 1993, 3, 151-164.
55. Juranić, N.; Ilich, P. K.; Macura, S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 405-410.
56. Vuister, G. W.; Bax. A. J. Magn. Reson. Ser. B 1993, 102, 228-231.
57. Hoch, J. C.; Dobson, C. M.; Karplus, M. Biochemistry 1985, 24, 3831-3841.
58. Brüschweiler, R.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11199-11200.
59. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L., III; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5989-5997.
60. Edison, A. S.; Weinhold, F.; Westler, W. M.; Markley, J. L. J. Biomol. NMR 1994, 4, 543-551.
61. Taylor, J. R. An Introduction to Error Analysis the Study of Uncertainties in Physical Measurements: University Science Books: Mill Valley, CA, 1982.
62. Wlodawer, A.; Walter, J.; Huber, R.; Sjölin, L. J. Mol. Biol. 1984, 180, 301-329.
63. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr. D In press.
64. Clore, G. M.; Nilges, M.; Sukumaran, D. K.; Brünger, A. T.; Karplus, M.; Gronenborn, A. M. EMBO J. 1986, 5, 2729-2735.
65. Brünger, A. T. X-PLOR Version 3.1: A System for X-ray Crystallography and NMR: Yale University Press: New Haven, CT. 1992.