Site-directed mutagenic analysis of viral polymerases and related proteins

Methods in Enzymology

Volumn 275, Issue , 1996, Pages 538-555

  Boyer, Paul L ^a   Hughes, Stephen H ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA FRAGMENT; DNA POLYMERASE; RNA POLYMERASE; VIRUS PROTEIN;

BASE MISPAIRING; DNA STRAND; DNA SYNTHESIS; DNA TEMPLATE; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; REVIEW; SITE DIRECTED MUTAGENESIS;

EID: 0029841229     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(96)75030-9     Document Type: Article

References (110)

1. M. J. Zoller and M. Smith, Nucleic Acids Res. 10, 6487 (1982).
2. M. J. Zoller and M. Smith, Methods Enzymol. 100, 468 (1983).
3. M. J. Zoller and M. Smith, DNA 3, 479 (1984).
4. P. Kellam, C. A. B. Boucher, and B. A. Larder, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 1934 (1992).
5. P. Kellam, C. A. B. Boucher, J. M. G. H. Tijnagel, and B. A. Larder, J. Gen. Virol. 75, 341 (1994).
6. B. A. Larder, D. J. M. Purifoy, K. L. Powell, and G. Darby, Nature (London) 327, 716 (1987).
7. I. Joung, M. S. Horwitz, and J. A. Engler, Virology 184, 235 (1991).
8. S. A. Jablonski, M. Luo, and C. D. Morrow, J. Virol. 65, 4565 (1991).
9. S. A. Jablonski and C. D. Morrow, J. Virol. 69, 1532 (1995).
10. S. A. Jai and C. D. Morrow, J. Virol. 67, 373 (1993).
11. G. Radziwill, W. Tucker, and H. Schaller, J. Virol. 64, 613 (1990).
12. T. A. Kunkel, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82, 488 (1985).
13. T. A. Kunkel, J. D. Roberts, and R. A. Zakour, Methods Enzymol. 154, 367 (1987).
14. M. A. Blasco, J. M. Lazaro, A. Bernard, L. Blanco, and M. Salas, J. Biol. Chem. 267, 19427 (1992).
15. J. A. Esteban, M. S. Soengas, M. Salas, and L. Blanco, J. Biol. Chem. 269, 31946 (1994).
16. M. S. Soengas, J. A. Esteban, J. M. Lazaro, A. Bernard, M. A. Blasco, M. Salas, and L. Blanco, EMBO J. 11, 4227 (1992).
17. V. Derbyshire, P. S. Freemont, M. R. Sanderson, L. Beese, J. M. Friedman, C. M. Joyce, and T. A. Steitz, Science 240, 199 (1988).
18. V. Derbyshire, N. D. F. Grindley, and C. M. Joyce, EMBO J. 10, 17 (1991).
19. A. H. Polesky, M. E. Dahlberg, S. J. Benkovič, N. D. F. Grindley, and C. M. Joyce, J. Biol. Chem. 267, 8417 (1992).
20. M. W. Frey, N. G. Nossal, T. L. Capson, and S. J. Benkovič, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 2579 (1993).
21. L. J. Reha-Krantz and R. L. Nonay, J. Biol. Chem. 268, 27100 (1993).
22. L. J. Reha-Krantz, S. Stocki, R. L. Nonay, E. Dimayuga, L. D. Goodrich, W. H. Konigsberg, and E. K. Spicer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 2417 (1991).
23. M. Simon, L. Giot, and G. Faye, EMBO J. 10, 2165 (1991).
24. A. Morrison, J. B. Bell, T. A. Kunkel, and A. Sugino, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 2417 (1991).
25. M. Donlin and K. A. Johnson, Biochemistry 33, 14908 (1994).
26. P. A. Osumi-Davis, N. Sreerama, D. B. Volkin, C. R. Middaugh, R. W. Woody, and A.-Y. M. Woody, J. Mol. Biol. 237, 5 (1994).
27. W. C. Copeland and T. S.-F. Wang, J. Biol. Chem. 268, 11028 (1993).
28. Q. Dong, W. C. Copeland, and T. S.-F. Wang, J. Biol. Chem. 268, 24163 (1993).
29. L.-J. Chang, R. C. Hirsch, D. Ganem, and H. E. Varmus, J. Virol. 64, 5553 (1990).
30. L.-J. Chang, P. Pryciak, D. Ganem, and H. E. Varmus, Nature (London) 337, 364 (1989).
31. G. Bonner, E. M. Lafer, and R. Sousa, J. Biol. Chem. 269, 25120 (1994).
32. G. Bonner, D. Patra, E. M. Lafer, and R. Sousa, EMBO J. 11, 3767 (1992).
33. J. T. Matthews, R. D. Carroll, J. T. Stevens, and M. L. Haffey, J. Virol. 63, 4913 (1989).
34. S. Sankar and A. G. Porter, J. Biol. Chem. 267, 10168 (1992).
35. A. Bacolla, C.-K. Shih, J. Rose, G. Piras, T. C. Warren, C. A. Grygon, R. H. Ingraham, R. C. Cousins, D. J. Greenwood, D. Richman, Y.-C. Cheng, and J. A. Griffin, J. Biol. Chem. 268, 16571 (1993).
36. W. A. Beard, S. J. Stahl, H.-R. Kim, K. Bebenek, A. Kumar, M.-P. Strub, S. P. Becerra, T. A. Kunkel, and S. H. Wilson, J. Biol. Chem. 269, 28091 (1994).
37. R. Goel, W. A. Beard, A. Kumar, J. R. Casas-Finet, M.-P. Strub, S. J. Stahl, M. S. Lewis, K. Bebenek, S. P. Becerra, T. A. Kunkel, and S. H. Wilson, Biochemistry 32, 13012 (1993).
38. J. J. Eron, Y.-K. Chow, A. M. Caliendo, J. Videler, K. M. Devore, T. P. Cooley, H. A. Liebman, J. C. Kaplan, M. S. Hirsch, and R. T. D'Aquila, Antimicrob. Agents Chemother. 37, 1480 (1993).
39. Z. Gu, Q. Gao, H. Fang, H. Salomon, M. A. Parniak, E. Goldberg, J. Cameron, and M. A. Wainberg, Antimicrob. Agents Chemother. 38, 275 (1994).
40. Z. Gu, Q. Gao, X. Li, M. A. Parniak, and M. A. Wainberg, J. Virol. 66, 7128 (1992).
41. G.-J. Im, E. Tramotano, C. J. Gonzalez, and Y.-C. Cheng, Biochem. Pharmacol. 46, 2307 (1993).
42. B. A. Larder, Antimicrob. Agents Chemother. 36, 2664 (1992).
43. B. A. Larder and S. D. Kemp, Science 246, 1155 (1989).
44. B. Larder, S. Kemp, and D. J. M. Purifoy, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86, 4803 (1989).
45. J. W. Mellors, G.-J. Im, E. Tramontano, S. R. Winkler, D. J. Medina, G. E. Dutschman, H. Z. Bazmi, G. Piras, C. J. Gonzalez, and Y.-C. Cheng, Mol. Pharmacol. 43, 11 (1993).
46. M. H. St. Clair, J. L. Martin, G. Tudor-Williams, M. C. Bach, C. L. Vavro, D. M. King, P. Kellam, S. D. Kemp, and B. A. Larder, Science 253, 1557 (1991).
47. Q. Song, G. Yang, S. P. Goff, and V. R. Prasad, J. Virol. 66, 7568 (1992).
48. M. Tisdale, S. D. Kemp, N. R. Parry, and B. A. Larder, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 5653 (1993).
49. J. K. Wakefleld, S. A. Jablonski, and C. D. Morrow, J. Virol. 66, 6806 (1992).
50. M. Vandeyar, M. Weiner, C. Hutton, and C. Batt, Gene 65, 128 (1988).
51. S. F. Lacey and B. A. Larder, J. Virol. 68, 3421 (1994).
52. S. F. Lacey and B. A. Larder, Antimicrob. Agents Chemother. 38, 1428 (1994).
53. K. Nakamaye and F. Eckstein, Nucleic Acids Res. 14, 9679 (1986).
54. D. B. Olsen and F. Eckstein, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 1451 (1990).
55. J. R. Sayers, C. Krekel, and F. Eckstein, BioTechniques 13, 592 (1992).
56. J. W. Taylor, J. Ott, and F. Eckstein, Nucleic Acids Res. 13, 8764 (1985).
57. J. Balzarini, A. Karlsson, A.-M. Vandamme, M.-J. Perez-Perez, H. Zhang, L. Vrang, B. Öberg, K. Backbro, T. Unge, A. San-Felix, S. Velazquez, M.-J. Camarasa, and E. De Clercq, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 6952 (1993).
58. T. J. Dueweke, T. Pushkarskaya, S. M. Poppe, S. M. Swaney, J. Q. Zhao, I. S. Y. Chen, M. Stevenson, and W. G. Tarpley, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 4713 (1993).
59. D. M. Lowe, V. Parmar, S. D. Kemp, and B. A. Larder, FEBS Lett. 282, 231 (1991).
60. J. L. Martin, J. E. Wilson, R. L. Haynes, and P. A. Furman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 6135 (1993).
61. J. L. Martin, J. E. Wilson, E. S. Furfine, S. E. Hopkins, and P. A. Furman, J. Biol. Chem. 268, 2565 (1993).
62. D. I. Dorsky and C. S. Crumpacker, J. Virol. 64, 1394 (1990).
63. A. I. Marcy, C. B. C. Hwang, K. L. Ruffner, and D. M. Coen, J. Virol. 64, 5883 (1990).
64. A. Bernad, L. Blanco, J. M. Lazaro, G. Martin, and M. Salas, Cell (Cambridge, Mass.) 59, 219 (1989).
65. A. Bernad, J. M. Lazaro, M. Salas, and L. Blanco, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 4610 (1990).
66. M. A. Blasco, J. M. Lazaro, L. Blanco, and M. Salas, J. Biol. Chem. 268, 16763 (1993).
67. M. A. Blasco, J. M. Lazaro, L. Blanco, and M. Salas, J. Biol. Chem. 268, 24106 (1993).
68. Z. Debsyer, K. DeVreese, P. P. Knops-Gerrits, V. Baekelandt, R. Bhikhabhai, B. Strandberg, R. Pauwels, J. Anne, J. Desmyter, and E. De Clercq, Mol. Pharmacol. 43, 521 (1993).
69. K. DeVreese, Z. Debyser, A.-M. Vandamme, R. Pauwels, J. Desmyter, E. De Clercq, and J. Anne, Virology 188, 900 (1992).
70. H. Jonckheere, J.-M. Taymans, J. Balzarini, S. Velazquez, M.-J. Camarasa, J. Desmyter, E. De Clercq, and J. Anne, J. Biol. Chem. 269, 25255 (1994).
71. M. H. Nguyen, R. F. Schinazi, C. Shi, N. M. Goudgaon, P. M. McKenna, and J. W. Mellors, Antimicrob. Agents Chemother. 38, 2409 (1994).
72. Y. Morinaga, T. Franceschini, S. Inouye, and M. Inouye, BioTechniques 2, 636 (1985).
73. R. J. Colonno, J. H. Condra, S. Mizutani, P. L. Callahan, M.-E. Davies, and M. A. Murcko, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85, 5449 (1988).
74. F. Foury and S. Vanderstraeten, EMBO J. 11, 2717 (1992).
75. S. S. Patel, I. Wong, and K. A. Johnson, Biochemistry 30, 511 (1991).
76. J. Balzarini, A. Karlsson, V. V. Sardana, E. A. Emini, M.-J. Camarasa, and E. De Clercq, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 6599 (1994).
77. V. W. Byrnes, E. A. Emini, W. A. Schleif, J. H. Condra, C. L. Schneider, W. J. Long, J. A. Wolfgang, D. J. Graham, L. Gotlib, A. J. Schlabach, B. S. Wolanski, O. M. Blahy, J. C. Quintero, A. Rhodes, E. Roth, D. L. Titus, and V. V. Sardana, Antimicrob. Agents Chemother. 38, 1404 (1994).
78. J. H. Condra, E. A. Emini, L. Gotlib, D. J. Graham, A. J. Schlabach, J. A. Wolfgang, R. J. Colonno, and V. V. Sardana, Antimicrob. Agents Chemother. 36, 1441 (1992).
79. V. V. Sardana, E. A. Emini, L. Gotlib, D. J. Graham, D. W. Lineberger, W. J. Long, A. J. Schlabach, J. A. Wolfgang, and J. H. Condra, J. Biol. Chem. 267, 17526 (1992).
80. C. A. B. Boucher, N. Cammack, P. Schipper, R. Schuurman, P. Rouse, M. A. Wainberg, and J. M. Cameron, Antimicrob. Agents Chemother. 37, 2231 (1993).
81. S. F. J. Le Grice, T. Naas, B. Wohlgensinger, and O. Schatz, EMBO J. 10, 3905 (1991).
82. G. Maass, U. Immendoerfer, B. Koenig, U. Leser, B. Mueller, R. Goody, and E. Pfaff, Antimicrob. Agents Chemother. 37, 2612 (1993).
83. D. E. Sleat and A. K. Banerjee, J. Virol. 67, 1334 (1993).
84. R. Higuchi, B. Krummel, and R. K. Saiki, Nucleic Acids Res. 16, 7351 (1988).
85. S. N. Ho, H. D. Hunt, R. M. Horton, J. K. Pullen, and L. R. Pease, Gene 77, 51 (1989).
86. J. E. Fitzgibbon, A. E. Farnham, S. J. Sperber, H. Kim, and D. T. Dubin, J. Virol. 67, 7271 (1993).
87. J. E. Fitzgibbon, R. M. Howell, C. A. Haberzettl, S. J. Sperber, D. J. Gocke, and D. T. Dubin, Antimicrob. Agents Chemother. 36, 153 (1992).
88. J.-P. Kleim, R. Bender, U.-M. Billhardt, C. Meichsner, G. Riess, M. Rösner, I. Winkler, and A. Paessens, Antimicrob. Agents Chemother. 37, 1659 (1993).
89. J.-P. Kleim, R. Bender, R. Kirsch, C. Meichsner, A. Paessens, and G. Reiss, Virology 200, 696 (1994).
90. D. Zhang, A. M. Caliendo, J. J. Eron, K. M. DeVore, J. C. Kaplan, M. S. Hirsch, and R. T. D'Aquila, Antimicrob. Agents Chemother. 38, 282 (1994).
91. G. Sarker and S. S. Sommer, BioTechniques 8, 404 (1990).
92. A. Hizi and M. Shaharabany, J. Biol. Chem. 267, 18255 (1992).
93. A. Hizi, M. Shaharabany, R. Tal, and S. H. Hughes, J. Biol. Chem. 267, 1293 (1992).
94. M. Perach, T. Rubinek, and A. Hizi, J. Virol. 69, 509 (1995).
95. V. N. Pandey, N. Kaushik, R. P. Sanzgiri, M. S. Patil, M. J. Modak, and S. Barik, Eur. J. Biochem. 214, 59 (1993).
96. J. C. Stone, W. C. Vass, B. M. Willumsen, and D. R. Lowy, Mol. Cell. Biol. 8, 3565 (1988).
97. M. Tomič, I. Sunjevarič, E. S. Savtchenko, and M. Blumberg, Nucleic Acids Res. 18, 503 (1990).
98. G. Mitra, G. Pauly, R. Kumar, G. Pei, S. H. Hughes, R. Moschel, and M. Barbacid, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86, 8650 (1989).
99. G. T. Pauly, S. H. Hughes, and R. C. Moschel, Biochemistry 30, 11700 (1991).
100. A. Hizi, R. Tal, M. Shaharabany, M. J. Currens, M. R. Boyd, S. H. Hughes, and J. B. McMahon, Antimicrob. Agents Chemother. 37, 1037 (1993).
101. P. L. Boyer, A. L. Ferris, and S. H. Hughes, J. Virol. 66, 1031 (1992).
102. P. L. Boyer, A. L. Ferris, and S. H. Hughes, J. Virol. 66, 7533 (1992).
103. P. L. Boyer, M. J. Currens, J. B. McMahon, M. R. Boyd, and S. H. Hughes, J. Virol. 67, 2412 (1993).
104. P. L. Boyer, C. Tantillo, A. Jacobo-Molina, R. G. Nanni, J. Ding, E. Arnold, and S. H. Hughes, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 4882 (1994).
105. P. L. Boyer, J. Ding, E. Arnold, and S. H. Hughes, Antimicrob. Agents Chemother. 38, 1909 (1994).
106. P. L. Boyer, C. Tantillo, A. L. Ferris, E. A. Arnold, and S. H. Hughes, J. Mol. Biol. 243, 472 (1994).
107. S. Loya, M. Bakhanashvili, R. Tal, S. H. Hughes, P. L. Boyer, and A. Hizi, AIDS Res. Hum. Retroviruses 10, 939 (1994).
108. A. Hizi, C. McGill, and S. H. Hughes, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85, 1218 (1988).
109. S. H. Hughes, A. Ferris, and A. Hizi, in "Use of X-ray Crystallography in the Design of Antiviral Agents" (W. G. Laver and G. M. Air, eds.), p. 297. Academic Press, San Diego, CA.
110. P. S. Jacques, B. M. Wöhrl, M. Ottmann, J.-L. Darlix, and S. F. J. Le Grice, J. Biol. Chem. 269, 26472 (1994).