Capillary electrophoresis with polymer matrices: DNA and protein separation and analysis

Methods in Enzymology

Volumn 271, Issue , 1996, Pages 293-319

  Karger, Barry L ^a   Foret, Frantisek ^a   Berka, Jan ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; DODECYL SULFATE SODIUM; DOUBLE STRANDED DNA; OLIGONUCLEOTIDE; POLYMER;

ARTICLE; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; DNA SEQUENCE; GEL ELECTROPHORESIS; GENE MUTATION; MOLECULAR WEIGHT; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN CROSS LINKING; RESTRICTION MAPPING;

EID: 0029814294     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/s0076-6879(96)71015-7     Document Type: Article

References (86)

1. B. M. Olivera, P. Baine, and N. Davidson, Biopolymers 2, 245 (1964).
2. B. D. Hames and D. Rickwood (eds.). "Gel Elcctrophoresis of Proteins - A Practical Approach." IRL Press, Oxford, 1986.
3. A. Chrambach, "The Practice of Quantitative Gel Electrophoresis." VCH, Deerfield Beach, FL, 1985.
4. A. S. Cohen and B. L. Karger, J. Chromatogr. 397, 409 (1987).
5. A. S. Cohen, D. R. Najarian, A. Paulus, A. Guttman, J. A. Smith, and B. L. Karger, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85, 9660 (1988).
6. K. Tsuji, J. Chromatogr. 550, 823 (1991).
7. A. Guttman, A. S. Cohen, D. N. Heiger, and B. L. Karger, Anal. Chem. 62, 137 (1990).
8. T. Tanaka, Sci. Am. 244, 124 (1981).
9. H. Swerdlow, K. E. Dew-Jager, K. Brady. N. J. Dovichi, and R. Gesteland, Electrophoresis 13, 475 (1992).
10. H. J. Bode. "Electrophoresis '79," p. 39. Walter de Gruyter & Co., New York, 1980.
11. D. Tietz, M. H. Gottlieb, J. S. Faweett, and A. Chrambach, Electrophoresis 7, 217 (1986).
12. Y. F. Pariat, J. Berka, D. N. Heiger, T. Schmitt, M. Vilenchik, A. S. Cohen. F. Foret, and B. L. Karger, J. Chromatogr. A652, 57 (1993).
13. K. Ganzler, K. S. Greve. A. S. Cohen, and B. L. Karger. Anal. Chem. 64, 2655 (1992).
14. S. Hjertén. J. Chromatogr. 347, 191 (1985).
15. M. Chiari, C. Micheletti, M. Nasi, M. Fagio. and P. G. Righetti, Electrophoresis 15, 177 (1994).
16. H. E. Schwartz and K. Ulfelder, Anal. Chem. 64, 1737 (1992).
17. S. Wicar, M. Vilenchik, A. Belenkii, A. S. Cohen, and B. L. Karger. J. Microcol. Sep. 4, 339 (1992).
18. D. Wu and F. E. Regnier, J. Chromatogr. 608, 349 (1992).
19. X. Huang, M. J. Gordon, and R. N. Zare, Anal. Chem. 60, 375 (1988).
20. K. Kleparnik, M. Garner, and P. Bocek, J. Chromatogr. A698, 375 (1995).
21. H. E. Schwartz, K. Ulfelder, F. J. Sunzeri, M. P. Busch, and R. G. Brownlee, J. Chromatogr. 559, 267 (1991).
22. A. Guttman and H. E. Schwartz, Anal. Chem. 67, 375 (1995).
23. M. Zhu, D. L. Hansen, S. Burd, and F. Gannon, J. Chromatogr. 480, 311 (1989).
24. Marie C. Ruiz-Martinez, Ph.D. thesis. Northeastern University, Boston, MA, 1995.
25. H. T. Chang and E. S. Yeung, J. Chromatogr. B669, 113 (1995).
26. B. Kozulic, Anal. Biochem. 231, 1 (1995).
27. The entanglement threshold is at a lower concentration, the greater the molecular weight of the polymer.
28. K. Kleparnik, F. Foret, J. Berka, and B. L. Karger, Electrophoresis 1996 (submitted).
29. A. E. Barron, W. M. Sunada, and H. W. Blanch, Electrophoresis 16, 64 (1995).
30. X. L. Shi, R. W. Hammond, and M. D. Morris, Anal. Chem. 67, 1132 (1995).
31. A. E. Barron and H. W. Blanch, Sep. Purif. Methods 24, 1 (1995).
32. A. Andrus. "Methods: A Companion to Methods in Enzymology," Vol. 4, pp. 213-226. Academic Press, San Diego, CA, 1992.
33. A. Guttman, R. J. Nelson, and N. Cooke, J. Chromatogr. 593, 297 (1992).
34. Y. Baba, N. Ishimaru, K. Samata, and M. Tsuhako, J. Chromatogr. A618, 41 (1993).
35. Y. Cordier, O. Roch, P. Cordier, and R. Bischoff, J. Chromatogr. A680, 479 (1994).
36. J. Sudor, F. Foret, and P. Bocek, Electrophoresis 12, 1056 (1991).
37. C. Heller, J. Chromatogr. A698, 19 (1995).
38. A. Belenkii, D. Smisek, and A. S. Cohen, J. Chromatogr. A700, 137 (1995).
39. B. L. Karger, Y. H. Chu, and F. Foret, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 24, 579 (1995).
40. C. Heller, J. Chromatogr. A698, 19 (1995).
41. D. Y. Chen, H. R. Harke, and N. J. Dovichi. Nucleic Acids Res. 20, 4873 (1992).
42. S. Tabor and C. S. Richardson, J. Biol. Chem. 265, 8322 (1990).
43. H. Lu, E. Arriaga, D. Y. Chen, and N. J. Dovichi, J. Chromatogr. A680, 497 (1994).
44. S. Bay, H. Starke, J. Z. Zhang, J. F. Elliot, L. D. Coulson, and N. J. Dovichi, J. Cap. Electrophoresis 1, 121 (1994).
45. H. R. Starke, J. Y. Yan, J. Z. Zhang, K. Muhlegger, K. Effgen, and N. J. Dovichi. Nucleic Acids Res. 22, 3997 (1994).
46. M. C. Ruiz-Martinez, J. Berka, A. Belenkii, F. Foret, A. W. Miller, and B. L. Karger. Anal. Chem. 65, 2851 (1993).
47. S. Carson. A. Belenkii. A. S. Cohen. and B. L. Karger. Anal. Chem. 65, 3219 (1993).
48. J. Kieleczawa, J. J. Dunn, and F. W. Studier, Science 258, 1787 (1992).
49. M. C. Ruiz-Martinez, E. Carrilho, J. Berka, J. Kieleczawa, A. W. Miller, F. Forel, S. Carson, and B. L. Karger, Bio/Techniques 1996 (in press).
50. H. Swerdlow, K. E. Dew-Jager, K. Brady, R. Grey, N. J. Dovichi. and R. Gesteland. Electrophoresis 13, 475 (1992).
51. X. C. Huang, M. A. Quesada, and R. A. Mathies, Anal. Chem. 64, 2149 (1992).
52. K. Ueno and E. S. Yeung, Anal. Chem. 60, 1424 (1994).
53. N. J. Dovichi, Paper presented at the 17th Int. Symp. on Capillary Chromatogr. and Electrophoresis, Wintergreen, VA, May 1995.
54. A. J. Kostichka, M. L. Marchbanks, R. L. Brumley. H. Drossman, and L. M. Smith. Bio/Technology 10, 78 (1992).
55. A. T. Woolley and R. A. Mathies. Anal. Chem. 67, 3676 (1995).
56. H. E. Schwartz, K. J. Ulfelder, F. T. Chen, and S. L. Pentoney, J. Cap. Electrophoresis 1, 36 (1995).
57. J. Y. Ju, I. Kheterpal, J. R. Scherer, C. C. Ruan, C. W. Fuller, A. N. Glazer, and R. A. Mathies. Anal. Biochem. 231, 131 (1995).
58. M. S. Liu, J. Zang, R. A. Evangelista, S. Rampal, and F. T. Chen, Biotechniques 18, 316 (1995).
59. Y. Baba, R. Tomisaki, C. Sumita, I. Morimoto, S. Sugita, M. Tsuhako, T. Miki, and T. Ogihara. Electrophoresis 16, 1437 (1995).
60. K. Kleparnik, Z. Mala, J. Doskar, S. Rosypal, and P. Bocek, Electrophoresis 16, 366 (1995).
61. J. Berka, Y. F. Pariai, O. Muller, K. Hehenbrock. D. N. Heiger, F. Foret, and B. L. Karger, Electrophoresis 16, 377 (1995).
62. H. M. Wenz, Nucleic Acids Res. 22, 4002 (1994).
63. H. P. Zhu, S. M. Clark, S. C. Benson, H. S. Rye, A. N. Glazer. and R. A. Mathies. Anal. Chem. 66, 1941 (1994).
64. J. Sudor and M. Novotny. Nucleic Acids Res. 23, 2538 (1995).
65. Y. S. Kim and M. D. Morris. Anal. Chem. 67, 784 (1995).
66. S. Wood and S. Langolis, J. Chromatogr. 569, 421 (1991).
67. H. A. Hammond and C. T. Caskey, Methods Mol. Cell. Biol. 5, 78 (1994).
68. D. M. Northrop, B. R. McCord, and J. M. Butler, J. Cap. Electrophoresis 2, 158 (1994).
69. J. M. Butler, B. R. McCord, J. M. Jung, J. A. Lee, B. Budowle, and R. O. Allen, Electrophoresis 16, 974 (1995).
70. Y. Wang, J. Ju, B. A. Carpenter, J. M. Atherton, G. F. Sensabaugh, and R. A. Mathies, Anal. Chem. 67, 1197 (1995).
71. W. Lu, D. S. Han, J. Yuan, and J. M. Andrieu, Nature (London) 368, 269 (1994).
72. S. Williams, C. Schwer, A. S. M. Krishnarao, C. Heid, and B. L. Karger, Anal. Biochem. 1996 (in press).
73. K. R. Mitchelsonn and J. Cheng, J. Cap. Electrophoresis 2, 137 (1995).
74. K. Khrapko, J. S. Hanekamp, W. G. Thilly, A. Belenkii, F. Foret, and B. L. Karger, Nucleic Acids Res. 22, 364 (1994).
75. W. Thilly, private communication (1995).
76. C. Gelfi, P. G. Righetti, L. Cremonesi, and M. Ferrari, Electrophoresis 15, 1506 (1994).
77. A. W. H. M. Kuypers, P. M. W. Willems, M. J. Vanderschans, P. C. M. Linssen, H. M. C. Wessels, C. H. M. M. Debruijn, F. M. Everaerts, and E. J. B. Mensink, J. Chromatogr. B621, 149 (1993).
78. J. Cheng, T. Kasuga, N. D. Watson, and K. R. Mitchelson, J. Cap. Electrophoresis 1, 24 (1995).
79. K. Hehenbrock, P. M. Williams, and B. L. Karger, Electrophoresis 16, 1429 (1995).
80. J. Cheng, T. Kasuga, K. R. Mitehelson, E. R. T. Lightly, N. D. Watson, W. J. Martin, and D. Atkinson, J. Chromatogr. A677, 169 (1994).
81. C. Gelfi, P. G. Righetti, V. Brancolini, L. Cremonesi, and M. Ferrari, Clin. Chem. 40, 1603 (1994).
82. M. Nesi, P. G. Righetti, M. C. Patrosso, A. Ferlini, and M. Chiari, Electrophoresis 15, 644 (1994).
83. R. Grimm, J. Cap. Electrophoresis 3, 111 (1995).
84. W. J. Warren. Y. F. Cheng, and M. Fuchs, LC-GC 12, 22 (1994).
85. O. Muller, F. Foret, and B. L. Karger, Anal. Chem. 67, 2974 (1995).
86. W. E. Werner, D. M. Demorest, and J. E. Wiktorowicz, Electrophoresis 14, 759 (1993).