Evolutionary families of metallopeptidases

Methods in Enzymology

Volumn 248, Issue C, 1995, Pages 183-228

  Rawlings, Neil D ^a   Barrett, Alan J ^a  

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METALLOPROTEINASE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING SITE; ENZYME ACTIVITY; ENZYME ANALYSIS; ENZYME DEGRADATION; HYDROPHOBICITY; LIGAND BINDING; MOLECULAR RECOGNITION; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REACTION ANALYSIS; STRUCTURE ANALYSIS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

EID: 0029036451     PISSN: 00766879     EISSN: 15577988     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/0076-6879(95)48015-3     Document Type: Article

References (110)

1. Bode, W., Gomis-Rüth, F.X., Huber, R., Zwilling, R., Stöcker, W., Nature (London), 358, 1992, 164.
2. Vijayaraghavan, J., Kim, Y.-A., Jackson, D., Orlowski, M., Hersh, L.B., Biochemistry, 29, 1990, 8052.
3. Barrett, A.J., Rawlings, N.D., Avilés, F.X., (eds.) Innovations on Proteases and Their Inhibitors, 1993, Gruyter, Berlin.
4. Barrett, A.J., Rawlings, N.D., Bond, J.S., Barrett, A.J., (eds.) Proteolysis and Protein Turnover, 1993, Portland Press, London, 73.
5. Weaver, L.H., Kester, W.R., Matthews, B.W., J. Mol. Biol., 114, 1977, 119.
6. Matthews, B.W., Weaver, L.H., Kester, W.R., J. Biol. Chem., 249, 1974, 8030.
7. Benchetrit, T., Bissery, V., Mornon, J.P., Devault, A., Crine, P., Roques, B.P., Biochemistry, 27, 1988, 592.
8. Morihara, K., Tsuzuki, H., Arch. Biochem. Biophys., 146, 1971, 291.
9. Holland, D.R., Tronrud, D.E., Pley, H.W., Flaherty, K.M., Stark, W., Jansonius, J.N., McKay, D.B., Matthews, B.W., Biochemistry, 31, 1992, 11310.
10. Chang, P.-C., Wu Lee, Y.-H., J. Biol. Chem., 267, 1992, 3952.
11. Kajiwara, K., Fujita, A., Tsuyuki, H., Kumazaki, T., Ishii, S., J. Biochem. (Tokyo), 110, 1991, 350.
12. Le Moual, H., Roques, B.P., Crine, P., Boileau, G., FEBS Lett., 324, 1993, 196.
13. Malfroy, B., Schofield, P.R., Kuang, W.-J., Seeburg, P.H., Mason, A.J., Henzel, W.J., Biochem. Biophys. Res. Commun., 144, 1987, 59.
14. D'Adamio, L., Shipp, M.A., Masteller, E.L., Reinherz, E.L., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 86, 1989, 7103.
15. Llorens-Cortes, C., Giros, B., Schwartz, J.-C., J. Neurochem., 55, 1990, 2146.
16. Iijima, H., Gerard, N.P., Squassoni, C., Ewig, J., Face, D., Drazen, J.M., Kim, Y.-A., Shriver, B., Hersh, L.B., Gerard, C., Am. J. Physiol., 262, 1992, L725.
17. Lee, S., Zambas, E.D., Marsh, W.L., Redman, C.M., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 88, 1991, 6353.
18. 17a Xu, D., Emoto, N., Giaid, A., Slaughter, C., Kaw, S., deWit, D., Yanagisawa, M., Cell (Cambridge, Mass.), 78, 1994, 473.
19. Haeggström, J.Z., Wetterholm, A., Shapiro, R., Vallee, B.L., Samuelsson, B., Biochem. Biophys. Res. Commun., 172, 1990, 965.
20. Wetterholm, A., Medina, J.F., Rådmark, O., Shapiro, R., Haeggström, J.Z., Vallee, B.L., Samuelsson, B., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 89, 1992, 9141.
21. McDonald, J.K., Barrett, A.J., Mammalian Proteases: A Glossary and Bibliography. Volume 2: Exopeptidases. 1986, Academic Press, London.
22. Kenny, A.J., Barrett, A.J., (eds.) Proteinases in Mammalian Cells and Tissues, 1977, North-Holland, Amsterdam, 393.
23. Olsen, J., Sjöström, H., Norén, O., FEBS Lett., 251, 1989, 275.
24. Nanus, D.M., Engelstein, D., Gastl, G.A., Gluck, L., Vidal, M.J., Morrison, M., Finstad, C.L., Bander, N.H., Albino, A.P., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 90, 1993, 7069.
25. Wu, Q., Lahti, J.M., Air, G.M., Burrows, P.D., Cooper, M.D., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 87, 1990, 993.
26. McCaman, M.T., Gabe, J.D., Mol. Gen. Genet., 204, 1986, 148.
27. Funk, C.D., Rådmark, O., Fu, J.Y., Matsumoto, T., Jörnvall, H., Shimizu, T., Samuelsson, B., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 84, 1987, 6677.
28. Hubert, C., Houot, A.M., Corvol, P., Soubrier, F., J. Biol. Chem., 266, 1991, 15377.
29. Wei, L., Alhenc-Gelas, F., Corvol, P., Clauser, E., J. Biol. Chem., 266, 1991, 9002.
30. Gomis-Rüth, F.-X., Kress, L.F., Bode, W., EMBO J., 12, 1993, 4151.
31. Baumann, U., Wu, S., Flaherty, K.M., McKay, D.B., EMBO J., 12, 1993, 3357.
32. Lovejoy, B., Cleasby, A., Hassell, A.M., Longley, K., Luther, M.A., Weigl, D., McGeehan, G., McElroy, A.B., Drewry, D., Lambert, M.H., Jordan, S.R., Science, 263, 1994, 375.
33. Reinemer, P., Grams, F., Huber, R., Kleine, T., Schnierer, S., Piper, M., Tschesche, H., Bode, W., FEBS Lett., 338, 1994, 227.
34. Bode, W., Gomis-Rüth, F.-X., Stöcker, W., FEBS Lett., 331, 1993, 134.
35. Springman, E.B., Angleton, E.L., Birkedal-Hansen, H., Van Wart, H.E., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 87, 1990, 364.
36. Yasumasu, S., Yamada, K., Akasaka, K., Mitsunaga, K., Iuchi, I., Shimada, H., Yamagami, K., Dev. Biol., 153, 1992, 250.
37. Rawlings, N.D., Barrett, A.J., Biochem. J., 266, 1990, 622.
38. Beckmann, G., Bork, P., Trends Biochem. Sci., 18, 1993, 40.
39. Wolfsberg, T.G., Bazan, J.F., Blobel, C.P., Myles, D.G., Primakoff, P., White, J.M., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 90, 1993, 10783.
40. Dennis, M.S., Henzel, W.J., Pitti, R.M., Lipari, M.T., Napier, M.A., Deisher, T.A., Bunting, S., Lazarus, R.A., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 87, 1989, 2471.
41. Woessner, J.F. Jr., FASEB J., 5, 1991, 2145.
42. Ghigo, J.-M., Wandersman, C., J. Biol. Chem., 269, 1994, 8979.
43. McGeehan, G., Burkhart, W., Anderegg, R., Becherer, J.D., Gillikin, J.W., Graham, J.S., Plant Physiol., 99, 1992, 1179.
44. Petersen, T.E., Thøgersen, H.C., Skorstengaard, K., Vibe-Pedersen, K., Sahl, P., Sottrup-Jensen, L., Magnusson, S., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 80, 1983, 137.
45. 43a Sato, H., Takino, T., Okada, Y., Cao, J., Shinagawa, A., Yamamoto, E., Seiki, M., Nature, 370, 1994, 61.
46. Gaire, M., Magbanua, Z., McDonnell, S., McNeil, L., Lovett, D.H., Matrisian, L.M., J. Biol. Chem., 269, 1994, 2032.
47. Kinoshita, T., Fukuzawa, H., Shimada, T., Saito, T., Matsuda, Y., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 89, 1992, 4693.
48. Lampel, J.S., Aphale, J.S., Lampel, K.A., Strohl, W.R., J. Bacteriol., 174, 1992, 2797.
49. Büchler, M., Tisljar, U., Wolf, D.H., Eur. J. Biochem., 219, 1994, 627.
50. Lövgren, A., Zhang, M., Engström, A., Dalhammar, G., Landén, R., Mol. Microbiol, 4, 1990, 2137.
51. Takeuchi, H., Shibano, Y., Morihara, K., Fukushima, J., Inami, S., Keil, B., Gilles, A.-M., Kawamoto, S., Okuda, K., Biochem. J., 281, 1992, 703.
52. Matsushita, O., Yoshihara, K., Katayama, S., Minami, J., Okabe, A., J. Bacteriol., 176, 1994, 149.
53. Schiavo, G., Shone, C.C., Rossetto, O., Alexander, F.C.G., Montecucco, C., J. Biol. Chem., 268, 1993, 11516.
54. Jongeneel, C.V., Bouvier, J., Bairoch, A., FEBS Lett., 242, 1989, 211.
55. Ayora, S., Götz, F., Mol. Gen. Genet., 242, 1994, 421.
56. 53a Lee, S.-H., Taguchi, H., Yoshimura, E., Minagawa, E., Kaminogawa, S., Ohta, T., Matsuzawa, H., Biosci. Biotechnol. Biochem., 58, 1994, 1490.
57. Finch, P.W., Wilson, R.E., Brown, K., Hickson, I.D., Emmerson, P.T., Nucleic Acids Res., 14, 1986, 7695.
58. Becker, A.B., Roth, R.A., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 89, 1992, 3835.
59. Becker, A.B., Roth, R.A., Biochem. J., 292, 1993, 137.
60. Meulenberg, J.J.M., Sellink, E., Locnen, W.A.M., Riegman, N.H., van Kleff, M., Postma, P.W., FEMS Microbiol. Lett., 71, 1990, 337.
61. Kuo, W.-L., Gehm, B.D., Rosner, M.R., Mol. Endocrinol., 4, 1990, 1580.
62. Authier, F., Rachubinski, R.A., Posner, B.I., Bergeron, J.J.M., J. Biol. Chem., 269, 1994, 3010.
63. Glick, B.S., Beasley, E.M., Schatz, G., Trends Biochem. Sci., 17, 1992, 453.
64. Kalousek, F., Neupert, W., Omura, T., Schatz, G., Schmitz, U.K., Trends Biochem. Sci., 18, 1993, 249.
65. Géli, V., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 90, 1993, 6247.
66. Schulte, U., Arretz, M., Schneider, H., Tropschug, M., Wachter, E., Neupert, W., Weiss, H., Nature (London), 339, 1989, 147.
67. Weiss, H., Leonard, K., Neupert, W., Trends Biochem. Sci., 15, 1990, 178.
68. Triglia, T., Foote, S.J., Kemp, D.J., Cowman, A.F., Mol. Cell. Biol., 11, 1991, 5244.
69. Osterman, A.L., Grishin, N.V., Smulevitch, S.V., Matz, M.V., Zagnitko, O.P., Revina, L.P., Stepanov, V.M., J. Protein Chem., 11, 1992, 561.
70. Rees, D.C., Lewis, M., Lipscomb, W.N., J. Mol. Biol., 168, 1983, 367.
71. Faming, Z., Kobe, B., Stewart, C.-B., Rutter, W.J., Goldsmith, E.J., J. Biol. Chem., 266, 1991, 24606.
72. Guasch, A., Coll, M., Avilés, F.X., Huber, R., J. Mol. Biol., 224, 1992, 141.
73. Sutton, B.J., Artymiuk, P.J., Cordero-Borboa, A.E., Little, C., Phillips, D.C., Waley, S.G., Biochem. J., 248, 1987, 181.
74. Duez, C., Lakaye, B., Houba, S., Dusart, J., Ghuysen, J.-M., FEMS Microbiol. Lett., 71, 1990, 215.
75. Dideberg, O., Charlier, P., Dive, G., Joris, B., Frère, J.M., Ghuysen, J.M., Nature (London), 299, 1982, 469.
76. Vallee, B.L., Auld, D.S., Biochemistry, 29, 1990, 5647.
77. Vallee, B.L., Auld, D.S., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 90, 1993, 2715.
78. Kim, H., Lipscomb, W.N., Biochemistry, 32, 1993, 8465.
79. Kim, H., Lipscomb, W.N., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 90, 1993, 5006.
80. Burley, S.K., David, P.R., Taylor, A., Lipscomb, W.N., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 87, 1990, 6878.
81. Artymiuk, P.J., Grindley, H.M., Park, J.E., Rice, D.W., Willett, P., FEBS Lett., 303, 1992, 48.
82. Chang, Y.-H., Teichert, U., Smith, J.A., J. Biol. Chem., 267, 1992, 8007.
83. Roderick, S.L., Matthews, B.W., Biochemistry, 32, 1993, 3907.
84. Bazan, J.F., Weaver, L.H., Roderick, S.L., Huber, R., Matthews, B.W., 2nd Suppl. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 91, 1994, 2473.
85. Vallee, B.L., Auld, D.S., Biochemistry, 32, 1993, 6493.
86. Chang, Y.H., Smith, J.A., J. Biol. Chem., 264, 1989, 6979.
87. Brewis, I.A., Ferguson, M.A.J., Turner, A.J., Hooper, N.M., Biochem. Soc. Trans., 21, 1993, 46S.
88. 84a Keynan, S., Hooper, N.M., Turner, A.J., FEBS Lett., 349, 1994, 50.
89. Meulenberg, J.J.M., Sellink, E., Riegman, N.H., Postma, P.W., Mol. Gen. Genet., 232, 1992, 284.
90. Cleton-Jansen, A.M., Horsman, H.P., Huinen, R.G., van de Putte, P., J. Bacteriol., 171, 1989, 447.
91. Rawlings, N.D., Barrett, A.J., Biochem. J., 290, 1993, 205.
92. Boyen, A., Charlier, D., Charlier, J., Sakanyan, V., Mett, I., Glansdorff, N., Gene, 116, 1992, 1.
93. Jakob, M., Miller, Y.E., Röhm, K.-H., Biol. Chem. Hoppe-Seyler, 373, 1992, 1227.
94. Lloyd, L.F., Collyer, C.A., Sherwood, R.F., J. Mol. Biol., 220, 1991, 17.
95. 90a Vongerichten, K.F., Klein, J.R., Matern, H., Plapp, R., J. Gen. Microbiol., 140, 1994, 2591.
96. Sutherland, D.R., Abdullah, K.M., Cyopick, P., Mellors, A., J. Immunol., 148, 1992, 1458.
97. Abdullah, K.M., Lo, R.Y.C., Mellors, A., J. Bacteriol., 173, 1991, 5597.
98. Abdullah, K.M., Udoh, E.A., Shewen, P.E., Mellors, A., Infect. Immun., 60, 1992, 56.
99. 93a Arndt, E., Steffens, C., FEBS Lett., 314, 1992, 211.
100. 93b Dujon, B. et-al., Nature, 369, 1994, 371.
101. Chitnis, P.R., Purvis, D., Nelson, N., J. Biol. Chem., 266, 1991, 20146.
102. Loewy, A.G., Santer, U.V., Wieczorek, M., Blodgett, J.K., Jones, S.W., Cheronis, J.C., J. Biol. Chem., 268, 1993, 9071.
103. Li, S.L., Norioka, S., Sakiyama, F., J. Bacteriol., 172, 1990, 6506.
104. Henrich, B., Monnerjahn, U., Plapp, R., J. Bacteriol., 172, 1990, 4641.
105. Van Heeke, G., Denslow, S., Watkins, J.R., Wilson, K.J., Wagner, F.W., Biochim. Biophys. Acta, 1131, 1992, 337.
106. Deane, S.M., Robb, F.T., Robb, S.M., Woods, D.R., Gene, 76, 1989, 281.
107. Motoshima, H., Azuma, N., Kaminogawa, S., Ono, M., Minagawa, E., Matsuzawa, H., Ohta, T., Yamauchi, K., Agric. Biol. Chem., 54, 1990, 2385.
108. Yasuhara, T., Nakai, T., Ohashi, A., J. Biol. Chem., 269, 1994, 13644.
109. Nishizawa, M., Yasuhara, T., Nakai, T., Fujiki, Y., Ohashi, A., J. Biol. Chem., 269, 1994, 13651.
110. Glaser, P. et al., Molecular Microbiology, 10, 1993, 371.